Для просмотра этого контента требуется подписка на JoVE. Войдите или начните свой бесплатный пробный период.
Методическая статья
ДНК окружающей среды (эДНК) обычно захватывается из проб воды с помощью осаждения спирта, фильтрации или флокуляции. Здесь представлен альтернативный протокол, в котором хлорид лантана используется для сбора растворенных и связанных с частицами нуклеиновых кислот из образцов воды, содержащих эукариотические клетки, прокариотические клетки и вирусы.
Анализ ДНК окружающей среды (эДНК) стал широко используемым подходом к решению проблем в управлении видами. Обнаружение загадочных видов, включая инвазивные и (или) виды, находящиеся под угрозой, является целью, обычно достигаемой путем тестирования воды и отложений на наличие характерных сигнатур ДНК. Необходимы надежные и эффективные процедуры захвата eDNA, особенно те, которые могут быть легко выполнены в полевых условиях персоналом с ограниченной подготовкой и гражданскими учеными. В настоящее время широко используется захват eDNA с помощью мембранной фильтрации. Такой подход имеет неотъемлемые проблемы, которые включают в себя выбор фильтрующего материала и пористости, загрязнение фильтра и время, необходимое для выполнения процесса на месте. Флокуляция представляет собой альтернативу, которая может быть легко реализована и применена к режимам отбора проб, стремящимся охватить обширные территории за ограниченное время.
До середины 2000-х годов термин «экологическая ДНК» обычно использовался для обозначения ДНК, полученной из водных и почвенных микробов, хотя некоторые виды уже начали использовать его для обнаружения ДНК человека и животных с целью отслеживания источников фекалий или обнаружения неместных видов. В настоящее время ДНК окружающей среды обычно используется для описания ДНК клеток, отслаивающихся от эукариотических организмов, и анализ этой ДНК стал широко используемым инструментом управления. Обнаружение загадочных видов, в том числе инвазивны....
Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.
1. Обеззараживание оборудования и подготовка флокуляционных реагентов
Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.
Восемь проб воды объемом 500 мл (по 450 мл каждая), взятых из аквариума, в котором содержались две восточные расписные черепахи (Chrysemys picta picta), были использованы для получения eDNA с использованием описанного протокола. Еще восемь проб воды объемом 500 мл были отфильтрованы на фильтрах из стекловолокна диаметром 47 мм с пористостью 1,5 мкм, не содержащими связующего, и эДНК была экстрагирована с использованием того же метода экстракции, который использовался для протокола флокуляции. ДНК, полученную с и.......
Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.
Несмотря на то, что этот метод прост, некоторые шаги имеют решающее значение для успеха. Сбор и перенос хлопьев должен быть выполнен полностью, чтобы не потерять ДНК. Остаточный материал необходимо собирать с помощью стратегических промывок. В описанном протоколе используется коммерческий набор для экстракции ДНК для окончательной обработки флокулированного материала. Другие методы экстракции могут работать аналогичным образом или превосходить их по производительности, но модификации это.......
Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.
Автору нечего раскрывать.
Эта работа была завершена при финансировании Геологической службы США.
Любое использование торговых наименований, названий фирм или продуктов осуществляется исключительно в описательных целях и не подразумевает одобрения со стороны правительства США.
....Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.
| Имя | Компания | Каталожный номер | Комментарии |
|---|---|---|---|
| 0,5M EDTA, pH 8.0 | Доступно из нескольких коммерческих источников | ||
| 1 x TE Буфер, pH 8.0 | Доступно из нескольких коммерческих источников | ||
| 15 мл Конические центрифужные пробирки | Одноразовое использование | ||
| 16 унций ПЭТ Прозрачные квадратные бутылки | многоразового использования с очисткой и обеззараживанием | ||
| 38/400 Полипропиленовая крышка с чувствительностью к давлению Вкладыш | Оставьте крышки неплотно прикрепленными до использования. Плотно закройте крышку, чтобы запечатать чувствительный к давлению вкладыш. | ||
| Конические центрифужные пробирки объемом 50 мл | Одноразовое использование | ||
| 6% раствора лимонной кислоты | Используйте для удаления минеральных отложений из многоразовых бутылок для образцов. | ||
| Набор фекальных/почвенных микробов | Используйте ингибитор удаления смолы или колонки | ||
| Лантан (III) хлорид гептагидрат | 100 мМ Стоковый раствор | ||
| Перистальтический насос постоянного тока | Подойдет любой перистальтический насос, или может быть сифонирован | ||
| Полиакриловый носитель | 10% линейный полиакриламид | ||
| Бикарбонат | натрия1 М, стерилизованный фильтром и хранящийся при комнатной |
Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.
Эта статья была опубликована
Видео скоро будет доступно