Выделение ядер из свежезамороженных опухолей головного мозга для одноядерных РНК-seq и ATAC-seq

12.8K просмотров

Цитируется: 15

06:22 мин.

25 августа 2020 г.

10.3791/61542-v

25 августа 2020 г.

12.8K просмотров

Ashwin Narayanan¹ , Enrique Blanco-Carmona² , Engin Demirdizen¹ , Xueyuan Sun¹^,³ , Christel Herold-Mende⁴ , Matthias Schlesner² , Sevin Turcan¹

¹Neurology Clinic and National Center for Tumor Diseases, University Hospital Heidelberg, ²Bioinformatics and Omics Data Analytics, German Cancer Research Center (DKFZ), ³Clinical Cooperation Unit Neurooncology, German Cancer Research Center (DKFZ), ⁴Division of Experimental Neurosurgery, Department of Neurosurgery, University of Heidelberg, INF 400, Heidelberg, Germany

Внутриопухоловная гетерогенность является неотъемлемой чертой опухолей, в том числе и глиом. Мы разработали простой и эффективный протокол, который использует комбинацию буферов и градиентного центрифугирования для выделения одиночных ядер из свежезамороженных тканей глиомы для исследований секвенирования одноядерной РНК и ATAC.