1 сентября 2020 г.
Здесь представлен протокол криогенного переноса замороженных образцов в зонд динамической ядерной поляризации (DNP) с магическим углом вращения (MAS) ядерного магнитного резонанса (ЯМР). Протокол включает в себя указания по хранению ротора до эксперимента и указания по измерениям жизнеспособности до и после эксперимента.
Чувствительность ЯМР-спектроскопии MAS с помощью ДНФ позволяет охарактеризовать белки внутри интактных клеток в их эндогенной концентрации. Это применение требует тщательного обращения с образцом. Некоторые морфологии сохраняются, и клетки становятся жизнеспособными при их криогенном переносе в спектрометр с использованием этого протокола.
Введение холодного ротора может привести к образованию влаги и льда, что может механически препятствовать раскрутке образца. Эта демонстрация поможет провести эксперименты для уверенного выполнения криогенного переноса. Для начала положите под крышку и на дно криогенного флакона подушку, сделанную из кусочка салфетки или бумажного полотенца.
Поместите 3,2-миллиметровый сапфировый ротор в криогенный флакон, обитый папиросной бумагой, маркированным концом к дну флакона. Медленно заморозьте ротор, поместив флакон в контейнер с контролируемой скоростью охлаждения, и поместите контейнер в морозильную камеру с температурой 80 градусов Цельсия минимум на три часа. Переложите криогенный флакон с замороженным ротором в небольшую вакуумную колбу, наполненную жидким азотом.
Используйте вакуумную колбу для переноски образца к спектрометру. Наполните сухую, теплоизолированную вакуумную колбу из пенопласта с широким горлышком 500 миллилитров на один литр жидкого азота. Возьмите криогенный флакон из колбы для переноса и держите его чуть выше поверхности жидкого азота, чтобы защитить его от атмосферы.
Держа криогенный флакон горлышком флакона слегка вниз, открутите крышку и дайте ротору скользнуть в ванну с жидким азотом. Предварительно охладите микроцентрифужную пробирку объемом 1,5 миллилитра, погрузив ее в жидкий азот. С помощью пинцета под поверхностью ванны с жидким азотом переместите ротор в микроцентрифужную трубку так, чтобы приводной наконечник был обращен к дну пробирки, а маркировка была обращена к отверстию.
С помощью пинцета удерживайте трубку с ротором под жидким азотом за горлышко. С помощью второй пары пинцетов удерживайте ловушку ЯМР над поверхностью жидкого азота, наклоненной под острым углом по отношению к микроцентрифужной трубке. Чтобы перевести ротор из ловушки образцов ЯМР на спектрометр ЯМР, поместите криокамеру в режим выброса нажатием кнопки «Выброс».
Вставьте открытый конец ловушки образцов ЯМР в микроцентрифужную пробирку, пока она еще находится под поверхностью жидкого азота. Поднимите микроцентрифужную пробирку и ЯМР-улавливатель образцов, чтобы ротор упал в ловушку для проб. Встряхните улавливатель образцов и трубку, если ротор застрял на ободе
.Оставьте пустую микроцентрифужную пробирку в верхней части ловушки образцов ЯМР, чтобы защитить ротор от воздуха. Снимите другой пустой уловитель проб с зонда и положите его на пол. Перенесите уловитель образцов ЯМР, содержащий ротор, в другую руку.
Затем извлеките микроцентрифужную трубку и сразу же вставьте ее в зонд. Подайте сигнал сотруднику, работающему с криокамерой, чтобы он нажал стоп, извлек и вставил. Раскрутите образец до желаемой скорости вращения, регулируя подшипник и давление потока.
Налейте от 500 миллилитров до одного литра жидкого азота в вакуумную колбу с широким горлышком для пены и поставьте ванночку под спектрометр. Опустите пустой криогенный флакон с кусочком папиросной бумаги в ванну с жидким азотом. Уменьшите скорость вращения до нуля килогерц, уменьшив поток приводного газа и газа подшипника, и выбросьте ротор, переключившись в режим выброса.
Не выключая режим выброса, снимите улавливатель проб с зонда и опустите ротор прямо в колбу с широким горлышком из пенопласта, содержащую жидкий азот. С помощью предварительно охлажденного пинцета перенесите ротор в предварительно охлажденный криогенный флакон под поверхность жидкого азота. Предварительно охладите крышку криогенного флакона, опустив ее в жидкий азот.
Извлеките флакон с ротором и жидким азотом из ванны и закройте пробирку предварительно охлажденной крышкой. Снова погрузите криогенный флакон в жидкий азот. Образец может быть перемещен в долгосрочное хранилище жидкого азота или немедленно распакован для дальнейшего анализа.
Криогенное введение предварительно замороженных образцов клеток млекопитающих в ЯМР-спектрометр поддерживает жизнеспособность на протяжении всего эксперимента ЯМР. При использовании этого протокола проницаемость трипанового синего клеток клеток млекопитающих после ЯМР MAS аналогична проницаемости клеток, не подверженных какому-либо изменению температуры. Если клетки медленно замораживают, а затем нагревают до комнатной температуры перед введением, клеточная жизнеспособность снижается до менее чем 10%.
При попытке выполнить протокол обратитесь за помощью с нажатием кнопки извлечения и вращением образца, чтобы образец можно было ввести в зонд до того, как он нагреется, убедившись, что в зонд не попадет влага, и будьте уверены, что спектрометр будет работать холодным в течение многих недель. Этот протокол применим к любым системам, в которых колебания температуры могут нарушить целостность образца, например, к реакциям замораживания, гашения или характеризации захваченных промежуточных продуктов реакции, ферментологии и сворачиванию белков.
В данном протоколе подробно описывается процесс криогенного переноса замороженных образцов в зонд ядерного магнитного резонанса (ЯМР) с магическим углом вращения (MAS), с основным акцентом на сохранение целостности и жизнеспособности образцов. Особое внимание уделяется проблеме конденсации влаги при установке ротора в спектрометр, что позволяет обеспечить сохранение функциональных характеристик клеток на протяжении всего эксперимента.
Криогенная обработка образцов позволяет сохранить целостность клеток для проведения исследований внутриклеточных белков в эндогенных концентрациях методом ЯМР с динамической ядерной поляризацией. Данный подход способствует валидации мишеней в нативной клеточной среде за счет поддержания жизнеспособности при низкотемпературном переносе. В протоколе решается одна из основных проблем применения высокочувствительного ЯМР в рабочих процессах поиска лекарственных средств, требующих механического снижения рисков при разработке терапевтических мишеней.
Данный метод вписывается в континуум ранних этапов поиска лекарственных средств, позволяя проводить структурную характеристику после идентификации мишени и до оптимизации ведущих соединений, что особенно важно для внутриклеточных мишеней, требующих контекста нативной клетки.