gP2S, система управления информацией для cryoEM экспериментов

Чтобы войти в gP2S, ввемите имя пользователя и пароль. С левой стороны можно увидеть навигационную планку, состоящую из селектора проекта и набора навигационных элементов, в которые перечислены типы экспериментальных объектов рабочего процесса CryoEMEM, образцы, состоящие из белков или лигандов, или комбинация этих двух, сетки, сеансы микроскопии, сеансы обработки, карты и модели. Последним элементом в навигационной стойке является ссылка на раздел настроек приложения.

Здесь вы сможете добавить ряд сущностей, которые позволят вам записывать эксперименты в gP2S. Заполнение его будет предоставлять информацию для различных списков отсева для использования по всей системе. Сопровождающая рукопись содержит подробную информацию о том, как установить и настроить gP2S, чтобы ее можно было использовать для журнальных экспериментов.

В этом видео мы лишь иллюстрируем один из этапов конфигурации, как зарегистрировать криогенного держателя образца, а затем более подробно проиллюстрировать, как пользователи могут регистрировать эксперименты в gP2S. Держатели образцов могут быть настроены после регистрации микроскопов путем навигации в раздел держателя образца. При регистрации нового держателя образца необходимо указать, с каким из настроенных микроскопов он может быть использован и можно ли использовать его для крио-образцов.

Приложение gP2S ориентировано на проект. Это означает, что сущность рабочего процесса может быть создана только в контексте проекта. Соответствующий проект должен быть выбран из отсеивки.

При выборе проекта количество сущностей каждого типа, связанных с этим проектом, отображается в разделе рабочего процесса. Вы можете видеть, что в данном конкретном случае было зарегистрировано 89 образцов, 203 сетки, 80 сеансов микроскопии, пять сеансов обработки, семь карт и две модели. При нажатии на любой из типов сущностей рабочего процесса, например сеансов микроскопии, отображается список этих сущностей.

Этот список состоит из этикетки. Там может быть также флаг, как и в этом случае, чтобы показать, если это было крио или отрицательное пятно микроскопии сессии, и до шести ключевых полей метаданных. В случае сеанса микроскопии можно увидеть, какая сетка была изображена, сколько изображений было собрано, время начала и окончания сеанса, а также какой микроскоп и детектор были использованы.

При выборе одного из перечисленных сущностей открывается страница деталей, на которой перечисляется вся информация, доступная для этого элемента, что в случае сеансов микроскопии много. Ниже детали микроскопии, вы можете увидеть краткий список всех предков лиц, таких как сетки и образцы. Это позволяет очень быстро осуществлять навигацию по линии отображаемой сущности.

Давайте перейти к моделям, чтобы лучше визуализировать это. Наконец, любую сущность в gP2S можно прокомментировать, выбрав комментарии. Как вы можете видеть для этой конкретной модели, один комментарий уже существует.

Нажатие на него показывает, кто и когда его создал. Вы можете добавить еще один комментарий, введя бесплатный текст и дополнительно прикрепив один или несколько файлов. Теперь, когда мы обугом основную часть приложения, мы продемонстрируем, как зарегистрировать экспериментальные объекты во время эксперимента CryoEM.

На первом этапе рабочего процесса вам будет предложено описать образец. Для этого нужно сначала определить хотя бы один компонент, белок или лиганд. Добавление нового белка требует только этикетки белка, но, чтобы помочь в лучшем описании белка, вы также можете добавить идентификатор очистки.

Это поле может содержать много номер партии или служить местом для метки штрих-кода. Если gP2S был настроен для интеграции с системой регистрации белка, ИДЕНТИФИКАТОР PUR может быть проверен автоматически и использован для получения и отображения подробной информации об этой партии белка. Для лигандов этикетка и концентрация запасов являются обязательными, а два других поля являются необязательными, концептуальным и пакетным идентификатором лота.

Образец определяется любым сочетанием белков и лигандов и их конечных концентраций. В нашем случае мы создадим образец, который содержит один белок, который ранее был зарегистрирован в gP2S. Компоненты легко найти благодаря поиску падения.

Если вы не нашли свой компонент, вы можете создать его с нуля на этом этапе. Дополнительно можно указать другие экспериментальные детали образца, такие как время инкубации и температура, буфер и описание свободного текстового протокола. Когда ваш образец будет готов, и вы делаете сетки, перейти к сеткам и создать новый крио один.

Выберите тип сетки и используемый протокол обработки поверхности, например протокол разряда свечения. Затем укажите, готовите ли вы крио или сетку отрицательных пятен, и выберите один из предварительно настроенных протоколов витрификации из списка высадок. Затем выберите из списка отсева образец, который вы применили к сетке.

Если вы решили разбавить или сконцентрировать выбранный образец, используйте переключатель и укажите соответствующий фактор разбавления или концентрации. Необходимо также указать объем, на который применяется сетка, и дополнительно записать время инкубации. Наконец, вы должны определить расположение хранилища сетки.

Если хотите, измените метку по умолчанию и сохраните сетку. После регистрации сетки вы сможете регистрировать эксперименты по сбору данных, создавая сеанс микроскопии. Форма состоит из четырех разделов: основная информация, настройки микроскопа, настройки экспозиции и управление микроскопом.

Первый раздел содержит основную информацию, метку, изменить значение по умолчанию, если вы хотите. Обратите внимание, что система автоматически заполняет дату и время начала. Дата и время завершения не являются обязательными, потому что вы, вероятно, будет регистрации сеанса микроскопии в то время как ваш эксперимент все еще продолжается.

Если вы знаете дату и время окончания, вы можете ввести его вручную или использовать кнопку теперь, чтобы ввести текущую. Затем выберите, какая сетка была изображена и какой микроскоп был использован. По умолчанию микроскоп, последний раз используемый в текущем проекте, предварительно выбран.

Выберите детектор и дополнительно, сколько изображений было собрано. Третий раздел сеанса микроскопии содержит информацию об настройках экспозиции. В этом разделе регистрируются следующие метаданные: увеличение, размер пятна, диаметр освещенной области, скорость экспозиции, продолжительность экспозиции и количество кадров.

Вы должны указать, были ли использованы нанопроб, режим подсчета, дробение дозы и супер разрешение. Они включены только в том случае, если выбранный микроскоп и детектор имеют эти функции. После ввода коэффициента биннинга пикселей, если таковые имеются, на лету рассчитывается и отображается ряд экспериментально важных параметров.

Работа по обработке изображений записывается в сеанс обработки. Каждый сеанс обработки связан по крайней мере с одним сеансом микроскопии, который вы выбираете из списка отсева. Вы можете добавить больше сеансов микроскопии, если объединить данные из нескольких сеансов во время обработки.

Вы также должны указать, какие пакеты программного обеспечения были использованы при выборе этикетки программного обеспечения и его версии. Существует также место для некоторых связанных отмечает. Вы должны предоставить количество микрографов и собраны частицы.

Вы также можете записать имя каталога или полный путь, где вы сделали обработку. После получения одной или несколько трехмерных реконструкций карты могут быть сданы на хранение в gP2S. Каждая карта связана с сеансом обработки и состоит из фактического файла карты.

gP2S позволяет использовать любой тип файла. Введите ключевые метаданные, такие как размер пикселя, рекомендуемый уровень контура для визуализации поверхности, какую симметрию вы применили, количество изображений, используемых для создания карты, и предполагаемое разрешение в ее лучших частях, среднее глобальное разрешение и разрешение в худших частях. Как и в случае, во многих частях gP2S правила проверки проверяют входные данные на наличие очевидных ошибок.

Карты могут быть связаны друг с другом с помощью различных типов отношений. При регистрации такой ассоциации необходимо выбрать тип отношений и связанную с ними карту. После получения атомной модели она может быть отложена в gP2S.

Добавьте файл модели, разрешение и карту или список карт, из которых была получена модель. Кроме того, можно указать, что модель является усовершенствованная версия ранее депонированной модели. Измените этикетку и сохраните запись.

Если вы сотрудничаете с другими исследователями, которые не имеют доступа к приложению, может возникнуть необходимость в создании сводных документов, которыми вы можете поделиться. Для этого gP2S предоставляет функциональность отчета. Это создает печатный файл PDF, который включает в себя все метаданные, описывающие сущность и каждую из ее сущностей предков, включая все комментарии.

Эта функция особенно ценна после осаждения модели, так как все данные и метаданные, отслеживая линию окончательной атомной модели вся дорогу назад к конкретному белку и небольшим лотам лиганда молекул через сеансы микроскопии и сетки доступны в едином документе. Но PDF может быть создан из любой страницы просмотра деталей. Как вы можете видеть, gP2S позволяет отслеживать различные объекты, которые хорошо структурированы и легко ориентироваться.

Как показано ранее, проверка данных при регистрации определенных сущностей способствует более высокому качеству метаданных, чем это может быть достижимо с помощью классических электронных таблиц или ноутбуков. Спасибо, что смотрели. Мы надеемся, что это видео будет стимулировать вас попробовать gP2S в качестве системы управления лабораторной информацией для вашей лаборатории CryoEM.