Почему проверка нулевой гипотезы имеет значение для валидации мишени при скрининге фрагментов?

Проверка нулевой гипотезы помогает отличить истинные события связывания от шума путем оценки статистической значимости наблюдаемых изменений электронной плотности, что гарантирует, что идентифицированные фрагменты представляют специфические взаимодействия, а не случайные эффекты упаковки кристаллов.

Как изоляция независимой переменной вписывается в процесс поиска в рамках фрагментного скрининга XChem?

Изоляция соединения в качестве независимой переменной позволяет исследователям напрямую связывать наблюдаемые изменения связывания с фрагментом, что обеспечивает четкое определение зависимостей «структура — активность» и надежную идентификацию хитов в ходе кампаний по скринингу.

Какие количественные измерения зависимых переменных позволяют идентифицировать хиты при скрининге XChem?

Зависимые переменные, такие как качество карты электронной плотности, заполненность лиганда и показатели уточнения (например, R-free, корреляция в реальном пространстве), обеспечивают количественные пороговые значения для разграничения истинных хитов и ложноположительных результатов при анализе с использованием Panda.

Почему требования к воспроизводимости имеют значение для кросс-функционального взаимодействия в рабочих процессах XChem?

Репликация гарантирует, что результаты наблюдений за связыванием остаются согласованными для нескольких кристаллов и наборов данных, что крайне важно для подтверждения достоверности хитов при обмене результатами между группами биологов, химиков и специалистов по структурной биологии.

Какие возможности статистического анализа требуются перед внедрением фрагментного скрининга XChem?

Реализация требует возможности анализа наборов данных по нескольким кристаллам, расчета уровней значимости карт и применения поправок на ложноположительные результаты (FDR) при определении хитов, что поддерживается программным конвейером XChem Explorer и Panda.

Эффективное просеивание фрагментов на предприятии XChem в Diamond Light Source

8.3K просмотров

Процитировано: 78

08:35 мин

29 мая 2021 г.

10.3791/62414-v

29 мая 2021 г.

8.3K просмотров

Alice Douangamath^*¹^,² , Ailsa Powell^*¹^,² , Daren Fearon^*¹^,² , Patrick M. Collins¹^,² , Romain Talon¹^,²^,³ , Tobias Krojer³^,⁴ , Rachael Skyner¹^,² , Jose Brandao-Neto¹^,² , Louise Dunnett¹^,² , Alexandre Dias¹^,² , Anthony Aimon¹^,²^,³ , Nicholas M. Pearce¹^,³ , Conor Wild³^,⁵ , Tyler Gorrie-Stone¹ , Frank von Delft¹^,²^,³^,⁴^,⁶

¹Diamond Light Source Ltd, Harwell Science and Innovation Campus, ²Research Complex at Harwell, Harwell Science and Innovation Campus, ³Structural Genomics Consortium, University of Oxford, ⁴Centre for Medicines Discovery, University of Oxford, ⁵Oxford Protein Informatics Group, Department of Statistics, Oxford University, ⁶Department of Biochemistry, University of Johannesburg

^* These authors contributed equally

В этом документе описывается полный процесс XChem для скрининга фрагментов на основе кристаллов, начиная с подачи заявки на доступ и заканчивая всеми последующими шагами до распространения данных.

Больше видео

Chapters in this video