Три метода дифференциального экспрессионного анализа для секвенирования РНК: limma, EdgeR, DESeq2

44.6K просмотров

Цитируется: 309

10:10 мин.

18 сентября 2021 г.

10.3791/62528-v

18 сентября 2021 г.

44.6K просмотров

Shiyi Liu^*¹ , Zitao Wang^*¹ , Ronghui Zhu¹ , Feiyan Wang² , Yanxiang Cheng¹ , Yeqiang Liu²

¹Department of Obstetrics and Gynecology, Renmin Hospital of Wuhan University, ²Department of Pathology, Shanghai Skin Disease Hospital, Tongji University School of Medicine

^* These authors contributed equally

Приведен подробный протокол методов дифференциального экспрессионного анализа для секвенирования РНК: limma, EdgeR, DESeq2.

Больше видео

Метод Limma

метод EdgeR

метод DESeq2

анализ холангиокарциномы

дифференциально экспрессируемые гены

график вулкан (volcano plot)

диаграмма Венна

анализ экспрессии генов

Chapters in this video

0:08

Introduction

1:54

I. Download and preprocess the data

5:12

II. RNA‐seq differential expression analysis through “limma”

8:53

III. RNA‐seq differential expression analysis through “edgeR”

11:34

IV. RNA‐seq differential expression analysis through “DESeq2”

13:51

V. Venn diagram

14:36

Conclusion