Прогнозирование сетевой фармакологии и экспериментальная проверка механизма действия Trichosanthes-Fritillaria thunbergii против аденокарциномы легкого

Традиционная китайская медицина, Мы поговорим об особенностях многокомпонентности мишени. Это самая базовая коробка для сетевых и биологических исследований. Мы сделали демонстрацию технологии, которая снизит порог.

Сетевая фармакология – это системно-аналитическая технология, выстраивающая инструменты взаимодействия сетевой работы мультифакторов. Он может эффективно предсказать единственный путь традиционной китайской медицины в Данные сетевой фармакологии поступают из базы данных, хотя он не может предсказать связь с лекарствами, белками, и это все еще необходимо проверить последующими экспериментами. Для начала откройте базу данных HERB и используйте Gua Liu и Zhebimu в качестве ключевых слов для получения компонентов двух препаратов.

Загрузите список и каноническую структуру SMILES родственных компонентов двух препаратов. Теперь определите, является ли полученный компонент активным, включив компоненты с пероральной биодоступностью и лекарственными свойствами в базу данных HERB Group. Если компонент не имеет пероральной биодоступности и значений, подобных лекарственным средствам, введите компонент в швейцарскую базу данных ADME, чтобы получить информацию о каждом компоненте.

Включите компоненты с высокой абсорбцией ГИ и, по крайней мере, двумя положительными лекарственными значениями в качестве активных компонентов. Чтобы спрогнозировать целевое назначение активных компонентов, откройте базу данных HERB. Поиск и копирование канонических структур активных компонентов SMILES.

Затем откройте подход ансамбля подобия и вставьте канонические структуры SMILES активных компонентов в поле поиска. Нажмите «Попробовать SEA», чтобы получить целевое имя целевого ключа P-значение и максимальный TC каждого активного компонента. Скопируйте данные в электронную таблицу и используйте функцию фильтрации файлов электронных таблиц, чтобы отфильтровать целевые активные компоненты по целевому ключу.

Скопируйте все мишени в электронную таблицу и удалите дубликаты, чтобы получить мишени для лекарств. Теперь откройте базу данных генных карт и онлайн-наследование Менделя у человека, чтобы предсказать цели заболевания. Используйте аденокарциному легкого в качестве ключевого слова для получения мишеней для заболевания аденокарциномы легкого.

Загрузите электронные таблицы мишеней заболевания и удалите повторяющиеся мишени, чтобы получить мишени для аденокарциномы легкого. Создайте целевую сеть лекарственного компонента заболевания, скопировав мишени, связанные с аденокарциномой легкого, и мишени лекарств в один столбец в новой электронной таблице. Используйте функцию идентификации дубликатов данных на панели инструментов, чтобы получить мишени пересечения мишеней, связанных с аденокарциномой легкого, и мишеней, связанных с активным компонентом Trichosanthes Fritillaria Thunbergia.

Откройте Cytoscape 3.8.0. Нажмите «Файл» в строке меню и выберите «Импорт». Затем сеть из файла.

Чтобы импортировать файл электронной таблицы, оптимизируйте размер и цвет сетевых узлов с помощью строки стилей на левой панели управления. Используйте функцию анализа сети для анализа топологии сети. Нажмите на инструменты в строке меню и выберите «Проанализировать сеть».

На панели таблицы щелкните градус в строке заголовка, чтобы расположить компоненты по градусам в порядке убывания. Возьмите 10 основных компонентов и целей в качестве основных активных компонентов и основных целей. Построить сеть ИПП и провести скрининг основных белков.

Откройте строковую базу данных и вставьте текстовый список потенциальных мишеней Trichosanthes Fritillaria Thunbergia против аденокарцином легких в диалоговое окно списка имен. Затем выделяют homosapiens в организмы. Нажмите кнопку «Поиск» и выберите «Продолжить», когда результаты будут доступны, нажмите «Настройки» и отметьте высокую достоверность 0,700 В базовых настройках, в разделе «Минимальная требуемая оценка взаимодействия», в дополнительных настройках отметьте высокий уровень отключенных узлов в сети.

Затем нажмите кнопку обновления. Затем нажмите «Экспорт» в строке заголовка и загрузите короткий табличный текст отношения PPI в формате TSV. Откройте Cytoscape 3.8.0.

Нажмите на файл, выберите, импортируйте, а затем сеть из файла, чтобы импортировать файл формата TSV для визуального анализа. Используйте функцию сетевого анализатора для проведения топологического анализа. Оптимизируйте размер и цвет узлов сети с помощью панели стилей в левой панели управления.

Выполните анализ обогащения KEGG, открыв платформу Medscape, вставив список потенциальных терапевтических мишеней в текстовом формате в диалоговое окно, а затем нажав кнопку «Отправить». Отметьте Homo sapiens как во входе как виды, так и в анализе как виды, а затем нажмите кнопку пользовательского анализа. Выберите обогащение.

Отметьте только путь KEGG, а затем нажмите на анализ обогащения. Как только индикатор выполнения достигнет 100%нажмите оранжевую кнопку на странице отчета об анализе, чтобы увидеть результаты обогащения. Нажмите на все в одном zip-файле', чтобы загрузить результат обогащения, а затем откройте файл _FINAL_GO'csv в Enrichment_GO', чтобы получить результат.

Откройте R-Software и введите установочный пакет GG plot two'и библиотеку GG Plot two'в R Для установки GG plot two R пакет. Нажмите Enter, чтобы запустить программу визуализации KEGG. Чтобы определить жизнеспособность клеток, переварите логарифмические клетки фазы роста A 549 с одним миллилитром 0,25% трипсина в течение одной минуты при 37 градусах Цельсия.

Добавьте один миллилитр DMEM Complete Medium, чтобы нейтрализовать трипсин, и осторожно вдуйте его, чтобы способствовать отхождению клеток. Затем центрифугируют смесь для получения гранулы ячейки и ресуспендируют полученные ячейки, используя DMEM Complete Medium. Добавьте клеточную суспензию в гемоцитометр и подсчитайте с помощью автоматического счетчика клеток, разбавьте ее до пяти раз от 10 до четвертых клеток на миллилитр, используя полную среду DMEM Теперь растворите один грамм водного экстракта Trichosanthes Fritillaria Thunbergia в 10 миллилитрах PBS и фильтруйте его стерилизуют через фильтр 0,22 микрометра.

Разбавьте смесь до разных концентраций с помощью PBS. Насыпьте 100 микролитров разбавленных ячеек в каждую лунку 96-луночной пластины. После прилипания клеток добавьте один микролитр водных экстрактов Trichosanthes Fritillaria Thunbergia разных концентраций, чтобы отрегулировать концентрацию в каждой лунке.

Выбросьте исходную среду через 24 часа после культивирования и добавьте 100 микролитров DMEM. Основная среда для дальнейшей инкубации в течение двух часов при 37 градусах Цельсия и 5% углекислого газа. По окончании инкубации добавьте 20 микролитров раствора МТС и инкубируйте клетки еще один час.

Переложите инкубированную смесь на другую тарелку. Используя считыватель микропланшетов, измерьте поглощение на длине волны 490 нанометров и рассчитайте жизнеспособность клеток. Разбавьте логарифмическую фазу роста A 549 клеток в пять раз по 10 до пятых клеток на миллилитр.

Добавьте два миллилитра клеточной суспензии в шестилуночную пластину и выращивайте в течение 12 часов. После получения различных разведений PBS водного экстракта Trichosanthes Fritillaria Thunbergia, как показано ранее, добавьте 20 микролитров раствора PBS в холостую контрольную группу и 20 микролитров различных разведений водного экстракта Trichosanthes Fritillaria Thunbergia в другую группу концентрации. Через 24 часа вмешательства выбросьте надосадочную жидкость и трижды очистите клетки с помощью PBS.

Добавьте 250 микролитров буфера RIPA в каждую лунку и лизируйте клетки в течение 30 минут. Соберите лизат для центрифугирования и получите надосадочную жидкость. Показана сеть целевого взаимодействия лекарственного компонента Trichosanthes Fritillaria Thunbergia с аденокарциномой легкого.

В сети взаимодействия, Полученные топ-10 активных компонентов являются ключевыми активными компонентами действия Trichosanthes Fritillaria Thunbergia при лечении аденокарциномы легкого. Сеть ИПП включала 122 функциональных белка и 210 взаимоотношений. Топ-10 основных белков в основном участвуют в неоваскуляризации, пролиферации клеток, апоптозе и транспорте клеточных мембран.

Из 20 лучших путей, ранжированных KEGG, сигнальный путь PI3K-AKT, сигнальный путь Rap1, сигнальный путь фосфолипазы-D и сигнальный путь MAPK1 тесно связаны с раком легких, среди которых путь PI3K-AKT занял первое место. Экстракты Trichosanthes Fritillaria Thunbergia в концентрациях более 400 микрограммов на миллилитр могут ингибировать пролиферацию клеток, а ингибирующий эффект на клетки A-549 в концентрациях до 800 микрограммов на миллилитр был близок к половине ингибирующей концентрации. Вмешательство экстрактов Trichosanthes Fritillaria Thunbergia не вызвало существенных изменений в экспрессии белка AKT в каждой группе.

Однако экспрессия p-AKT серина-473 была ингибирована и проявляла дозозависимый эффект. Критические компоненты Trichosanthes Fritillaria Thunbergia были молекулярно состыкованы с ключевыми белками пути PI3K AKT, и результаты показали, что энергии связывания диосметина и кемпферола с AKT1 были менее минус семи, что указывает на сильную связывающую активность. Самое главное, чтобы активные ингредиенты соответствовали целям традиционной китайской медицины.

А также мишени, которые составляют ядро Network Pharmacological.