Анализ трансгенерационного эпигенетического наследования C. elegans с использованием флуоресцентного репортера и хроматиновой иммунопреципитации (ChIP)

В этом протоколе описывается РНК-интерференция и анализ ChIP для изучения эпигенетического наследования РНК-индуцированного сайленсинга и связанных с ним модификаций хроматина у C. elegans.

Исследования, проводимые в нашей лаборатории, изучают, как хроматин-ассоциированные белки, модификации гистонов и факторы пути малой РНК работают вместе в контексте развития и трансгенерационного эпигенетического наследования. Анализ наследования РНК с использованием репортера GFP стал очень мощным инструментом. В этом протоколе описывается, как стандартизировать подготовку, подсчет баллов и пассаж червей, а также подготовку образцов ChIP, что может помочь получить воспроизводимые результаты.

Одной из экспериментальных задач при изучении трансгенов, экспрессируемых зародышевой линией, является выделение эффектов в зародышевой линии животного. В настоящее время мы используем целых животных для ChIP, но в будущем мы хотели бы разработать тесты для изучения хроматина, особенно в зародышевой линии. Наша лаборатория интересуется метилированием гистонов и белками, которые распознают эти метки.

В дальнейшем мы хотели бы исследовать взаимодействие между этими считывателями хроматина и малыми путями РНК в контексте наследования РНК-интерференции в трансгенах и регуляции эндогенных последовательностей.