Приготовление одноклеточной суспензии из сонных артерий мыши для секвенирования одноклеточных клеток
19 января 2024 г.
Здесь мы опишем двухэтапный протокол клеточного пищеварения для приготовления одноклеточной суспензии сонных артерий мыши.
Низкая растворимость и более крупная клеточная дефракция являются основными трудностями диссоциации сосудистой ткани. Наш двухступенчатый метод пищеварения очень подходит для диссоциации сонной артерии и может быть использован для подготовки одиночных клеток других сосудов с незначительными изменениями, что делает его очень полезным в сердечно-сосудистых исследованиях. Этот протокол подходит для получения нескольких типов клеток в сонной артерии, и его можно легко повторить без специального оборудования.
В будущем мы планируем использовать подклассы клеток, обнаруженные с помощью секвенирования ионов отдельных клеток, для таргетной терапии сердечно-сосудистых заболеваний.
Обзор
В данном исследовании рассматриваются проблемы низкой жизнеспособности клеток и большого количества клеточного дебриса при диссоциации сосудистой ткани; для их решения представлен двухэтапный протокол переваривания клеток специально для сонных артерий мыши. Данный протокол позволяет получить суспензию одиночных клеток с высокой жизнеспособностью, которая может быть адаптирована для других сосудов, что способствует совершенствованию методов сердечно-сосудистых исследований.
Основные компоненты исследования
Область исследований
- Сердечно-сосудистые исследования
- Методы диссоциации клеток
- Одноклеточный анализ
Теоретическая часть
- Общие проблемы при диссоциации сосудистой ткани включают низкую жизнеспособность клеток и большое количество клеточного детрита.
- Эффективные методы диссоциации имеют решающее значение для изучения различных типов клеток в кровеносных сосудах.
- Предыдущие протоколы могут отличаться недостаточной адаптивностью или требовать специализированного оборудования.
Используемые методы
- Двухэтапное ферментативное расщепление клеток
- Сонные артерии мыши
- Методы фильтрации и центрифугирования
Основные результаты
- Из сонных артерий мыши было успешно выделено 176 000 отдельных клеток.
- Данный протокол позволил повысить эффективность диссоциации и жизнеспособность клеток.
- Метод неконтролируемой кластеризации позволил выявить четыре основных типа клеток в сонных артериях.
Выводы
- В исследовании представлен эффективный протокол приготовления суспензий единичных клеток из сонных артерий.
- Данная методология имеет важное значение для разработки методов таргетной терапии сердечно-сосудистых заболеваний.
Часто задаваемые вопросы
Практическая значимость для промышленности
Подготовка суспензий одиночных клеток с высокой жизнеспособностью из сонных артерий мыши позволяет проводить точное клеточное профилирование, имеющее решающее значение для валидации сердечно-сосудистых мишеней и снижения механистических рисков. Данный протокол устраняет основное узкое место в рабочих процессах секвенирования одиночных клеток сосудов, обеспечивая прогностическую достоверность на этапах раннего поиска и трансляционных исследований. Его воспроизводимость и адаптивность делают его универсальным инструментом для конвейеров исследований в области биологии сосудов.
Стратегическое применение в биофармацевтических исследованиях и разработках
Ранний поиск и валидация мишени
- Позволяет исследовать клеточную гетерогенность в сосудистых тканях для валидации мишеней.
- Способствует снижению механистических рисков, обеспечивая доступ к нескольким типам сосудистых клеток.
- Повышает прогностическую достоверность при анализе сигнальных путей и моделировании заболеваний.
Скрининг и разработка анализа
- Позволяет готовить суспензии одиночных клеток с высокой жизнеспособностью, подходящие для последующего анализа методом секвенирования единичных клеток.
- Стандартизирует процессы диссоциации и оценки жизнеспособности для получения воспроизводимых количественных результатов.
- Обеспечивает надежную оценку специфических для конкретных типов клеток ответов на скрининговых платформах.
Трансляционные и доклинические исследования
- Соответствует системам, имеющим отношение к заболеваниям, за счет охвата различных популяций сосудистых клеток.
- Обеспечивает непрерывность процесса от этапа открытия до доклинической валидации в сердечно-сосудистых исследованиях.
- Создает основу для идентификации трансляционных биомаркеров в моделях сосудистых заболеваний.
Интеграция конвейеров и рабочих процессов
Данный протокол интегрируется в континуум от этапа поиска до доклинических исследований, обеспечивая надежный анализ отдельных клеток сосудистых тканей, что способствует как валидации мишеней, так и трансляционным исследованияниям.
- Фундаментальная биология: упрощает проверку гипотез и уточнение клеточных путей в сосудистых системах.
- Скрининг: позволяет получать воспроизводимые суспензии с высокой жизнеспособностью для количественного анализа единичных клеток.
- Аналитика: предоставляет показатели жизнеспособности и концентрации клеток для сравнения условий диссоциации.
- Трансляционные исследования: обеспечивает обнаружение нескольких типов сосудистых клеток для сопоставления с биомаркерами.
- Повторное использование в организации: адаптируемый протокол для других сосудистых тканей при внесении незначительных модификаций.
Операционное и корпоративное воздействие
- Научная ценность: Повышает прогностическую достоверность и снижает неопределенность при профилировании сосудистых клеток.
- Операционная ценность: Стандартизирует процессы диссоциации и оценки жизнеспособности для масштабируемых рабочих процессов.
- Стратегическая ценность: Оптимизирует принятие решений о продолжении или прекращении исследований за счет обеспечения надежной характеристики клеток.
- Влияние на портфель: Поддерживает приоритизацию с учетом рисков в pipelines сердечно-сосудистых исследований.
Особенности реализации
- Требуется опыт в области препарирования тканей и методов ферментативной диссоциации.
- Необходимо стандартное лабораторное оборудование для перфузии, центрифугирования и подсчета клеток.
- Требуется междисциплинарная стандартизация протоколов оценки жизнеспособности и концентрации клеток.
- Метод может быть адаптирован для других сосудистых тканей путем оптимизации протокола с учетом специфических свойств ткани.
- Жизнеспособность клеток и удаление клеточного дебриса имеют решающее значение для успешного последующего секвенирования единичных клеток.
