Синтез аминокислот, модифицированных реакционноспособными карбонилами in silico, для оценки структурных эффектов с помощью моделирования молекулярной динамики

1.2K просмотров

05:57 мин.

26 апреля 2024 г.

1.2K просмотров

Rafael Pineda-Alemán¹ , Camila Cabarcas-Herrera² , Antistio Alviz-Amador³ , Humberto Pérez-Gonzalez¹ , Erika Rodríguez-Cavallo² , Darío Méndez-Cuadro¹

¹Analytical Chemistry and Biomedicine Group, Exact and Natural Sciences Faculty, University of Cartagena, ²Analytical Chemistry and Biomedicine Group, Pharmaceutical Sciences Faculty, University of Cartagena, ³Pharmacology and Therapeutics Research Group, University of Cartagena

В данной работе мы описываем протокол оптимизации и параметризации аминокислотных остатков, модифицированных реакционноспособными карбонильными формами, адаптируемыми к белковым системам. Этапы протокола включают в себя проектирование и оптимизацию структуры, назначение зарядов, построение параметров и подготовку белковых систем.