Использование модифицированных синтетических олигонуклеотидов для анализа ферментов, метаболизирующих нуклеиновые кислоты

Итак, моя исследовательская группа, мы действительно заинтересованы в ферментах, участвующих в репликации и репарации ДНК. В частности, мы изучаем ферменты экстремофильных микроорганизмов, а также патогенов, потому что хотим понять, как эти ферменты позволяют этим организмам выживать в условиях окружающей среды. Нас интересует как биологическая функция ферментов, так и биотехнологическое применение.

Итак, мы много работаем с ДНК и РНК-лигазами, и недавно мы установили роль минимального типа ДНК-лигазы, которая, по-видимому, транспортируется наружу бактериальной клетки. И мы определили, что это играет роль в образовании биопленки у патогена Neisseria gonorrhoeae. Кроме того, совместно с нашими коллегами из ArcticZymes мы охарактеризовали новую лигазу РНК-ДНК, которая способна прикреплять адаптеры ДНК к любому концу фрагмента РНК.

Поэтому наши сотрудники из ArcticZymes, которые также внесли свой вклад в этот протокол, характеризуют различные ферменты, метаболизирующие ДНК и РНК, которые имеют потенциальное применение в молекулярной биологии. Таким образом, они используют этот тип протокола в качестве первого шага к пониманию спектра активности этих ферментов и их сравнительному сравнению с тем, что уже доступно на рынке. Протокол предлагает более простую и безопасную альтернативу для анализа ферментов, метаболизирующих нуклеиновые кислоты, по сравнению с использованием субстратов, меченных радиоактивными веществами.

Флуоресцентно меченные субстраты ДНК или РНК делают наш подход более эффективным, поскольку мы можем смешивать и сочетать олигонуклеотиды для создания различных субстратов. Так что на данный момент мы действительно сосредоточены на понимании биологической функции некоторых новых нуклеаз, которые мы обнаружили в экологическом геноме Антарктики. Эти нуклеазы имеют гомологи у других экстремофильных организмов, и поэтому мы пытаемся понять, какую роль они играют в том, чтобы позволить этим микробам выжить.

Мы также очень заинтересованы в активности некоторых из наших новых ферментов на неприродных аналогах нуклеиновых кислот и их потенциальном использовании в рамках набора инструментов молекулярной биологии с неестественными субстратами ДНК и РНК.