Name: Удобный и мощный R-анализ больших наборов данных (Видео) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-11-04T13:30:00.000+00:00
Duration: 10 min 56 s
Description: Изучите удобный протокол анализа больших временных рядов в RStudio для циркадных исследований растений. Метод доступен начинающим без опыта программирования и обеспечивает воспроизводимую статистику.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

<ol><li>Yamazaki, S., Takahashi, J. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Real-time+luminescence+reporting+of+circadian+gene+expression+in+mammals%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+Enzymol%22%5BJournal%5D)">Real-time luminescence reporting of circadian gene expression in mammals.</a> Methods Enzymol. 393 (10), 288-301 (2005).</li>
<li>McClung, C. R., Xie, Q. Measurement of luciferase rhythms in plant circadian networks. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aMcClung%2C+CR+%22Circadian+Networks%22">Circadian Networks</a>. Staiger, D. , Springer. New York. 1-11 (2014).</li>
<li><a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=%22El+Temps%22">El Temps</a>. , Barcelona. (2020).</li>
<li>Abhilash, L., Sheeba, V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((RhythmicAlly%3A+Your+R+and+Shiny-based+open-source+ally+for+the+analysis+of+biological+rhythms%5BTitle%5D)+AND+%22J+Biol+Rhythms%22%5BJournal%5D)">RhythmicAlly: Your R and Shiny-based open-source ally for the analysis of biological rhythms.</a> J Biol Rhythms. 34 (5), 551-561 (2019).</li>
<li><a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=%22CAT%3A+Chronomics+Analysis+Toolkit%22">CAT: Chronomics Analysis Toolkit</a>. , University of Minnesota. (2013).</li>
<li>Geissmann, Q., Garcia Rodriguez, L., Beckwith, E. J., Gilestro, G. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Rethomics%3A+An+R+framework+to+analyse+high-throughput+behavioural+data%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+One%22%5BJournal%5D)">Rethomics: An R framework to analyse high-throughput behavioural data.</a> PLoS One. 14 (1), e0209331(2019).</li>
<li>ShinyR-DAM. v.3. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=%22GNU+General+Public+License%22">GNU General Public License</a>. , (2007).</li>
<li>Zielinski, T., Moore, A. M., Troup, E., Halliday, K. J., Millar, A. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Strengths+and+limitations+of+period+estimation+methods+for+circadian+data%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+One%22%5BJournal%5D)">Strengths and limitations of period estimation methods for circadian data.</a> PLoS One. 9 (5), e96462(2014).</li>
<li><a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=%22RStudio%3A+Integrated+Development+for+R%22">RStudio: Integrated Development for R</a>. , Boston, MA. (2020).</li>
<li><a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=%22R%3A+A+Language+and+Environment+for+Statistical+Computing.%C2%A0v.4.0.2%22">R: A Language and Environment for Statistical Computing. v.4.0.2</a>. , Vienna, Austria. (2020).</li>
<li>Wu, G., Anafi, R. C., Hughes, M. E., Kornacker, K., Hogenesch, J. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((MetaCycle%3A+An+integrated+R+package+to+evaluate+periodicity+in+large+scale+data%5BTitle%5D)+AND+%22Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">MetaCycle: An integrated R package to evaluate periodicity in large scale data.</a> Bioinformatics. 32 (21), 3351-3353 (2016).</li>
<li>Yang, R., Su, Z. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Analyzing+circadian+expression+data+by+harmonic+regression+based+on+autoregressive+spectral+estimation%5BTitle%5D)+AND+%22Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">Analyzing circadian expression data by harmonic regression based on autoregressive spectral estimation.</a> Bioinformatics. 26 (12), i168-i174 (2010).</li>
<li><a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=%22ggplot2%3A+Elegant+Graphics+for+Data+Analysis%22">ggplot2: Elegant Graphics for Data Analysis</a>. , Springer-Verlag. New York. (2016).</li>
<li><a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=%22dplyr%3A+A+Grammar+of+Data+Manipulation%22">dplyr: A Grammar of Data Manipulation</a>. v.1.0.2, (2020).</li>
<li><a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=%22magrittr%3A+A+Forward-Pipe+Operator+for+R%22">magrittr: A Forward-Pipe Operator for R</a>. v.2.0.3, (2022).</li>
<li><a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=%22stringr%3A+Simple%2C+Consistent+Wrappers+for+Common+String+Operations%22">stringr: Simple, Consistent Wrappers for Common String Operations</a>. v.1.4.0, (2019).</li>
<li>filesstrings: An R Package for File and String Manipulation. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=%22J+Open+Source+Softw%22">J Open Source Softw</a>. , (2017).</li>
<li><a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=%22R+package+%27circular%27%3A+Circular+Statistics%22">R package 'circular': Circular Statistics</a>. v.0.4-95, (2022).</li>
<li>Mazerolle, M. J. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aMazerolle%2C+MJ+%22AICcmodavg%3A+Model+Selection+and+Multimodel+Inference+Based+on+%28Q%29AIC%28c%29%22">AICcmodavg: Model Selection and Multimodel Inference Based on (Q)AIC(c)</a>. , (2023).</li>
<li>broom: Convert Statistical Objects into Tidy Tibbles. , 
 <a target="_blank" href="https://CRAN.R-project.org/package=broom">https://CRAN.R-project.org/package=broom</a> (2023).</li>
<li>Gao, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Circadian+regulation+of+the+GLYCINE-RICH+RNA-BINDING+PROTEIN+gene+by+the+master+clock+protein+CIRCADIAN+CLOCK-ASSOCIATED+1+is+important+for+plant+innate+immunity%5BTitle%5D)+AND+%22J+Exp+Bot%22%5BJournal%5D)">Circadian regulation of the GLYCINE-RICH RNA-BINDING PROTEIN gene by the master clock protein CIRCADIAN CLOCK-ASSOCIATED 1 is important for plant innate immunity.</a> J Exp Bot. 74 (3), 991-1003 (2023).</li>
<li>Gao, M., Zhang, C., Lu, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Coronatine+is+more+potent+than+jasmonates+in+regulating+clock%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Rep%22%5BJournal%5D)">Coronatine is more potent than jasmonates in regulating clock.</a> Sci Rep. 10 (1), 12862(2020).</li>
<li>Zhang, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((LUX+ARRHYTHMO+mediates+crosstalk+between+the+circadian+clock+and+defense+in+Commun%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Commun%22%5BJournal%5D)">LUX ARRHYTHMO mediates crosstalk between the circadian clock and defense in Commun.</a> Nat Commun. 10 (1), 2543(2019).</li>
<li>Straume, M., Frasier-Cadoret, S. G., Johnson, M. L. Least squares analysis of fluorescence data. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aStraume%2C+M+%22Topics+in+Fluorescence+Spectroscopy%22">Topics in Fluorescence Spectroscopy</a>. 2, Plenum. 117-240 (1991).</li>
<li>Cal-Kayitmazbatir, S., Francey, L. J., Lee, Y., Liu, A. C., Hogenesch, J. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((PSMD11+modulates+circadian+clock+function+through+PER+and+CRY+nuclear+translocation%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+One%22%5BJournal%5D)">PSMD11 modulates circadian clock function through PER and CRY nuclear translocation.</a> PLoS One. 18 (3), e0283463(2023).</li>
<li>Zhang, E. E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+genome-wide+RNAi+screen+for+modifiers+of+the+circadian+clock+in+human+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">A genome-wide RNAi screen for modifiers of the circadian clock in human cells.</a> Cell. 139 (1), 199-210 (2009).</li>
<li>Baggs, J. E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Network+features+of+the+mammalian+circadian+clock%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+Biol%22%5BJournal%5D)">Network features of the mammalian circadian clock.</a> PLoS Biol. 7 (3), e52(2009).</li>
<li>Zipfel, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Bacterial+disease+resistance+in+Arabidopsis+through+flagellin+perception%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Bacterial disease resistance in Arabidopsis through flagellin perception.</a> Nature. 428 (6984), 764-767 (2004).</li>
<li>Kunze, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+N+terminus+of+bacterial+elongation+factor+Tu+elicits+innate+immunity+in+Arabidopsis+plants%5BTitle%5D)+AND+%22Plant+Cell%22%5BJournal%5D)">The N terminus of bacterial elongation factor Tu elicits innate immunity in Arabidopsis plants.</a> Plant Cell. 16 (12), 3496-3507 (2004).</li>
<li>Fabian, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+flowering+time+regulator+FLK+controls+pathogen+defense+in+Arabidopsis+thaliana%5BTitle%5D)+AND+%22Plant+Physiol%22%5BJournal%5D)">The flowering time regulator FLK controls pathogen defense in Arabidopsis thaliana.</a> Plant Physiol. 191 (4), 2461-2474 (2023).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>R</td><td>Проект R</td><td><a href="https://www.r-project.org/">https://www.r-project.org/&nbsp; </a></td><td>Бесплатная платформа с открытым исходным кодом, которую можно скачать из интернета и использовать для написания кода, особенно для статистики.</td></tr><tr><td>Rstudio</td><td>Posit Software</td><td><a href="https://posit.co/download/rstudio-desktop/">https://posit.co/download/rstudio-desktop/&nbsp; </a></td><td>Бесплатное программное обеспечение, которое можно скачать из интернета для более удобного доступа к R.</td></tr><tr><td>MetaCycle</td><td>Ган Ву, Ксавьер Ли, Мэттью Карлуччи, Рон Анафи, Майкл Хьюз, Карл Корнакер и Джон Хогенеш</td><td><a href="https://cran.r-project.org/web/packages/MetaCycle/vignettes/implementation.html">https://cran.r-project.org/web/packages/MetaCycle/vignettes/implementation.html&nbsp; </a></td><td>Алгоритм ARSER пакета MetaCycle используется для оценки тактовых параметров, периода, фазы и амплитуды.&nbsp;</td></tr><tr><td>ggplot2</td><td>Posit Software</td><td><a href="https://cran.r-project.org/web/packages/ggplot2/index.html">https://cran.r-project.org/web/packages/ggplot2/index.html&nbsp; </a></td><td>Создаёт визуализации данных, особенно для статистической графики.</td></tr><tr><td>dplyr</td><td>Posit Software</td><td><a href="https://cran.r-project.org/web/packages/dplyr/index.html">https://cran.r-project.org/web/packages/dplyr/index.html&nbsp; </a></td><td>Фундаментальная библиотека R для эффективной обработки данных.</td></tr><tr><td>magrittr</td><td>Posit Software</td><td><a href="https://cran.r-project.org/web/packages/magrittr/index.html">https://cran.r-project.org/web/packages/magrittr/index.html&nbsp; </a></td><td>Предоставляет набор операторов для повышения читаемости кода и обеспечения более естественного потока операций с данными.</td></tr><tr><td>Stringr</td><td>Posit Software</td><td><a href="https://cran.r-project.org/web/packages/stringr/index.html">https://cran.r-project.org/web/packages/stringr/index.html&nbsp; </a></td><td>Обеспечивает последовательный, простой и удобный набор функций для работы со строками символов.</td></tr><tr><td>Строки файлов</td><td>Рори Нолан и Серджи Падилья-Парра</td><td><a href="https://cran.r-project.org/web/packages/filesstrings/index.html">https://cran.r-project.org/web/packages/filesstrings/index.html&nbsp; </a></td><td>Предоставляет удобные функции для обработки файлов и строк, особенно тех, что связаны с именами файлов и путями.</td></tr><tr><td>Циркуляр</td><td>Ульрик Лунд, Клаудио Агостинелли, Хиройоши Араи, Алессандо Гальярди, Эдуардо Гарк'юте; a-Португальский и острый; s, Димитри Джунки, Жан-Оливье Ириссон, Мэттью Почернич и Федерико Ротоло</td><td><a href="https://cran.r-project.org/web/packages/circular/index.html">https://cran.r-project.org/web/packages/circular/index.html&nbsp; </a></td><td>Обеспечивает статистический анализ и графическое представление циркулярных данных.</td></tr><tr><td>AICcmodavg</td><td>Марк Дж. Мазеролле</td><td><a href="https://cran.r-project.org/web/packages/AICcmodavg/index.html">https://cran.r-project.org/web/packages/AICcmodavg/index.html&nbsp; </a></td><td>Создаёт таблицы выбора модели на основе информационного критерия Akaike (AIC) и связанной информации.&nbsp;</td></tr><tr><td>метла</td><td>Posit Software</td><td><a href="https://cran.r-project.org/web/packages/broom/index.html">https://cran.r-project.org/web/packages/broom/index.html&nbsp; </a></td><td>Преобразует результаты различных статистических моделей и объектов в «аккуратные» тиббли (современный формат кадров данных), что облегчает работу с результатами модели, анализировку и визуализацию.</td></tr><tr><td>Автоклавная машина</td><td>Steris Amsco Eagle Century SG120 Scientific, Inc.</td><td>8901400012</td><td>Автоклавные носители</td></tr><tr><td>Вытяжка химического выпарения</td><td>Проектирование лаборатории и проектирование Supply&nbsp;</td><td></td><td>Стерилизуйте семена</td></tr><tr><td>Омега-люминесцентный читатель &nbsp;</td><td>BMG LABTECH, Inc.</td><td></td><td>Считыватель пластин</td></tr><tr><td>Ламинарный потоковый шкаф</td><td>NuAire Nu-408FM-400</td><td>Класс II/TypeA&nbsp;</td><td>Перенесите саженцы на пластину с 96 колодцями</td></tr><tr><td>Микропластины с 96 лунками</td><td>Перкин-Элмер</td><td>OptiPlate-96&nbsp;</td><td>Выращивать всходы для анализа люциферазы</td></tr><tr><td>Flg22</td><td>GenScript Inc.</td><td>RP19986</td><td>Элицитор бактериального флагеллина.&nbsp;</td></tr><tr><td>Elf26</td><td>Alpha Diagnostic Intl. Inc.</td><td>2427</td><td>Вывод бактериального перевода Фактор удлинения-Ту.</td></tr><tr><td>D-люциферин Firefly, калийная соль</td><td>Биосинтезаторная химия и Биология</td><td>L-8220</td><td>Субстрат люциферазы</td></tr><tr><td>L-012 (Люминол)</td><td>Fisher Scientific</td><td>NC0733364</td><td>Реагент для анализа ROS</td></tr></tbody></table>

Удобный и мощный r-анализ больших наборов данных

A User-friendly and Powerful R Analysis of Large-scale Datasets

Удобный и мощный R-анализ больших наборов данных

Large datasets are increasingly common in the scientific field. It is important to develop user-friendly tools to allow researchers to analyze these large ...

a-user-friendly-and-powerful-r-analysis-of-large-scale-datasets

Research

JoVE Journal

Biology

Биология

Визуальный аналитики (VA) представляет собой новый подход анализа данных в интерактивном режиме. В этом видео, мы обсуждаем проблемы перегрузки данных вызванные высокой пропускной биологические эксперименты, и предложить В.А. в качестве решения такой проблемы. Видео показывает анализ внутри и между наборами данных иммунологических использованием В. А. инструмент под названием таблицы.

Содействие Анализ иммунологических данных с визуальными Аналитические методы

Запустив Pathway Association Study Tool (PAST), либо через приложение Shiny, либо через консоль R, исследователи могут получить более глубокое понимание биологического значения результатов своего общегеномного ассоциативного исследования (GWAS), исследуя вовлеченные метаболические пути.

Инструмент исследования ассоциаций путей для анализа GWAS информации о метаболических путях

DiCoExpress - это инструмент на основе скриптов, реализованный в R для выполнения анализа RNA-Seq от контроля качества до совместной экспрессии. DiCoExpress обрабатывает полный и несбалансированный дизайн до 2 биологических факторов. Этот видеоурок проведет пользователя через различные функции DiCoExpress.

Анализ многофакторных экспериментов с РНК-Seq с помощью DiCoExpress

Эта аналитическая вычислительная платформа предоставляет практическое руководство для микробиологов, экологов и эпидемиологов, заинтересованных в бактериальной популяционной геномике. В частности, представленная здесь работа продемонстрировала, как выполнять: i) филогенное картирование иерархических генотипов; ii) частотный анализ генотипов; iii) анализ родства и клональности; iv) идентификация родословной, дифференцирующей локусы аксессуаров.

Эвристическая добыча иерархических генотипов и локусов генома аксессуаров в бактериальных популяциях

Описана процедура изучения динамики метаболизма митохондриальной ДНК (мтДНК) в клетках с использованием формата многолуночного планшета и автоматизированной иммунофлуоресцентной визуализации для обнаружения и количественной оценки синтеза и распределения мтДНК. Это может быть дополнительно использовано для исследования влияния различных ингибиторов, клеточных стрессов и подавления генов на метаболизм мтДНК.

Высокопроизводительная количественная оценка синтеза и распределения митохондриальной ДНК на основе изображений

Этот протокол помогает новичкам в биоинформатике пройти через вводный конвейер анализа CUT&amp;RUN, который позволяет пользователям завершить первоначальный анализ и проверку данных секвенирования CUT&amp;RUN. Выполнение описанных здесь этапов анализа в сочетании с аннотацией нисходящих пиков позволит пользователям получить механистическое представление о регуляции хроматина.

Вводный анализ и валидация данных секвенирования CUT&#38;RUN

Точный анализ данных многомерной микроскопии требует сложных рабочих процессов. В данной статье показано, как пользоваться программным обеспечением Cell-ACDC. Он использует современные модели на основе искусственного интеллекта для сегментации, отслеживания, анализа родословной клеток и количественной оценки данных микроскопии. Важно отметить, что он дополняет эти модели инновационной платформой для полуавтоматической коррекции выходных данных моделей.

Анализ данных многомерной микроскопии с помощью Cell-ACDC

Этот протокол позволяет проводить начальный контроль качества экспериментов с РНК-секвенированием для биологов, работающих в мокрых лабораториях с ограниченным опытом в области биоинформатики.

Rup (RNA-seq Usability Assessment Pipeline) - Контроль качества для экспериментов по объемному RNA-seq у эукариот

Крупномасштабная Экраны метагеномных библиотеки

Эндотелиальная колониеобразующих клеток-предшественников (ECFCs) являются перспективным инструментом для изучения сосудистого гомеостаза и ремонта.

Выделение и расширение добычи взрослых человеческих эндотелиальных клеток, образующих колонии Прародитель

Изучите удобный протокол анализа больших временных рядов в RStudio для циркадных исследований растений. Метод доступен начинающим без опыта программирования и обеспечивает воспроизводимую статистику.

Удобный и мощный R-анализ больших наборов данных

Больше видео