Optimized Quantitative Assessment of Enhancer RNA Stability in Mouse Embryonic Stem Cells

Jiin Moon; Hyohi Lee; Yeonju Jang; Seung-Kyoon Kim

doi:10.3791/69325

Оптимизированная количественная оценка стабильности энхансерной РНК в эмбриональных стволовых кле...

JoVE Journal
Biochemistry

A subscription to JoVE is required to view this content. Sign in or start your free trial.

JoVE Journal Biochemistry

Optimized Quantitative Assessment of Enhancer RNA Stability in Mouse Embryonic Stem Cells

Оптимизированная количественная оценка стабильности энхансерной РНК в эмбриональных стволовых клетках мышей

Full Text

425 Views

03:34 min

November 21, 2025

DOI: 10.3791/69325-v

Jiin Moon¹, Hyohi Lee¹, Yeonju Jang¹, Seung-Kyoon Kim¹

¹Department of Convergent Bioscience and Informatics, and Graduate School of Biological Sciences,Chungnam National University (CNU)

Please note that some of the translations on this page are AI generated. Click here for the English version.

Этот протокол количественно измеряет стабильность и период полураспада интергенных и интрагенных энхансерных РНК в эмбриональных стволовых клетках мышей с помощью терапии актиномицином D, RT-qPCR и нелинейного регрессионного анализа. Стратегии нормализации, специфичные для позиции, применяются для точного моделирования динамики распада eRNA в контекстно-зависимом виде.

Наша лаборатория изучает эпигенетику, сосредотачиваясь на модификации РНК и энхансерах на молекулярном уровне. Недавно мы обнаружили, что фермент РНК m5C Nsun2 регулируется внутригенным энхансером в эмбриональных стволовых клетках мышей. Для начала предварительно покройте колодцы шестиколодной клеточной культивной пластины двумя миллилитрами желатина на каждую скважину.

Инкубировать тарелки при 37 градусах Цельсия в течение 10 минут. Аспирируйте желатин из каждой колодцы, затем промыйте каждую лунку одним миллилитром PBS. Стерилизуйте тарелки, подвергая их ультрафиолетовому свету минимум на 15 минут.

View the full transcript and gain access to thousands of scientific videos

Explore More Videos

В этом месяце в JoVE выпуск 225: Интергенный энхансер интрагенный энхансер энхансер РНК (eRNA) стабильность РНК период полураспада РНК актиномицин D эмбриональные стволовые клетки (ESC)