באורגניזמים המכילים עותקים מרובים של אותו הכרומוזום, כמו נשים הנושאות X שני כרומוזומי, תהליך פיצוי גנטי חייב להתרחש בשלבי התפתחות מוקדמים. XCI או X השתקה של כרומוזום, היא התהליך שבו אחד הכרומוזומים בתא מושתק באופן אקראי למניעת ביטוי יתר של אותם הגנים. הכרומוזום המושתק נדחס למבנה קומפקטי, גופיף בָר, שאינו נגיש לשעתוק.X בסמוך לאמצע כל כרומוזום נמצא אזור שנקרא X מרכז ההשתקה של, המכיל שני רצפים משלימים לא-מקודד RNA-ל, TSIX-ו XIST המכונים, יחד עם רצפי בקרה אחרים. XCI המפעילים יוזמים את XIST על-ידי קידום שעתוק על הכרומוזום שיושתק. המתקבלות RNA מולקולות XIST-מכסות את כרומוזום ה, הכרומוזום שממנו הן נוצרו.השלב הזה מלווה בסדרת אירועים מורכבת הכוללת גיוס שותפי חלבונים, DNA-עיצוב מחדש של ה, ויצירת גופיף בר. משועתק TSIX XIST-בכיוון ההופכי ל מהכרומוזום הפעיל, XIST-ופועל לדיכוי פעילות ה על ידי קשירה משלימה. הכרומוזום המושתק בצורת גוף בר יציב מאוד במהלך חיי האורגניזם ומועבר הלאה בכל חלוקה מיטוטית של תא.לדוגמה, חתולות קליקו מקבלות את צבע הטורטישל של הפרווה שלהן עקב העובדה שאחד הגנים המקודדים לצבע הפרווה X-הוא בתאחיזה ל ומושתק אקראית בתאים באזורים שונים בגופן.