DNAアガロースゲル電気泳動

アガロースゲル電気泳動は、DNA分子をそのサイズで分離するために一般的に使用される技術です。

アガロース(紅藻類由来の多糖類)を、トリス酢酸EDTA(TAE)やトリスホウ酸EDTA(TBE)などの緩衝液に添加し、加熱して溶解します。

一般的に、1グラムのアガロースを100ミリリットルの緩衝液に溶解して1%アガロース溶液を形成しますが、用途に応じて異なる量のアガロースを添加できます。

ゲルを染色するために、臭化エチジウムなどの蛍光色素をアガロース溶液に添加することがよくあります。色素はDNA塩基の間にインターカレートし、紫外線下で蛍光を発します。

その後、溶液を水平型に流し込むことができます。コームをゲルキャストに挿入して、DNAサンプルをロードできるウェルを作成します。

アガロース溶液は、ゲルに固化するために乱されずに放置されます。

ゲルは、DNA分子が移動する多孔質マトリックスを形成する水素結合アガロース分子で構成されています。

DNAサンプルをローディングバッファーと混合し、ゲルにロードします。ローディングバッファーにはグリセロールが含まれているため、DNAサンプルの密度が増加し、ウェルの底に沈殿します。

このバッファーには、キシレンシアノールやブロモフェノールブルーなどの色素も含まれており、DNAの移動バンドの進行を監視するのに役立ちます。

電位がゲルの長さに沿って印加されると、負に帯電したDNAは正極に向かって移動し、アガロース細孔の層を通過します。

大きなDNA分子は、小さな分子よりも細孔内をゆっくりと移動するため、分子をそのサイズに応じて分離することができます。

細孔のサイズは、溶液中のアガロースの濃度によって異なります。アガロース濃度が高いほど、細孔径が小さくなり、短いDNA断片を分離するのに役立ちます。

紫外線の下では、染色されたDNA分子が蛍光バンドとして現れます。バンドの位置は、DNAラダーと呼ばれる既知のサイズのDNA断片と比較できます。

はしごのバンドは、目的のDNA分子のサイズを決定するための基準として機能します。