איתור Genogrouping של Noroviruses מ שרפרפים לילדים עד Taqman צעד אחד RT-PCR

סיכום

צעד אחד RT-PCR assay לגילוי וזיהוי genogroup של מבודד norovirus מ כיסאות ילדים, אשר מנצל primers ו בדיקות TaqMan ספציפיים מסגרת קריאה פתוחה 1 (ORF1)-ORF2 באזור צומת, האזור משומר רוב הגנום norovirus הוא תיאר. לא מסחרי, חסכונית שיטת מיצוי RNA הוא מפורט.

תקציר

Noroviruses (NoVs) הם הגורם העיקרי להתפרצויות של גסטרואנטריטיס חריפה ספורדי ברחבי העולם אצל בני אדם בכל הגילאים. הם גורם חשוב אשפוזים בילדים עם השפעה על בריאות הציבור דומה לזה של Rotavirus. NoVs הם וירוסים RNA של המגוון הגנטי גדולה ויש הופעה רצופה של זנים חדשים. חמש genogroups מוכרים: GI ו GII עם גנוטיפים רבים שלהם תת להיות החשובה ביותר עבור הדבקת בני אדם. עם זאת, האבחנה של שני גנוטיפים נותר בעייתי, עיכוב אבחון וטיפול. ^{1, 2, 3}

להפקת RNA מ דגימות צואה השיטה הנפוצה ביותר היא ערכת QIAmp נגיפי RNA מסחרי Qiagen. שיטה זו משלבת את תכונות הקישור של קרום ג'ל סיליקה, מאגרים השולטים RNases ולספק מחייב אופטימלית של רנ"א את לעמודה יחד עם מהירות של microspin. שיטה זו היא פשוטה, מהירה ואמינה והיא קאר IED מתוך מספר צעדים אשר מפורטים תיאור שמספק היצרן.

Norovirus שנייה רק ​​rotavirus כגורם השכיח ביותר של שלשול. אבחון norovirus צריך להיות זמין כל המחקרים על הפתוגנזה של שלשולים כמו גם התפרצויות או במקרים של שלשול בודדים. כיום לעומת זאת האבחנה norovirus מוגבל רק מרכזים מעטים בשל העדר שיטות פשוטות של האבחנה. זה מעכב את האבחון והטיפול ^{1, 2, 3.} בנוסף, בשל עלויות ההובלה מוסדר של מאגרים מאכל בתוך ובין מדינות להשתמש אלה ערכות מתוצרת מציב בעיות לוגיסטיות. כתוצאה מכך, בפרוטוקול זה נתאר אלטרנטיבה, כלכליים, in-house שיטה המבוססת על בום המקורי et al. שיטה ⁴ אשר משתמשת במאפייני חומצות גרעין מחייב של חלקיקי סיליקה יחד עם תכונות האנטי nuclease של thiocyanate guanidinium .

"Jove_content"> לאיתור genogrouping (GI ו GII) של מבודד NoVs של דגימות צואה, מספר RT-PCR פרוטוקולים ניצול מטרות שונות פותחו. הקונצנזוס הוא כי RT-PCR באמצעות TaqMan הכימיה תהיה הטכניקה הטובה ביותר לאבחון מולקולרי, משום שהוא משלב רגישות וספציפיות גבוהה, שחזור עם קצב העברת נתונים גבוה וקלות השימוש. כאן אנו מתארים assay מיקוד קריאה פתוחה מסגרת 1 (ORF1)-ORF2 באזור צומת; האזור משומר רוב הגנום לנובמבר ולכן המתאים ביותר לאבחון. עבור ניתוח גנטי נוסף קונבנציונלי RT-PCR, כי מטרות משתנה מאוד N-מסוף פגז מן החלבון העיקרי של capsid (אזור C), תוך שימוש primers המתוארים במקור על ידי Kojima et al. ⁵ הוא מפורט. רצף של מוצר ה-PCR מ-PCR קונבנציונאלי מאפשרת בידול של גנוטיפים השייכים GI ו genogroups GII.

פרוטוקול

1. צואה דוגמאות

1. דגימות צואה יש לאחסן קפוא לשמור על RNA. כדי להפוך את ההשעיה צואה 10%, קחו כ 0.1 גרם של דגימת צואה מופשר ושלמה מ"ל 1 עם PBS.
2. Aliquot ב μl 200 כדי למנוע הופעה חוזרת של הקפאה להפשרה. אחסן את aliquots ב -70 ° C.
3. להפשיר ו סרכזת aliquots ב ז 4000 10 דקות לפני השימוש ב החילוץ.

2. הכנת חלקיקי סיליקה להפקת עם Guanidine & סיליקה

דיון

שימוש כלכלי in-house שיטה לבידוד חומצות גרעין מ דגימות צואה, נקבל תוצאות שוות כמו המסחרי נגיפי RNA QIAmp ערכת מ Qiagen, ויחד עם TaqMan RT-PCR פותחה במעבדה שלנו אנחנו יכולים לזהות מגוון רחב של נובמבר גנוטיפים השייכים GI ו GII genogroup. פרסום האחרונות של C באזור פרוטוקול דיווחו על שיעורים genotyping של 78% ^6. מאז מגוון של זנים עכשוויים נובמבר גדל במהלך השנים האחרונות, שיעור ההצלחה תלויה על חוסר התאמה של פריימרים ב C האזור עבור דגימות נבדקות. Assay שימושי שגרתי אבחון כפי .......

חומרים

רשימת החומרים שנעשה בהם שימוש במאמר זה

שם	חברה	מספר קטלוג	הערות
שם מגיב	חברה	מספר קטלוגי	תגובות
Guanidine isothiocyanate	Sigma-Adrich	G9277
טריס HCL	Sigma-Aldrich	T5941
EDTA	Sigma-Aldrich	E5134
סיליקה	Sigma-Aldrich	S5631
טריטון X 100	BDH כימיקלים	14530
Diethylpyrocarbonate	Sigma-Aldrich	D-5758
QIAamp נגיפי RNA מיני קיט (250)	QIAGEN	52906
Quantiטק Probe RT-PCR הערכה (200)	QIAGEN	204443
Qiagen אחת RT-PCR שלב קיט (200)	QIAGEN	210212
Rnase אינהיביטור 2000 יחידות	A.Biosystems	N808-0119	2000 unids / בקבוקון
שאינו מקל Rnae ללא Microfuge צינורות	Ambion	AM12450
Ultrapure agarose 1000	Invitrogen	16550-100