A embriogênese é um processo dinâmico que é melhor estudado por meio de técnicas que permitem a documentação de mudanças no desenvolvimento in vivo. O uso de proteínas fluorescentes codificadas geneticamente tem se mostrado uma estratégia valiosa para elucidar processos morfogenéticos dinâmicos conforme ocorrem no organismo intacto. Na última década, o desenvolvimento de proteínas fluorescentes fotoativáveis e fotoconvertíveis abriu a possibilidade de investigar o destino de subpopulações discretas de proteínas marcadas1. Diferentemente das proteínas fotoativáveis, as proteínas fluorescentes fotoconvertíveis (PCFPs) podem ser facilmente rastreadas e imagiadas em seu estado de emissão nativo antes da fotoconversão, facilitando a identificação e seleção de regiões por inspeção óptica. As PCFPs, como Kaede2, KikGR3, Dendra4 e EosFP5, podem mudar de verde para vermelho após exposição à luz UV ou azul, devido a uma sequência tríplice His-Tyr-Gly que forma um cromóforo verde, o qual pode ser fotoconvertido em um vermelho por meio de uma β-eliminação catalisada por luz e subsequente extensão de um sistema π-conjugado3. As PCFPs e suas variantes monoméricas são ferramentas úteis para rastrear células6-10 e estudar a dinâmica de proteínas11-14, respectivamente. Nos últimos anos, as PCFPs têm sido expressas em diferentes modelos animais, como peixe-zebra6, galinha7,8 e camundongo9,10, para o rastreamento do destino celular. Aqui relatamos um protocolo para fotoconversão específica de células com PCFPs no embrião vivo de peixe-zebra e posterior rastreamento das proteínas fotoconvertidas em estágios mais avançados do desenvolvimento. Essa metodologia permite estudar, de maneira específica a tecidos, eventos de biologia celular subjacentes à morfogênese no modelo animal peixe-zebra.