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Biology

Une méthode hybride d'extraction d'ADN pour l'évaluation qualitative et quantitative des communautés bactériennes de la volaille Échantillons de production

doi: 10.3791/52161 Published: December 10, 2014

Abstract

L'efficacité des protocoles d'extraction d'ADN peut être très dépend à la fois du type d'échantillon objet de l'enquête et les types d'analyses effectuées en aval. Considérant que l'utilisation de nouvelles techniques d'analyse de la communauté bactérienne (par exemple, microbiomique, métagénomique) est de plus en plus répandue dans les sciences agricoles et environnementales et de nombreux échantillons de l'environnement au sein de ces disciplines peut être physiochimique et microbiologiquement uniques (par exemple, les selles et les échantillons litière / literie de le spectre de la production de volaille), les méthodes d'extraction d'ADN appropriées et efficaces doivent être choisis avec soin. Par conséquent, une méthode d'extraction d'ADN hybride roman semi-automatique a été développé spécifiquement pour une utilisation avec des échantillons de production de volaille de l'environnement. Cette méthode est une combinaison des deux types principaux de: extraction d'ADN enzymatique et mécanique. A deux étapes intense étape d'homogénéisation mécanique (en utilisant cordon de battre spécialement formulé pour enviTal échantillons) ont été ajoutés au début du procédé d'extraction d'ADN de «gold standard» enzymatique des échantillons fécaux pour améliorer l'élimination des bactéries et de l'ADN à partir de la matrice de l'échantillon et d'améliorer la récupération d'éléments à Gram positif communauté bactérienne. Une fois que la portion d'extraction enzymatique du procédé hybride a été lancé, le procédé de purification restant a été automatisé en utilisant un poste de travail robotique pour augmenter et diminuer le débit d'échantillons échantillon erreur de traitement. En comparaison avec les méthodes mécaniques et enzymatiques strictes extraction de l'ADN, cette méthode hybride roman fourni la meilleure performance globale combinée lors de l'examen quantitatif (en utilisant l'ARNr 16S qPCR) et qualitative (en utilisant microbiomique) des estimations des communautés bactériennes totales lors du traitement des excréments de volaille et des échantillons de litière .

Protocol

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1. homogénéisation mécanique de volailles de l'environnement Échantillons de production

  1. Avant l'extraction, régler un bain d'eau à 95 ° C et laisser le temps du bain d'eau pour atteindre cette température.
  2. Peser 0,33 g de sol ou de matières fécales dans un 2 ml de lyse Matrice E tube.
    1. Ne pas dépasser 0,33 g d'échantillon dans le tube, car dans ce cas les solutions suivantes pour dépasser la capacité du tube.
    2. Dégeler les échantillons congelés à RT avant la pesée.
    3. Afin d'analyser un total de 1 g de sol / matières fécales, peser 3 répliquer 0,33 g échantillons pour chaque échantillon environnementale individuelle.
    4. Conserver les échantillons à -20 ° C dans les tubes de matrice coniques avant l'extraction, si nécessaire.
  3. Ajouter 825 ul de tampon phosphate de sodium et 275 ul de solution PLS à un tube d'échantillon. Mélanger en utilisant un vortex pendant environ 15 secondes, puis centrifuger les échantillons à 14 000 xg pendant 5 min.
  4. Décanter le supernaTant et ajouter 700 ul de tampon ASL. Mélanger en utilisant un vortex pendant 5 secondes.
    1. Assurez-vous que l'espace libre est (~ 10% du volume total) disponibles dans le tube conique à ce point. Se il n'y a pas d'espace de tête, les tubes vont avoir tendance à se échapper au cours de la prochaine étape d'homogénéisation qui pourrait conduire à une contamination croisée et / ou la perte de l'échantillon.
  5. Placer les échantillons dans un 24 instrument FastPrep, et homogénéiser les échantillons à une vitesse de 6,0 m / s pendant 40 s.
  6. Centrifuger l'échantillon homogénéisé à 14 000 g pendant 5 min. Transférer le surnageant dans un 2 ml microtube stérile.
  7. Pour maximiser la récupération de l'ADN de l'échantillon, répéter les étapes 1.4 à 1.6, en combinant les surnageants dans la même stérile, 2 ml tube de microcentrifugation.

2. Inhibition enzymatique des inhibiteurs d'exemples à partir d'homogénats

NOTE: Ce protocole utilise le kit QIAamp DNA Stool Mini.

  1. Incuber lasurnageant dans un bain d'eau à 95 ° pendant 5 minutes pour maximiser la récupération d'ADN à partir des cellules restantes dans le surnageant.
    1. Incuber à 70 ° C pour la plupart des échantillons contenant des organismes à Gram négatif. Toutefois, si des organismes Gram-positifs sont présentes (ce qui est le cas de la volaille échantillons fécaux), incuber à 95 ° C.
    2. Utilisez des pinces de blocage en plastique sur les microtubes de se assurer que les tubes ne seront pas «pop» ouvert et potentiellement perdre volume de l'échantillon que la pression peut se accumuler dans ces microtubes scellés.
  2. Ouvrez chaque microtube pour relâcher la pression, re-capitalisation des microtubes et mélanger à l'aide d'un vortex pendant 15 secondes.
  3. Centrifuger l'échantillon à 14 000 g pendant 1 min, retirer 1,2 ml du surnageant et le placer dans un nouveau 2 ml microtube stérile.
  4. Ajouter une onglet Inhibitex à chaque échantillon et mélanger à l'aide d'un vortex jusqu'à l'échantillon devient un liquide uniformément blanc / blanc cassé.
    1. Évitez touching l'onglet Inhibitex en le plaçant dans le tube à centrifuger contenant l'échantillon. Pour ce faire, placez le blister contenant l'onglet directement sur le tube de microcentrifugeuse ouvert et pousser délicatement la languette sur le blister et dans le tube à centrifuger.
  5. Incuber l'échantillon pendant 1 minute à température ambiante (~ 25 ° C) et centrifuger à 14 000 xg pendant 5 min.
  6. Transférer tout le liquide à un tube de 1,5 ml microcentrifugeuse stérile et centrifuger à 14 000 g pendant 5 min.
    1. Eviter les particules restantes qui peuvent avoir culot au fond du tube de microcentrifugation à la fin de l'étape 2.5 lors du transfert du liquide.

3. automatisé de purification d'ADN Utilisation du poste de travail robotique QIAcube

REMARQUE: Le nombre de consommables en plastique, la disposition des adaptateurs échantillon de rotor dans la centrifugeuse, et les volumes requis des tampons / solutions dépendent de la numbre d'échantillons qui sont en cours d'exécution.

  1. Ajouter tubes d'élution et les tubes de filtre pour les emplacements appropriés dans les adaptateurs de rotor. Pour chaque échantillon, ajouter 400 ul de milieu de la fente de l'adaptateur de rotor. Placer les adaptateurs de rotor dans la centrifugeuse du poste de travail dans le bon arrangement en fonction du nombre d'échantillons en cours de purification.
    1. Assurez-vous que tous les couvercles de tubes à centrifuger sont correctement fixés dans l'adaptateur de rotor depuis un défaut de le faire pourrait entraîner en cisaillement lors d'une des étapes de centrifugation du protocole de purification.
  2. Ajouter le nombre requis de 1 000 pi et 200 pi-filtres conseils pour le poste de travail, et de remplir les bouteilles tampons fournis avec le volume requis de tampons.
    REMARQUE: Les tampons nécessaires pour ce protocole de purification (AL, AW1, AW2, et AE) sont tous contenus dans le kit QIAamp DNA Stool Mini. L'utilisateur doit fournir de l'éthanol à 100% ce qui est nécessaire pour la BU AWffres et comme une solution utilisée dans le procédé de purification.
  3. Ajouter le volume nécessaire de la solution fournie de protéinase K dans un tube de 1,5 ml microcentrifugeuse stérile et le placer dans la fente A sur le poste de travail. En outre, ajouter le nombre requis (égal au nombre d'échantillons purifiés) de 2 ml coffre-blocage des tubes à échantillon à centrifuger RB à la section d'agitateur de la station de travail.
    1. Veiller à ce que les couvercles des tubes échantillons sont bien placés dans les emplacements appropriés sur le poste de travail, car un échec de le faire se traduira par une erreur lorsque l'appareil numérise d'abord le poste de travail pour se assurer que tous les plastiques et liquides nécessaires sont disponibles pour la demande fonctionner.
  4. Utiliser l'écran tactile sur le poste de travail, sélectionnez l'ADN Tabouret - Tabouret humain - Protocole de détection de pathogènes, et de lire à travers les écrans qui suivent pour se assurer que le poste de travail a été chargé correctement. Une fois tous les écrans de contrôle sont passés, sélectionnez Démarrer pour exécuter ce protocole.
    1. Si extraire l'ADN de plus de 12 échantillons, commencer le processus d'homogénéisation (étape 1) pour la prochaine série d'échantillons, depuis une série de 12 échantillons prend ~ 72 min pour terminer sur le poste de travail.
  5. Retirez les échantillons des adaptateurs de rotor, plafonner eux, et le lieu de -20 ° C jusqu'à ce que nécessaire pour les analyses ultérieures en aval.
    1. À ce stade, combiner les trois purifications répétées pour un échantillon individuel (total analysé quantité = 1 g) en utilisant un système de centrifugation / base évaporation. Combiner les répétitions et ré-élution à un volume final de 100 ul de tampon Tris-EDTA.

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Representative Results

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Pour cette étude, les fientes fraîches et échantillons de litière ont été récupérés à partir d'une maison de commerce de poulets de chair (~ 25 000 oiseaux) dans le sud-est des États-Unis. Les poulets de chair (Gallus gallus) étaient Cobb-500 traverse, et ils étaient âgés de 59 jours au moment de l'échantillonnage. Échantillons de matières fécales et des litières fraîches ont été récupérés à partir de quatre domaines distincts dans la maison (près de garniture de refroidissement, à proximité des lignes abreuvoir / alimentation, entre les lignes abreuvoir / alimentation, et à proximité de ventilateurs d'extraction), et des échantillons de chacun de ces domaines figurent cinq groupée des échantillons provenant de l'intérieur de cette zone. Les échantillons provenant des quatre domaines de la maison ont été extraites et quantitativement / qualitativement analysées séparément selon le type d'échantillon (fécale ou de la litière). Les données présentées ci-dessous représentent les valeurs moyennes pour toute la maison pour les deux types d'échantillons environnementaux.

Total des abondances ADNr 16S, une estimation de la communauté bactérienne totale contenue dans un échantillon, ont été déterminées en utilisant une publication préalableprotocole ed qPCR 20, et les valeurs ont été normalisées en utilisant la quantité d'ADN récupéré de chaque méthode d'extraction (basés sur l'analyse fluorométrique précédemment décrit 21. Parmi les trois méthodes d'extraction, la figure 1 montre que la méthode mécanique toujours fourni l'abondance plus haut total bactérienne de gènes normalisée estimations pour les deux les échantillons de matières fécales et de la litière (5,85 ± 0,16 et 5,56 ± 0,08 log 10 copies ADNr 16S ng -1 ADN extrait, respectivement), tandis que, la méthode enzymatique toujours fourni les estimations les plus bas fécaux et de litière (4,83 ± 0,54 et 4,61 ± 0,13 log 10 copies ADNr 16S ng -1 ADN extrait, respectivement). La méthode d'extraction hybride roman a donné normalisées abondances ADNr 16S qui ont été jugées de manière significative (p ≤ 0,05) plus élevé que la méthode enzymatique, mais statistiquement similaire à la méthode mécanique pour les deux les échantillons de matières fécales et de la litière (5,50 ± 0,16 et5,23 ± 0,14 log 10 copies ADNr 16S ng -1 ADN extrait, respectivement). Par conséquent, les deux méthodes d'extraction mécanique et hybrides ont fourni une estimation qualitative plus grande des communautés bactériennes totales au sein de ces échantillons que la méthode enzymatique.

Afin d'évaluer qualitativement les communautés bactériennes totales de chaque type d'échantillon et de la méthode d'extraction, le workflow microbiomic tel que révisé à Navas-Molina et al. (2013) 22 a été utilisé. En bref, la région V4 du gène de l'ARNr 16S a été amplifié par PCR avec des amorces contenant des adaptateurs de séquençage MiSeq de Golay et des codes à barres et séquence sur la plate-forme Illumina MiSeq 23,24. Des données de séquençage brut a été ensuite traité dans QIIME 1.7.0-dev 25,26,27 en utilisant les paramètres par défaut. traitement des données de séquence inclus: qualité de filtrage; Regroupement OTU (ouverte référence au seuil de 97%) en utilisant UCLUST 27; Niveau de filtrage de l'abondance des OTU <0,005% 22, 31; affectation de l'aide de la taxonomie RDP classificateur contre la base de données de référence Greengenes 13_5 28; l'alignement de séquence avec pynast 29 contre le noyau Greengenes mis 28; construction de l'arbre phylogénétique utilisant FastTree 30. Le script core_diversity_analyses.py a été utilisé pour exécuter tous les indicateurs de la diversité alpha bêta et de générer toutes les parcelles, des graphiques et des statistiques à une profondeur de 7865 séquences par échantillon de séquençage.

La méthode d'extraction d'ADN choisie présentait une influence claire sur les microbiomes fécaux et de litière récupérés. À partir du niveau-phylum (tableau 1), l'ensemble des données (comptabilité pour les deux échantillons de matières fécales et de la litière) a révélé que les méthodes possédant l'étape très perturbateur d'homogénéisation (mécanique, hybride) communautés généralement cédés avec une plus grande abondance de Gram positif phylums (98,0 et 97,49%, respectivement) par rapport à la méthode enzymatique (81,74% de). Inversement, phylums Gram négatifreprésentait une plus grande partie de la communauté bactérienne globale récupéré de la méthode enzymatique (17,49%) par rapport soit aux méthodes mécaniques (1,89%) ou hybride (2,38%). Cet effet d'extraction différentielle sur les profils microbiomic globaux et la prévalence des organismes Gram-positives et gram-négatives a été effectivement démontré au niveau du genre (Figure 2) .Les méthodes mécaniques et hybrides produites profils microbiomic relativement similaires, alors que la méthode enzymatique microbiome montré une répartition différente de l'abondance relative des taxons récupéré. Par exemple, Alistipes Gram-négatives spp.in les échantillons de fèces (le bloc rouge avec le A; 7,71% de la communauté total) extraites à l'aide de la méthode enzymatique est fortement réduite dans les empreintes digitales pour les deux autres méthodes d'extraction (flèches rouges; 0,47 -0,81%), mais le Lactobacillus spp Gram-positif. (Grand bloc violet avec le L) était beaucoup plus répandue est réduite lorsqu'elle utilise l'EnzProcédé ymatic (42,71%) sous forme par rapport à des méthodes mécaniques ou hybrides (57,22% et 61,85%, respectivement). Néanmoins, alors que les abondances relatives des taxons présentaient certaines différences entre les trois méthodes d'extraction, le nombre total de taxons découverts étaient similaires pour les trois méthodes à la fois pour l'fécale (92 112 taxons) et la litière (96 des 112 taxons).

La méthode enzymatique a toujours donné communautés bactériennes avec la plus grande richesse, la diversité et la régularité (en utilisant le chao1, phylogénétique diversité, et les mesures d'équitabilité, respectivement) pour les deux échantillons de matières fécales et de la litière, la méthode mécanique montrant constamment les estimations les plus basses pour ces écologique paramètres (tableau 2). Procédé hybride constamment démontré paramètres écologiques intermédiaire aux deux autres méthodes. Statistiquement, les estimations écologiques de tous les échantillons, indépendamment de la méthode d'extraction, se sont avérés semblables, bien que la méthode enzymatiquene entraîner un sensiblement plus riche (p = 0,045) microbiome rapport à la méthode mécanique lors de l'analyse des échantillons de litière. Bien que pas d'autres différences significatives ont été trouvées entre les méthodes d'extraction, les plus grandes différences entre les paramètres écologiques ont été généralement trouvé entre la enzymatique et les méthodes mécaniques, avec la méthode hybride effectuer aussi bien aux deux autres méthodes; similaire à l'évaluation quantitative de ces méthodes d'extraction (figure 1).

Figure 1
1. Comparaison qualitative de la communauté bactérienne Figure basés sur des méthodes d'extraction d'ADN. Colonnes représentent la moyenne log 10 -transformmed ARNr 16S copies du gène tel que déterminé par qPCR normalisé contre la quantité d'ADN récupéré à partir de matières fécales (barres pleines) ou de la litière (barres pointillées) échantillon ( fondée sur la détermination fluorométrique). The méthode d'extraction d'ADN utilisée pour obtenir ces valeurs est indiquée sur l'axe des x. Les barres d'erreur représentent l'écart-type entre les quatre échantillons identiques. Pour chaque type d'échantillon (de matières fécales ou de la litière), les lettres au-dessus des colonnes représentent sensiblement différents moyens basés sur une voie ANOVA en utilisant le test de comparaison multiple de Tukey (p = 0,05).

Figure 2
Figure Genre niveau 2. Comparaison microbiomic des méthodes d'extraction d'ADN. Chaque colonne représente la communauté totale moyenne bactérienne (basé sur le gène ARNr 16S données Illumina MiSeq) des taxons récupéré pour chaque méthode d'extraction des matières fécales (trois premières colonnes) et les déchets ( trois dernières colonnes) échantillons. Chaque colonne représente la moyenne des quatre échantillons différents de zones distinctes dans le poulailler. La lettre à la base des colonnes indique l'extrméthode d'action (M = mécanique, E = enzymatique, H = hybride). Les différentes couleurs dans chaque colonne représentent l'abondance relative d'un genre au sein de la communauté dans son ensemble, et la couleur pour chaque genres est la même pour toutes les colonnes.

Tableau 1
Tableau Phylum niveau 1. comparaison microbiomic des méthodes d'extraction d'ADN. Des abondances relatives (% du total récupéré séquences) pour chaque méthode d'extraction d'ADN de la 2 Gram-positif (actinomycètes et Firmicutes) et 3 à Gram négatif (Bacteriodetes, Proteobacteria, Tenericutes) phylums récupéré de l'analyse des deux types microbiomic échantillons.

Tableau 2
Tableau 2. Des comparaisons par paires de r ichness, La diversité, et les estimations de planéité pour les trois méthodes d'extraction d'ADN basées sur la communauté bactérienne microbiomic niveau du genre analyses utilisant QIIME. Pour les deux types d'échantillons, les comparaisons par paires ont été effectuées pour les trois combinaisons possibles de la méthode d'extraction. Le total des paramètres de communauté bactérienne évaluées comprennent richesse (α-diversité sur la base de la statistique de chao1), diversité (β-diversité sur la base de la diversité phylogénétique statistique), et l'uniformité (basé sur la statistique de l'équité). Les valeurs représentent la moyenne (écart type) de quatre échantillons de la zone distinctes dans le poulailler, et d'une α = 0,05 a été utilisé pour déterminer la signification entre les comparaisons par paires. Se il vous plaît cliquer ici pour voir une version plus grande de cette table.

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Discussion

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La méthode d'extraction d'ADN utilisée effectué les estimations totales communautaires bactériennes quantitatifs et qualitatifs pour les deux échantillons de matières fécales et de la litière, supportant l'échantillon analyses nature dépendante des méthodes d'extraction d'ADN vu précédemment 1,3,6. Pour les deux échantillons de matières fécales et de la litière, l'ordre d'exécution des méthodes d'extraction d'ADN était différent pour le quantitatif (mécanique> Hybrid> enzymatique) et qualitative (enzymatique> Hybrid> mécanique) estimations totales communautaires bactériennes. Bien que le procédé hybride n'a pas produit les estimations quantitatives ou qualitatives les plus élevées, dans les deux cas, le procédé hybride produit des résultats qui étaient statistiquement similaire à la technique la plus performante de l'extraction (figure 1, tableau 2), ce qui produit la meilleure combinaison de totale qualitative et quantitative estimations communautaires bactériennes des trois méthodes d'extraction testés. Il convient de noter que NE bactérienne profil de la communautées peuvent être fortement effectués par la méthode d'extraction d'ADN, comme on le voit dans les résultats de cette étude (figure 2, tableau 1) et d'autres études antérieures utilisant des échantillons environnementaux 4,5,8,9,11,12, et ces effets différentiels peuvent fortement influencer l'analyse et l'interprétation des données de l'étude. Sachant cela, les chercheurs doivent envisager sérieusement la méthode d'extraction appropriée pour leurs types d'échantillons et les objectifs expérimentaux sur une base étude par étude.

Une étape clé de l'efficacité de la nouvelle méthode hybride est l'étape d'homogénéisation puissant pour aider grandement non seulement la libération de cellules bactériennes des complexes fécaux matrices / du sol, mais aussi de briser les parois cellulaires plus sévères de membres de la communauté à Gram positif . Les estimations quantitatives plus élevées (Figure 1) et de la proportion plus élevée de bactéries Gram-positif et Actinobacteria dans les Firmicutes microbiomes pour les deux procédés d'extraction utilisés que cette étape d'homogénéisation ( 1,2,4-6,9. Une fois que les cellules et / ou l'ADN sont dissociées / libéré de ces matrices, l'utilisation de la méthode enzymatique de «gold standard» dans le procédé hybride purifie efficacement l'ADN à partir de ces échantillons. L'inclusion de l'étape de liaison de l'inhibiteur de la méthode enzymatique dans le protocole d'extraction hybride permet un enlèvement plus efficace des inhibiteurs présents dans les échantillons de l'environnement complexes utilisés dans cette étude. Cette étape qui est absent du protocole d'extraction mécanique. Par conséquent, le procédé d'extraction de l'hybride, avec l'ajout d'une étape d'homogénéisation mécanique en liaison avec l'purificat enzymatiqueion de l'ADN libéré, est une méthode efficace pour l'évaluation des communautés bactériennes totales des échantillons de production de volaille de l'environnement.

Cette méthode, tel que décrit, contient des exigences spécifiques dont les utilisateurs doivent être conscients. La première est l'utilisation d'un homogénéisateur à haute puissance ainsi que des composants d'un kit d'extraction disponibles dans le commerce. Des études antérieures ont démontré que d'autres mesures mécanique cordon-coups ou des homogénéisateurs haute puissance améliorer l'efficacité de l'extraction de l'ADN et produisent 4,5,9; Par conséquent, un type de l'étape d'homogénéisation mécanique différent pourrait être intégré dans le procédé d'extraction de l'hybride (bien que l'utilisation d'équipement spécialisé différent peut être nécessaire). La méthode hybride décrit ici utilise également les tubes de perles-battant qui sont spécifiquement conçus pour l'homogénéisation et spécifique pour les échantillons environnementaux en raison du succès de cette matrice de lyse dans les études communautaires précédentes à partir d'échantillons de volaille 15, 31-33. Enfin, le «gold standard» enzymatique méthode d'extraction d'ADN (QIAamp Mini Kit Tabouret ADN) est nécessaire pour la purification enzymatique de l'ADN de l'échantillon dans le protocole hybride, car il a été démontré que la méthode la plus efficace d'extraction enzymatique lors de l'utilisation des échantillons fécaux 3,18,19. Bien que l'utilisation du poste de travail robotique est pas nécessaire (avec des instructions de la trousse peuvent être effectuées à la main), l'utilisation du poste de travail robotique augmente considérablement le débit, minimise les erreurs de traitement, et donc augmente la qualité de l'ADN pour une analyse ultérieure en aval 7. L'automatisation de ce type, en utilisant les kits mécaniques existants ne est pas actuellement disponible, ce qui représente un autre avantage du procédé hybride.

Actuellement, le poste de travail robotique décrites dans ce protocole est limité à traiter un maximum de 12 échantillons en 72 min, mais le travail préliminaire a montré que cette méthode fonctionne aussi bien dans le poste de tra de débit plus élevésur 96 capables de traiter des échantillons à l'intérieur de 40 min (données non présentées). D'autres essais de cette option de débit beaucoup plus élevé permettra d'améliorer grandement l'efficacité de la méthode hybride depuis plusieurs échantillons peuvent être traités d'une manière semi-automatisée dans un jour typique. En outre, les données préliminaires en utilisant cette méthode d'extraction d'ADN roman a montré qu'il est efficace pour d'autres échantillons liés volaille (par exemple, rinçages peau / plumes, rinçages de carcasses, broyats de contenu caecal) ainsi que d'autres types d'échantillons environnementaux (par exemple, les sols agricoles , les excréments de porcs, les selles de chevaux, les excréments de chèvre, les fèces bovines). Par conséquent, des études ultérieures devront déterminer l'efficacité de cette méthode hybride pour l'extraction d'ADN à partir d'échantillons environnementaux et agricoles. En outre la validation de cette méthode par des études futures serait potentiellement permettre une plus large adoption de cette méthode pour l'évaluation des communautés bactériennes totales d'une variété de paramètres agricoles et environnementaux.

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Materials

Name Company Catalog Number Comments
Lysing Matrix E tube MPBio 6914-050 Different sizes available and the last 3 numbers of the cat. No. indicate size (-050 = 50 tubes, -200 = 200 tubes, -1000 = 1,000 tubes)
Sodium Phosphate Solution MPBio 6570-205 Can be purchased individually, or also contained within the FastDNA Spin Kit for feces (Cat. No. 116570200)
PLS Buffer MPBio 6570-201
Buffer ASL (560 ml) Qiagen 19082
FastPrep 24 homogenizer MPBio 116004500 48 x 2 ml HiPrep adapter (Cat. No. 116002527) available to double throughput of mechanical homogenization step
QIAamp DNA Stool Mini Kit Qiagen 51504
QIAcube24 (110V) Qiagen 9001292 Preliminary results show that QIAcube HT (Cat. No. 9001793) can be used to improve throughput, but different consumables are required of this machine and more comparative work needs to be done.
Filter-Tips, 1,000 ml (1024) Qiagen 990352
Filter-Tips, 200 ml (1024) Qiagen 990332
QIAcube Rotor Adapters (10 x 24) Qiagen 990394 For 1.5 ml microcentrifuge tubes included with in the rotor adapter kit there is an alternative.  It is Sarstedt Micro tube 1.5 ml Safety Cap, Cat. No. 72.690
Sample Tubes RB (2 ml) Qiagen 990381 Alternative: Eppendorf Safe-Lok micro test tube, Cat. No. 022363352

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References

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Une méthode hybride d&#39;extraction d&#39;ADN pour l&#39;évaluation qualitative et quantitative des communautés bactériennes de la volaille Échantillons de production
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Rothrock Jr., M. J., Hiett, K. L., Gamble, J., Caudill, A. C., Cicconi-Hogan, K. M., Caporaso, J. G. A Hybrid DNA Extraction Method for the Qualitative and Quantitative Assessment of Bacterial Communities from Poultry Production Samples. J. Vis. Exp. (94), e52161, doi:10.3791/52161 (2014).More

Rothrock Jr., M. J., Hiett, K. L., Gamble, J., Caudill, A. C., Cicconi-Hogan, K. M., Caporaso, J. G. A Hybrid DNA Extraction Method for the Qualitative and Quantitative Assessment of Bacterial Communities from Poultry Production Samples. J. Vis. Exp. (94), e52161, doi:10.3791/52161 (2014).

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