Chromatine protocole d’immunoprécipitation (puce) pour les échantillons embryonnaires de faible abondance

Rizwan Rehimi; Michaela Bartusel; Francesca Solinas; Janine Altmüller; Alvaro Rada-Iglesias

doi:10.3791/56186

Un abonnement JoVE est requis pour visualiser ce contenu. Connectez-vous ou commencez votre période d'essai gratuite.

Article de méthode

Chromatine protocole d’immunoprécipitation (puce) pour les échantillons embryonnaires de faible abondance

15.7K vues

⸱

DOI :

10.3791/56186

⸱

29 août 2017

Rizwan Rehimi¹ , Michaela Bartusel¹ , Francesca Solinas² , Janine Altmüller² , Alvaro Rada-Iglesias¹^,³

¹Center for Molecular Medicine Cologne (CMMC), University of Cologne, ²Cologne Center for Genomics (CCG), University of Cologne, ³Cologne Excellence Cluster for Cellular Stress Responses in Aging-Associated Diseases (CECAD), Research Center and Systems Biology of Ageing Cologne, University of Cologne

Dans cet article

Résumé

Nous décrivons ici une immunoprécipitation de la chromatine (ChIP) et le protocole de préparation de bibliothèque de ChIP-seq pour générer des profils épigénomique global d’échantillons embryonnaires de poulet de faible abondance.

Résumé

Immunoprécipitation de la chromatine (ChIP) est une technique largement utilisée pour cartographier la localisation des histones modifiées post-traductionnellement, variants d’histones, facteurs de transcription ou des enzymes modifiant la chromatine à un locus donné ou sur une échelle de tout le génome. La combinaison de tests de puce avec génération de séquençage (c.-à-d., ChIP-Seq) est une approche puissante pour découvrir dans le monde des réseaux de régulation génique et améliorer l’annotation fonctionnelle des génomes, en particulier des séquences régulatrices non codantes. Puce protocoles nécessitent généralement de grandes quantités de matériel cellulaire, ce qui annule l’applicabilité de cette méthode à une enquête sur les types de cellules rares ou des biopsies tissulaires petit. Afin de rendre l’analyse de puce compatible avec la quantité de matières biologiques qui en général peuvent être obtenus in vivo au cours de l’embryogenèse précoce de vertébrés, les auteurs décrivent ici un protocole simplifié de puce dans lequel le nombre d’étapes nécessaires pour terminer le test ont été réduits pour minimiser la perte de l’échantillon. Ce protocole ChIP a été utilisé avec succès pour enquêter sur des modifications d’histone différentes dans différents poulet embryonnaire et les tissus de souris adulte moyen faible pour un nombre moyen de cellules (5 x 10⁴- 5 x 10⁵ cellules). Surtout, ce protocole est compatible avec la technologie ChIP-seq, à l’aide de méthodes de préparation de la bibliothèque standard, fournissant ainsi l’épigénomique global cartes dans les tissus embryonnaires très pertinents.

Introduction

Modifications post-traductionnelles des histones sont directement impliquées dans divers processus dépendants de chromatine, y compris la transcription, de réplication et de réparation de l’ADN pour¹^,²^,³. En outre, les modifications d’histone différents montrent positifs (par exemple, H3K4me3 et H3K27ac) ou négatif (par exemple, H3K9me3 et H3K27me3) corrélations avec l’expression du gène et peuvent être définis de façon large comme marque d’histone activant ou répressive, respectivement²^,³. Par consé....