Este protocolo demonstra como usar o software auto-CHO para a síntese hierárquica e programável de um pote de oligossacarídeos. Descreve também o procedimento geral para experimentos de determinação de RRV e glicosilação de um pote de SSEA-4.
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Artigo de método
Síntese de Oligosacárido de um pote programável e hierárquica
Neste artigo
Resumo
Resumo
Este artigo apresenta um protocolo experimental geral para a síntese programável do oligosaccharide do um-potenciômetro e demonstra como usar o software de auto-CHO para gerar soluções sintéticas potenciais. A aproximação programável do oligosaccharide do um-potenciômetro da síntese é projetada capacitar a síntese rápida do Oligosaccharide das grandes quantidades usando blocos de edifício do thioglycoside (BBLs) com a ordem sequencial apropriada de valores relativos da reactividade (RRVs). O auto-CHO é um software multi-plataforma com uma interface gráfica de usuário que fornece possíveis soluções sintéticas para síntese de oligosacárido de um pote programável, pesquisando uma biblioteca BBL (contendo cerca de 150 validadas e > 50000 BBLs virtuais) com com precisão previu RRVs por regressão vetorial de suporte. O algoritmo para síntese de um pote hierárquico foi implementado em auto-CHO e usa fragmentos gerados por reações de um pote como novos BBLs. Além disso, o auto-CHO permite aos usuários dar feedback para BBLs virtuais para manter os valiosos para uso posterior. A síntese do um-potenciômetro do antígeno embrionário estágio-específico 4 (ssea-4), que é um marcador embrionário humano pluripotente da pilha de haste, é demonstrada neste trabalho.
Introdução
Os carboidratos são onipresentes na natureza1,2, massua presença e modo de ação permanecem um territóriodesconhecido, principalmentedevido ao difícil acesso a essa classe de moléculas3. Diferentemente da síntese automatizada de oligopeptídeos e oligonucleotídeos, o desenvolvimento da síntese automatizada de oligossacarídeos continua sendo uma tarefa formidável, e o progresso tem sido relativamente lento.
Para resolver este problema, Wong et al. desenvolveram o primeiro método automatizado para a síntese de oligossacarídeos usando um programa de software progr....
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Protocolo
1. auto-CHO manipulação de software
- Instalação do Java Runtime Environment: Certifique-se de que o Java Runtime Environment (JRE) foi instalado no dispositivo. Se o JRE tiver sido instalado, vá para a próxima etapa, "inicialização do software"; caso contrário, baixe e instale o JRE de acordo com o sistema operacional do usuário encontrado em: < https://www.Oracle.com/technetwork/Java/javase/downloads/index.html >.
- Inicialização do software: acesse o site do auto-CHO em < https://sites.google.com/View/auto-Cho/Home > e baixe o software de acordo com o sistema operacional. Atualmente, o auto-CHO suporta Windows, macOS e Ubuntu. O mais recente guia do....
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Resultados
O resultado da pesquisa de CHO automático com base nas configurações de parâmetro padrão indica que SSEA-4 pode ser sintetizado por uma reação de um pote [2 + 1 + 3]. A Figura 3 mostra a captura de tela do software do resultado da pesquisa ssea-4. Quando um trisacárido reduzindo o Acceptor final é selecionado (Figura 3, rótulo 1), o programa mostra quatro soluções potenciais para a consulta. A primeira solução tem um fragmento (<.......
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Discussão
O software auto-CHO foi desenvolvido para auxiliar os químicos a prosseguir a síntese hierárquica e programável de um pote de oligossacarídeos5. Auto-CHO foi construído pela linguagem de programação Java. É um software GUI e multi-plataforma, que atualmente suporta Windows, macOS e Ubuntu. O software pode ser baixado gratuitamente para o site da auto-CHO em < https://sites.google.com/View/auto-Cho/Home >, e seu código-fonte com licença MIT pode ser acessado a partir do GitHub em < https:/github.co.......
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Divulgações
Os autores não têm nada a revelar.
Agradecimentos
Este trabalho foi apoiado pela Academia Sinica, incluindo o programa Summit, Ministério da ciência e tecnologia [MOST 104-0210-01-09-02, MOST 105-0210-01-13-01, MOST 106-0210-01-15-02], e NSF (1664283).
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Materiais
| Nome | Empresa | Número de catálogo | Comentários |
|---|---|---|---|
| Acetonitrila | Sigma-Aldrich | 75-05-8 | |
| Sulfato de magnésio anidro | Sigma-Aldrich | 7487-88-9 | |
| Molibdato de cério e amônio | TCI | C1794 | |
| Diclorometano | Sigma-Aldrich | 75-09-2 | |
| Drierite | Sigma-Aldrich | 7778-18-9 | |
| Acetato | de etilaSigma-Aldrich | 141-78-6 | |
| Metanol | Sigma-Aldrich | 67-56-1 | |
| Peneiras Moleculares 4 Å | Sigma-Aldrich | ||
| n-hexano | Sigma-Aldrich | 110-54-3 | |
| N-iodosuccinimida | Sigma-Aldrich | 516-12-1 | |
| Bicarbonato de sódio | Sigma-Aldrich | 144-55-8 | |
| Tiossulfato de sódio | Sigma-Aldrich | 10102-17-7 | |
| Tolueno | Sigma-Aldrich | 108-88-3 | |
| Ácido trifluorometanossulfônico | Sigma-Aldrich | 1493-13-6 |
Referências
- Apweiler, R., Hermjakob, H., Sharon, N. On the frequency of protein glycosylation, as deduced from analysis of the SWISS-PROT database. Biochimica Et Biophysica Acta. 1473 (1), 4-8 (1999).
- Sears, P., Wong, C. -H. Toward Automated Synthesis of Ol....
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Reimpressões e permissões
