L’isolement mitochondrial est pratiqué depuis des décennies, suivant des procédures établies par des pionniers dans les domaines de la biologie moléculaire et de la biochimie pour étudier les déficiences métaboliques et les maladies. Une qualité mitochondriale constante est nécessaire pour étudier correctement la physiologie mitochondriale et la bioénergétique ; Cependant, de nombreuses méthodes d’isolement publiées sont disponibles pour les chercheurs. Bien que différentes stratégies expérimentales nécessitent des méthodes d’isolement différentes, les principes et procédures de base sont similaires. Ce protocole détaille une méthode capable d’extraire des mitochondries bien couplées à partir de diverses sources tissulaires, y compris de petits animaux et des cellules. Les étapes décrites comprennent la dissection d’organes, la purification mitochondriale, la quantification des protéines et divers contrôles de qualité. La principale mesure de contrôle de la qualité utilisée pour identifier les mitochondries de haute qualité est le rapport de contrôle respiratoire (RCR). Le RCR est le rapport entre la fréquence respiratoire lors de la phosphorylation oxydative et la fréquence en l’absence d’ADP. D’autres indicateurs sont abordés. Bien que des valeurs RCR élevées par rapport à leur source tissulaire soient obtenues à l’aide de ce protocole, plusieurs étapes peuvent être optimisées pour répondre aux besoins individuels des chercheurs. Cette procédure est robuste et a toujours abouti à des mitochondries isolées avec des valeurs RCR supérieures à la moyenne dans les modèles animaux et les sources tissulaires.