Name: preventing contamination in microbiology labs
Uploaded: 2023-04-30T06:35:10.000Z
Duration: 10 min 48 s
Channel: JoVE

K12 Standards

new-york-state-science-learning-standards

New York State Science Learning Standards

High School

Life Science

interdependent-relationships-in-ecosystems

Interdependent Relationships in Ecosystems

HS-LS2-2.

aseptic-technique-in-environmental-science

Aseptic Technique in Environmental Science

1. Aseptik Çalışma için Hazırlık
<ol>
	<li>Aşağıdaki KKD öğelerini edinin ve uygulayın: laboratuvar önlüğü, lateks veya nitril eldivenler (yırtık veya delik içermeyen) ve koruyucu gözlükler (Şekil 1). Açık alev kullanılması durumunda güvenlik için uzun saçları arkaya bağlayın. 
	<img alt="Şekil 1" src="/files/ftp_upload/10040/10040fig1.jpg"> 
	Şekil 1: KKD: Laboratuvar önlüğü, lateks eldivenler ve koruyucu gözlükler.</li>
	<li>Aseptik tekniğin ikinci önemli yönü, laboratuvarda kullanılacak ortamın/reaktiflerin uygun şekilde sterilizasyonu ve saklanmasıdır. Uygun miktarda deiyonize suya eklenen uygun miktarda kurutulmuş baz tozu tartarak sıvı et suyu ortamını (örneğin, triptik soya suyu) ve agar bazlı ortamı (örneğin, R2A) hazırlayın. </li>
	<li>Et suyu ortamı için, tozu düşük ısı uygulanmış sıcak bir plaka üzerinde çözün ve sıvıyı 100 mL'lik hacimlerde vidalı cam şişelere veya 10 mL'lik hacimlerde cam vidalı test tüplerine dağıtın. Manyetik bir karıştırma çubuğu kullanarak, agaroz ortamını toz tamamen eriyene kadar sıcak plaka karıştırıcı üzerinde karıştırın. </li>
	<li>Kaplara otoklav bandı uygulayın ve ortamı üreticinin talimatlarına göre otoklavlayın (örn. 121 °C'de 20 dakika) (Şekil 2 ve 3). Otoklav bandı üzerindeki şeritlerin renginin beyazdan (otoklav öncesi) siyaha (otoklav sonrası) değişmesi gerektiğini unutmayın. Renk değişimi genellikle sterilizasyonun başarılı olduğunu gösterse de, otoklavlama işlemini doğrulamak için spor şerit kitleri kullanılarak sterilite kontrolleri yapılabilir. 
	<img alt="Şekil 2" src="/files/ftp_upload/10040/10040fig2.jpg"> 
	Şekil 2: Malzemeye uygulanan otoklav bandı. 
	<img alt="Şekil 3" src="/files/ftp_upload/10040/10040fig3.jpg"> 
	Şekil 3: Otoklav bandı üzerindeki şeritlerin beyazdan (otoklav öncesi) siyaha (otoklav sonrası) renk değişimine dikkat edin.</li>
	<li>Sıvı et sularını oda sıcaklığına soğutun ve ardından oda sıcaklığında veya 4 °C'de buzdolabında saklayın. </li>
	<li>Kabı ~50 °C'ye ayarlanmış bir su banyosuna yerleştirerek agaroz ortamını soğutun. Soğuduktan sonra, ortam steril Petri kaplarına dökülebilir. Ortamın soğumasına ve katılaşmasına izin verin, ardından üretici tarafından belirtilen sıcaklıklarda depolama için birleştirin.</li>
	<li>Yüksek sıcaklıklar kritik bileşenleri bozduğu için otoklavlanamayan birkaç çeşit kültür ortamı vardır. Bunların sterilize edilmesi, 0,22 μm'lik bir filtre kullanan bir vakum filtrasyon sistemi kullanılarak filtre sterilizasyonunu ve ardından uygun sıcaklıkta depolamayı gerektirir.</li>
	<li>Tezgah üzerinde çalışma yapmadan önce, uygun bir solüsyon (örn. 500 ppm çamaşır suyu) kullanarak yüzeyi dezenfekte edin. Bu, kirleticilerin çalışma yüzeyinden kültürlere ve steril ortamlara aktarılma riskini azaltır. </li>
	<li>Steril bir alan oluşturmak için bir Bunsen brülörünü açın. Metal aşılama halkalarını sterilize etmek için en uygun alev tipi, ortada kesin bir mavi koni gözlenen yoğun bir mavi alevdir (Şekil 4). 
	<img alt="Şekil 4" src="/files/ftp_upload/10040/10040fig4.jpg"> 
	Şekil 4: Kültürlenmiş bir izolatın büyümesini gösteren bir Petri plakasından, agar bazlı bir büyüme ortamı içeren başka bir aşılanmamış Petri plakasına bakteri transferi.</li>
	<li>Aşılama halkasını alevin en sıcak kısmından (mavi koninin ucu) yavaşça geçirin. Sterilizasyon amacıyla ilmek kırmızıya dönmelidir.</li>
</ol>
2. Bakteri Transferleri: Petri Plakasından Petri Plakasına
<ol>
	<li>Bakterilerin aktarılmasının bir senaryosu, kültürlenmiş bir izolatın büyümesini gösteren bir Petri plakasından, agar bazlı bir büyüme ortamı içeren başka bir steril Petri plakasına kadardır.</li>
	<li>Başlamak için, saf bakteri kültürünü içeren Petri plakasını hafifçe açın ve sıcak, sterilize edilmiş aşılama halkasını agar yüzeyine hafifçe vurun. </li>
	<li>Soğutulmuş aşılama halkasını kullanarak plakanın yüzeyinden izole edilmiş bir koloniyi alın ve Petri plakasını kapatın.</li>
	<li>Kapak hafifçe aralık bırakılmış, kültür ortamı içeren taze bir Petri plakası kullanarak izolasyon için bir çizgi gerçekleştirin. </li>
	<li>İzolasyon çizgisinin her bir kısmı için (plaka başına toplam 3), kullanımdan hemen önce aşılama halkasını alevle sterilize edin. Ayrıca, tezgah yüzeyinin kirlenmesini önlemek ve laboratuvarda daha sonra aşılama halkalarını kullanabilecek veya bunlarla temas edebilecek diğer kişileri göz önünde bulundurmak için son çizgi gerçekleştirildikten hemen sonra döngüyü alevle sterilize edin.</li>
	<li>Çizgili plakaları gece boyunca büyümek için bir kuluçka makinesine yerleştirin.</li>
</ol>
3. Bakteri Transferleri: Et Suyu Kültüründen Petri Plakasına
<ol>
	<li>Bakterilerin aktarılmasının ikinci bir senaryosu, genellikle bulanıklık ile gözlemlendiği gibi büyüme gösteren bir et suyu kültüründen, büyüme ortamı içeren steril bir Petri plakasına yapılır.</li>
	<li>Saf bakteri kültürünü içeren test tüpünün (veya şişenin) kapağını çıkarın ve kabın açıklığını alevin en sıcak kısmından 2-3 kat geçirin. Kontaminasyonu önlemek için kapağı tezgahın üzerine koymayın.</li>
	<li>Sterilize edilmiş aşılama halkasını dikkatlice tüpe/şişeye indirin ve et suyu kültürüne yerleştirmeden hemen önce soğuması için kabın kenarına hafifçe bastırın.</li>
	<li>Bir ilmek dolusu et suyu kültürünü çıkarın (Şekil 5) ve hemen kapağı değiştirin. 
	<img alt="Şekil 5" src="/files/ftp_upload/10040/10040fig5.jpg"> 
	Şekil 5: Bir döngü dolusu et suyu kültürü.</li>
	<li>Kapak hafifçe aralık bırakılmış, kültür ortamı içeren taze bir Petri plakası kullanarak izolasyon için bir çizgi gerçekleştirin. </li>
	<li>Çizginin her bir kısmı için (plaka başına toplam 3), kullanımdan hemen önce aşılama halkasını alevle sterilize edin. Ayrıca, tezgah yüzeyinin kirlenmesini önlemek ve daha sonra aşılama döngülerini kullanabilecek laboratuvardaki diğer kişileri göz önünde bulundurmak için son çizgi gerçekleştirildikten hemen sonra döngüyü alevle sterilize edin.</li>
	<li>İzolasyon için çizgili plakaları gece boyunca büyümek üzere bir inkübatöre yerleştirin.</li>
</ol>
4. Bakteri transferleri: büyüme ile petri plakasından steril sıvı ortama
<ol>
	<li>Bakterilerin aktarılmasının üçüncü bir senaryosu, izole edilmiş bir kültür çizgisi içeren bir Petri plakasından steril sıvı büyüme ortamı içeren bir tüpe / şişeye yapılır.</li>
	<li>Saf bakteri kültürünü içeren Petri plakasını hafifçe açın ve sıcak aşılama halkasını agar yüzeyine hafifçe vurarak soğutun. </li>
	<li>Soğutulmuş aşılama halkasını kullanarak plakanın yüzeyinden izole edilmiş bir koloniyi alın ve Petri plakasını kapatın.</li>
	<li>Steril sıvı büyüme ortamını içeren test tüpünden (veya şişeden) kapağı çıkarın ve kabın açıklığını alevin en sıcak kısmından 2 ila 3 kez geçirin. Kontaminasyonu önlemek için kapağı tezgahın üzerine koymayın.</li>
	<li>Ekstrakte edilen koloniyi dikkatlice sıvı et suyu ortamına indirin ve bakterileri serbest bırakmak için halkayı hafifçe çalkalayın. Kapağı hemen değiştirin.</li>
	<li>Tezgah yüzeyinin kontaminasyonunu önlemek ve daha sonra aşılama halkalarını kullanabilecek laboratuvardaki diğer kişileri göz önünde bulundurmak için aşılama döngüsünü alevle sterilize edin.</li>
	<li>Şişeyi gece boyunca büyümek için bir kuluçka makinesine yerleştirin.</li>
	<li>Şişeyi ertesi gün inkübasyondan çıkarın. Kültürü numaralandırmak için bir seyreltme serisi gerçekleştirin.</li>
	<li>Serideki seyreltmeleri agaroz kültür ortamına yerleştirin ve plakaları gece boyunca inkübe edin.</li>
	<li>Ertesi gün plakaları çıkarın ve herhangi bir kirlenme olup olmadığını gözlemleyin.</li>
</ol>
5. Bakteri Transferleri: Et Suyu Kültüründen Steril Sıvı Büyüme Ortamına
<ol>
	<li>Bakterilerin aktarılmasının dördüncü bir senaryosu, büyüme gösteren bir et suyu kültüründen steril sıvı büyüme ortamı içeren bir tüpe/şişeye kadardır.</li>
	<li>Saf bakteri kültürünü içeren test tüpünün (veya şişenin) kapağını çıkarın ve kabın ağzını alevin en sıcak kısmından iki kez geçirin. Kontaminasyonu önlemek için kapağı tezgahın üzerine koymayın.</li>
	<li>Aşılama halkasını dikkatlice tüpe/şişeye indirin ve et suyu kültürüne yerleştirmeden hemen önce soğuması için kabın yan tarafına hafifçe bastırın.</li>
	<li>Bir ilmek dolusu et suyu kültürünü çıkarın ve hemen kapağı değiştirin.</li>
	<li>Steril sıvı büyüme ortamını içeren test tüpünden (veya şişeden) kapağı çıkarın ve kabın ağzını alevin en sıcak kısmından iki kez geçirin. Kontaminasyonu önlemek için kapağı tezgahın üzerine koymayın.</li>
	<li>Ekstrakte edilen ilmeği steril sıvı et suyu ortamına dikkatlice indirin ve bakterileri serbest bırakmak için ilmeği hafifçe çalkalayın. Kapağı hemen değiştirin.</li>
	<li>Tezgah yüzeyinin kontaminasyonunu önlemek için ve daha sonra aşılama halkalarını kullanabilecek laboratuvardaki diğer kişileri göz önünde bulundurmak için aşılama döngüsünü (Şekil 6) alevle sterilize edin. 
	<img alt="Şekil 6" src="/files/ftp_upload/10040/10040fig6.jpg"> 
	Şekil 6: Bir Bunsen brülörü ile sterilize edilirken kırmızıya dönen aşılama döngüsü.</li>
	<li>Şişeyi gece boyunca büyümek için bir kuluçka makinesine yerleştirin.</li>
	<li>Şişeyi ertesi gün inkübasyondan çıkarın. Kültürü numaralandırmak için bir seyreltme serisi gerçekleştirin.</li>
	<li>Serideki seyreltmeleri agaroz kültür ortamına yerleştirin ve plakaları gece boyunca inkübe edin.</li>
	<li>Ertesi gün plakaları çıkarın ve herhangi bir kirlenme olup olmadığını gözlemleyin.</li>
</ol>

Bunsen brülörlerinin kullanılmasının yanı sıra, aseptik çalışma ortamları, steriliteyi korumak için yönlendirilmiş hava akışı ve filtreler kullanan, laminer akış davlumbazları olarak bilinen özel iş istasyonlarında da korunabilir.
Aseptik tekniğin doğru kullanımı, sahada numune alırken ve laboratuvarda ortam, reaktifler ve kültürlenmiş izolatlarla çalışırken çevresel mikrobiyologlar için hayati önem taşır. Sahadaki zayıf aseptik teknik, mikroorganizmaların teknisyenden kritik çevresel numunele...

Çevre biliminde aseptik teknik

Kaynak: Dr. Ian Pepper ve Dr. Charles Gerba'nın Laboratuvarları - Arizona Üniversitesi 
Gösteren Yazar: Luisa Ikner
Aseptik teknik, çevresel mikrobiyoloji alanında yaygın olarak uygulanan ve laboratuvarda farkındalık ve uygulama dengesi gerektiren temel bir beceridir. Bu tekniğin doğru kullanımı, reaktiflerin, kültür ortamının ve çevresel numunelerin bakteriyel veya fungal kontaminasyon olasılığını azaltır. Aseptik teknik, veri bütünlüğünü sağlamak ve çok nadir ve kültürlenmesi zor izolatlardan oluşabilecek kültür kütüphanelerinin saflığını korumak için de hayati önem taşır. Laboratuvar ortamındaki kontaminasyon kaynakları arasında havadaki mikroorganizmalar (toz ve tüy parçacıklarına yapışanlar dahil), laboratuvar tezgahı çalışma alanında veya sterilize edilmemiş cam eşya veya ekipman üzerinde bulunan mikroplar ve araştırmacının vücudundan ve saçından aktarılan mikroplar yer almaktadır. Aseptik tekniğin kullanılması aynı zamanda mikroorganizmaların araştırmacılara bulaşma potansiyelini azaltan bir güvenlik önlemidir ve bu özellikle patojenlerle çalışırken önemlidir.

Prosedürün sonucu, uygun aseptik tekniği ve zayıf aseptik tekniği göstermektedir. Şekil 7, agaroz plakaları (üst plaka: steril ortam; alt plakalar: kontamine ortam) dökülürken zayıf aseptik teknikten kaynaklanabilecek kontaminasyonu göstermektedir. 
<img alt="Figure 7" src="/files/ftp_upload/10040/10040fig7.jpg"> 
Şekil 7: Agaroz plakaları dökülürken zayıf aseptik teknikten kaynaklanabilecek kontaminasyon. Üst plaka: s...

Çevre Biliminde Aseptik Teknik

Source: Laboratories of Dr. Ian Pepper and Dr. Charles Gerba - The University of Arizona
Demonstrating Author: Luisa Ikner
Aseptic technique is a ...

Aseptik teknik, mikrobiyolojide temel bir beceridir ve çevre araştırmalarında çok önemli uygulamalara sahiptir. Mikrobiyolojik kültürler kontamine olursa, bir laboratuvarın kültürleri, özellikle de benzersiz ortamlardan gelen nadir izolatları "temizlemek" veya değiştirmek için gerekli olan zaman, işçilik ve finansal maliyetler çok yüksek ve engelleyici olabilir ve bazı numunelerin yeri doldurulamaz olabilir. Aseptik tekniklerin doğru kullanımı, reaktiflerin, kültür ortamlarının ve çevresel numunelerin bakteriyel ve fungal kontaminasyon olasılığını azaltır ve ayrıca numuneler arasında çapraz kontaminasyonu önler. Aynı zamanda, mikropların deneyciye potansiyel bulaşmasını azaltan bir güvenlik önlemidir ve bu, patojenlerle çalışırken özellikle önemlidir. Bu videoda asepsi prensipleri tanıtılacaktır; steril reaktifleri ve kültürleri korumak için birkaç önemli teknik; ve son olarak, çevre bilimindeki kullanımlarından bazıları. Aseptik tekniklerin kullanılmasının amacı, biyolojik numunelerin kontaminasyonunu en aza indirmek için steril bir çalışma ortamı, ekipman ve reaktifler oluşturmak ve sürdürmektir. Yaygın kontaminasyon kaynakları arasında havadaki mikroorganizmalar, laboratuvar tezgahında veya ekipmanında bulunan mikroplar ve araştırmacının saçından, vücudundan ve giysilerinden gelenler bulunur. Laboratuvarda kontaminasyonun giderilmesi veya önlenmesi için iki tür ajan merkezi öneme sahiptir: dezenfektan, kimyasallar ve ısı. Aseptik çalışmaya başlamadan önce ekipmanı, çalışma yüzeylerini ve deneycilerin eldivenlerini dezenfekte etmek için genellikle %70 etanol ve seyreltik ağartıcı gibi çözeltiler kullanılır. Aynı zamanda, aletler, cam eşyalar ve sıvı ortamlar üzerindeki veya içindeki mikroplar, yüksek sıcaklıkta basınçlı buhara maruz kalarak içeriği sterilize eden bir oda olan bir otoklavda ısıyla öldürülebilir. Ek olarak, yayılmış kaplama için kullanılan cam çubuklar ve metal aşılama halkaları gibi aletler, Bunsen brülörü gibi bir alev kaynağı kullanılarak ısıyla sterilize edilebilir. Bir alev kaynağının kullanılması aynı zamanda aseptik bir çalışma ortamı oluşturmanın en yaygın yollarından biridir. Alevden gelen ısı, hava konveksiyonuna neden olur, havadaki kirleticileri brülörün çevresinden uzaklaştıran bir yukarı hava akımı oluşturur ve aseptik deneysel çalışmaların yürütülmesi için "steril bir alan" oluşturur. Artık aseptik tekniklerin arkasındaki ilkeleri ve neden önemli olduklarını anladığınıza göre, aseptik bir çalışma ortamı oluşturmak, steril büyüme ortamı oluşturmak ve bakterileri farklı kültür koşulları arasında aseptik olarak aktarmak için bir protokol gözden geçirelim. Aseptik çalışmaya başlamadan önce, deneycinin uygun kişisel koruyucu ekipman veya KKD giymesi önemlidir. Bunun amacı hem deneycinin numuneleri ve laboratuvar kültürlerini kontamine etmesini önlemek, hem de potansiyel olarak patojenik mikropların araştırmacıya transferini önlemektir. KKD ürünleri arasında laboratuvar önlüğü, eldiven ve koruyucu gözlük bulunur. Bir sonraki adım, mikrobiyal numunelerin kültürlenmesi için kullanılacak büyüme ortamının uygun şekilde sterilize edilmesi ve saklanmasıdır. İlk olarak, uygun miktarda katı ortam bileşenini tartın ve bunları, otoklavlanabilir bir kapta deiyonize su gibi üretici tarafından belirtilen uygun hacimde sıvı çözücüye ekleyin, Manyetik bir karıştırma çubuğu ekleyin, kabı bir sıcak plaka karıştırıcı üzerine yerleştirin ve katı ortam bileşenlerini düşük ısı ve karıştırma ile çözün. Orta boy kapları kapatın. Vidalı kapaklı bir cam kap kullanıyorsanız, kapların içindeki hava otoklavlama sırasında ısınma nedeniyle genişleyeceğinden ve dışarı çıkması gerektiğinden, kapağı tamamen sıkmadığınızdan emin olun. Kaçış olmadan, gaz geminin yırtılmasına neden olabilir. Kapların üzerine bir parça otoklav bandı koyun ve ortamı üreticinin talimatlarına göre, örneğin 121 ° C'de 20 dakika gibi otoklavlayın. Otoklavlamadan sonra, otoklav bantları üzerindeki şeritlerin siyaha döndüğünü ve uygun sıcaklığa ulaşıldığını gösterdiğini doğrulayın. Sıvı büyüme ortamları için, oda sıcaklığına soğumaya bırakın ve uygun şekilde oda sıcaklığında veya buzdolabında saklayın. Agar bazlı katı büyüme ortamı için, yaklaşık 50 ° C'ye kadar soğumalarını bekleyin. C, daha sonra steril Petri kaplarına dökün. Uygun sıcaklıkta saklamadan önce agarın soğumasını ve katılaşmasını bekleyin. Isıya duyarlı bileşenlerin varlığı nedeniyle otoklavlanamayan ortamlar için, filtre 0,22 μm'lik bir filtre kullanılarak sterilize edilir. Mikrobiyolojik çalışmalarda temel bir teknik, bakteri kültürlerini hem katı hem de sıvı olmak üzere farklı büyüme ortamları arasında aseptik olarak transfer etmektir. Başlamadan önce laboratuvar tezgahı yüzeyini bir dezenfektanla temizleyin. Bu, kültürlerin veya steril ortamların kontamine olma riskini azaltır. Bakteri kültürlerinin aktarılması genellikle, kullanımdan önce bir alevde ısıtılarak sterilize edilmesi gereken aşılama halkası adı verilen bir alet kullanır. Bir alev kaynağını açın. Aşılama halkasını alevin ucundan yavaşça geçirin. Döngü kırmızıya dönecektir. Bir bakteri kolonisini katı bir agar plakasından aktarmak için, Petri plakasını hafifçe açın ve bakterilerin ısıyla öldürmesini önlemek için sıcak aşılama halkasını agar yüzeyinin boş bir kısmına hafifçe vurun. Aşılama halkası ile tek bir koloniyi kazıyın ve plakayı kapatın. Bakterileri sıvı bir büyüme ortamından aktarmak için, kapağı kültür kabından çıkarın. Kontaminasyonu önlemeye yardımcı olmak için, kapağı tezgahın üzerine koymaktan kaçının. Kabın ağzını 2-3 kez alevin en sıcak kısmından geçirin. Ardından, sıcak, sterilize edilmiş aşılama halkasını kabın içine dikkatlice dokundurun ve et suyu kültürüne yerleştirmeden önce soğumasını bekleyin. Kültürün bir ilmeğini çıkarın ve hemen kapağı kapatın. Elde edilen bakterileri steril bir büyüme ortamına aktarmak için, steril et suyu ile bir kaptan kapağı çıkarın ve kabın ağzını 2-3 kez alevden geçirin. Ardından, aşılama halkasını dikkatlice ortama indirin ve bakterileri serbest bırakmak için hafifçe çalkalayın. Hemen kapağı kapatın. Kullandıktan sonra aşılama döngüsünü sterilize edin. Bakterileri steril bir agar plakasına aktarıyorsanız, aşılanmamış agar içeren taze bir Petri plakasının kapağını açın. Bakteri kültürü ile aşılama döngüsünü, agarın bir sektörü boyunca ileri geri hareket ettirin. İlmeği sterilize edin ve agarın boş bir kısmına dokunarak soğutun, ardından agar üzerinde ilk çizgiye geniş bir açıyla başka bir çizgi yapın, ilk 1-2 vuruşta ilk çizgiyi geçtiğinizden emin olun, ancak sonraki vuruşlarda ilk çizgiye dokunmaktan kaçının. Sterilizasyonu ve çizgiyi 2 kez daha tekrarlayın. Petri plakasını kapatın ve aşılama döngüsünü sterilize edin. Aşılandıktan sonra, et suyu veya agar plakası daha sonra canlı kültür elde etmek için verilen mikroorganizma için ideal büyüme sıcaklığında inkübe edilmelidir. Katı ortamda, ilk iki çizginin kapladığı agar üzerinde bir çim veya sürekli bakteri ipliği görülebilir, ancak son çizgide bireysel koloniler elde edilmelidir. Kötü aseptik teknikler, plaka üzerinde küf ve diğer kirleticilerin büyümesine neden olur. Aseptik teknikler, çevreden alınan mikrobiyal numuneleri içeren birçok deneyde önemlidir. Bu çalışmada araştırmacılar, bakterileri enfekte eden virüsler olan bakteriyofajları, yaygın toprak bakterisi Arthrobacter'den izole ettiler. Arthrobacter kültürleri ilk olarak aseptik koşullar altında büyütüldü. Toprak örnekleri daha sonra faj tamponunda yıkandı ve süzüldü ve faj çözeltisi bakteri kültürü ile karıştırıldı ve agar plakaları üzerine kaplandı. Plaka üzerinde bir bakteri çimi oluşacaktı, ancak virüsün bakterileri enfekte ettiği ve öldürdüğü noktalarda açıklıklar veya "plaklar" olacaktı. Faj daha sonra daha fazla çalışma için bu plaklardan saflaştırılabilir. Bunsen brülörlerinin kullanılmasının yanı sıra, aseptik çalışma ortamları, steriliteyi korumak için yönlendirilmiş hava akışı ve filtreler kullanan laminer akış davlumbazları olarak bilinen özel iş istasyonlarında da korunabilir. Burada bilim adamları, potansiyel patojenik bakteri ve virüsleri su örneklerinden izole etmek için bir akış başlığında çalıştılar. Bu izolatlar daha sonra amiplerle birlikte kültürlendi. Amipler normalde bakterileri yedikleri veya "fagositoz" ettikleri için, amip sindirimine direnebilen ve bu organizmalarda kalabilen herhangi bir bakteri de insan hücrelerinde potansiyel olarak canlı kalabilir ve hastalıklara neden olabilir. Son olarak, steril koşullar, baklagil bitkilerinde kök nodüllerinin oluşumu gibi ekolojik mekanizmaların ayrıntılı çalışmasına izin verir - atmosferik nitrojeni bitki tarafından büyüme için kullanılan amonyağa "sabitleyen" bakteri dolu organlar. Buradaki araştırmacılar, bitki büyüme ortamı ile çentikli Petri plakaları kullanarak nodülasyon sürecini incelemek için "mikrokozmoslar" oluşturdular, bunlara fideleri yerleştirdiler ve fideleri nodül oluşturan rizobiyal bakterilerle aşıladılar. Akış davlumbazının aseptik ortamı, kültürlerin diğer bakteri veya mantarlarla kontaminasyonunu önler. Az önce JoVE'nin çevre bilimindeki aseptik teknikler hakkındaki videosunu izlediniz. Artık aseptik çalışma koşullarının neden önemli olduğunu anlamalısınız; mikrobiyolojik deneylerin aseptik olarak nasıl yapılacağı; ve aseptik tekniklerin çevre araştırmalarına bazı uygulamaları. Her zaman olduğu gibi, izlediğiniz için teşekkürler!

Education

JoVE Science Education

Environmental Sciences

Çevre Bilimleri

Environmental Microbiology

Çevresel Mikrobiyoloji

preventing contamination in microbiology labs

Aseptic technique helps prevent contamination in environmental microbiology labs. It is a careful lab skill that takes practice and attention. When used correctly, it lowers the chance that bacteria or fungi will contaminate reagents, culture media, or environmental samples.

This technique also protects data quality. Keeping samples and cultures clean helps preserve the purity of culture libraries, including rare isolates that are difficult to grow. In this way, aseptic technique supports reliable results in environmental science labs.

Contamination can come from several places in the lab. Airborne microorganisms can ride on dust and lint particles. Microbes can also be present on the lab bench, on unsterilized glassware or equipment, and on the body or hair of the researcher.

Aseptic technique is also a safety measure. It reduces the chance that microorganisms will be passed to researchers, which matters even more when working with pathogens.

Preventing Contamination in Microbiology Labs

preventing-contamination-in-microbiology-labs

determination of moisture content in soil

determination-of-moisture-content-in-soil

Soil Pore Space and Water Content

Soil pore space holds water and air. Soil moisture content is the amount of water present in soil. This water sits in the spaces between soil aggregates and inside the aggregates themselves. These spaces are called inter-aggregate pore space and intra-aggregate pore space. In normal soil, pore space is usually filled by air, water, or both. If the pores contain only air, the soil is completely dry. If the pores are filled with water, the soil is saturated.

aseptic technique in environmental science

Aseptic technique helps prevent contamination in environmental microbiology labs. It is a careful lab skill that takes practice and attention. When used correctly, it lowers the chance that bacteria or fungi will contaminate reagents, culture media, or environmental samples. This technique also protects data quality. Keeping samples and cultures clean helps preserve the purity of culture libraries, including rare isolates that are difficult to grow. In this way, aseptic technique supports...

gram staining of bacteria from environmental sources

gram-staining-of-bacteria-from-environmental-sources

Visualizing Environmental Bacteria with Gram Stain

Gram staining helps scientists visualize bacteria collected from environmental sources. It is a fast, practical method for sorting culturable bacterial populations of interest. For environmental microbiologists, this can be useful whether the sample comes from a known isolate in the lab or from soil or water collected in the field. Environmental microbiology includes many kinds of research, from bench-scale work to field sampling. Soil and water samples often contain unknown bacterial...

visualizing soil microorganisms via the contact slide assay and microscopy

visualizing-soil-microorganisms-via-contact-slide-assay

Soil Life, Microbes, and the Rhizosphere

Soil is the thin layer at Earth’s surface that supports life. It contains both abiotic factors, which are nonliving parts, and biotic factors, which are living or once-living parts. The abiotic portion includes inorganic particles of different sizes and shapes that help determine soil texture. The biotic portion of soil includes plant residues, roots, organic matter, and microorganisms. Soil is especially rich in microbes. One gram of soil can contain large numbers of bacteria, actinomycetes,...

filamentous fungi

Fungi in Soil and Nutrient Cycling

Fungi are heterotrophic eukaryotic organisms that play an important role in soil. With the exception of yeasts, they are aerobic, which means they use oxygen. They are abundant in surface soils and help break down organic matter and some organic contaminants. These organisms also support nutrient cycling in the environment. White rot fungi, such as Phanerochaete chrysosporium, are a well-known example. They can degrade aromatics, which are ring-shaped organic compounds found in many materials.

community dna extraction from bacterial colonies

community-dna-extraction-from-bacterial-colonies

Soil Microbe Study Using Community DNA

Community DNA from soil helps scientists study microbial communities without relying only on culture tests. Traditional methods use dilution and plating on selective or differential media, or they use direct count assays. Direct counts show the total number of bacteria present, but they do not show how many populations are in the community or how diverse those populations are. Plate counts can measure total culturable bacteria or selected culturable groups. That makes them useful for comparing...

detecting environmental microorganisms with the polymerase chain reaction and gel electrophoresis

detecting-environmental-microorganisms-with-polymerase-chain-reaction

PCR for Tracking Microbes in Soil and Water

PCR is used to track microorganisms in soil, water, and air samples by detecting their DNA. The technique copies a specific DNA segment, which helps identify target microbes at the species, strain, and serovar or pathovar level. It can also help describe whole microbial communities in a sample. Culture-based methods are still used to detect microorganisms in environmental samples. These methods grow microbes on special media in the lab. They are useful, but they can miss microbes that are...

rna analysis of environmental samples using rt-pcr

rna-analysis-of-environmental-samples-using-rt-pcr

RT-PCR for Detecting RNA in Samples

RT-PCR is used to detect RNA in environmental samples by first converting RNA into DNA. It follows the same temperature-cycling steps as conventional PCR, but it begins with ribonucleic acid (RNA) instead of deoxyribonucleic acid (DNA). The RNA is turned into complementary DNA, or cDNA, so DNA-based tools can be used to study it. This method is important for finding RNA-based organisms in soil, water, and agricultural samples. Many viruses in the environment use RNA as their genetic material.

quantifying environmental microorganisms and viruses using qpcr

quantifying-environmental-microorganisms-and-viruses-using-qpcr

qPCR for Detecting Waterborne Viruses

Quantitative polymerase chain reaction (qPCR), also called real-time PCR, is a molecular method used to measure microorganisms in environmental samples. It helps researchers estimate how much microbial material is present, including disease-causing pathogens. This makes qPCR useful in environmental microbiology when samples need accurate counts. Before qPCR, scientists mainly relied on culture-based methods to quantify microbes. Those methods can be difficult to use with environmental samples.

water quality analysis via indicator organisms

water-quality-analysis-via-indicator-organisms

Indicator Organisms for Safe Water Testing

Water quality analysis can use indicator organisms to check for contamination in a fast and practical way. It helps monitor pollutants, nutrients, pathogens, and other substances that can affect water as a resource. When water is affected by human activity, its integrity can change. Fecal contamination is especially important because it can introduce microbial pathogens. These pathogens can threaten plant, animal, and human health and lead to disease or illness. As water demand increases and...

isolation of fecal bacteria from water samples by filtration

isolation-of-fecal-bacteria-from-water-samples-by-filtration

Coliform Testing in Water Safety Monitoring

Coliform testing helps monitor water safety in agricultural, recreational, and domestic settings. It is used because contaminated water can spread waterborne disease to people and animals. The microorganisms linked to these outbreaks include parasites, bacteria, and viruses. They are shed in high numbers in the feces of infected hosts. Infection can then spread by the fecal-oral route when a person ingests contaminated water. Testing every possible pathogen in water is not practical or...

detection of bacteriophages in environmental samples

detection-of-bacteriophages-in-environmental-samples

Bacteriophages and Coliphages in Wastewater

Bacteriophages are viruses that infect bacteria, and coliphages are the ones that infect coliform bacteria. These viruses can be found wherever coliform bacteria are present. The page focuses on how these phages relate to environmental samples, especially domestic wastewater. Viruses are a special group of biological entities that can infect both eukaryotic and prokaryotic organisms. They are obligate parasites, which means they must use a host cell to make more virus particles. They have no...

culturing and enumerating bacteria from soil samples

culturing-and-enumerating-bacteria-from-soil-samples

Soil Bacteria and Actinomycete Plating

Soil bacteria can be counted and grown using dilution and plating methods. Surface soils contain inorganic and organic particles that form secondary aggregates. The spaces between these aggregates hold air and water. That mix creates a good habitat for bacteria, and soil often contains more than 1 million bacteria per gram. Bacteria are the simplest microorganisms and are known as prokaryotes. A special group within this group is the actinomycetes. Actinomycetes are bacteria with a filamentous...

bacterial growth curve analysis and its environmental applications

bacterial-growth-curve-analysis-and-its-environmental-applications

Tracking Bacterial Growth in Pure Culture

Bacterial growth in pure culture shows how one species increases under controlled laboratory conditions. Pure culture means that only one type of bacterium is being studied. Because bacteria grow quickly, their cell numbers can rise sharply in a short time. Scientists measure how the bacterial population changes over time to create a growth curve. This curve helps show the rate of growth for the isolate being tested. It is a useful way to study bacteria in the lab instead of mixing many...

algae enumeration via culturable methodology

algae-enumeration-via-culturable-methodology

Counting Algae in Soil and Water Samples

Algae can be counted in soil and water samples using a culture-based most probable number (MPN) method. These microorganisms share one key trait: they contain photosynthetic pigments. The method helps measure algae that may grow in swimming pools, surface waters, and soils. Algae can create problems in lakes and reservoirs when blooms release toxins. They are also important in biofuel research because some species are being explored as energy sources. Blue-green algae are actually bacteria...

environmental microbiology

Bu koleksiyon, çevredeki mikrobiyal topluluklara ve ekosistemlerdeki rollerine bir giriş sağlamaktadır; ve ayrıca çevresel mikrobiyolojiyi incelemek için yaygın olarak kullanılan yöntemleri içermektedir.

Learn how aseptic technique helps prevent contamination in environmental microbiology labs, protect culture purity, and improve safety when working with microbes.

Preventing Contamination in Microbiology Labs | JoVE K12

Natural Selection and Evolution

HS-LS4-5.

Overview

Principles of Aseptic Technique

Preparation for Aseptic Work

Aseptic Transfer of Bacteria Between Liquid Media and Petri Plates

Applications

Summary

What is Central Tendency?

Descriptive statistics describe or summarize relevant characteristics of a sample and aid in the analysis of data of interest. When analyzing large ...

Arithmetic Mean

The arithmetic mean is the most commonly used measure of the central tendency of a data set. It is defined as the sum of all the elements constituting the ...

Geometric Mean

The mean is a measure of the central tendency of a data set. In some data sets, the data is inherently multiplicative, and the arithmetic mean is not ...

Harmonic Mean

The arithmetic mean is usually skewed towards the larger values in the data set. Therefore, to avoid this inherent bias towards smaller values, the ...

Trimmed Mean

While measuring the mean of a data set, care needs to be taken when associating the mean to its central tendency. The same goes for the arithmetic mean, ...

Weighted Mean

While taking the arithmetic, geometric, or harmonic mean of a sample data set, equal importance is assigned to all the data points. However, all the ...

Root Mean Square

If in an experiment, data values have a probability of being both positive and negative, neither the arithmetic mean, the geometric mean, nor the harmonic ...

What is a Mode?

The mode is one of the commonly used measures of a central tendency. It is defined as the most frequent value in a data set.
There can be more than one ...

Median

Besides mean, the median is a widely used measure of central tendency. Typically, median is defined as the central or middle value of a data set, measured ...

Multiple Bar Graph

As the name suggests, a multiple bar graph is the same as a bar graph but has multiple bars to depict relationships between different data values. One can ...

Pareto Chart

A Pareto chart is a bar graph or a combination of both line and bar graphs. The bar lengths represent the individual values or the frequency, while the ...

Pie Chart

A pie chart (or a pie graph) is a circular graphical chart or a pictorial representation of categorical data. It is divided into slices of pie each ...

Community Diversity

Populations do not live in isolation; thus, every population interacts with others in certain ways. These interactions give rise to a network of ...

What is Biodiversity?

Biodiversity describes the variety of living things at multiple organizational levels: genetic, species and ecosystem diversity. Species diversity ...

Measuring Biodiversity

Diverse ecosystems are important for the health of the planet and our survival as humans; it is therefore incredibly important for us to understand and ...

Quadrats and Transects Preparation
ExpandStart by tying a knot at the beginning, end and every 5 feet of six 20-foot pieces of rope.
Then, identify three ...

Quadrats and Transects
ExpandIn this activity, you will be using quadrats along transect lines to take biodiversity measurements of the plant species in ...

What are Populations and Communities?

Populations are groups of individuals of the same species that inhabit a shared environment. Communities include multiple co-existing, interacting ...

What is an Ecosystem?

Overview

An ecosystem is the interaction between all abiotic and biotic factors in an environment and can be classified as terrestrial or aquatic. ...

Population Growth

Population Models
An ecological population is a group of individuals of a single species living in an area at the same time. To persist, a population must ...

Species Distribution and Biogeography

Species Distribution

Biogeography is the study of species distribution across geographic space and the processes that shape these distributions. This ...

Threats to Biodiversity

There have been five major extinction events throughout geological history, resulting in the elimination of biodiversity, followed by a rebound of species ...

What is Conservation Biology?

Conservation biology is a scientific field that focuses on the preservation of biodiversity in order to protect ecosystems while meeting the needs of the ...

Algae Enumeration via Culturable Methodology

Source: Laboratories of Dr. Ian Pepper and Dr. Charles Gerba - The University of Arizona
Demonstrating Author: Bradley Schmitz
Algae are a highly ...

an-introduction-to-the-chick-gallus-gallus-domesticus

An Introduction to the Chick: Gallus gallus domesticus

The chicken embryo (Gallus gallus domesticus) is an extremely valuable model organism for research in developmental biology, in part because most of their ...

an-introduction-to-the-laboratory-mouse-mus-musculus

An Introduction to the Laboratory Mouse: Mus musculus

Mice (Mus musculus) are an important research tool for modeling human disease progression and development in the lab. Despite differences in their size ...

an-introduction-to-the-zebrafish-danio-rerio

An Introduction to the Zebrafish: Danio rerio

Zebrafish (Danio rerio) are small freshwater fish that are used as model organisms for biomedical research. The many strengths of these fish include their ...

determination-of-nox-in-automobile-exhaust-using-uv-vis-spectroscopy

Determination Of NOx in Automobile Exhaust Using UV-VIS Spectroscopy

Source: Laboratories of Margaret Workman and Kimberly Frye - Depaul University
In the troposphere, ozone is naturally formed when sunlight splits nitrogen ...

analysis-of-earthworm-populations-in-soil

Analysis of Earthworm Populations in Soil

Source: Laboratories of Margaret Workman and Kimberly Frye - Depaul University
Using mustard, Lumbricus terrestris earthworm populations can be sampled ...

Dissolved Oxygen in Surface Water

Source: Laboratories of Margaret Workman and Kimberly Frye - Depaul University
Dissolved oxygen (DO) measurements calculate the amount of gaseous oxygen ...

Drosophila Maintenance

Drosophila melanogaster, commonly known as fruit flies, are a frequently used model organism for life science research. Although starting a collection of ...

Bacterial Growth Curve Analysis and its Environmental Applications

Source: Laboratories of Dr. Ian Pepper and Dr. Charles Gerba - The University of Arizona
Demonstrating Author: Luisa Ikner
Bacteria are among the most ...

drosophila-melanogaster-embryo-and-larva-harvesting-and-preparation

Drosophila melanogaster Embryo and Larva Harvesting and Preparation

Drosophila melanogaster embryos and larvae are easy to manipulate and develop rapidly by mechanisms that are analogous to other organisms, including ...

Bacterial Transformation: Electroporation

The term &#x201C;transformation&#x201D; refers cellular ingestion of foreign DNA.  In nature, transformation can occur in certain types of bacteria.  In ...

Filamentous Fungi

Source: Laboratories of Dr. Ian Pepper and Dr. Charles Gerba - The University of Arizona
Demonstrating Author: Bradley Schmitz
Fungi are heterotrophic ...

bacterial-transformation-the-heat-shock-method

Bacterial Transformation: The Heat Shock Method

Transformation is the process that occurs when a cell ingests foreign DNA from its surroundings. Transformation can occur in nature in certain types of ...

Introduction to the Spectrophotometer

The spectrophotometer is a routinely used instrument in scientific research.  Spectrophotometry is the quantitative measurement of how much a chemical ...

Basic Mouse Care and Maintenance

Mice (Mus musculus) are small rodents that breed and sexually mature quickly, making them perfectly suited to generating large animal colonies for ...

Isolation of Fecal Bacteria from Water Samples by Filtration

Source: Laboratories of Dr. Ian Pepper and Dr. Charles Gerba - The University of Arizona
Demonstrating Author: Luisa Ikner
The quality of water destined ...

C. elegans Maintenance

Ceanorhabditis elegans has been, and is still, used to great success as a model organism for studying a variety of developmental, genetic, molecular and ...

lead-analysis-of-soil-using-atomic-absorption-spectroscopy

Lead Analysis of Soil Using Atomic Absorption Spectroscopy

Source: Laboratories of Margaret Workman and Kimberly Frye - Depaul University
Lead occurs naturally in soil, in levels ranging from 10-50 ppm. However, ...

Culturing and Enumerating Bacteria from Soil Samples

Source: Laboratories of Dr. Ian Pepper and Dr. Charles Gerba - The University of Arizona
Demonstrating Authors: Bradley Schmitz and Luisa Ikner
Surface ...

Measuring Tropospheric Ozone

Source: Laboratories of Margaret Workman and Kimberly Frye - Depaul University
Ozone is a form of elemental oxygen (O3), a molecule of three oxygen atoms ...

Detection of Bacteriophages in Environmental Samples

Source: Laboratories of Dr. Ian Pepper and Dr. Charles Gerba - The University of Arizona
Demonstrating Author: Alex Wassimi
Viruses are a unique group of ...

Nutrients in Aquatic Ecosystems

Source: Laboratories of Margaret Workman and Kimberly Frye - Depaul University
Nitrogen and phosphorus are essential plant nutrients found in aquatic ...

Passaging Cells

Cell lines are frequently used in biomedical experiments, as they allow rapid culture and expansion of cell types for experimental analysis. Cell lines ...

Plasmid Purification

Plasmid purification is a technique used to isolate and purify plasmid DNA from genomic DNA, proteins, ribosomes, and the bacterial cell wall. A plasmid ...

Quantifying Environmental Microorganisms and Viruses Using qPCR

Source: Laboratories of Dr. Ian Pepper and Dr. Charles Gerba - The University of Arizona
Demonstrating Author: Bradley Schmitz
Quantitative polymerase ...

tree-identification-how-to-use-a-dichotomous-key

Tree Identification: How To Use a Dichotomous Key

Source: Laboratories of Margaret Workman and Kimberly Frye - Depaul University
A dichotomous key is a tool that identifies items in nature, such as ...

Use mathematical representations to support and revise explanations based on evidence about factors affecting biodiversity and populations in ecosystems of different scales.

Preventing Contamination in Microbiology Labs

Description

Transcript

Tags

More videos by Standards