Name: protein mapping with 2d gel electrophoresis
Uploaded: 2023-04-30T06:31:06.000Z
Duration: 7 min 31 s
Channel: JoVE

K12 Standards

new-york-state-science-learning-standards

New York State Science Learning Standards

High School

Physical Science

HS. Structure and Properties of Matter

HS-PS1-10.

Two-Dimensional Gel Electrophoresis

İki boyutlu jel elektroforezi (2DGE), bir karışımdan binlerce biyomolekülü çözebilen bir tekniktir. Bu teknik, birbirine bağlanmış iki farklı ayırma yöntemini içerir: izoelektrik odaklama (IEF) ve sodyum dodesil sülfat poliakrilamid jel elektroforezi (SDS-PAGE). Bu, bir jelin iki ekseni boyunca bileşikleri izoelektrik noktaları (elektrokimyasal bir özellik) ve moleküler ağırlıkları ile fiziksel olarak ayırır. 
Bu videodaki prosedür, 2DGE'nin ana kavramlarını ve karmaşık bir protein çözeltisinin bileşimini karakterize etmek için genel bir prosedürü kapsar. Uygulamalar bölümünde, hastalığın başlangıcı ve ilerlemesi için biyobelirteç tespiti, hastalarda tedavinin izlenmesi ve posttranslasyonel modifikasyonu (PTM) takiben proteinlerin incelenmesi dahil olmak üzere bu tekniğin üç örneği gösterilmektedir.

İki boyutlu jel elektroforezi

İki boyutlu jel elektroforezi (2DGE), bir karışımdan binlerce biyomolekülü çözebilen bir tekniktir. Bu teknik, birbirine bağlanmış iki farklı ayırma yöntemini içerir: izoelektrik odaklama (IEF) ve sodyum dodesil sülfat poliakrilamid jel elektroforezi (SDS-PAGE). Bu, bir jelin iki ekseni boyunca bileşikleri izoelektrik noktaları (elektrokimyasal bir özellik) ve moleküler ağırlıkları ile fiziksel olarak ayırır. 
Bu videodaki prosedür, 2DGE'nin ana kavramlarını ve karmaşık bir protein çözeltisinin bileşimini karakterize etmek için genel bir prosedürü kapsar. Uygulamalar bölümünde, hastalığın başlangıcı ve ilerlemesi için biyobelirteç tespiti, hastalarda tedavinin izlenmesi ve posttranslasyonel modifikasyonu (PTM) takiben proteinlerin incelenmesi dahil olmak üzere bu tekniğin üç örneği gösterilmektedir. 
<div class="chapter_text" id="script_0">
İki boyutlu veya 2D jel elektroforezi, binlerce proteini tek bir karışımdan ayırabilen iki farklı ayırma yöntemi kullanan bir tekniktir. Tekniklerden biri olan SDS-PAGE veya sodyum dodesil sülfat poliakrilamid jel elektroforezi, karmaşık karışımları tek başına tam olarak ayıramaz. 2D jel elektroforezi, SDS-PAGE'i, izoelektrik noktalara göre ayrılan ve bir hücre lizatındaki potansiyel olarak tüm proteinlerin çözünürlüğüne izin veren ikinci bir yönteme, izoelektrik odaklama veya IEF'ye bağlar. Bu video, genel bir prosedür olan 2D jel elektroforezinin ilkelerini ve bazı biyomedikal uygulamalarını gösterecektir. 
</div>
<div class="chapter_text" id="script_1">
2D jel elektroforezi, ilk boyut olarak IEF ile başlar. Her proteinin, net yükün sıfır olduğu izoelektrik nokta veya pI adı verilen bir pH değeri vardır. Bir protein bir elektrik alanına maruz kaldığında, zıt yüklü elektroda doğru hareket edecektir. İlgilenilen numuneler, hem asidik hem de bazik gruplar içeren moleküller olan gömülü amfolitlere sahip hareketsizleştirilmiş pH gradyanı veya IPG şeritlerine yüklenir. Daha sonra pH gradyan şeridine bir elektrik alanı uygulanır ve proteinlerin pI'lerine uyan pH değerine ulaşana kadar göç etmelerine ve burada net yüklerini kaybetmelerine neden olur. 
İkinci boyutu çalıştırmadan önce, gömülü proteinler SDS ile muamele edilir, denatüre edilir ve düzgün bir negatif yük sağlanır. Tamamlandıktan sonra, IPG şeritleri bir poliakrilamid jel üzerine yerleştirilir. Uygulanan bir elektrik alanı, proteinleri anoda doğru çeker ve daha büyük proteinler jel boyunca daha yavaş hareket eder. 
Protein karışımı pI ve moleküler ağırlığa göre ayrıldıktan sonra, proteom haritası lekeler kullanılarak görselleştirilir ve ilgilenilen proteinler tanımlanır. 
Şimdi 2D jel elektroforezinin ilkelerini tartıştığımıza göre, tipik bir laboratuvar prosedürünün üzerinden geçelim. 
</div>
<div class="chapter_text" id="script_2">
Deney yapılmadan önce, proteinlerin ortama çözündürülmesi gerekir. Numunenin çözündürülmesi, proteinlerin hidrojen bağ etkileşimlerini bozmak için kaotropik ajanlar, proteinlerin yükünün değişmesini önlemek için iyonik olmayan deterjanlar, disülfid bağlarını kırmak için indirgeyici ajanlar ve tamponların bir kombinasyonu ile proteinlerin ayrıştırılmasıyla elde edilir. Enterferans yapan bol proteinleri ve diğer molekülleri uzaklaştırmak için, malzeme santrifüjleme ve elde edilen peletin toplanması ile sırayla ekstrakte edilir; ardından deneye müdahale edecek herhangi bir DNA'yı tüketmek için kullanılan bir enzim olan endonükleaz ile tedavi edilir. 
Proteinler çözündürüldükten sonra, IPG şeritleri bir şerit temizleme solüsyonu ile durulanarak hazırlanır ve kuruması için baş aşağı bırakılır. Daha sonra her şeride bir şerit tutucu numarası atanır. Hazır olduğunda, hücresel ekstrakt, negatiften pozitif uca doğru yavaş, kayma hareketiyle şeritlere yüklenir. Rehidrasyon amacıyla, elektrotun üstüne ve jel şeritlerin altına nemli kurutma kağıdı yerleştirilir; IPG şeritleri daha sonra IEF cihazının üzerine astarlanır. Yüksek bir elektrik akımı uygulanır ve proteinler göç etmeye başlar. 
</div>
<div class="chapter_text" id="script_3">
İlk boyutun tamamlanmasını takiben, SDS-PAGE için jel bir döküm aparatında hazırlanır. IPG şeritleri, SDS içeren dengeleme tamponuna yüzleri aşağı bakacak şekilde yerleştirilerek işlenir. Elektroforez ünitesi, elektroforez tamponu ilavesi ile hazırlanır. İşlem görmüş IPG şeritleri cımbız kullanılarak toplanır, jel plakaların üzerine yerleştirilir ve agaroz sızdırmazlık solüsyonu ile kapatılır. Bir voltaj kaynağı daha sonra en hızlı hareket eden proteinler jelin dibinden 1 cm uzakta olana kadar tutulan bir elektrik alanı uygular. 
Elektroforezin tamamlanmasından sonra, proteinler görselleştirilmelidir. Geleneksel olarak bu, Coomassie mavisi veya gümüş nitrat ile boyanarak gerçekleştirilir. İlgilenilen proteinler jelden aktarılabilir ve Western blot analizi ile analiz edilebilir. 
İkinci bir tanımlama yaklaşımı, proteinlerin jelden çıkarılmasını, sindirilmesini ve kütle spektrometresi ile analiz edilmesini içerir. 
</div>
<div class="chapter_text" id="script_4">
Artık bir prosedürü gözden geçirdiğimize göre, 2D jel elektroforezinin bazı kullanımlarına bakalım. 
Bu tekniğin en yaygın kullanımlarından biri, hastalığın başlaması ve ilerlemesinde rol oynayan moleküllerin tanımlanmasıdır. Kütle spektrometresi ile birleştirilmiş 2D jel elektroforezi, hastalıklı bölgelerdeki spesifik proteinlerin sağlıklı olanlara kıyasla yukarı veya aşağı regülasyonunu tespit edebilir. 
Ek olarak, 2D jel elektroforezi, hastaların potansiyel bir terapötik ilaca yanıtının ilerlemesini takip etmede yararlıdır. Tedavinin uygulanmasını takiben çeşitli zaman noktalarında hastalardan örnekler alınabilir. Bu şekilde, Western blot veya kütle spektrometresi analizi ile birleştirilmiş 2D jel elektroforezi, iltihaplanma gibi negatif tepkilerle ilişkili proteinleri tespit edebilir; veya hafifletilmiş bir durumda proteinlerin yokluğu. 
2D jel elektroforezinin başka bir kullanımı, mRNA'dan translasyonlarını takiben proteinlere yapılan eklemeler olan posttranslasyonel modifikasyonu veya PTM'yi takiben protein yapısı ve fonksiyonunun incelenmesidir. PTM'ler, protein sinyali, gen ekspresyonu dahil olmak üzere çeşitli işlevleri düzenleyebilir veya oksidatif hasara neden olabilir. 2D jel elektroforezi, metilasyon veya asetilasyon gibi modifikasyonlara karşı hassastır, bu da molekül ağırlığının yanı sıra pI'de de bir kaymaya neden olabilir. 
</div>
<div class="chapter_text" id="script_5">
Az önce JoVE'nin 2D jel elektroforezi ile ilgili videosunu izlediniz. Bu video, tekniğin ilkelerini, tipik bir deneysel prosedürü ve biyotıp alanındaki çeşitli uygulamalarını açıkladı. 
İzlediğiniz için teşekkürler! 
</div>

İki Boyutlu Jel Elektroforezi

Two-dimensional gel electrophoresis (2DGE) is a technique that can resolve thousands of biomolecules from a mixture. This technique involves two distinct ...

İki boyutlu veya 2D jel elektroforezi, binlerce proteini tek bir karışımdan ayırabilen iki farklı ayırma yöntemi kullanan bir tekniktir. Tekniklerden biri olan SDS-PAGE veya sodyum dodesil sülfat poliakrilamid jel elektroforezi, karmaşık karışımları tek başına tam olarak ayıramaz. 2D jel elektroforezi, SDS-PAGE'i, izoelektrik noktalara göre ayrılan ve bir hücre lizatındaki potansiyel olarak tüm proteinlerin çözünürlüğüne izin veren ikinci bir yönteme, izoelektrik odaklama veya IEF'ye bağlar. Bu video, genel bir prosedür olan 2D jel elektroforezinin ilkelerini ve bazı biyomedikal uygulamalarını gösterecektir. 2D jel elektroforezi, ilk boyut olarak IEF ile başlar. Her proteinin, net yükün sıfır olduğu izoelektrik nokta veya pI adı verilen bir pH değeri vardır. Bir protein bir elektrik alanına maruz kaldığında, zıt yüklü elektroda doğru hareket edecektir. İlgilenilen numuneler, hem asidik hem de bazik gruplar içeren moleküller olan gömülü amfolitlere sahip hareketsizleştirilmiş pH gradyanı veya IPG şeritlerine yüklenir. Daha sonra pH gradyan şeridine bir elektrik alanı uygulanır ve proteinlerin pI'lerine uyan pH değerine ulaşana kadar göç etmelerine ve burada net yüklerini kaybetmelerine neden olur. İkinci boyutu çalıştırmadan önce, gömülü proteinler SDS ile muamele edilir, denatüre edilir ve düzgün bir negatif yük sağlanır. Tamamlandıktan sonra, IPG şeritleri bir poliakrilamid jel üzerine yerleştirilir. Uygulanan bir elektrik alanı, proteinleri anoda doğru çeker ve daha büyük proteinler jel boyunca daha yavaş hareket eder. Protein karışımı pI ve moleküler ağırlığa göre ayrıldıktan sonra, proteom haritası lekeler kullanılarak görselleştirilir ve ilgilenilen proteinler tanımlanır. Şimdi 2D jel elektroforezinin ilkelerini tartıştığımıza göre, tipik bir laboratuvar prosedürünün üzerinden geçelim. Deney yapılmadan önce, proteinlerin ortama çözündürülmesi gerekir. Numunenin çözündürülmesi, proteinlerin hidrojen bağ etkileşimlerini bozmak için kaotropik ajanlar, proteinlerin yükünün değişmesini önlemek için iyonik olmayan deterjanlar, disülfid bağlarını kırmak için indirgeyici ajanlar ve tamponların bir kombinasyonu ile proteinlerin ayrıştırılmasıyla elde edilir. Enterferans yapan bol proteinleri ve diğer molekülleri uzaklaştırmak için, malzeme santrifüjleme ve elde edilen peletin toplanması ile sırayla ekstrakte edilir; ardından deneye müdahale edecek herhangi bir DNA'yı tüketmek için kullanılan bir enzim olan endonükleaz ile tedavi edilir. Proteinler çözündürüldükten sonra, IPG şeritleri bir şerit temizleme solüsyonu ile durulanarak hazırlanır ve kuruması için baş aşağı bırakılır. Daha sonra her şeride bir şerit tutucu numarası atanır. Hazır olduğunda, hücresel ekstrakt, negatiften pozitif uca doğru yavaş, kayma hareketiyle şeritlere yüklenir. Rehidrasyon amacıyla, elektrotun üstüne ve jel şeritlerin altına nemli kurutma kağıdı yerleştirilir; IPG şeritleri daha sonra IEF cihazının üzerine astarlanır. Yüksek bir elektrik akımı uygulanır ve proteinler göç etmeye başlar. İlk boyutun tamamlanmasını takiben, SDS-PAGE için jel bir döküm aparatında hazırlanır. IPG şeritleri, SDS içeren dengeleme tamponuna yüzleri aşağı bakacak şekilde yerleştirilerek işlenir. Elektroforez ünitesi, elektroforez tamponu ilavesi ile hazırlanır. İşlem görmüş IPG şeritleri cımbız kullanılarak toplanır, jel plakaların üzerine yerleştirilir ve agaroz sızdırmazlık solüsyonu ile kapatılır. Bir voltaj kaynağı daha sonra en hızlı hareket eden proteinler jelin dibinden 1 cm uzakta olana kadar tutulan bir elektrik alanı uygular. Elektroforezin tamamlanmasından sonra, proteinler görselleştirilmelidir. Geleneksel olarak bu, Coomassie mavisi veya gümüş nitrat ile boyanarak gerçekleştirilir. İlgilenilen proteinler jelden aktarılabilir ve Western blot analizi ile analiz edilebilir. İkinci bir tanımlama yaklaşımı, proteinlerin jelden çıkarılmasını, sindirilmesini ve kütle spektrometresi ile analiz edilmesini içerir. Artık bir prosedürü gözden geçirdiğimize göre, 2D jel elektroforezinin bazı kullanımlarına bakalım. Bu tekniğin en yaygın kullanımlarından biri, hastalığın başlaması ve ilerlemesinde rol oynayan moleküllerin tanımlanmasıdır. Kütle spektrometresi ile birleştirilmiş 2D jel elektroforezi, hastalıklı bölgelerdeki spesifik proteinlerin sağlıklı olanlara kıyasla yukarı veya aşağı regülasyonunu tespit edebilir. Ek olarak, 2D jel elektroforezi, hastaların potansiyel bir terapötik ilaca yanıtının ilerlemesini takip etmede yararlıdır. Tedavinin uygulanmasını takiben çeşitli zaman noktalarında hastalardan örnekler alınabilir. Bu şekilde, Western blot veya kütle spektrometresi analizi ile birleştirilmiş 2D jel elektroforezi, iltihaplanma gibi negatif tepkilerle ilişkili proteinleri tespit edebilir; veya hafifletilmiş bir durumda proteinlerin yokluğu. 2D jel elektroforezinin başka bir kullanımı, mRNA'dan translasyonlarını takiben proteinlere yapılan eklemeler olan posttranslasyonel modifikasyonu veya PTM'yi takiben protein yapısı ve fonksiyonunun incelenmesidir. PTM'ler, protein sinyali, gen ekspresyonu dahil olmak üzere çeşitli işlevleri düzenleyebilir veya oksidatif hasara neden olabilir. 2D jel elektroforezi, metilasyon veya asetilasyon gibi modifikasyonlara karşı hassastır, bu da molekül ağırlığının yanı sıra pI'de de bir kaymaya neden olabilir. Az önce JoVE'nin 2D jel elektroforezi ile ilgili videosunu izlediniz. Bu video, tekniğin ilkelerini, tipik bir deneysel prosedürü ve biyotıp alanındaki çeşitli uygulamalarını açıkladı. İzlediğiniz için teşekkürler!

Education

JoVE Science Education

Chemistry

Kimya

Biochemistry

Biyokimya

protein mapping with 2d gel electrophoresis

Protein mapping with 2D gel electrophoresis separates complex protein mixtures across two steps. The method combines isoelectric focusing, or IEF, with sodium dodecyl sulfate polyacrylamide gel electrophoresis, or SDS-PAGE. Together, these methods can resolve thousands of biomolecules from a single sample by their isoelectric point and molecular weight.

The first dimension is IEF. Each protein has an isoelectric point, or pI, which is the pH where its net charge is zero. Proteins are loaded onto immobilized pH gradient, or IPG, strips that contain ampholytes, which are molecules with both acidic and basic groups. When an electric field is applied, the proteins move until they reach the pH that matches their pI. At that point, they stop moving because they no longer have a net charge.

Before the second dimension, the proteins are treated with SDS. This step denatures the proteins and gives them a uniform negative charge. The IPG strips are then placed on a polyacrylamide gel for SDS-PAGE. When the electric field is applied, proteins move toward the anode, and larger proteins move more slowly through the gel.

A typical lab workflow begins by solubilizing the protein sample. This is done with chaotropic agents, nonionic detergents, reducing agents, and buffers. The sample is then cleaned by sequential centrifugation and pellet collection, and endonuclease is used to remove DNA that could interfere with the experiment. IPG strips are rinsed, dried, numbered, and loaded with the extract in a slow motion from the negative end to the positive end. Damp blotting paper helps with rehydration before the strips are run on the IEF instrument.

After the first run, the SDS-PAGE gel is prepared in a casting apparatus. The IPG strips are placed face down in SDS-containing equilibration buffer, and then positioned on the gel plates with agarose-sealing solution. Electrophoresis continues until the fastest-moving proteins are about 1 cm from the bottom of the gel. The separated proteins are then visualized with stains such as Coomassie blue or silver nitrate. Proteins of interest can also be transferred for Western blot analysis or excised, digested, and identified by mass spectrometry.

2D gel electrophoresis is widely used in biomedicine. It can help identify proteins involved in disease initiation and progression by comparing diseased and healthy samples. It is also useful for tracking how patients respond to a potential therapeutic drug over time. Another application is the study of posttranslational modifications, or PTMs, which are changes made to proteins after translation from mRNA. Methylation and acetylation can shift both pI and molecular weight, making them detectable with this method.

Protein Mapping with 2D Gel Electrophoresis

protein-mapping-with-2d-gel-electrophoresis

dialysis: diffusion based separation

Dialysis for Buffer Exchange in Biochemistry

Dialysis is a common biochemistry technique for buffer exchange and desalting. It separates molecules by diffusion through a semipermeable membrane, which lets small molecules pass while holding larger biomolecules inside the sample. The membrane is the key part of the setup. Its pores create a molecular weight cutoff, so a membrane such as a 10 kDa membrane usually keeps molecules larger than 10 kilodaltons inside. This cutoff is not exact, because membranes have a range of pore sizes.

enzyme assays and kinetics

Measuring Enzyme Reaction Rates

Enzyme reaction rates can be measured with assays that track how substrate or product levels change over time. Enzymes are proteins, or sometimes RNAs, that speed up chemical reactions by lowering the activation energy needed to start them. They act on a specific substrate and help form a product that supports life processes. Enzymatic reactions are often described in three steps. First, the substrate binds to the enzyme active site and forms an enzyme-substrate complex. That complex can fall...

maldi-tof mass spectrometry

How MALDI-TOF Reads Biomolecules

MALDI-TOF mass spectrometry reads biomolecules by using a laser, a matrix, and a time-of-flight analyzer. MALDI, or matrix-assisted laser desorption ionization, helps fragile molecules keep their structure while they are moved into the mass analyzer. The analyzer then separates compounds based on size and charge. In MALDI, the sample is mixed into a matrix, usually an organic compound with aromatic and conjugated double bonds. A laser pulse strikes the spot, and the matrix absorbs most of the...

tandem mass spectrometry

Tandem Mass Spectrometry for Biomolecule Analysis

Tandem mass spectrometry is used to isolate a biomolecule and break it into smaller pieces so its makeup can be studied. Because biomolecules often have large, complex structures, it can be hard to identify their molecular composition and sequence from a single measurement. By linking mass spectrometers in series, the technique first selects one ion and then analyzes the fragments it produces. The process starts with an ion source that converts the sample into ions. A mass analyzer then...

protein crystallization

Protein Crystals for Structure Analysis

Protein crystals help scientists study protein structure and function. A crystal is a solid lattice made from purified protein molecules. These crystals are useful in structural biology because they reveal details that methods like mass spectrometry and SDS-PAGE cannot show on their own. Protein crystallization is paired with recombinant protein expression and x-ray diffraction to support this work. The process starts with a large amount of very pure protein. Researchers often make that...

chromatography-based biomolecule purification methods

chromatography-based-biomolecule-purification-methods

Protein Purification with SEC and IMAC

Protein purification with size-exclusion chromatography and affinity chromatography helps isolate biomolecules from complex mixtures. These methods are common in biochemistry because purified samples are needed before a biomolecule’s properties and activity can be studied. The video focuses on the principles behind size-exclusion chromatography, affinity chromatography, and immobilized metal affinity chromatography, or IMAC. Size-exclusion chromatography, or SEC, separates molecules by size. A...

two-dimensional gel electrophoresis

Protein mapping with 2D gel electrophoresis separates complex protein mixtures across two steps. The method combines isoelectric focusing, or IEF, with sodium dodecyl sulfate polyacrylamide gel electrophoresis, or SDS-PAGE. Together, these methods can resolve thousands of biomolecules from a single sample by their isoelectric point and molecular weight. The first dimension is IEF. Each protein has an isoelectric point, or pI, which is the pH where its net charge is zero. Proteins are loaded...

metabolic labeling

Tracking Cell Chemistry with Metabolic Labels

Metabolic labeling tracks cell chemistry by using chemical analogs that cells take up and build into biomolecules. These labels help scientists follow biochemical changes and modifications inside cells. The labeled products can then be studied with tools such as SDS-PAGE and NMR to learn more about metabolic pathways. Several labeling strategies are shown here. Isotopic labeling uses analogs that match the natural molecule but contain uncommon isotopes, such as carbon-13 and nitrogen-15 in an...

electrophoretic mobility shift assay (emsa)

electrophoretic-mobility-shift-assay-emsa

Detecting Protein-DNA Binding by EMSA

Electrophoretic mobility shift assay, or EMSA, is a biochemical method used to detect binding between proteins and nucleic acids. It is also called a gel shift assay. The test compares how a labeled nucleic acid moves through a gel before and after it binds a protein. EMSA is used to see whether a specific protein binds to a specific nucleic acid. First, the nucleic acid is labeled to make a probe. The transcript describes radioactive phosphorus-32 as a common label. The probe is then mixed...

photometric protein determination

Measuring Protein Concentration with Absorbance

Measuring protein concentration with absorbance is a key step in many biochemical assays. Photometric methods use the fact that samples with more light-absorbing material transmit less light. Because concentration and absorption are directly related, this makes it possible to measure an unknown sample. The core idea comes from the Beer-Lambert Law. This law states that the concentration of a light-absorbing species is proportional to its absorbance. The video also introduces the Bradford assay...

density gradient ultracentrifugation

Sucrose Gradient Separation in an Ultracentrifuge

Sucrose gradient separation in an ultracentrifuge is a lab method for isolating cell parts and biomolecules. It uses differences in density to make particles sink or rise in a liquid. A high-speed ultracentrifuge speeds up this process so components can be separated without destroying them. The basic idea starts with a suspension, which is particles mixed in a liquid solvent. Particles that are denser than the solvent sediment, while less dense particles float. A rotor inside the...

co-immunoprecipitation and pull-down assays

co-immunoprecipitation-and-pull-down-assays

Protein Interaction Capture Methods in Cells

Co-immunoprecipitation and pull-down assays are laboratory methods used to capture stable protein-protein interactions. Protein-protein interactions help control many biological functions, but many of them have not yet been identified. These assays are related to immunoprecipitation, which isolates a target protein from a mixed sample using an antibody. In co-immunoprecipitation, or CoIP, an antibody binds the target protein, and that protein is already attached to another protein that the...

reconstitution of membrane proteins

Membrane Proteins in Liposome Models

Membrane proteins can be moved into liposome models so their function can be studied outside a cell. Reconstitution means restoring an isolated biomolecule to a working form. For membrane proteins, that usually means placing a purified protein into an artificial lipid membrane. Cell membranes are made mainly of phospholipids and membrane proteins. The phospholipids form a bilayer with hydrophilic phosphate heads facing water and hydrophobic fatty acid tails facing inward. Some membrane...

f&#246;rster resonance energy transfer (fret)

FRET as a Molecular Ruler in Cells

Föster resonance energy transfer, or FRET, is a way to study close-range biochemical interactions using light-emitting molecules. A donor fluorophore can pass energy to an acceptor fluorophore when their emission and absorption spectra overlap. This transfer happens only when the pair is very close together, usually within 10 nm. Because FRET depends on distance, it is often called a molecular or spectroscopic ruler. The strength of the signal is measured as FRET efficiency, which describes...

surface plasmon resonance (spr)

SPR Biosensors for Tracking Binding Kinetics

Surface plasmon resonance, or SPR, is a way to track biomolecular binding on a label-free biosensor. It is used to measure molecular affinity, kinetics, specificity, and concentration. The method works with a thin metal layer on a prism, where changes in reflected light reveal interactions in real time. SPR sensors use a thin layer of a noble metal on the face of a prism. Light is reflected from the prism-metal interface into a photodetector. At one specific angle, called the surface plasmon...

biochemistry

Bu koleksiyon, afinite kromatografisi gibi yaygın olarak kullanılan saflaştırma yöntemlerinin yanı sıra MALDI-TOF gibi analitik yöntemleri de sunmaktadır. Ayrıca videolar, biyomolekül etkileşimini ve işlevini değerlendirmek için kullanılan ko-immünopresipitasyon ve metabolik etiketleme gibi yöntemleri de sergilemektedir.

See how 2D gel electrophoresis separates proteins by pI and size, then use staining, Western blot, or mass spectrometry to identify biomarkers and PTMs.

Protein Mapping with 2D Gel Electrophoresis | JoVE K12

HS. Chemical Reactions

HS-PS1-11.

Life Science

Structure and Function

HS-LS1-1.

matter-and-energy-in-organisms-and-ecosystems

Matter and Energy in Organisms and Ecosystems

HS-LS1-6.

Inheritance and Variation of Traits

HS-LS3-1.

Overview

Principles of 2D Gel Electrophoresis

Sample Preparation and Running Isoelectric Focusing

Running SDS-PAGE and Visualization/Analysis

Applications

Summary

Periodic Classification of the Elements

The periodic table arranges atoms based on increasing atomic number so that elements with the same chemical properties recur periodically. When their ...

atomic-radii-and-effective-nuclear-charge

Atomic Radii and Effective Nuclear Charge

The elements in groups of the periodic table exhibit similar chemical behavior. This similarity occurs because the members of a group have the same number ...

Ionic Radii

Ionic radius is the measure used to describe the size of an ion. A cation always has fewer electrons and the same number of protons as the parent atom; it ...

Ionization Energy

The amount of energy required to remove the most loosely bound electron from a gaseous atom in its ground state is called its first ionization energy ...

Electron Affinity

The electron affinity (EA) is the energy change for adding an electron to a gaseous atom to form an anion (negative ion).



This process can be either ...

Electron Orbital Model

Orbitals are the areas outside of the atomic nucleus where electrons are most likely to reside. They are characterized by different energy levels, shapes, ...

The Aufbau Principle and Hund's Rule

To determine the electron configuration for any particular atom, we can build the structures in the order of atomic numbers. Beginning with hydrogen, and ...

Coordination Chemistry Complexes

Source: Laboratory of Dr. Neal Abrams &#8212; SUNY College of Environmental Science and Forestry
Transition metals are found everywhere from vitamin ...

Use the periodic table as a model to predict the relative properties of elements based on the patterns of electrons in the outermost energy level of atoms.

HS-PS1-1.

Types of Chemical Bonds

Chemical bonding theories were pioneered by American chemist Gilbert&#xA0;N. Lewis. He developed a model called the Lewis model to explain the type and ...

Lewis Symbols and the Octet Rule

Chemical bonds are complex interactions between two or more atoms or ions, which reduce the potential energy of the molecule. Gilbert N. Lewis developed a ...

Ionic Bonding and Electron Transfer

Ions are atoms or molecules bearing an electrical charge. A cation (a positive ion) forms when a neutral atom loses one or more electrons from its valence ...

The Born-Haber Cycle

Lattice Energy&#xA0;

An ionic compound is stable because of the electrostatic attraction between its positive and negative ions. The lattice energy of a ...

trends-in-lattice-energy-ion-size-and-charge

Trends in Lattice Energy: Ion Size and Charge

An ionic compound is stable because of the electrostatic attraction between its positive and negative ions. The lattice energy of a compound is a measure ...

Covalent Bonding and Lewis Structures

Compared to ionic bonds, which results from the transfer of electrons between metallic and nonmetallic atoms, covalent bonds result from the mutual ...

Electronegativity

Whether a bond is nonpolar or polar covalent is determined by a property of the bonding atoms called electronegativity.&#xA0;

Electronegativity values of ...

bond-polarity-dipole-moment-and-percent-ionic-character

Bond Polarity, Dipole Moment, and Percent Ionic Character

Bond Polarity

The absolute value of the difference in electronegativity (&Delta;EN) of two bonded atoms provides a rough measure of the polarity to be ...

lewis-structures-of-molecular-compounds-and-polyatomic-ions

Lewis Structures of Molecular Compounds and Polyatomic Ions

To draw Lewis structures for complicated molecules and molecular ions, it is helpful to follow a step-by-step procedure as outlined:


	Determine the ...

Resonance

The Lewis structure of a nitrite anion (NO2&minus;) may actually be drawn in two different ways, distinguished by the locations of the N-O and N=O ...

Formal Charges

In some cases, there are seemingly more than one valid Lewis structures for molecules and polyatomic ions. The concept of formal charges can be used to ...

Exceptions to the Octet Rule

Many covalent molecules have central atoms that do not have eight electrons in their Lewis structures. These molecules fall into three categories:


	...

Bonding in Metals

Metallic bonds are formed between two metal atoms. A simplified model to describe metallic bonding has been developed by Paul Dr&#xFC;de called the ...

VSEPR Theory and the Basic Shapes

Overview of VSEPR Theory

Valence shell electron-pair repulsion theory (VSEPR theory) enables us to predict the molecular structure, including approximate ...

vsepr-theory-and-the-effect-of-lone-pairs

VSEPR Theory and the Effect of Lone Pairs

Effect of Lone Pairs of Electrons&nbsp;on Molecule Geometry

It is important to note that electron-pair geometry around a central atom is not the same ...

Predicting Molecular Geometry

VSEPR Theory for Determination of Electron Pair Geometries

The following procedure uses VSEPR theory to determine the electron pair geometries and the ...

Molecular Shape and Polarity

Dipole Moment of a Molecule

Polar covalent bonds connect two atoms with differing electronegativities, leaving one atom with a partial positive charge ...

Valence Bond Theory

Overview of Valence Bond Theory

Valence bond theory describes a covalent bond as the overlap of half-filled atomic orbitals (each containing a single ...

Hybridization of Atomic Orbitals I

The mathematical expression known as the wave function, &#x3C8;, contains information about each orbital and the wavelike properties of electrons in an ...

Hybridization of Atomic Orbitals II

sp3d and sp3d&nbsp;2 Hybridization

To describe the five bonding orbitals in a trigonal bipyramidal arrangement, we must use five of the valence shell ...

Molecular Orbital Theory I

Overview of Molecular Orbital Theory

Molecular orbital theory describes the distribution of electrons in molecules in the same way as the distribution of ...

Molecular Orbital Theory II

Molecular Orbital Energy Diagrams

The relative energy levels of atomic and molecular orbitals are typically shown in a molecular orbital diagram. For a ...

Molecular Orbital (MO) Theory

Source: Tamara M. Powers, Department of Chemistry, Texas A&#38;M University
This protocol serves as a guide in the synthesis of two metal complexes ...

Intermolecular vs Intramolecular Forces

Intermolecular forces (IMF) are electrostatic attractions arising from charge-charge interactions between molecules. The strength of the intermolecular ...

Intermolecular Forces

Atoms and molecules interact through bonds (or forces): intramolecular and intermolecular. The forces are electrostatic as they arise from interactions ...

Molecular and Ionic 
Solids

Crystalline solids are divided into four types: molecular, ionic, metallic, and covalent network based on the type of constituent units and their ...

comparing-intermolecular-forces-melting-point-boiling-point

Comparing Intermolecular Forces: Melting Point, Boiling Point, and Miscibility

Intermolecular forces are attractive forces that exist between molecules. They dictate several bulk properties, such as melting points, boiling points, ...

Plan and conduct an investigation to gather evidence to compare the structure of substances at the bulk scale to infer the strength of electrical forces between particles.

HS-PS1-3.

Radioactivity and Nuclear Equations

Nuclear chemistry is the study of reactions that involve changes in nuclear structure. The nucleus of an atom is composed of protons and, except for ...

Types of Radioactivity

The most common types of radioactivity are &#945; decay, &#946; decay, &#947; decay, neutron emission, and electron capture.
Alpha (&#945;) decay is the ...

Nuclear Stability

Protons and neutrons, collectively called nucleons, are packed together tightly in a nucleus. With a radius of about 10&#8722;15 meters, a nucleus is ...

Nuclear Binding Energy

The difference between the calculated and experimentally measured masses is known as the mass defect of the atom. In the case of helium-4, the mass defect ...

Radioactive Decay and Radiometric Dating

Radioactivity is a spontaneous disintegration of an unstable nuclide and is a random process, as all the nuclei in the sample do not decay simultaneously. ...

Nuclear Fission

Many heavier elements with smaller binding energies per nucleon can decompose into more stable elements that have intermediate mass numbers and larger ...

Nuclear Power

Controlled nuclear fission reactions are used to generate electricity. Any nuclear reactor that produces power via the fission of uranium or plutonium by ...

Nuclear Fusion

The process of converting very light nuclei into heavier nuclei is also accompanied by the conversion of mass into large amounts of energy, a process ...

Nuclear Transmutation

Nuclear transmutation is the conversion of one nuclide into another. It can occur by the radioactive decay of a nucleus, or the reaction of a nucleus with ...

Biological Effects of Radiation

All radioactive nuclides emit high-energy particles or electromagnetic waves. When this radiation encounters living cells, it can cause heating, break ...

determining-rate-laws-and-the-order-of-reaction

Determining Rate Laws and the Order of Reaction

Source: Laboratory of Dr. Neal Abrams &#8212; SUNY College of Environmental Science and Forestry
All chemical reactions have a specific rate defining the ...

Develop models to illustrate the changes in the composition of the nucleus of the atom and the energy released during the processes of fission, fusion, and radioactive decay.

HS-PS1-8.

Properties of Transition Metals

Transition metals are defined as those elements that have partially filled d orbitals. As shown in Figure 1, the d-block elements in groups 3&#8211;12 are ...

Coordination Compounds and Nomenclature

In most main group element compounds, the valence electrons of the isolated atoms combine to form chemical bonds that satisfy the octet rule. For ...

Metal-Ligand Bonds

The hemoglobin in the blood, the chlorophyll in green plants, vitamin B-12, and the catalyst used in the manufacture of polyethylene all contain ...

Communicate scientific and technical information about why the particulate-level structure is important in the functioning of designed materials.

HS-PS2-6.

Protein Mapping with 2D Gel Electrophoresis

Description

Transcript

Tags

More videos by Standards