Name: tracking cell chemistry with metabolic labels
Uploaded: 2023-04-30T06:31:10.000Z
Duration: 8 min 28 s
Channel: JoVE

K12 Standards

new-york-state-science-learning-standards

New York State Science Learning Standards

High School

Physical Science

HS. Waves and Electromagnetic Radiation

HS-PS4-5.

Metabolic Labeling

Metabolik etiketleme, bir hücrede meydana gelen biyokimyasal dönüşümleri ve modifikasyonları araştırmak için kullanılır. Bu, doğal biyomoleküllerin yapısını taklit eden kimyasal analoglar kullanılarak gerçekleştirilir. Hücreler, endojen biyokimyasal süreçlerinde analogları kullanır ve etiketlenmiş bileşikler üretir. Etiket, daha sonra SDS-PAGE ve NMR gibi diğer biyokimyasal analitik teknikleri kullanarak metabolik yolları aydınlatmak için kullanılabilen algılama ve afinite etiketlerinin dahil edilmesine izin verir. 
Bu videoda metabolik etiketleme kavramları tanıtılmakta ve iki genel prosedür gösterilmektedir. Birincisi, bir proteinin fosforilasyonunu karakterize etmek için izotopik etiketleme kullanır. İkincisi, bir protein-protein etkileşimini karakterize etmek için fotoreaktif bir etiketlemeyi kapsar. Ayrıca üç metabolik etiketleme uygulaması sunulmaktadır: bitki materyalinin etiketlenmesi, kinetiği ölçmek için RNA'nın etiketlenmesi ve gelişmekte olan embriyolarda glikanların etiketlenmesi.

metabolik etiketleme

Metabolik etiketleme, bir hücrede meydana gelen biyokimyasal dönüşümleri ve modifikasyonları araştırmak için kullanılır. Bu, doğal biyomoleküllerin yapısını taklit eden kimyasal analoglar kullanılarak gerçekleştirilir. Hücreler, endojen biyokimyasal süreçlerinde analogları kullanır ve etiketlenmiş bileşikler üretir. Etiket, daha sonra SDS-PAGE ve NMR gibi diğer biyokimyasal analitik teknikleri kullanarak metabolik yolları aydınlatmak için kullanılabilen algılama ve afinite etiketlerinin dahil edilmesine izin verir. 
Bu videoda metabolik etiketleme kavramları tanıtılmakta ve iki genel prosedür gösterilmektedir. Birincisi, bir proteinin fosforilasyonunu karakterize etmek için izotopik etiketleme kullanır. İkincisi, bir protein-protein etkileşimini karakterize etmek için fotoreaktif bir etiketlemeyi kapsar. Ayrıca üç metabolik etiketleme uygulaması sunulmaktadır: bitki materyalinin etiketlenmesi, kinetiği ölçmek için RNA'nın etiketlenmesi ve gelişmekte olan embriyolarda glikanların etiketlenmesi. 

<div class="chapter_text" id="script_0">
Metabolik etiketleme, bir hücrenin mekanizmasını araştırmak için kullanılır. Bu, meydana gelen biyokimyasal dönüşümleri ve modifikasyonları araştırmak için kimyasal analoglar kullanılarak gerçekleştirilir. Bu videoda metabolik etiketleme ilkeleri, tipik izotopik ve fotoreaktif etiketleme prosedürleri ve bazı uygulamalar gösterilecektir. 
</div>
<div class="chapter_text" id="script_1">
Metabolik etiketleme bir dizi strateji kullanılarak gerçekleştirilebilir. Burada izotopik, fotoreaktif ve biyo-ortogonal etiketlemeyi açıklayacağız. 
İzotopik etiketleme, kimyasal olarak doğal muadilleriyle aynı olan, ancak yapılarına dahil edilmiş nadir izotoplara sahip yapısal analoglar kullanılarak gerçekleştirilir. Bu L-lizin analogunda, karbon ve nitrojen atomları karbon-13 ve nitrojen-15 ile değiştirilir. İzotopik analogların varlığında kültürlenen hücreler, bunları biyokimyasal yapılarına dahil edecektir. Metabolitler hücrelerden toplanır ve analiz için saflaştırılır. Kararlı izotoplara sahip numuneler, kütle spektrometresi veya NMR spektroskopisi gibi teknikler kullanılarak analiz edilir. Radyoaktif etiketli numuneler, izotopik etiketleme protokolünde gösterilecek olan sıvı sintilasyon sayımı ve x-ışını filmleri kullanılarak analiz edilir. 
Fotoreaktif etiketler, ultraviyole ışığa maruz kalana kadar stabil olan proteinlere dahil edilen fonksiyonel gruplardır. Fonksiyonel grup, en yakın proteine bağlanan reaktif bir radikal oluşturur. Yaygın bir örnek olan L-foto-lösin, fotoreaktif bir çapraz bağlayıcı olan bir diazirin halkası içerir. İzotopik etiketlemenin aksine, foto-reaktif kimyasal analoglar ile doğal muadilleri arasında bazı kimyasal farklılıklar vardır. Hücreler tercihen analoglara göre doğal bileşikleri içerebilir. Bu nedenle, taklit edilen bileşikten arındırılmış ortamda foto-reaktif etiketleme yapmak önemlidir. Ultraviyole radyasyona maruz kaldığında, etiketli bir proteindeki foto-reaktif gruplar kararsız ve oldukça reaktif hale gelir, bu da etkileşen proteinlerle çapraz bağlanmasına ve bir protein kompleksi oluşturmasına neden olur. Çapraz bağlı kompleksler, daha sonra SDS-PAGE ve kütle spektrometresi yöntemleri kullanılarak analiz edilebilen anlık görüntüler olarak işlev görür. Bu, reaksiyon türlerini tanımlayarak metabolik yolda hangi reaksiyonların meydana geldiğine ve bağlanma bölgelerini belirleyerek nasıl etkileşime girdiklerine dair içgörüler sağlar. 
Biyoortogonal etiketleme stratejileri, doğal biyomoleküllerle çok az reaktivitesi olan veya hiç reaktivitesi olmayan küçük fonksiyonel gruplara sahip analogları kullanır. Örneğin, azidler, reaktivitesinin biyokimyasal reaksiyonlara ortogonal olduğu söylenen küçük fonksiyonel gruplardır. Staudinger ligasyonunda, bir fosfin grubu azido grubuna saldırır. Bu, yakındaki bir ester ile molekül içi olarak reaksiyona giren ve amin bağlı bir ligand ile sonuçlanan bir geçiş durumu verir. Biyomoleküllere dahil edilen biyoortogonal fonksiyonel gruplar, floresan fonksiyonel gruplar gibi algılama etiketleri ve antijenler gibi afinite etiketleri ile bağlanabilir. 
Metabolik etiketleme için bazı kavramlar ve stratejiler tartışıldığına göre, şimdi laboratuvardaki sürece bakalım. 
</div>
<div class="chapter_text" id="script_2">
Bir metabolik etiketleme deneyinin ilk adımı, ilgilenilen proteini toplamaktır. Bunu yapmak için, hücreler bir plaka üzerinde büyütülür ve istenen proteinin sentezini teşvik etmek için bir ekspresyon yöntemi kullanılır. Bu örnekte, lösin açısından zengin tekrar kinazlar veya LRRK ifade edilir. Analog olarak radyoaktif fosfor-32 içeren disodyum fosfat kullanılır. İyonlaştırıcı radyasyona karşı korunmak için uygun önlemler alınmalıdır. Bu, bir çalışma alanı kurmayı, uygun koruyucu ekipman giymeyi ve radyoaktif kirlenmeyi kontrol etmeyi içerir. Güvenlik önlemleri alındıktan sonra, izotopik analogları içeren ortam hazırlanır. Kültürden ortam çıkarılır ve izotopik kimyasal analogları içeren bir ortamla değiştirilir ve daha sonra inkübe edilir. İnkübasyonun ardından hücreler parçalanır. Lizat toplanır ve saflaştırılır. 
Saflaştırmadan sonra, proteinler SDS-PAGE kullanılarak çözülür ve daha sonra bir PVDF membranına aktarılır. Otoradyografi, zarın x-ışını filmine maruz bırakılmasıyla gerçekleştirilir ve bir fosfor görüntüleyici kullanılarak ölçülür. Western blotlama, PVDF membranındaki nispi protein seviyelerini ölçmek için kullanılır. Bu örnekte, 293T hücrelerinde sentezlenen lösin açısından zengin tekrar kinazların fosforilasyon seviyeleri ölçülmüştür. Otoradyogram, proteine ne kadar fosfor dahil edildiğini gösterir. Western blotlama, LRRK proteinlerinin seviyelerini aydınlatır. Proteinlerin fosforilasyon seviyelerinin kantitatif verilerini elde etmek için görüntü analiz yazılımı kullanılır. 
</div>
<div class="chapter_text" id="script_3">
Bu sonraki prosedürde, fotoreaktif etiketleme gösterilmiştir. İlk olarak, hücreler hazırlanır ve kültürlenir. Fotoreaktif analog, orta log fazında hücrelere eklenir ve inkübe edilir. Bu prosedürde p-benzoilfenilalanin kullanılır. Numuneler aralıklarla toplanır ve buz üzerine konur. Numuneler daha sonra zaman içinde biyokimyasal yolların anlık görüntülerini elde etmek için maruz bırakılır. İlgilenilen proteinler daha sonra SDS-PAGE kullanılarak saflaştırılır ve çözülür. 
İlgilenilen protein ile etkileşime giren bileşikleri tanımlamak için bir fotoreaktif etiketleme stratejisi kullanıldı. Western blotlama ile immünosektesit, ışınlanmış numunelerde daha yüksek moleküler ağırlıklı proteinlerin bulunduğunu gösteren protein bantlarını gösterir. Bunlar, UV ışınlaması sırasında meydana gelen protein-protein etkileşimi nedeniyle çapraz bağlanmadan kaynaklanır. 
</div>
<div class="chapter_text" id="script_4">
Artık metabolik etiketleme prosedürlerini gözden geçirdiğimize göre, işlemin kullanıldığı bazı yollara bakalım. 
Metabolik etiketleme kavramları çok hücreli organizmaları kapsayacak şekilde genişletilebilir. Bitkiler, üretilen etiketli bitki materyali için kararlı izotoplar açısından zengin, kapalı bir ortamda yetiştirilir. Muhafazaya karbon-13 içeren karbondioksit eklenirken, azot-15 bakımından zengin gübre kullanılır. Elde edilen hasat edilmiş bitki materyali, ekosistemden karbon ve nitrojen döngüsü ile ilgili soruların yanıtlanmasına yardımcı olabilir. 
Etiketleme, yeni sentezlenen RNA'nın eski RNA'dan ayrılmasını sağlar. Analogun başlangıç konsantrasyonunu değiştirerek, yeni RNA sentezinin kinetiği belirlenebilir. Sonuçlar, 4-tiyouridin konsantrasyonunun ne kadar yeni RNA'nın kopyalandığını etkilediğini göstermektedir. Ek olarak, etiketin RNA'ya dahil edilme oranları bir spektrofotometre ile doğrudan ölçülebilir. 
Biortogonal tıklama kimyası kullanılarak, bir zebra balığı embriyosundaki glikanlar etiketlenebilir. Yumurtalara, glikanlar üzerinde alkin etiketleriyle sonuçlanan bir etiketleme bileşiği enjekte edilir. Larvalardaki glikanlar daha sonra istenen gelişme aşamasında bir boya bileşiğine bağlanır. Embriyolardaki glikanlar daha sonra görüntülenir. Farklı zaman noktalarında üretilen glikanlar, embriyo gelişiminin farklı aşamalarında farklı renkler kullanılarak etiketlenerek tanımlanabilir. 
</div>
<div class="chapter_text" id="script_5">
Az önce JoVE'nin metabolik etiketleme ile ilgili videosunu izlediniz. Bu video, metabolik etiketlemenin arkasındaki kavramları ve stratejilerini tanımladı, iki genel prosedürü gözden geçirdi ve tekniklerin bazı kullanımlarını kapsıyordu. 
İzlediğiniz için teşekkürler! 
</div>

Metabolik Etiketleme

Metabolic labeling is used to probe the biochemical transformations and modifications that occur in a cell. This is accomplished by using chemical analogs ...

Metabolik etiketleme, bir hücrenin mekanizmasını araştırmak için kullanılır. Bu, meydana gelen biyokimyasal dönüşümleri ve modifikasyonları araştırmak için kimyasal analoglar kullanılarak gerçekleştirilir. Bu videoda metabolik etiketleme ilkeleri, tipik izotopik ve fotoreaktif etiketleme prosedürleri ve bazı uygulamalar gösterilecektir. Metabolik etiketleme bir dizi strateji kullanılarak gerçekleştirilebilir. Burada izotopik, fotoreaktif ve biyo-ortogonal etiketlemeyi açıklayacağız. İzotopik etiketleme, kimyasal olarak doğal muadilleriyle aynı olan, ancak yapılarına dahil edilmiş nadir izotoplara sahip yapısal analoglar kullanılarak gerçekleştirilir. Bu L-lizin analogunda, karbon ve nitrojen atomları karbon-13 ve nitrojen-15 ile değiştirilir. İzotopik analogların varlığında kültürlenen hücreler, bunları biyokimyasal yapılarına dahil edecektir. Metabolitler hücrelerden toplanır ve analiz için saflaştırılır. Kararlı izotoplara sahip numuneler, kütle spektrometresi veya NMR spektroskopisi gibi teknikler kullanılarak analiz edilir. Radyoaktif etiketli numuneler, izotopik etiketleme protokolünde gösterilecek olan sıvı sintilasyon sayımı ve x-ışını filmleri kullanılarak analiz edilir. Fotoreaktif etiketler, ultraviyole ışığa maruz kalana kadar stabil olan proteinlere dahil edilen fonksiyonel gruplardır. Fonksiyonel grup, en yakın proteine bağlanan reaktif bir radikal oluşturur. Yaygın bir örnek olan L-foto-lösin, fotoreaktif bir çapraz bağlayıcı olan bir diazirin halkası içerir. İzotopik etiketlemenin aksine, foto-reaktif kimyasal analoglar ile doğal muadilleri arasında bazı kimyasal farklılıklar vardır. Hücreler tercihen analoglara göre doğal bileşikleri içerebilir. Bu nedenle, taklit edilen bileşikten arındırılmış ortamda foto-reaktif etiketleme yapmak önemlidir. Ultraviyole radyasyona maruz kaldığında, etiketli bir proteindeki foto-reaktif gruplar kararsız ve oldukça reaktif hale gelir, bu da etkileşen proteinlerle çapraz bağlanmasına ve bir protein kompleksi oluşturmasına neden olur. Çapraz bağlı kompleksler, daha sonra SDS-PAGE ve kütle spektrometresi yöntemleri kullanılarak analiz edilebilen anlık görüntüler olarak işlev görür. Bu, reaksiyon türlerini tanımlayarak metabolik yolda hangi reaksiyonların meydana geldiğine ve bağlanma bölgelerini belirleyerek nasıl etkileşime girdiklerine dair içgörüler sağlar. Biyoortogonal etiketleme stratejileri, doğal biyomoleküllerle çok az reaktivitesi olan veya hiç reaktivitesi olmayan küçük fonksiyonel gruplara sahip analogları kullanır. Örneğin, azidler, reaktivitesinin biyokimyasal reaksiyonlara ortogonal olduğu söylenen küçük fonksiyonel gruplardır. Staudinger ligasyonunda, bir fosfin grubu azido grubuna saldırır. Bu, yakındaki bir ester ile molekül içi olarak reaksiyona giren ve amin bağlı bir ligand ile sonuçlanan bir geçiş durumu verir. Biyomoleküllere dahil edilen biyoortogonal fonksiyonel gruplar, floresan fonksiyonel gruplar gibi algılama etiketleri ve antijenler gibi afinite etiketleri ile bağlanabilir. Metabolik etiketleme için bazı kavramlar ve stratejiler tartışıldığına göre, şimdi laboratuvardaki sürece bakalım. Bir metabolik etiketleme deneyinin ilk adımı, ilgilenilen proteini toplamaktır. Bunu yapmak için, hücreler bir plaka üzerinde büyütülür ve istenen proteinin sentezini teşvik etmek için bir ekspresyon yöntemi kullanılır. Bu örnekte, lösin açısından zengin tekrar kinazlar veya LRRK ifade edilir. Analog olarak radyoaktif fosfor-32 içeren disodyum fosfat kullanılır. İyonlaştırıcı radyasyona karşı korunmak için uygun önlemler alınmalıdır. Bu, bir çalışma alanı kurmayı, uygun koruyucu ekipman giymeyi ve radyoaktif kirlenmeyi kontrol etmeyi içerir. Güvenlik önlemleri alındıktan sonra, izotopik analogları içeren ortam hazırlanır. Kültürden ortam çıkarılır ve izotopik kimyasal analogları içeren bir ortamla değiştirilir ve daha sonra inkübe edilir. İnkübasyonun ardından hücreler parçalanır. Lizat toplanır ve saflaştırılır. Saflaştırmadan sonra, proteinler SDS-PAGE kullanılarak çözülür ve daha sonra bir PVDF membranına aktarılır. Otoradyografi, zarın x-ışını filmine maruz bırakılmasıyla gerçekleştirilir ve bir fosfor görüntüleyici kullanılarak ölçülür. Western blotlama, PVDF membranındaki nispi protein seviyelerini ölçmek için kullanılır. Bu örnekte, 293T hücrelerinde sentezlenen lösin açısından zengin tekrar kinazların fosforilasyon seviyeleri ölçülmüştür. Otoradyogram, proteine ne kadar fosfor dahil edildiğini gösterir. Western blotlama, LRRK proteinlerinin seviyelerini aydınlatır. Proteinlerin fosforilasyon seviyelerinin kantitatif verilerini elde etmek için görüntü analiz yazılımı kullanılır. Bu sonraki prosedürde, fotoreaktif etiketleme gösterilmiştir. İlk olarak, hücreler hazırlanır ve kültürlenir. Fotoreaktif analog, orta log fazında hücrelere eklenir ve inkübe edilir. Bu prosedürde p-benzoilfenilalanin kullanılır. Numuneler aralıklarla toplanır ve buz üzerine konur. Numuneler daha sonra zaman içinde biyokimyasal yolların anlık görüntülerini elde etmek için maruz bırakılır. İlgilenilen proteinler daha sonra SDS-PAGE kullanılarak saflaştırılır ve çözülür. İlgilenilen protein ile etkileşime giren bileşikleri tanımlamak için bir fotoreaktif etiketleme stratejisi kullanıldı. Western blotlama ile immünosektesit, ışınlanmış numunelerde daha yüksek moleküler ağırlıklı proteinlerin bulunduğunu gösteren protein bantlarını gösterir. Bunlar, UV ışınlaması sırasında meydana gelen protein-protein etkileşimi nedeniyle çapraz bağlanmadan kaynaklanır. Artık metabolik etiketleme prosedürlerini gözden geçirdiğimize göre, işlemin kullanıldığı bazı yollara bakalım. Metabolik etiketleme kavramları çok hücreli organizmaları kapsayacak şekilde genişletilebilir. Bitkiler, üretilen etiketli bitki materyali için kararlı izotoplar açısından zengin, kapalı bir ortamda yetiştirilir. Muhafazaya karbon-13 içeren karbondioksit eklenirken, azot-15 bakımından zengin gübre kullanılır. Elde edilen hasat edilmiş bitki materyali, ekosistemden karbon ve nitrojen döngüsü ile ilgili soruların yanıtlanmasına yardımcı olabilir. Etiketleme, yeni sentezlenen RNA'nın eski RNA'dan ayrılmasını sağlar. Analogun başlangıç konsantrasyonunu değiştirerek, yeni RNA sentezinin kinetiği belirlenebilir. Sonuçlar, 4-tiyouridin konsantrasyonunun ne kadar yeni RNA'nın kopyalandığını etkilediğini göstermektedir. Ek olarak, etiketin RNA'ya dahil edilme oranları bir spektrofotometre ile doğrudan ölçülebilir. Biortogonal tıklama kimyası kullanılarak, bir zebra balığı embriyosundaki glikanlar etiketlenebilir. Yumurtalara, glikanlar üzerinde alkin etiketleriyle sonuçlanan bir etiketleme bileşiği enjekte edilir. Larvalardaki glikanlar daha sonra istenen gelişme aşamasında bir boya bileşiğine bağlanır. Embriyolardaki glikanlar daha sonra görüntülenir. Farklı zaman noktalarında üretilen glikanlar, embriyo gelişiminin farklı aşamalarında farklı renkler kullanılarak etiketlenerek tanımlanabilir. Az önce JoVE'nin metabolik etiketleme ile ilgili videosunu izlediniz. Bu video, metabolik etiketlemenin arkasındaki kavramları ve stratejilerini tanımladı, iki genel prosedürü gözden geçirdi ve tekniklerin bazı kullanımlarını kapsıyordu. İzlediğiniz için teşekkürler!

Education

JoVE Science Education

Chemistry

Kimya

Biochemistry

Biyokimya

tracking cell chemistry with metabolic labels

Metabolic labeling tracks cell chemistry by using chemical analogs that cells take up and build into biomolecules. These labels help scientists follow biochemical changes and modifications inside cells. The labeled products can then be studied with tools such as SDS-PAGE and NMR to learn more about metabolic pathways.

Several labeling strategies are shown here. Isotopic labeling uses analogs that match the natural molecule but contain uncommon isotopes, such as carbon-13 and nitrogen-15 in an L-lysine analog. Photoreactive labeling uses groups that stay stable until they are exposed to ultraviolet light. Bioorthogonal labeling uses small functional groups, such as azides, that do not normally react with other biomolecules.

Isotopic labels are added to cultured cells, and the cells build them into their proteins and metabolites. The collected samples are purified and then analyzed by mass spectrometry or NMR spectroscopy when stable isotopes are used. When radioactive labels are used, liquid scintillation counting and x-ray film are used for detection. The protocol shown uses radioactive phosphorus-32 to study phosphorylation of leucine-rich repeat kinases, or LRRK, in 293T cells.

Proper safety steps are needed when working with radioactive material. The work area must be set up carefully, protective equipment must be worn, and the samples must be checked for contamination. After incubation with the labeled medium, the cells are lysed, the lysate is collected, and the proteins are purified. The proteins are then separated by SDS-PAGE, transferred to a PVDF membrane, and detected by autoradiography and Western blotting. Image analysis software is used to quantify phosphorylation levels.

Photoreactive labeling is used to capture protein-protein interactions. In this method, p-benzoylphenylalanine is added to cells during mid-log growth, and samples are collected over time and kept on ice. After UV exposure, the photoreactive group becomes highly reactive and cross-links with nearby proteins. The cross-linked complexes are then purified, run on SDS-PAGE, and examined by Western blotting. Higher molecular weight bands in irradiated samples show that cross-linking has occurred.

Bioorthogonal labeling uses reactions that are separate from normal cell chemistry. In the Staudinger ligation, a phosphine reacts with an azido group and forms a labeled product that can carry detection or affinity tags. This approach is useful for adding fluorescent tags or antigen tags to biomolecules without strongly disturbing their natural behavior.

The same labeling ideas can also be applied to plants, RNA, and embryos. Plants grown in a sealed environment can be labeled with carbon-13 carbon dioxide and nitrogen-15 fertilizer to study carbon and nitrogen cycling. New RNA can be separated from older RNA to measure synthesis kinetics, and the amount of 4-thiouridine affects how much new RNA is transcribed. In zebrafish embryos, glycans can be labeled by click chemistry, dyed at different developmental stages, and imaged in different colors to track when they are made.

Tracking Cell Chemistry with Metabolic Labels

tracking-cell-chemistry-with-metabolic-labels

dialysis: diffusion based separation

Dialysis for Buffer Exchange in Biochemistry

Dialysis is a common biochemistry technique for buffer exchange and desalting. It separates molecules by diffusion through a semipermeable membrane, which lets small molecules pass while holding larger biomolecules inside the sample. The membrane is the key part of the setup. Its pores create a molecular weight cutoff, so a membrane such as a 10 kDa membrane usually keeps molecules larger than 10 kilodaltons inside. This cutoff is not exact, because membranes have a range of pore sizes.

enzyme assays and kinetics

Measuring Enzyme Reaction Rates

Enzyme reaction rates can be measured with assays that track how substrate or product levels change over time. Enzymes are proteins, or sometimes RNAs, that speed up chemical reactions by lowering the activation energy needed to start them. They act on a specific substrate and help form a product that supports life processes. Enzymatic reactions are often described in three steps. First, the substrate binds to the enzyme active site and forms an enzyme-substrate complex. That complex can fall...

maldi-tof mass spectrometry

How MALDI-TOF Reads Biomolecules

MALDI-TOF mass spectrometry reads biomolecules by using a laser, a matrix, and a time-of-flight analyzer. MALDI, or matrix-assisted laser desorption ionization, helps fragile molecules keep their structure while they are moved into the mass analyzer. The analyzer then separates compounds based on size and charge. In MALDI, the sample is mixed into a matrix, usually an organic compound with aromatic and conjugated double bonds. A laser pulse strikes the spot, and the matrix absorbs most of the...

tandem mass spectrometry

Tandem Mass Spectrometry for Biomolecule Analysis

Tandem mass spectrometry is used to isolate a biomolecule and break it into smaller pieces so its makeup can be studied. Because biomolecules often have large, complex structures, it can be hard to identify their molecular composition and sequence from a single measurement. By linking mass spectrometers in series, the technique first selects one ion and then analyzes the fragments it produces. The process starts with an ion source that converts the sample into ions. A mass analyzer then...

protein crystallization

Protein Crystals for Structure Analysis

Protein crystals help scientists study protein structure and function. A crystal is a solid lattice made from purified protein molecules. These crystals are useful in structural biology because they reveal details that methods like mass spectrometry and SDS-PAGE cannot show on their own. Protein crystallization is paired with recombinant protein expression and x-ray diffraction to support this work. The process starts with a large amount of very pure protein. Researchers often make that...

chromatography-based biomolecule purification methods

chromatography-based-biomolecule-purification-methods

Protein Purification with SEC and IMAC

Protein purification with size-exclusion chromatography and affinity chromatography helps isolate biomolecules from complex mixtures. These methods are common in biochemistry because purified samples are needed before a biomolecule’s properties and activity can be studied. The video focuses on the principles behind size-exclusion chromatography, affinity chromatography, and immobilized metal affinity chromatography, or IMAC. Size-exclusion chromatography, or SEC, separates molecules by size. A...

two-dimensional gel electrophoresis

Protein Mapping with 2D Gel Electrophoresis

Protein mapping with 2D gel electrophoresis separates complex protein mixtures across two steps. The method combines isoelectric focusing, or IEF, with sodium dodecyl sulfate polyacrylamide gel electrophoresis, or SDS-PAGE. Together, these methods can resolve thousands of biomolecules from a single sample by their isoelectric point and molecular weight. The first dimension is IEF. Each protein has an isoelectric point, or pI, which is the pH where its net charge is zero. Proteins are loaded...

metabolic labeling

Metabolic labeling tracks cell chemistry by using chemical analogs that cells take up and build into biomolecules. These labels help scientists follow biochemical changes and modifications inside cells. The labeled products can then be studied with tools such as SDS-PAGE and NMR to learn more about metabolic pathways. Several labeling strategies are shown here. Isotopic labeling uses analogs that match the natural molecule but contain uncommon isotopes, such as carbon-13 and nitrogen-15 in an...

electrophoretic mobility shift assay (emsa)

electrophoretic-mobility-shift-assay-emsa

Detecting Protein-DNA Binding by EMSA

Electrophoretic mobility shift assay, or EMSA, is a biochemical method used to detect binding between proteins and nucleic acids. It is also called a gel shift assay. The test compares how a labeled nucleic acid moves through a gel before and after it binds a protein. EMSA is used to see whether a specific protein binds to a specific nucleic acid. First, the nucleic acid is labeled to make a probe. The transcript describes radioactive phosphorus-32 as a common label. The probe is then mixed...

photometric protein determination

Measuring Protein Concentration with Absorbance

Measuring protein concentration with absorbance is a key step in many biochemical assays. Photometric methods use the fact that samples with more light-absorbing material transmit less light. Because concentration and absorption are directly related, this makes it possible to measure an unknown sample. The core idea comes from the Beer-Lambert Law. This law states that the concentration of a light-absorbing species is proportional to its absorbance. The video also introduces the Bradford assay...

density gradient ultracentrifugation

Sucrose Gradient Separation in an Ultracentrifuge

Sucrose gradient separation in an ultracentrifuge is a lab method for isolating cell parts and biomolecules. It uses differences in density to make particles sink or rise in a liquid. A high-speed ultracentrifuge speeds up this process so components can be separated without destroying them. The basic idea starts with a suspension, which is particles mixed in a liquid solvent. Particles that are denser than the solvent sediment, while less dense particles float. A rotor inside the...

co-immunoprecipitation and pull-down assays

co-immunoprecipitation-and-pull-down-assays

Protein Interaction Capture Methods in Cells

Co-immunoprecipitation and pull-down assays are laboratory methods used to capture stable protein-protein interactions. Protein-protein interactions help control many biological functions, but many of them have not yet been identified. These assays are related to immunoprecipitation, which isolates a target protein from a mixed sample using an antibody. In co-immunoprecipitation, or CoIP, an antibody binds the target protein, and that protein is already attached to another protein that the...

reconstitution of membrane proteins

Membrane Proteins in Liposome Models

Membrane proteins can be moved into liposome models so their function can be studied outside a cell. Reconstitution means restoring an isolated biomolecule to a working form. For membrane proteins, that usually means placing a purified protein into an artificial lipid membrane. Cell membranes are made mainly of phospholipids and membrane proteins. The phospholipids form a bilayer with hydrophilic phosphate heads facing water and hydrophobic fatty acid tails facing inward. Some membrane...

f&#246;rster resonance energy transfer (fret)

FRET as a Molecular Ruler in Cells

Föster resonance energy transfer, or FRET, is a way to study close-range biochemical interactions using light-emitting molecules. A donor fluorophore can pass energy to an acceptor fluorophore when their emission and absorption spectra overlap. This transfer happens only when the pair is very close together, usually within 10 nm. Because FRET depends on distance, it is often called a molecular or spectroscopic ruler. The strength of the signal is measured as FRET efficiency, which describes...

surface plasmon resonance (spr)

SPR Biosensors for Tracking Binding Kinetics

Surface plasmon resonance, or SPR, is a way to track biomolecular binding on a label-free biosensor. It is used to measure molecular affinity, kinetics, specificity, and concentration. The method works with a thin metal layer on a prism, where changes in reflected light reveal interactions in real time. SPR sensors use a thin layer of a noble metal on the face of a prism. Light is reflected from the prism-metal interface into a photodetector. At one specific angle, called the surface plasmon...

biochemistry

Bu koleksiyon, afinite kromatografisi gibi yaygın olarak kullanılan saflaştırma yöntemlerinin yanı sıra MALDI-TOF gibi analitik yöntemleri de sunmaktadır. Ayrıca videolar, biyomolekül etkileşimini ve işlevini değerlendirmek için kullanılan ko-immünopresipitasyon ve metabolik etiketleme gibi yöntemleri de sergilemektedir.

Learn how metabolic labels help trace protein changes, protein interactions, RNA synthesis, plant growth, and glycan development in cells and embryos.

Tracking Cell Chemistry with Metabolic Labels | JoVE K12

Life Science

matter-and-energy-in-organisms-and-ecosystems

Matter and Energy in Organisms and Ecosystems

HS-LS1-6.

HS-LS2-4.

Overview

Principles of Metabolic Labeling

Isotopic Labeling Procedure

Photoreactive Labeling Procedure

Applications

Summary

Travelling Waves

A wave is a disturbance that propagates from its source, repeating itself periodically, and is typically associated with simple harmonic motion. ...

Wave Parameters

The simplest mechanical waves are associated with simple harmonic motion and repeat themselves for several cycles. These simple harmonic waves can be ...

Equations of Wave Motion

Mathematically, the motion of a wave can be studied using a wavefunction. Consider a string oscillating up and down in simple harmonic motion, having a ...

Graphing the Wave Function

Consider the wave equation for a sinusoidal wave moving in the positive x-direction. The wave equation is a function of both position and time. From the ...

/files/media/science-education/science-education-thumbs/14721.jpg

Velocity and Acceleration of a Wave

A wave propagates through a medium with a constant speed, known as a wave velocity. It is different from the speed of the particles of the medium, which ...

Speed of a Transverse Wave

The speed of a wave depends on the characteristics of the medium. For example, in the case of a guitar, the strings vibrate to produce the sound. The ...

/files/media/science-education/science-education-thumbs/14722.jpg

problem-solving-tuning-of-a-guitar-string

Problem-Solving: Tuning of a Guitar String

In the case of stringed instruments like the guitar, the elastic property that determines the speed of the sound produced is its linear mass density or ...

/files/media/science-education/science-education-thumbs/14744.jpg

Kinetic and Potential Energy of a Wave

All forms of waves carry energy; this is directly visualized in nature. For instance, the waves of earthquakes are so intense that they can shake huge ...

Energy and Power of a Wave

The total energy associated with a wavelength is the sum of the potential energy and the kinetic energy. The average rate of energy transfer associated ...

Interference and Superposition of Waves

When two waves of the same nature occur in the same region simultaneously, they result in interference. Interference of waves implies that the net effect ...

Reflection of Waves

When a wave travels from one medium to another, it gets reflected at the boundary of the second medium. A common example of this is when a person yells at ...

Propagation of Waves

When a wave propagates from one medium to another, part of it may get reflected in the first medium, and part of it may get transmitted to the second ...

Standing Waves

Sometimes waves do not seem to move; rather, they just vibrate in place. Unmoving waves can be seen on the surface of a glass of milk kept in a ...

/files/media/science-education/science-education-thumbs/12783.jpg

Modes of Standing Waves - I

A close look at earthquakes provides evidence for the conditions appropriate for resonance, standing waves, and constructive and destructive interference. ...

/files/media/science-education/science-education-thumbs/12784.jpg

Modes of Standing Waves: II

The starting point for expressing the modes of standing waves is understanding the boundary conditions that the waves must follow. The boundary conditions ...

/files/media/science-education/science-education-thumbs/14723.jpg

Sound Waves

Sound waves can be thought of as fluctuations in the pressure of a medium through which they propagate. Since the pressure also makes the medium&#39;s ...

Sound as Pressure Waves

Sound waves, which are longitudinal waves, can be modeled as the displacement amplitude varying as a function of the spatial and temporal coordinates. As ...

/files/media/science-education/science-education-thumbs/14724.jpg

Perception of Sound Waves

The human ear is not equally sensitive to all frequencies in the audible range. It may perceive sound waves with the same pressure but different ...

Speed of Sound in Solids and Liquids

Most solids and liquids are incompressible&#8212;their densities remain constant throughout. In the presence of an external force, the molecules tend to ...

Speed of Sound in Gases

The speed of sound in a gaseous medium depends on various factors. Since gases constitute molecules that are free to move, they are highly compressible. ...

Shock Waves

While deriving the Doppler formula for the observed frequency of a sound wave, it is assumed that the speed of sound in the medium is greater than the ...

Echo

The human ear cannot distinguish between two sources of sound if they happen to reach within a specific time interval, typically 0.1 seconds apart. More ...

/files/media/science-education/science-education-thumbs/14729.jpg

Use mathematical representations to support a claim regarding relationships among the period, frequency, wavelength, and speed of waves traveling and transferring energy (amplitude, frequency) in various media.

HS-PS4-1.

Using GIS to Investigate Urban Forestry

Source: Laboratories of Margaret Workman and Kimberly Frye - Depaul University
Urban forests broadly include urban parks, street trees, landscaped ...

Evaluate questions about the advantages of using a digital transmission and storage of information.

HS-PS4-2.

concept-of-resonance-and-its-characteristics

Concept of Resonance and its Characteristics

If a driven oscillator needs to resonate at a specific frequency, then very light damping is required. An example of light damping includes playing piano ...

/files/media/science-education/science-education-thumbs/12772.jpg

Sound Waves: Resonance

Resonance is produced depending on the boundary conditions imposed on a wave. Resonance can be produced in a string under tension with symmetrical ...

Sound Waves: Interference

Sound waves can be modeled either as longitudinal waves, wherein the molecules of the medium oscillate around an equilibrium position, or as pressure ...

Interference: Path Lengths

Consider two sources of sound, that may or may not be in phase, emitting waves at a single frequency, and consider the frequencies to be the same.
Two ...

/files/media/science-education/science-education-thumbs/14727.jpg

The Wave Nature of Light

The nature of light has been a subject of inquiry since antiquity. In the seventeenth century, Isaac Newton performed experiments with lenses and prisms ...

The Electromagnetic Spectrum

The electromagnetic spectrum consists of all the types of electromagnetic radiation arranged according to their frequency and wavelength. Each of the ...

The Quantum-Mechanical Model of an Atom

Shortly after de Broglie published his ideas that the electron in a hydrogen atom could be better thought of as being a circular standing wave instead of ...

Quantum Numbers

It is said that the energy of an electron in an atom is quantized; that is, it can be equal only to certain specific values and can jump from one energy ...

Interference and Diffraction

Source: Yong P. Chen, PhD, Department of Physics &#38; Astronomy, College of Science, Purdue University, West Lafayette, IN
Interference and diffraction ...

Photoelectric Effect

Source: Yong P. Chen, PhD, Department of Physics &#38;&#38; Astronomy, College of Science, Purdue University, West Lafayette, IN
Photoelectric effect ...

Reflection and Refraction

Source: Derek Wilson,&#160;Asantha Cooray, PhD, Department of Physics &#38; Astronomy, School of Physical Sciences, University of California, Irvine, CA
...

Evaluate the claims, evidence, and reasoning behind the idea that electromagnetic radiation can be described either by a wave model or a particle model (quantum theory), and that for some situations one model is more useful than the other.

HS-PS4-3.

Electric Charge in a Magnetic Field

Source: Andrew Duffy, PhD, Department of Physics, Boston University, Boston, MA
This experiment duplicates J.J. Thomson's famous experiment at the end of ...

Electromagnetic Fields

Electric fields generated by static charges, often referred to as electrostatic fields, are characteristically different from electric fields created by ...

Electromagnetic Waves

James Clerk Maxwell formulated a single theory combining all the electric and magnetic effects scientists knew during that time, calling the phenomena his ...

Electromagnetic waves are categorized according to their wavelengths and frequencies, giving the electromagnetic spectrum. These waves are classified as ...

Plane Electromagnetic Waves I

The existence of combined electric and magnetic fields that propagate through space as electromagnetic (EM) waves is the most significant prediction of ...

Plane Electromagnetic Waves II

Consider a plane wavefront traveling in position x-direction with a constant speed. This wavefront can be utilized to obtain the relationship between ...

propagation-speed-of-electromagnetic-waves

Propagation Speed of Electromagnetic Waves

Electromagnetic waves are consistent with Ampere&#39;s law. Assuming there is no conduction current Ampere&#39;s law is given as:


Consider a plane ...

Electromagnetic Waves in Matter

Electromagnetic waves can travel in the vacuum as well as in matter. For example light, which is an electromagnetic wave, can travel through air, water, ...

Energy Carried By Electromagnetic Waves

Anyone who has used a microwave oven knows there is energy in electromagnetic waves. Sometimes, this energy is obvious, such as in the summer sun&#39;s ...

Intensity Of Electromagnetic Waves

The energy transport per unit area per unit time, or the Poynting vector, gives the energy flux of an electromagnetic wave at any specific time. For a ...

Momentum And Radiation Pressure

An object absorbing an electromagnetic wave would experience a force in the direction of propagation of the wave. This force occurs because ...

Cardiac Magnetic Resonance Imaging

Source: Frederick W. Damen and Craig J. Goergen, Weldon School of Biomedical Engineering, Purdue University, West Lafayette, Indiana
In this video, high ...

an-introduction-to-drosophila-melanogaster

An Introduction to Drosophila melanogaster

Drosophila melanogaster, also known as the fruit fly, is a powerful model organism widely used in biological research that has made significant ...

an-introduction-to-the-zebrafish-danio-rerio

An Introduction to the Zebrafish: Danio rerio

Zebrafish (Danio rerio) are small freshwater fish that are used as model organisms for biomedical research. The many strengths of these fish include their ...

Evaluate the validity and reliability of claims in published materials of the effects that different frequencies of electromagnetic radiation have when absorbed by matter.

HS-PS4-4.

Tracking Cell Chemistry with Metabolic Labels

Description

Transcript

Tags

More videos by Standards