Name: protein crystals for structure analysis
Uploaded: 2023-04-30T06:31:18.000Z
Duration: 7 min 39 s
Channel: JoVE

K12 Standards

new-york-state-science-learning-standards

New York State Science Learning Standards

High School

Physical Science

HS. Waves and Electromagnetic Radiation

HS-PS4-5.

Protein Crystallization

Protein kristalizasyonu, biyomoleküllerden oluşan katı bir kafes elde edilmesi, protein yapısını aydınlatır ve protein fonksiyonunun incelenmesini sağlar. Kristalizasyon, saflaştırılmış proteinin pH, sıcaklık, iyonik kuvvet ve protein konsantrasyonu dahil olmak üzere birçok faktörün bir kombinasyonu altında kurutulmasını içerir. Kristaller elde edildikten sonra, protein yapısı, x-ışını kırınımı ve bir elektron yoğunluğu modelinin hesaplanması ile açıklanabilir. 
Bu video protein kristalizasyonunu tanıtır ve genel bir prosedürü gösterir. Protein ekspresyonu ve saflaştırılması, kristalizasyon ve x-ışını kırınımı prosedürde ele alınmaktadır. Protein kristalizasyonu uygulamaları arasında in silico ilaç tasarımı, bağlanma yeri belirleme ve membran protein yapısı analizi yer alır.

protein kristalizasyonu

Protein kristalizasyonu, biyomoleküllerden oluşan katı bir kafes elde edilmesi, protein yapısını aydınlatır ve protein fonksiyonunun incelenmesini sağlar. Kristalizasyon, saflaştırılmış proteinin pH, sıcaklık, iyonik kuvvet ve protein konsantrasyonu dahil olmak üzere birçok faktörün bir kombinasyonu altında kurutulmasını içerir. Kristaller elde edildikten sonra, protein yapısı, x-ışını kırınımı ve bir elektron yoğunluğu modelinin hesaplanması ile açıklanabilir. 
Bu video protein kristalizasyonunu tanıtır ve genel bir prosedürü gösterir. Protein ekspresyonu ve saflaştırılması, kristalizasyon ve x-ışını kırınımı prosedürde ele alınmaktadır. Protein kristalizasyonu uygulamaları arasında in silico ilaç tasarımı, bağlanma yeri belirleme ve membran protein yapısı analizi yer alır. 
<div class="chapter_text" id="script_0">
Protein kristalizasyonu, bir proteinin kafesli katı bir formunun elde edilmesi işlemidir. Bu kristaller, protein fonksiyonunun incelenmesine yardımcı olan yapısal biyologlar için özellikle değerlidir. Kütle spesifikasyonu veya SDS-PAGE gibi diğer teknikler, yalnızca proteinlerin tek boyutlu yapısı hakkında bilgi sağlayabilir. Protein kristalizasyonu, rekombinant protein ekspresyonu ve x-ışını kırınımı teknikleri ile tamamlanır. Bu video, protein kristalizasyonunun ilkelerini, genel bir laboratuvar prosedürünü ve biyokimyasal alandaki çeşitli uygulamalarını gösterecektir. 
</div>
<div class="chapter_text" id="script_1">
İşlemde gerekli olan ilk adım, tipik olarak rekombinant protein ekspresyonu kullanılarak miligram miktarlarda çok saf protein elde etmektir. İlgilenilen proteine karşılık gelen gen, bir ekspresyon vektörüne klonlanır ve eksprese edilen protein, afinite kromatografisi ile saflaştırmaya yardımcı olmak için poli-histidin gibi bir afinite etiketine kaynaştırılır. Daha fazla bilgi edinmek için bu koleksiyonun afinite kromatografisi hakkındaki videosuna bakın. 
Saflaştırılmış proteinin kristaller halinde oluşumu, pH, iyonik kuvvet, çökeltici ve protein konsantrasyonları, sıcaklık ve denge hızı dahil olmak üzere birçok faktörün uygun kombinasyonuna bağlıdır. Kullanılan en yaygın yöntem, iki kategorisi olan buhar difüzyonudur: asılı damla ve oturan damla. Su moleküllerini bağlayan, protein için su mevcudiyetini azaltan ve daha yüksek protein konsantrasyonunu taklit eden iyonik bir katı olan saf protein, tampon ve çökeltici içeren bir damlacık, aynı tampon ve çökelticinin daha yüksek konsantrasyonlu bir karışımına sahip bir rezervuar ile kapalı bir mikro kuyu içindedir. Başlangıçta, protein ve çökeltici konsantrasyonları kristalleşmeye neden olamayacak kadar düşüktür. Deney sırasında, su damlacıktan buharlaşır ve rezervuarda toplanır; Damlacıktaki su miktarındaki bir azalma, sistemin aşırı doymuş hale gelmesine neden olur ve çekirdeklenme ve ardından kristalleşme meydana gelebilir. Damlacıktan net su transferi dengededir ve işlem tamamlanana kadar sistem korunur. 
3D yapıyı görselleştirmek için x-ışını kırınımı kullanılır. Bir kristalden x-ışını verileri elde etmek için, tüm açılarda ışına maruz kaldığı monokromatik bir x-ışını demetine yerleştirilir. Her pozlama, her noktanın kristalden çıkan ve bir dedektör tarafından kaydedilen kırınımlı bir x-ışını olduğu bir görüntü sağlar. Veriler, kristal içindeki atomların düzenlenmesinin bir modelini üretmek için birleştirilir. Ortaya çıkan kristal yapı, tipik olarak 2 angstrom çözünürlüğü ile atomların 3 boyutlu yerleşimini gösterir. 

</div>
<div class="chapter_text" id="script_2">
Artık protein kristalizasyonunun ilkelerini ele aldığımıza göre, genelleştirilmiş bir protokole bakalım. 
Prosedüre başlamak için, ilgilenilen geni içeren bir ekspresyon vektörü hücrelere dönüştürülür. Hücreler inkübe edilir ve orta log fazında, genin mRNA'sının transkripsiyonunu tetikleyen IPTG gibi bir indükleyici eklenerek ekspresyon başlatılır. Protein ekspresyonundan sonra, ham materyal lizis tamponunda süspanse edilir ve daha sonra santrifüjleme ile arıtılır. 
Arıtılmış lizat daha sonra bir nikel kolonuna yüklenir ve polihistidin etiketli protein, diğer tüm biyomoleküller yıkanırken kolona bağlanır. 
Birkaç miligram saf protein elde edildikten sonra, buhar difüzyonu ile kristalleşmeye hazırdır. 24 kuyulu asılı/oturan bir damla tepsisi, değişen konsantrasyonlarda sodyum klorür ve sodyum asetat tampon çözeltileri ile doldurulur. Oturarak bırakma yöntemi için, her bir oyuğun üzerindeki rafa eşit hacimlerde protein ve rezervuar çözeltisi pipetlenir ve ardından tepsi şeffaf bantla kaplanır. Tepsi daha sonra bir inkübasyon odasına yerleştirilir ve kuyucuklar ertesi gün, ardından birkaç günde bir büyüme açısından izlenir. 
Uygun bir kristal elde edildikten sonra, x-ışını kırınım analizi için hazırdır. Kristal, kristali seçilen yönlerde konumlandırmak için bir gonyometre üzerine monte edilmiştir. Kristal, tüm açılarda monokromatik bir x-ışını demeti ile aydınlatılır ve bir kırınım modeli oluşturur. Yazılım, farklı yönlerde çekilen iki boyutlu görüntüleri, kristaldeki atomların konumlarını belirleyerek kristal içindeki elektron yoğunluğunun üç boyutlu bir modeline dönüştürür. 
</div>
<div class="chapter_text" id="script_3">
Şimdi bir prosedürü gözden geçirdiğimize göre, protein kristalizasyonunun bazı yararlı uygulamalarını ve başka bir kristalizasyon tekniğini gözden geçirelim. 
Protein kristalizasyonu, in silico ilaç tasarımı için kullanılabilir. Memelilerde viral enfeksiyonla bağlantılı olan İnfluenza virüsünün polimeraz temel protein 2'nin üç boyutlu yapısı, kristalizasyon ve x-ışını kırınımı ile belirlendi. Proteindeki potansiyel bağlanma bölgeleri görselleştirilir ve bir yerleştirme programı kullanılarak, proteindeki bir yarığa girecek üç boyutlu bir molekül tasarlanmıştır. 
Protein-DNA komplekslerinin birlikte kristalizasyonu da yararlı bir tekniktir. DNA bağlayıcı proteinler, transkripsiyon ve DNA polimerizasyonu ve DNA onarımı gibi çok çeşitli biyolojik fonksiyonları modüle eder; Ve bu komplekslerin kristal yapıları, protein fonksiyonu, mekanizması ve spesifik etkileşimin doğası hakkında fikir verebilir. DNA replikasyonunun negatif bir düzenleyicisi olan E. coli proteini SeqA, hemimetillenmiş DNA ile birlikte kristalize edildi. 
G-proteinine bağlı reseptörler veya GCPR'ler gibi integral zar proteinlerinin, füzyon-protein destekli protein kristalizasyonunun gelişmesine yol açan kristal kafes kontakları oluşturmak için mevcut olan sınırlı miktarda polar yüzey alanı nedeniyle kristalleşmesi zordur. β2 adrenerjik reseptörü, bir GCPR ve bir lizozimi kodlayan genler bir ekspresyon vektörüne yerleştirildi. β2AR-lizozim füzyon proteininin kristalizasyonu, kristal kafes içinde paketleme etkileşimleri oluşturmak için gerekli olan lizozim tarafından sağlanan doğal olarak hidrofobik β2AR üzerindeki hücre dışı hidrofilik yüzey nedeniyle elde edildi. 
</div>
<div class="chapter_text" id="script_4">
Az önce JoVE'nin protein kristalizasyonu ile ilgili videosunu izlediniz. Bu video, ilkelerini, genelleştirilmiş bir protokolü ve biyomedikal alandaki bazı kullanımlarını açıkladı. İzlediğiniz için teşekkürler! 
</div>

Protein Kristalizasyonu

Protein crystallization, obtaining a solid lattice of biomolecules, elucidates protein structure and enables the study of protein function. ...

Protein kristalizasyonu, bir proteinin kafesli katı bir formunun elde edilmesi işlemidir. Bu kristaller, protein fonksiyonunun incelenmesine yardımcı olan yapısal biyologlar için özellikle değerlidir. Kütle spesifikasyonu veya SDS-PAGE gibi diğer teknikler, yalnızca proteinlerin tek boyutlu yapısı hakkında bilgi sağlayabilir. Protein kristalizasyonu, rekombinant protein ekspresyonu ve x-ışını kırınımı teknikleri ile tamamlanır. Bu video, protein kristalizasyonunun ilkelerini, genel bir laboratuvar prosedürünü ve biyokimyasal alandaki çeşitli uygulamalarını gösterecektir. İşlemde gerekli olan ilk adım, tipik olarak rekombinant protein ekspresyonu kullanılarak miligram miktarlarda çok saf protein elde etmektir. İlgilenilen proteine karşılık gelen gen, bir ekspresyon vektörüne klonlanır ve eksprese edilen protein, afinite kromatografisi ile saflaştırmaya yardımcı olmak için poli-histidin gibi bir afinite etiketine kaynaştırılır. Daha fazla bilgi edinmek için bu koleksiyonun afinite kromatografisi hakkındaki videosuna bakın. Saflaştırılmış proteinin kristaller halinde oluşumu, pH, iyonik kuvvet, çökeltici ve protein konsantrasyonları, sıcaklık ve denge hızı dahil olmak üzere birçok faktörün uygun kombinasyonuna bağlıdır. Kullanılan en yaygın yöntem, iki kategorisi olan buhar difüzyonudur: asılı damla ve oturan damla. Su moleküllerini bağlayan, protein için su mevcudiyetini azaltan ve daha yüksek protein konsantrasyonunu taklit eden iyonik bir katı olan saf protein, tampon ve çökeltici içeren bir damlacık, aynı tampon ve çökelticinin daha yüksek konsantrasyonlu bir karışımına sahip bir rezervuar ile kapalı bir mikro kuyu içindedir. Başlangıçta, protein ve çökeltici konsantrasyonları kristalleşmeye neden olamayacak kadar düşüktür. Deney sırasında, su damlacıktan buharlaşır ve rezervuarda toplanır; Damlacıktaki su miktarındaki bir azalma, sistemin aşırı doymuş hale gelmesine neden olur ve çekirdeklenme ve ardından kristalleşme meydana gelebilir. Damlacıktan net su transferi dengededir ve işlem tamamlanana kadar sistem korunur. 3D yapıyı görselleştirmek için x-ışını kırınımı kullanılır. Bir kristalden x-ışını verileri elde etmek için, tüm açılarda ışına maruz kaldığı monokromatik bir x-ışını demetine yerleştirilir. Her pozlama, her noktanın kristalden çıkan ve bir dedektör tarafından kaydedilen kırınımlı bir x-ışını olduğu bir görüntü sağlar. Veriler, kristal içindeki atomların düzenlenmesinin bir modelini üretmek için birleştirilir. Ortaya çıkan kristal yapı, tipik olarak 2 angstrom çözünürlüğü ile atomların 3 boyutlu yerleşimini gösterir. Artık protein kristalizasyonunun ilkelerini ele aldığımıza göre, genelleştirilmiş bir protokole bakalım. Prosedüre başlamak için, ilgilenilen geni içeren bir ekspresyon vektörü hücrelere dönüştürülür. Hücreler inkübe edilir ve orta log fazında, genin mRNA'sının transkripsiyonunu tetikleyen IPTG gibi bir indükleyici eklenerek ekspresyon başlatılır. Protein ekspresyonundan sonra, ham materyal lizis tamponunda süspanse edilir ve daha sonra santrifüjleme ile arıtılır. Arıtılmış lizat daha sonra bir nikel kolonuna yüklenir ve polihistidin etiketli protein, diğer tüm biyomoleküller yıkanırken kolona bağlanır. Birkaç miligram saf protein elde edildikten sonra, buhar difüzyonu ile kristalleşmeye hazırdır. 24 kuyulu asılı/oturan bir damla tepsisi, değişen konsantrasyonlarda sodyum klorür ve sodyum asetat tampon çözeltileri ile doldurulur. Oturarak bırakma yöntemi için, her bir oyuğun üzerindeki rafa eşit hacimlerde protein ve rezervuar çözeltisi pipetlenir ve ardından tepsi şeffaf bantla kaplanır. Tepsi daha sonra bir inkübasyon odasına yerleştirilir ve kuyucuklar ertesi gün, ardından birkaç günde bir büyüme açısından izlenir. Uygun bir kristal elde edildikten sonra, x-ışını kırınım analizi için hazırdır. Kristal, kristali seçilen yönlerde konumlandırmak için bir gonyometre üzerine monte edilmiştir. Kristal, tüm açılarda monokromatik bir x-ışını demeti ile aydınlatılır ve bir kırınım modeli oluşturur. Yazılım, farklı yönlerde çekilen iki boyutlu görüntüleri, kristaldeki atomların konumlarını belirleyerek kristal içindeki elektron yoğunluğunun üç boyutlu bir modeline dönüştürür. Şimdi bir prosedürü gözden geçirdiğimize göre, protein kristalizasyonunun bazı yararlı uygulamalarını ve başka bir kristalizasyon tekniğini gözden geçirelim. Protein kristalizasyonu, in silico ilaç tasarımı için kullanılabilir. Memelilerde viral enfeksiyonla bağlantılı olan İnfluenza virüsünün polimeraz temel protein 2'nin üç boyutlu yapısı, kristalizasyon ve x-ışını kırınımı ile belirlendi. Proteindeki potansiyel bağlanma bölgeleri görselleştirilir ve bir yerleştirme programı kullanılarak, proteindeki bir yarığa girecek üç boyutlu bir molekül tasarlanmıştır. Protein-DNA komplekslerinin birlikte kristalizasyonu da yararlı bir tekniktir. DNA bağlayıcı proteinler, transkripsiyon ve DNA polimerizasyonu ve DNA onarımı gibi çok çeşitli biyolojik fonksiyonları modüle eder; Ve bu komplekslerin kristal yapıları, protein fonksiyonu, mekanizması ve spesifik etkileşimin doğası hakkında fikir verebilir. DNA replikasyonunun negatif bir düzenleyicisi olan E. coli proteini SeqA, hemimetillenmiş DNA ile birlikte kristalize edildi. G-proteinine bağlı reseptörler veya GCPR'ler gibi integral zar proteinlerinin, füzyon-protein destekli protein kristalizasyonunun gelişmesine yol açan kristal kafes kontakları oluşturmak için mevcut olan sınırlı miktarda polar yüzey alanı nedeniyle kristalleşmesi zordur. ?2 adrenerjik reseptör, bir GCPR ve bir lizozim kodlayan genler bir ekspresyon vektörüne yerleştirildi. ?2AR-lizozim füzyon proteininin kristalizasyonu, kristal kafes içinde paketleme etkileşimleri oluşturmak için gerekli olan lizozim tarafından sağlanan doğal olarak hidrofobik ?2AR üzerinde artan hücre dışı hidrofilik yüzey nedeniyle elde edildi. Az önce JoVE'nin protein kristalizasyonu ile ilgili videosunu izlediniz. Bu video, ilkelerini, genelleştirilmiş bir protokolü ve biyomedikal alandaki bazı kullanımlarını açıkladı. İzlediğiniz için teşekkürler!

Education

JoVE Science Education

Chemistry

Kimya

Biochemistry

Biyokimya

protein crystals for structure analysis

Protein crystals help scientists study protein structure and function. A crystal is a solid lattice made from purified protein molecules. These crystals are useful in structural biology because they reveal details that methods like mass spectrometry and SDS-PAGE cannot show on their own. Protein crystallization is paired with recombinant protein expression and x-ray diffraction to support this work.

The process starts with a large amount of very pure protein. Researchers often make that protein using recombinant expression. The gene of interest is placed in an expression vector, and the protein is given an affinity tag, such as a poly-histidine tag, so it can be purified by affinity chromatography. After purification, the protein is ready for crystal growth.

Crystal formation depends on several conditions. These include pH, ionic strength, protein concentration, precipitant concentration, temperature, and the rate of equilibration. The most common approach is vapor diffusion. In hanging drop and sitting drop setups, a droplet of protein, buffer, and precipitant sits in a sealed chamber with a reservoir that has a more concentrated solution. As water leaves the droplet and moves toward the reservoir, the drop becomes supersaturated. That change can lead to nucleation and then crystal growth.

Once a crystal forms, x-ray diffraction is used to study its 3D structure. The crystal is placed in a monochromatic x-ray beam and exposed from many angles. Each exposure creates a pattern of diffracted spots that a detector records. Software combines the data into a model of electron density and the atom positions in the crystal. The resulting structure can reach about 2 angstroms of resolution.

A general laboratory workflow includes transformation of the expression vector into cells, induction with IPTG during mid-log growth, lysis, centrifugation, and purification on a nickel column. After several milligrams of pure protein are collected, the sample is set up in a 24-well hanging or sitting drop tray. Different sodium chloride and sodium acetate buffer conditions are tested, and the wells are checked for crystal growth over time. When a suitable crystal appears, it is mounted on a goniometer and analyzed by x-ray diffraction.

Protein crystallization has several important uses. It supports in silico drug design by helping scientists see binding sites, as shown with influenza virus polymerase basic protein 2 and a designed docking molecule. It also helps study protein-DNA complexes, such as SeqA bound to hemimethylated DNA, which can reveal how proteins control transcription, DNA polymerization, and DNA repair. Membrane proteins like G-protein coupled receptors are harder to crystallize because they have limited polar surface area for crystal contacts. Fusion-protein-assisted crystallization can help, as seen with the beta2 adrenergic receptor fused to lysozyme.

Protein Crystals for Structure Analysis

dialysis: diffusion based separation

Dialysis for Buffer Exchange in Biochemistry

Dialysis is a common biochemistry technique for buffer exchange and desalting. It separates molecules by diffusion through a semipermeable membrane, which lets small molecules pass while holding larger biomolecules inside the sample. The membrane is the key part of the setup. Its pores create a molecular weight cutoff, so a membrane such as a 10 kDa membrane usually keeps molecules larger than 10 kilodaltons inside. This cutoff is not exact, because membranes have a range of pore sizes.

enzyme assays and kinetics

Measuring Enzyme Reaction Rates

Enzyme reaction rates can be measured with assays that track how substrate or product levels change over time. Enzymes are proteins, or sometimes RNAs, that speed up chemical reactions by lowering the activation energy needed to start them. They act on a specific substrate and help form a product that supports life processes. Enzymatic reactions are often described in three steps. First, the substrate binds to the enzyme active site and forms an enzyme-substrate complex. That complex can fall...

maldi-tof mass spectrometry

How MALDI-TOF Reads Biomolecules

MALDI-TOF mass spectrometry reads biomolecules by using a laser, a matrix, and a time-of-flight analyzer. MALDI, or matrix-assisted laser desorption ionization, helps fragile molecules keep their structure while they are moved into the mass analyzer. The analyzer then separates compounds based on size and charge. In MALDI, the sample is mixed into a matrix, usually an organic compound with aromatic and conjugated double bonds. A laser pulse strikes the spot, and the matrix absorbs most of the...

tandem mass spectrometry

Tandem Mass Spectrometry for Biomolecule Analysis

Tandem mass spectrometry is used to isolate a biomolecule and break it into smaller pieces so its makeup can be studied. Because biomolecules often have large, complex structures, it can be hard to identify their molecular composition and sequence from a single measurement. By linking mass spectrometers in series, the technique first selects one ion and then analyzes the fragments it produces. The process starts with an ion source that converts the sample into ions. A mass analyzer then...

protein crystallization

Protein crystals help scientists study protein structure and function. A crystal is a solid lattice made from purified protein molecules. These crystals are useful in structural biology because they reveal details that methods like mass spectrometry and SDS-PAGE cannot show on their own. Protein crystallization is paired with recombinant protein expression and x-ray diffraction to support this work. The process starts with a large amount of very pure protein. Researchers often make that...

chromatography-based biomolecule purification methods

chromatography-based-biomolecule-purification-methods

Protein Purification with SEC and IMAC

Protein purification with size-exclusion chromatography and affinity chromatography helps isolate biomolecules from complex mixtures. These methods are common in biochemistry because purified samples are needed before a biomolecule’s properties and activity can be studied. The video focuses on the principles behind size-exclusion chromatography, affinity chromatography, and immobilized metal affinity chromatography, or IMAC. Size-exclusion chromatography, or SEC, separates molecules by size. A...

two-dimensional gel electrophoresis

Protein Mapping with 2D Gel Electrophoresis

Protein mapping with 2D gel electrophoresis separates complex protein mixtures across two steps. The method combines isoelectric focusing, or IEF, with sodium dodecyl sulfate polyacrylamide gel electrophoresis, or SDS-PAGE. Together, these methods can resolve thousands of biomolecules from a single sample by their isoelectric point and molecular weight. The first dimension is IEF. Each protein has an isoelectric point, or pI, which is the pH where its net charge is zero. Proteins are loaded...

metabolic labeling

Tracking Cell Chemistry with Metabolic Labels

Metabolic labeling tracks cell chemistry by using chemical analogs that cells take up and build into biomolecules. These labels help scientists follow biochemical changes and modifications inside cells. The labeled products can then be studied with tools such as SDS-PAGE and NMR to learn more about metabolic pathways. Several labeling strategies are shown here. Isotopic labeling uses analogs that match the natural molecule but contain uncommon isotopes, such as carbon-13 and nitrogen-15 in an...

electrophoretic mobility shift assay (emsa)

electrophoretic-mobility-shift-assay-emsa

Detecting Protein-DNA Binding by EMSA

Electrophoretic mobility shift assay, or EMSA, is a biochemical method used to detect binding between proteins and nucleic acids. It is also called a gel shift assay. The test compares how a labeled nucleic acid moves through a gel before and after it binds a protein. EMSA is used to see whether a specific protein binds to a specific nucleic acid. First, the nucleic acid is labeled to make a probe. The transcript describes radioactive phosphorus-32 as a common label. The probe is then mixed...

photometric protein determination

Measuring Protein Concentration with Absorbance

Measuring protein concentration with absorbance is a key step in many biochemical assays. Photometric methods use the fact that samples with more light-absorbing material transmit less light. Because concentration and absorption are directly related, this makes it possible to measure an unknown sample. The core idea comes from the Beer-Lambert Law. This law states that the concentration of a light-absorbing species is proportional to its absorbance. The video also introduces the Bradford assay...

density gradient ultracentrifugation

Sucrose Gradient Separation in an Ultracentrifuge

Sucrose gradient separation in an ultracentrifuge is a lab method for isolating cell parts and biomolecules. It uses differences in density to make particles sink or rise in a liquid. A high-speed ultracentrifuge speeds up this process so components can be separated without destroying them. The basic idea starts with a suspension, which is particles mixed in a liquid solvent. Particles that are denser than the solvent sediment, while less dense particles float. A rotor inside the...

co-immunoprecipitation and pull-down assays

co-immunoprecipitation-and-pull-down-assays

Protein Interaction Capture Methods in Cells

Co-immunoprecipitation and pull-down assays are laboratory methods used to capture stable protein-protein interactions. Protein-protein interactions help control many biological functions, but many of them have not yet been identified. These assays are related to immunoprecipitation, which isolates a target protein from a mixed sample using an antibody. In co-immunoprecipitation, or CoIP, an antibody binds the target protein, and that protein is already attached to another protein that the...

reconstitution of membrane proteins

Membrane Proteins in Liposome Models

Membrane proteins can be moved into liposome models so their function can be studied outside a cell. Reconstitution means restoring an isolated biomolecule to a working form. For membrane proteins, that usually means placing a purified protein into an artificial lipid membrane. Cell membranes are made mainly of phospholipids and membrane proteins. The phospholipids form a bilayer with hydrophilic phosphate heads facing water and hydrophobic fatty acid tails facing inward. Some membrane...

f&#246;rster resonance energy transfer (fret)

FRET as a Molecular Ruler in Cells

Föster resonance energy transfer, or FRET, is a way to study close-range biochemical interactions using light-emitting molecules. A donor fluorophore can pass energy to an acceptor fluorophore when their emission and absorption spectra overlap. This transfer happens only when the pair is very close together, usually within 10 nm. Because FRET depends on distance, it is often called a molecular or spectroscopic ruler. The strength of the signal is measured as FRET efficiency, which describes...

surface plasmon resonance (spr)

SPR Biosensors for Tracking Binding Kinetics

Surface plasmon resonance, or SPR, is a way to track biomolecular binding on a label-free biosensor. It is used to measure molecular affinity, kinetics, specificity, and concentration. The method works with a thin metal layer on a prism, where changes in reflected light reveal interactions in real time. SPR sensors use a thin layer of a noble metal on the face of a prism. Light is reflected from the prism-metal interface into a photodetector. At one specific angle, called the surface plasmon...

biochemistry

Bu koleksiyon, afinite kromatografisi gibi yaygın olarak kullanılan saflaştırma yöntemlerinin yanı sıra MALDI-TOF gibi analitik yöntemleri de sunmaktadır. Ayrıca videolar, biyomolekül etkileşimini ve işlevini değerlendirmek için kullanılan ko-immünopresipitasyon ve metabolik etiketleme gibi yöntemleri de sergilemektedir.

See how purified proteins form crystals, how vapor diffusion works, and how x-ray diffraction reveals 3D protein structure for biology and drug design.

Protein Crystals for Structure Analysis | JoVE K12

Life Science

Structure and Function

HS-LS1-1.

matter-and-energy-in-organisms-and-ecosystems

Matter and Energy in Organisms and Ecosystems

HS-LS1-6.

Inheritance and Variation of Traits

HS-LS3-1.

Overview

Principles of Protein Crystallization

Protocol for Protein Expression, Crystallization, and X-Ray Diffraction

Applications

Summary

Travelling Waves

A wave is a disturbance that propagates from its source, repeating itself periodically, and is typically associated with simple harmonic motion. ...

Wave Parameters

The simplest mechanical waves are associated with simple harmonic motion and repeat themselves for several cycles. These simple harmonic waves can be ...

Equations of Wave Motion

Mathematically, the motion of a wave can be studied using a wavefunction. Consider a string oscillating up and down in simple harmonic motion, having a ...

Graphing the Wave Function

Consider the wave equation for a sinusoidal wave moving in the positive x-direction. The wave equation is a function of both position and time. From the ...

/files/media/science-education/science-education-thumbs/14721.jpg

Velocity and Acceleration of a Wave

A wave propagates through a medium with a constant speed, known as a wave velocity. It is different from the speed of the particles of the medium, which ...

Speed of a Transverse Wave

The speed of a wave depends on the characteristics of the medium. For example, in the case of a guitar, the strings vibrate to produce the sound. The ...

/files/media/science-education/science-education-thumbs/14722.jpg

problem-solving-tuning-of-a-guitar-string

Problem-Solving: Tuning of a Guitar String

In the case of stringed instruments like the guitar, the elastic property that determines the speed of the sound produced is its linear mass density or ...

/files/media/science-education/science-education-thumbs/14744.jpg

Kinetic and Potential Energy of a Wave

All forms of waves carry energy; this is directly visualized in nature. For instance, the waves of earthquakes are so intense that they can shake huge ...

Energy and Power of a Wave

The total energy associated with a wavelength is the sum of the potential energy and the kinetic energy. The average rate of energy transfer associated ...

Interference and Superposition of Waves

When two waves of the same nature occur in the same region simultaneously, they result in interference. Interference of waves implies that the net effect ...

Reflection of Waves

When a wave travels from one medium to another, it gets reflected at the boundary of the second medium. A common example of this is when a person yells at ...

Propagation of Waves

When a wave propagates from one medium to another, part of it may get reflected in the first medium, and part of it may get transmitted to the second ...

Standing Waves

Sometimes waves do not seem to move; rather, they just vibrate in place. Unmoving waves can be seen on the surface of a glass of milk kept in a ...

/files/media/science-education/science-education-thumbs/12783.jpg

Modes of Standing Waves - I

A close look at earthquakes provides evidence for the conditions appropriate for resonance, standing waves, and constructive and destructive interference. ...

/files/media/science-education/science-education-thumbs/12784.jpg

Modes of Standing Waves: II

The starting point for expressing the modes of standing waves is understanding the boundary conditions that the waves must follow. The boundary conditions ...

/files/media/science-education/science-education-thumbs/14723.jpg

Sound Waves

Sound waves can be thought of as fluctuations in the pressure of a medium through which they propagate. Since the pressure also makes the medium&#39;s ...

Sound as Pressure Waves

Sound waves, which are longitudinal waves, can be modeled as the displacement amplitude varying as a function of the spatial and temporal coordinates. As ...

/files/media/science-education/science-education-thumbs/14724.jpg

Perception of Sound Waves

The human ear is not equally sensitive to all frequencies in the audible range. It may perceive sound waves with the same pressure but different ...

Speed of Sound in Solids and Liquids

Most solids and liquids are incompressible&#8212;their densities remain constant throughout. In the presence of an external force, the molecules tend to ...

Speed of Sound in Gases

The speed of sound in a gaseous medium depends on various factors. Since gases constitute molecules that are free to move, they are highly compressible. ...

Shock Waves

While deriving the Doppler formula for the observed frequency of a sound wave, it is assumed that the speed of sound in the medium is greater than the ...

Echo

The human ear cannot distinguish between two sources of sound if they happen to reach within a specific time interval, typically 0.1 seconds apart. More ...

/files/media/science-education/science-education-thumbs/14729.jpg

Use mathematical representations to support a claim regarding relationships among the period, frequency, wavelength, and speed of waves traveling and transferring energy (amplitude, frequency) in various media.

HS-PS4-1.

Using GIS to Investigate Urban Forestry

Source: Laboratories of Margaret Workman and Kimberly Frye - Depaul University
Urban forests broadly include urban parks, street trees, landscaped ...

Evaluate questions about the advantages of using a digital transmission and storage of information.

HS-PS4-2.

concept-of-resonance-and-its-characteristics

Concept of Resonance and its Characteristics

If a driven oscillator needs to resonate at a specific frequency, then very light damping is required. An example of light damping includes playing piano ...

/files/media/science-education/science-education-thumbs/12772.jpg

Sound Waves: Resonance

Resonance is produced depending on the boundary conditions imposed on a wave. Resonance can be produced in a string under tension with symmetrical ...

Sound Waves: Interference

Sound waves can be modeled either as longitudinal waves, wherein the molecules of the medium oscillate around an equilibrium position, or as pressure ...

Interference: Path Lengths

Consider two sources of sound, that may or may not be in phase, emitting waves at a single frequency, and consider the frequencies to be the same.
Two ...

/files/media/science-education/science-education-thumbs/14727.jpg

The Wave Nature of Light

The nature of light has been a subject of inquiry since antiquity. In the seventeenth century, Isaac Newton performed experiments with lenses and prisms ...

The Electromagnetic Spectrum

The electromagnetic spectrum consists of all the types of electromagnetic radiation arranged according to their frequency and wavelength. Each of the ...

The Quantum-Mechanical Model of an Atom

Shortly after de Broglie published his ideas that the electron in a hydrogen atom could be better thought of as being a circular standing wave instead of ...

Quantum Numbers

It is said that the energy of an electron in an atom is quantized; that is, it can be equal only to certain specific values and can jump from one energy ...

Interference and Diffraction

Source: Yong P. Chen, PhD, Department of Physics &#38; Astronomy, College of Science, Purdue University, West Lafayette, IN
Interference and diffraction ...

Photoelectric Effect

Source: Yong P. Chen, PhD, Department of Physics &#38;&#38; Astronomy, College of Science, Purdue University, West Lafayette, IN
Photoelectric effect ...

Reflection and Refraction

Source: Derek Wilson,&#160;Asantha Cooray, PhD, Department of Physics &#38; Astronomy, School of Physical Sciences, University of California, Irvine, CA
...

Evaluate the claims, evidence, and reasoning behind the idea that electromagnetic radiation can be described either by a wave model or a particle model (quantum theory), and that for some situations one model is more useful than the other.

HS-PS4-3.

Electric Charge in a Magnetic Field

Source: Andrew Duffy, PhD, Department of Physics, Boston University, Boston, MA
This experiment duplicates J.J. Thomson's famous experiment at the end of ...

Electromagnetic Fields

Electric fields generated by static charges, often referred to as electrostatic fields, are characteristically different from electric fields created by ...

Electromagnetic Waves

James Clerk Maxwell formulated a single theory combining all the electric and magnetic effects scientists knew during that time, calling the phenomena his ...

Electromagnetic waves are categorized according to their wavelengths and frequencies, giving the electromagnetic spectrum. These waves are classified as ...

Plane Electromagnetic Waves I

The existence of combined electric and magnetic fields that propagate through space as electromagnetic (EM) waves is the most significant prediction of ...

Plane Electromagnetic Waves II

Consider a plane wavefront traveling in position x-direction with a constant speed. This wavefront can be utilized to obtain the relationship between ...

propagation-speed-of-electromagnetic-waves

Propagation Speed of Electromagnetic Waves

Electromagnetic waves are consistent with Ampere&#39;s law. Assuming there is no conduction current Ampere&#39;s law is given as:


Consider a plane ...

Electromagnetic Waves in Matter

Electromagnetic waves can travel in the vacuum as well as in matter. For example light, which is an electromagnetic wave, can travel through air, water, ...

Energy Carried By Electromagnetic Waves

Anyone who has used a microwave oven knows there is energy in electromagnetic waves. Sometimes, this energy is obvious, such as in the summer sun&#39;s ...

Intensity Of Electromagnetic Waves

The energy transport per unit area per unit time, or the Poynting vector, gives the energy flux of an electromagnetic wave at any specific time. For a ...

Momentum And Radiation Pressure

An object absorbing an electromagnetic wave would experience a force in the direction of propagation of the wave. This force occurs because ...

Cardiac Magnetic Resonance Imaging

Source: Frederick W. Damen and Craig J. Goergen, Weldon School of Biomedical Engineering, Purdue University, West Lafayette, Indiana
In this video, high ...

an-introduction-to-drosophila-melanogaster

An Introduction to Drosophila melanogaster

Drosophila melanogaster, also known as the fruit fly, is a powerful model organism widely used in biological research that has made significant ...

an-introduction-to-the-zebrafish-danio-rerio

An Introduction to the Zebrafish: Danio rerio

Zebrafish (Danio rerio) are small freshwater fish that are used as model organisms for biomedical research. The many strengths of these fish include their ...

Evaluate the validity and reliability of claims in published materials of the effects that different frequencies of electromagnetic radiation have when absorbed by matter.

HS-PS4-4.

Protein Crystals for Structure Analysis

Description

Transcript

Tags

More videos by Standards