Name: protein interaction capture methods in cells
Uploaded: 2023-04-30T06:31:42.000Z
Duration: 8 min 8 s
Channel: JoVE

K12 Standards

new-york-state-science-learning-standards

New York State Science Learning Standards

High School

Physical Science

HS. Chemical Reactions

HS-PS1-5.

co-immunoprecipitation-and-pull-down-assays

Co-Immunoprecipitation and Pull-Down Assays

Ko-immünopresipitasyon (CoIP) ve pull-down testleri, stabil protein-protein etkileşimlerini tanımlamak için yakından ilişkili yöntemlerdir. Bu yöntemler, bir antikora bağlı bir hedef proteini bağlanmamış proteinlerden ayırmak için bir yöntem olan immünopresipitasyon ile ilgilidir. CoIP'de, antikora bağlı bir proteinin kendisi, antikorla bağlanmayan başka bir proteine bağlanır, bunu protein-protein kompleksini koruyan bir ayırma işlemi izler. Pull-down tahlillerindeki fark, afinite etiketli yem proteinlerinin antikorların yerini alması ve protein-protein komplekslerini izole etmek için afinite kromatografisinin kullanılmasıdır. 
Bu videoda CoIP, pull-down tahliller ve bunların laboratuvardaki uygulamaları açıklanmaktadır. Bağlı proteinleri saflaştırmak ve analiz etmek için kullanılan reaktifler, aparatlar ve aletler dahil olmak üzere her teknik için adım adım bir protokol kapsanmaktadır. Ek olarak, bu videonun uygulamalar bölümü, miksovirüs proteinlerinin influenza nükleoproteinini nasıl inhibe ettiğini incelemek için bir prosedürü, bir aşağı çekme testi yoluyla kalmodulin'deki kalsiyum iyonlarının rolüne ilişkin bir araştırmayı ve geçici protein etkileşimlerini karakterize etmek için modifiye edilmiş bir aşağı çekme testini açıklar.

ko-İmmünopresipitasyon ve pull-down testleri

Ko-immünopresipitasyon (CoIP) ve pull-down testleri, stabil protein-protein etkileşimlerini tanımlamak için yakından ilişkili yöntemlerdir. Bu yöntemler, bir antikora bağlı bir hedef proteini bağlanmamış proteinlerden ayırmak için bir yöntem olan immünopresipitasyon ile ilgilidir. CoIP'de, antikora bağlı bir proteinin kendisi, antikorla bağlanmayan başka bir proteine bağlanır, bunu protein-protein kompleksini koruyan bir ayırma işlemi izler. Pull-down tahlillerindeki fark, afinite etiketli yem proteinlerinin antikorların yerini alması ve protein-protein komplekslerini izole etmek için afinite kromatografisinin kullanılmasıdır. 
Bu videoda CoIP, pull-down tahliller ve bunların laboratuvardaki uygulamaları açıklanmaktadır. Bağlı proteinleri saflaştırmak ve analiz etmek için kullanılan reaktifler, aparatlar ve aletler dahil olmak üzere her teknik için adım adım bir protokol kapsanmaktadır. Ek olarak, bu videonun uygulamalar bölümü, miksovirüs proteinlerinin influenza nükleoproteinini nasıl inhibe ettiğini incelemek için bir prosedürü, bir aşağı çekme testi yoluyla kalmodulin'deki kalsiyum iyonlarının rolüne ilişkin bir araştırmayı ve geçici protein etkileşimlerini karakterize etmek için modifiye edilmiş bir aşağı çekme testini açıklar. 
<div class="chapter_text" id="script_0">
Protein-protein etkileşimleri çok çeşitli biyolojik fonksiyonlarda önemli bir rol oynar. Protein-protein etkileşimlerinin çoğunluğu ve biyolojik etkileri henüz tanımlanmamıştır. Ko-immünopresipitasyon veya CoIP ve aşağı çekme deneyleri, stabil protein-protein etkileşimlerinin tanımlanması için birbiriyle yakından ilişkili iki yöntemdir. Bu video, iki tahlilin prensiplerini, genel laboratuvar prosedürlerini ve bu tekniklerin uygulamalarını kapsayacaktır. 
</div>
<div class="chapter_text" id="script_1">
CoIP ve pull-down tahlilleri, bir protein türünü karmaşık bir çözeltiden seçici olarak izole etmek için bir yöntem olan immünopresipitasyonun varyantlarıdır. Bir immünopresipitasyon deneyinde, bir hedef proteine özgü bir antikorun, numunedeki bu hedefle bir bağışıklık kompleksi oluşturmasına izin verilir. Kompleks daha sonra katı bir destek üzerinde, tipik olarak bir sefaroz boncuğuna bağlı protein A üzerinde yakalanır. Yakalanmayan herhangi bir protein, santrifüjleme adımlarıyla uzaklaştırılır. Protein daha sonra antikordan ve katı destekten indirgeyici SDS-PAGE numune yükleme tamponunda kaynatılarak salınır. 
Ko-immünopresipitasyon aynı şekilde gerçekleştirilir, ancak sağlam protein kompleksleri katı destek üzerine yakalanır. Antikor, hedef proteine bağlanır ve bu da antikor tarafından hedeflenmeyen başka bir proteine bağlanır. İmmünopresipitasyonda olduğu gibi, protein kompleksi, SDS-PAGE numune yükleme tamponunun indirgenmesinde kaynatılarak antikordan ve katı destekten salınır. 
Aşağı çekme testleri, bir antikorun aksine, yalnızca bir "yem" proteininin kullanımında farklılık gösteren ko-immünopresipitasyona benzer. Moleküler biyoloji teknikleri sayesinde, bu yem proteini, bir dizi histidin kalıntısı gibi bir afinite etiketi ile tasarlanır. Bu afinite etiketleri, "Kromatografi Tabanlı Biyomolekül Ayrımları" bölümünde açıklanmıştır. Protein daha sonra etiket için spesifik olan hareketsizleştirilmiş bir afinite ligandı üzerinde yakalanır. Yakalanan protein daha sonra "yem" ile kompleksler oluşturan proteinleri içeren bir numune ile inkübe edilir. Protein kompleksi, "yem" proteini üzerindeki etikete özgü rekabetçi bir analit içeren bir çözelti ile yıkanarak afinite desteğinden salınır. Aşağı çekme testleri, ko-immünopresipitasyon tarafından tahmin edilen protein etkileşimlerini doğrulamak ve bilinmeyen protein etkileşimlerini keşfetmek için yararlıdır. 
Artık ko-immünopresipitasyon ve pull-down testlerinin prensipleri tartışıldığına göre, laboratuvar prosedürlerine bakalım. 
</div>
<div class="chapter_text" id="script_2">
İlk olarak, ko-immünopresipitasyonu tartışalım. Bir dizi mikrofüj tüpüne aşağıdakiler eklenir: PBS tamponu ve antikora bağlanan bir reçine-protein kompleksi olan% 50'lik bir protein A-sefaroz çözeltisi. Mikrofüj tüpleri, uygun dağılımı sağlamak için döndürülür ve daha sonra reçine ek PBS tamponu ile yıkanır. İstenilen proteini içeren hücre lizatı ve 2 μg antikor mikrofüj tüplerine eklenir ve karışım 4 °C'de 1 saat döndürülür. Boncuklar santrifüjleme ile peletlenir, süpernatan atılır ve boncuklar, bağlanmamış proteini uzaklaştırmak için tamponla üç kez yeniden yıkanır. Antikor-protein kompleksini içeren boncuklar, kompleksin antikordan çıkarılması ve SDS-PAGE ve immünoblotlama ile analiz için SDS-PAGE numune yükleme tamponunun indirgenmesidir. 
</div>
<div class="chapter_text" id="script_3">
Şimdi aşağı çekme tahlilleri için prosedürü tartışacağız: "Yem" proteini, uygun afinite etiketine sahip bir plazmitte ifade edilir. Log faz büyümesine ulaştıktan sonra, hücreler parçalanır ve daha sonra santrifüjlenir. Biyotin etiketli "yem" proteinini yakalayan askıda streptavidin-sefaroz boncuklar, bir mikrofüj tüpüne pipetlenir. Boncuklar daha sonra santrifüjlenir ve süpernatan aspirasyon ile dikkatlice çıkarılır. Boncuklar daha sonra tampon ile yıkanır, santrifüjlenir ve süpernatan çıkarılır. 
"Yem" proteini için bir afiniteye sahip olan varsayılan "av" proteinini içeren hücreler, santrifüjleme ile toplanır. Süpernatant daha sonra reçineyi içeren mikrofüj tüpüne eklenir ve bir çalkalayıcı üzerinde 3 saat boyunca 4 ° C'de inkübe edilir. Reçine daha sonra santrifüjlenir, süpernatan çıkarılır ve reçine, bağlı olmayan proteini çıkarmak için yıkanır. Reçineye elüsyon tamponu eklenir ve karışım bir çalkalayıcı üzerinde 30 dakika oda sıcaklığında inkübe edilir. Reçine daha sonra santrifüjlenir ve istenen kompleksi içeren süpernatant, immünoblotlama ile analiz edilir. 
</div>
<div class="chapter_text" id="script_4">
Artık prosedürleri gözden geçirdiğimize göre, ko-immünopresipitasyon ve aşağı çekme testlerinin bazı yararlı uygulamalarına bakalım. 
Ko-immünopresipitasyon, enzimlerin etki mekanizmasının daha iyi anlaşılmasında faydalı olabilir. Miksovirüs- veya Mx- direnç proteinleri, mekanizmanın tam olarak anlaşılmadığı influenza A da dahil olmak üzere çok çeşitli virüsleri inhibe eder. Fare Mx1 proteini ve influenza nükleoproteini arasındaki etkileşimi incelemek için ko-immünopresipitasyon kullanıldı. 
Aşağı çekme tahlillerinin, hücresel ortamdan bir sinyal ileten proteinler olan ikinci habercilerin etkilerini incelemede yararlı olduğu kanıtlanmıştır. Bunlar, çevresel ipuçlarına yanıt olarak birden fazla proteinin etkileşime girdiği bir sinyal yolunun bir bileşenidir. Kalsiyum iyonları, kalmoduline bağlanarak ikincil haberciler olarak işlev görür ve bu da çok çeşitli proteinlere bağlanır ve birçok biyolojik tepkiye aracılık eder. Kalsiyum olmadan, protein kalmoduline bağlanamaz. Kalsiyum iyonlarının varlığında veya yokluğunda proteinlerin kalmoduline bağlanma yeteneğini test etmek için bir aşağı çekme testi yapıldı. 
Ko-immünopresipitasyon ve aşağı çekme testleri genellikle kararlı veya güçlü protein etkileşimlerini analiz etmek için kullanılır, ancak geçici olanları analiz etmek için kullanılmaz. Pull-down tahlillerinde yeni bir gelişme olan HaloTag, geçici protein etkileşimlerinin incelenmesini basitleştirdi; HaloTag, bir haloalkan katı desteği ile kimyasal olarak reaksiyona girebilen, ilgilenilen proteine kaynaşmış, genetik olarak kodlanmış bir protein füzyon etiketidir. Fonksiyonel analiz istenirse, protein kompleksi, eksi etiket, daha sonra tütün aşındırma virüsü proteazı ile inkübe edilerek izole edilebilir. 
</div>
<div class="chapter_text" id="script_5">
Az önce JoVE'nin ko-immünopresipitasyon ve aşağı çekme testleri hakkındaki videosunu izlediniz. Bu videoda iki yöntemin ilkeleri, genel laboratuvar prosedürleri ve bazı uygulamaları açıklanmıştır. 
İzlediğiniz için teşekkürler! 
</div>

Ko-İmmünopresipitasyon ve Pull-Down Testleri

Co-immunoprecipitation (CoIP) and pull-down assays are closely related methods to identify stable protein-protein interactions. These methods are related ...

Protein-protein etkileşimleri çok çeşitli biyolojik fonksiyonlarda önemli bir rol oynar. Protein-protein etkileşimlerinin çoğunluğu ve biyolojik etkileri henüz tanımlanmamıştır. Ko-immünopresipitasyon veya CoIP ve aşağı çekme deneyleri, stabil protein-protein etkileşimlerinin tanımlanması için birbiriyle yakından ilişkili iki yöntemdir. Bu video, iki tahlilin prensiplerini, genel laboratuvar prosedürlerini ve bu tekniklerin uygulamalarını kapsayacaktır. CoIP ve pull-down tahlilleri, bir protein türünü karmaşık bir çözeltiden seçici olarak izole etmek için bir yöntem olan immünopresipitasyonun varyantlarıdır. Bir immünopresipitasyon deneyinde, bir hedef proteine özgü bir antikorun, numunedeki bu hedefle bir bağışıklık kompleksi oluşturmasına izin verilir. Kompleks daha sonra katı bir destek üzerinde, tipik olarak bir sefaroz boncuğuna bağlı protein A üzerinde yakalanır. Yakalanmayan herhangi bir protein, santrifüjleme adımlarıyla uzaklaştırılır. Protein daha sonra antikordan ve katı destekten indirgeyici SDS-PAGE numune yükleme tamponunda kaynatılarak salınır. Ko-immünopresipitasyon aynı şekilde gerçekleştirilir, ancak sağlam protein kompleksleri katı destek üzerine yakalanır. Antikor, hedef proteine bağlanır ve bu da antikor tarafından hedeflenmeyen başka bir proteine bağlanır. İmmünopresipitasyonda olduğu gibi, protein kompleksi, SDS-PAGE numune yükleme tamponunun indirgenmesinde kaynatılarak antikordan ve katı destekten salınır. Aşağı çekme testleri, bir antikorun aksine, yalnızca bir "yem" proteininin kullanımında farklılık gösteren ko-immünopresipitasyona benzer. Moleküler biyoloji teknikleri sayesinde, bu yem proteini, bir dizi histidin kalıntısı gibi bir afinite etiketi ile tasarlanır. Bu afinite etiketleri, "Kromatografi Tabanlı Biyomolekül Ayrımları" bölümünde açıklanmıştır. Protein daha sonra etiket için spesifik olan hareketsizleştirilmiş bir afinite ligandı üzerinde yakalanır. Yakalanan protein daha sonra "yem" ile kompleksler oluşturan proteinleri içeren bir numune ile inkübe edilir. Protein kompleksi, "yem" proteini üzerindeki etikete özgü rekabetçi bir analit içeren bir çözelti ile yıkanarak afinite desteğinden salınır. Aşağı çekme testleri, ko-immünopresipitasyon tarafından tahmin edilen protein etkileşimlerini doğrulamak ve bilinmeyen protein etkileşimlerini keşfetmek için yararlıdır. Artık ko-immünopresipitasyon ve pull-down testlerinin prensipleri tartışıldığına göre, laboratuvar prosedürlerine bakalım. İlk olarak, ko-immünopresipitasyonu tartışalım. Bir dizi mikrofüj tüpüne aşağıdakiler eklenir: PBS tamponu ve antikora bağlanan bir reçine-protein kompleksi olan% 50'lik bir protein A-sefaroz çözeltisi. Mikrofüj tüpleri, uygun dağılımı sağlamak için döndürülür ve daha sonra reçine ek PBS tamponu ile yıkanır. İstenilen proteini içeren hücre lizatı ve 2 μ g antikor mikrofüj tüplerine eklenir ve karışım 4 ° C'de 1 saat döndürülür. Boncuklar santrifüjleme ile peletlenir, süpernatan atılır ve boncuklar, bağlanmamış proteini uzaklaştırmak için tamponla üç kez yeniden yıkanır. Antikor-protein kompleksini içeren boncuklar, kompleksin antikordan çıkarılması ve SDS-PAGE ve immünoblotlama ile analiz için SDS-PAGE numune yükleme tamponunun indirgenmesidir. Şimdi aşağı çekme tahlilleri için prosedürü tartışacağız: "Yem" proteini, uygun afinite etiketine sahip bir plazmitte ifade edilir. Log faz büyümesine ulaştıktan sonra, hücreler parçalanır ve daha sonra santrifüjlenir. Biyotin etiketli "yem" proteinini yakalayan askıda streptavidin-sefaroz boncuklar, bir mikrofüj tüpüne pipetlenir. Boncuklar daha sonra santrifüjlenir ve süpernatan aspirasyon ile dikkatlice çıkarılır. Boncuklar daha sonra tampon ile yıkanır, santrifüjlenir ve süpernatan çıkarılır. "Yem" proteini için bir afiniteye sahip olan varsayılan "av" proteinini içeren hücreler, santrifüjleme ile toplanır. Süpernatan daha sonra reçineyi içeren mikrofüj tüpüne eklenir ve 4 ° C'de inkübe edilir. Bir çalkalayıcıda 3 saat boyunca C. Reçine daha sonra santrifüjlenir, süpernatan çıkarılır ve reçine, bağlı olmayan proteini çıkarmak için yıkanır. Reçineye elüsyon tamponu eklenir ve karışım bir çalkalayıcı üzerinde 30 dakika oda sıcaklığında inkübe edilir. Reçine daha sonra santrifüjlenir ve istenen kompleksi içeren süpernatant, immünoblotlama ile analiz edilir. Artık prosedürleri gözden geçirdiğimize göre, ko-immünopresipitasyon ve aşağı çekme testlerinin bazı yararlı uygulamalarına bakalım. Ko-immünopresipitasyon, enzimlerin etki mekanizmasının daha iyi anlaşılmasında faydalı olabilir. Miksovirüs- veya Mx- direnç proteinleri, mekanizmanın tam olarak anlaşılmadığı influenza A da dahil olmak üzere çok çeşitli virüsleri inhibe eder. Fare Mx1 proteini ve influenza nükleoproteini arasındaki etkileşimi incelemek için ko-immünopresipitasyon kullanıldı. Aşağı çekme tahlillerinin, hücresel ortamdan bir sinyal ileten proteinler olan ikinci habercilerin etkilerini incelemede yararlı olduğu kanıtlanmıştır. Bunlar, çevresel ipuçlarına yanıt olarak birden fazla proteinin etkileşime girdiği bir sinyal yolunun bir bileşenidir. Kalsiyum iyonları, kalmoduline bağlanarak ikincil haberciler olarak işlev görür ve bu da çok çeşitli proteinlere bağlanır ve birçok biyolojik tepkiye aracılık eder. Kalsiyum olmadan, protein kalmoduline bağlanamaz. Kalsiyum iyonlarının varlığında veya yokluğunda proteinlerin kalmoduline bağlanma yeteneğini test etmek için bir aşağı çekme testi yapıldı. Ko-immünopresipitasyon ve aşağı çekme testleri genellikle kararlı veya güçlü protein etkileşimlerini analiz etmek için kullanılır, ancak geçici olanları analiz etmek için kullanılmaz. Pull-down tahlillerinde yeni bir gelişme olan HaloTag, geçici protein etkileşimlerinin incelenmesini basitleştirdi; HaloTag, bir haloalkan katı desteği ile kimyasal olarak reaksiyona girebilen, ilgilenilen proteine kaynaşmış, genetik olarak kodlanmış bir protein füzyon etiketidir. Fonksiyonel analiz istenirse, protein kompleksi, eksi etiket, daha sonra tütün aşındırma virüsü proteazı ile inkübe edilerek izole edilebilir. Az önce JoVE'nin ko-immünopresipitasyon ve aşağı çekme testleri hakkındaki videosunu izlediniz. Bu videoda iki yöntemin ilkeleri, genel laboratuvar prosedürleri ve bazı uygulamaları açıklanmıştır. İzlediğiniz için teşekkürler!

Education

JoVE Science Education

Chemistry

Kimya

Biochemistry

Biyokimya

protein interaction capture methods in cells

Co-immunoprecipitation and pull-down assays are laboratory methods used to capture stable protein-protein interactions. Protein-protein interactions help control many biological functions, but many of them have not yet been identified. These assays are related to immunoprecipitation, which isolates a target protein from a mixed sample using an antibody.

In co-immunoprecipitation, or CoIP, an antibody binds the target protein, and that protein is already attached to another protein that the antibody does not recognize. The intact protein complex is collected on a solid support, such as protein A on sepharose beads, so the interaction is preserved during separation. In pull-down assays, the bait protein is tagged instead of using an antibody. The tagged bait is captured by affinity chromatography and used to isolate the proteins that bind to it.

The CoIP procedure begins with PBS buffer and protein A-sepharose in microfuge tubes. The tubes are rotated, washed, and then mixed with cell lysate and about 2 micrograms of antibody. After 1 hour at 4 degrees Celsius, the beads are centrifuged, washed three times, and placed in reducing SDS-PAGE sample-loading buffer. The released proteins are then analyzed by SDS-PAGE and immunoblotting.

The pull-down procedure uses a bait protein expressed with an affinity tag, such as a series of histidine residues or a biotin tag. After the cells reach log-phase growth, they are lysed and centrifuged. Streptavidin-sepharose beads can capture the biotin-tagged bait, and the beads are then washed before the putative prey protein is added. The mixture is incubated at 4 degrees Celsius for 3 hours on a shaker, washed again, and eluted with buffer. The final complex is analyzed by immunoblotting.

These methods are useful for confirming predicted protein interactions and for finding unknown ones. CoIP has been used to study how mouse Mx1 protein interacts with influenza nucleoprotein, which helps explain the action of myxovirus resistance proteins against influenza A. Pull-down assays have also been used to test how calcium ions affect calmodulin binding, since calmodulin binds many proteins only when calcium is present. For transient protein interactions, a modified pull-down approach using HaloTag can help, and tobacco etch virus protease can remove the tag if functional analysis is needed.

Protein Interaction Capture Methods in Cells

protein-interaction-capture-methods-in-cells

dialysis: diffusion based separation

Dialysis for Buffer Exchange in Biochemistry

Dialysis is a common biochemistry technique for buffer exchange and desalting. It separates molecules by diffusion through a semipermeable membrane, which lets small molecules pass while holding larger biomolecules inside the sample. The membrane is the key part of the setup. Its pores create a molecular weight cutoff, so a membrane such as a 10 kDa membrane usually keeps molecules larger than 10 kilodaltons inside. This cutoff is not exact, because membranes have a range of pore sizes.

enzyme assays and kinetics

Measuring Enzyme Reaction Rates

Enzyme reaction rates can be measured with assays that track how substrate or product levels change over time. Enzymes are proteins, or sometimes RNAs, that speed up chemical reactions by lowering the activation energy needed to start them. They act on a specific substrate and help form a product that supports life processes. Enzymatic reactions are often described in three steps. First, the substrate binds to the enzyme active site and forms an enzyme-substrate complex. That complex can fall...

maldi-tof mass spectrometry

How MALDI-TOF Reads Biomolecules

MALDI-TOF mass spectrometry reads biomolecules by using a laser, a matrix, and a time-of-flight analyzer. MALDI, or matrix-assisted laser desorption ionization, helps fragile molecules keep their structure while they are moved into the mass analyzer. The analyzer then separates compounds based on size and charge. In MALDI, the sample is mixed into a matrix, usually an organic compound with aromatic and conjugated double bonds. A laser pulse strikes the spot, and the matrix absorbs most of the...

tandem mass spectrometry

Tandem Mass Spectrometry for Biomolecule Analysis

Tandem mass spectrometry is used to isolate a biomolecule and break it into smaller pieces so its makeup can be studied. Because biomolecules often have large, complex structures, it can be hard to identify their molecular composition and sequence from a single measurement. By linking mass spectrometers in series, the technique first selects one ion and then analyzes the fragments it produces. The process starts with an ion source that converts the sample into ions. A mass analyzer then...

protein crystallization

Protein Crystals for Structure Analysis

Protein crystals help scientists study protein structure and function. A crystal is a solid lattice made from purified protein molecules. These crystals are useful in structural biology because they reveal details that methods like mass spectrometry and SDS-PAGE cannot show on their own. Protein crystallization is paired with recombinant protein expression and x-ray diffraction to support this work. The process starts with a large amount of very pure protein. Researchers often make that...

chromatography-based biomolecule purification methods

chromatography-based-biomolecule-purification-methods

Protein Purification with SEC and IMAC

Protein purification with size-exclusion chromatography and affinity chromatography helps isolate biomolecules from complex mixtures. These methods are common in biochemistry because purified samples are needed before a biomolecule’s properties and activity can be studied. The video focuses on the principles behind size-exclusion chromatography, affinity chromatography, and immobilized metal affinity chromatography, or IMAC. Size-exclusion chromatography, or SEC, separates molecules by size. A...

two-dimensional gel electrophoresis

Protein Mapping with 2D Gel Electrophoresis

Protein mapping with 2D gel electrophoresis separates complex protein mixtures across two steps. The method combines isoelectric focusing, or IEF, with sodium dodecyl sulfate polyacrylamide gel electrophoresis, or SDS-PAGE. Together, these methods can resolve thousands of biomolecules from a single sample by their isoelectric point and molecular weight. The first dimension is IEF. Each protein has an isoelectric point, or pI, which is the pH where its net charge is zero. Proteins are loaded...

metabolic labeling

Tracking Cell Chemistry with Metabolic Labels

Metabolic labeling tracks cell chemistry by using chemical analogs that cells take up and build into biomolecules. These labels help scientists follow biochemical changes and modifications inside cells. The labeled products can then be studied with tools such as SDS-PAGE and NMR to learn more about metabolic pathways. Several labeling strategies are shown here. Isotopic labeling uses analogs that match the natural molecule but contain uncommon isotopes, such as carbon-13 and nitrogen-15 in an...

electrophoretic mobility shift assay (emsa)

electrophoretic-mobility-shift-assay-emsa

Detecting Protein-DNA Binding by EMSA

Electrophoretic mobility shift assay, or EMSA, is a biochemical method used to detect binding between proteins and nucleic acids. It is also called a gel shift assay. The test compares how a labeled nucleic acid moves through a gel before and after it binds a protein. EMSA is used to see whether a specific protein binds to a specific nucleic acid. First, the nucleic acid is labeled to make a probe. The transcript describes radioactive phosphorus-32 as a common label. The probe is then mixed...

photometric protein determination

Measuring Protein Concentration with Absorbance

Measuring protein concentration with absorbance is a key step in many biochemical assays. Photometric methods use the fact that samples with more light-absorbing material transmit less light. Because concentration and absorption are directly related, this makes it possible to measure an unknown sample. The core idea comes from the Beer-Lambert Law. This law states that the concentration of a light-absorbing species is proportional to its absorbance. The video also introduces the Bradford assay...

density gradient ultracentrifugation

Sucrose Gradient Separation in an Ultracentrifuge

Sucrose gradient separation in an ultracentrifuge is a lab method for isolating cell parts and biomolecules. It uses differences in density to make particles sink or rise in a liquid. A high-speed ultracentrifuge speeds up this process so components can be separated without destroying them. The basic idea starts with a suspension, which is particles mixed in a liquid solvent. Particles that are denser than the solvent sediment, while less dense particles float. A rotor inside the...

co-immunoprecipitation and pull-down assays

Co-immunoprecipitation and pull-down assays are laboratory methods used to capture stable protein-protein interactions. Protein-protein interactions help control many biological functions, but many of them have not yet been identified. These assays are related to immunoprecipitation, which isolates a target protein from a mixed sample using an antibody. In co-immunoprecipitation, or CoIP, an antibody binds the target protein, and that protein is already attached to another protein that the...

reconstitution of membrane proteins

Membrane Proteins in Liposome Models

Membrane proteins can be moved into liposome models so their function can be studied outside a cell. Reconstitution means restoring an isolated biomolecule to a working form. For membrane proteins, that usually means placing a purified protein into an artificial lipid membrane. Cell membranes are made mainly of phospholipids and membrane proteins. The phospholipids form a bilayer with hydrophilic phosphate heads facing water and hydrophobic fatty acid tails facing inward. Some membrane...

f&#246;rster resonance energy transfer (fret)

FRET as a Molecular Ruler in Cells

Föster resonance energy transfer, or FRET, is a way to study close-range biochemical interactions using light-emitting molecules. A donor fluorophore can pass energy to an acceptor fluorophore when their emission and absorption spectra overlap. This transfer happens only when the pair is very close together, usually within 10 nm. Because FRET depends on distance, it is often called a molecular or spectroscopic ruler. The strength of the signal is measured as FRET efficiency, which describes...

surface plasmon resonance (spr)

SPR Biosensors for Tracking Binding Kinetics

Surface plasmon resonance, or SPR, is a way to track biomolecular binding on a label-free biosensor. It is used to measure molecular affinity, kinetics, specificity, and concentration. The method works with a thin metal layer on a prism, where changes in reflected light reveal interactions in real time. SPR sensors use a thin layer of a noble metal on the face of a prism. Light is reflected from the prism-metal interface into a photodetector. At one specific angle, called the surface plasmon...

biochemistry

Bu koleksiyon, afinite kromatografisi gibi yaygın olarak kullanılan saflaştırma yöntemlerinin yanı sıra MALDI-TOF gibi analitik yöntemleri de sunmaktadır. Ayrıca videolar, biyomolekül etkileşimini ve işlevini değerlendirmek için kullanılan ko-immünopresipitasyon ve metabolik etiketleme gibi yöntemleri de sergilemektedir.

Learn how CoIP and pull-down assays capture protein-protein interactions, from bead-based lab steps to examples with influenza proteins and calmodulin.

Protein Interaction Capture Methods in Cells | JoVE K12

Life Science

Structure and Function

HS-LS1-2.

matter-and-energy-in-organisms-and-ecosystems

Matter and Energy in Organisms and Ecosystems

HS-LS1-6.

Overview

Principles of Co-Immunoprecipitation and Pull-Down Assays

Protocol for Co-Immunoprecipitation

Protocol for Pull-Down Assays

Applications

Summary

The Periodic Table

As early chemists discovered more elements, they realized that various elements could be grouped by their similar chemical behaviors. One such grouping ...

Alkali Metals

Group 1 elements are soft and shiny metallic solids. They are malleable, ductile, and good conductors of heat and electricity. The melting points of the ...

Halogens

Group 17 elements, known as halogens, are nonmetals. At room temperature, fluorine and chlorine are gases, bromine is a liquid, and iodine a solid. ...

Noble Gases


The elements in group 18 are noble gases (helium, neon, argon, krypton, xenon, and radon). They earned the name &ldquo;noble&rdquo; because they were ...

Classifying Matter by State

Chemistry is the study of matter and the changes it undergoes. Matter is anything that has mass and occupies space. Matter is all around us; the air, ...

Classifying Matter by Composition

Matter: Pure Substances and Mixtures
According to its composition, the matter can be classified into two broad categories &mdash; pure substances and ...

physical-and-chemical-properties-of-matter

Physical and Chemical Properties of Matter

The characteristics that enable us to distinguish one substance from another are called properties.

Physical Properties of Matter

A physical property is ...

Types of Chemical Bonds

Chemical bonding theories were pioneered by American chemist Gilbert&#xA0;N. Lewis. He developed a model called the Lewis model to explain the type and ...

Lewis Symbols and the Octet Rule

Chemical bonds are complex interactions between two or more atoms or ions, which reduce the potential energy of the molecule. Gilbert N. Lewis developed a ...

Ionic Bonding and Electron Transfer

Ions are atoms or molecules bearing an electrical charge. A cation (a positive ion) forms when a neutral atom loses one or more electrons from its valence ...

The Born-Haber Cycle

Lattice Energy&#xA0;

An ionic compound is stable because of the electrostatic attraction between its positive and negative ions. The lattice energy of a ...

trends-in-lattice-energy-ion-size-and-charge

Trends in Lattice Energy: Ion Size and Charge

An ionic compound is stable because of the electrostatic attraction between its positive and negative ions. The lattice energy of a compound is a measure ...

Covalent Bonding and Lewis Structures

Compared to ionic bonds, which results from the transfer of electrons between metallic and nonmetallic atoms, covalent bonds result from the mutual ...

Electronegativity

Whether a bond is nonpolar or polar covalent is determined by a property of the bonding atoms called electronegativity.&#xA0;

Electronegativity values of ...

Ionization Energy

The amount of energy required to remove the most loosely bound electron from a gaseous atom in its ground state is called its first ionization energy ...

bond-polarity-dipole-moment-and-percent-ionic-character

Bond Polarity, Dipole Moment, and Percent Ionic Character

Bond Polarity

The absolute value of the difference in electronegativity (&Delta;EN) of two bonded atoms provides a rough measure of the polarity to be ...

Electron Affinity

The electron affinity (EA) is the energy change for adding an electron to a gaseous atom to form an anion (negative ion).



This process can be either ...

lewis-structures-of-molecular-compounds-and-polyatomic-ions

Lewis Structures of Molecular Compounds and Polyatomic Ions

To draw Lewis structures for complicated molecules and molecular ions, it is helpful to follow a step-by-step procedure as outlined:


	Determine the ...

assembly-of-a-reflux-system-for-heated-chemical-reactions

Assembly of a Reflux System for Heated Chemical Reactions

Source: Laboratory of Dr. Philip Miller &#8212; Imperial College London
Many chemical experiments require elevated temperatures before any reaction is ...

Resonance

The Lewis structure of a nitrite anion (NO2&minus;) may actually be drawn in two different ways, distinguished by the locations of the N-O and N=O ...

conducting-reactions-below-room-temperature

Conducting Reactions Below Room Temperature

Source: Laboratory of Dr. Dana Lashley - College of William and Mary
Demonstration by: Matt Smith
When new bonds are formed in the course of a chemical ...

Formal Charges

In some cases, there are seemingly more than one valid Lewis structures for molecules and polyatomic ions. The concept of formal charges can be used to ...

Coordination Chemistry Complexes

Source: Laboratory of Dr. Neal Abrams &#8212; SUNY College of Environmental Science and Forestry
Transition metals are found everywhere from vitamin ...

Exceptions to the Octet Rule

Many covalent molecules have central atoms that do not have eight electrons in their Lewis structures. These molecules fall into three categories:


	...

determining-rate-laws-and-the-order-of-reaction

Determining Rate Laws and the Order of Reaction

Source: Laboratory of Dr. Neal Abrams &#8212; SUNY College of Environmental Science and Forestry
All chemical reactions have a specific rate defining the ...

Bond Energies and Bond Lengths

Stable molecules exist because covalent bonds hold the atoms together. The strength of a covalent bond is measured by the energy required to break it, ...

Determining the Empirical Formula

Source: Laboratory of Dr. Neal Abrams - SUNY College of Environmental Science and Forestry
Determining the chemical formula of a compound is at the heart ...

Bonding in Metals

Metallic bonds are formed between two metal atoms. A simplified model to describe metallic bonding has been developed by Paul Dr&#xFC;de called the ...

determining-the-solubility-rules-of-ionic-compounds

Determining the Solubility Rules of Ionic Compounds

Source: Laboratory of Dr. Neal Abrams &#8212; SUNY College of Environmental Science and Forestry
An ionic compound&#39;s solubility can be determined via ...

atomic-radii-and-effective-nuclear-charge

Atomic Radii and Effective Nuclear Charge

The elements in groups of the periodic table exhibit similar chemical behavior. This similarity occurs because the members of a group have the same number ...

Introduction to Catalysis

Source: Laboratory of Dr. Ryan Richards &#8212; Colorado School of Mines
Catalysis is among the most important fields of modern technology and presently ...

Ionic Radii

Ionic radius is the measure used to describe the size of an ion. A cation always has fewer electrons and the same number of protons as the parent atom; it ...

Introduction to Titration

Source: Laboratory of Dr. Yee Nee Tan &#8212; Agency for Science, Technology, and Research
Titration is a common technique used to quantitatively ...

Le Ch&#226;telier's Principle

Source: Laboratory of Dr. Lynne O&#39;Connell &#8212; Boston College
When the conditions of a system at equilibrium are altered, the system responds in ...

preparing-anhydrous-reagents-and-equipment

Preparing Anhydrous Reagents and Equipment

Source: Laboratory of Dr. Dana Lashley - College of William and Mary
Demonstrated by: Timothy Beck and Lucas Arney
Many reactions in organic chemistry are ...

Proton Exchange Membrane Fuel Cells

Source: Laboratories of Margaret Workman and Kimberly Frye - Depaul University
The United States consumes a large amount of energy &#8211; the current ...

Solutions and Concentrations

Source: Laboratory of Dr. Michael Evans &#8212; Georgia Institute of Technology
A solution is a homogeneous mixture containing some components in small ...

spectrophotometric-determination-of-an-equilibrium-constant

Spectrophotometric Determination of an Equilibrium Constant

Source: Laboratory of Dr. Michael Evans &#8212; Georgia Institute of Technology
The equilibrium constant, K, for a chemical system is the ratio of product ...

using-differential-scanning-calorimetry-to-measure-changes-in-enthalpy

Using Differential Scanning Calorimetry to Measure Changes in Enthalpy

Source: Laboratory of Dr. Terry Tritt &#8212; Clemson University
Differential Scanning Calorimetry (DSC) is a method of thermodynamic analysis based on ...

Schlenk Lines Transfer of Solvents

Source: Hsin-Chun Chiu and Tyler J. Morin, laboratory of Dr. Ian Tonks&#8212;University of Minnesota Twin Cities
Schlenk lines and high vacuum lines are ...

Construct and revise an explanation for the outcome of a simple chemical reaction based on the outermost electron states of atoms, trends in the periodic table, and knowledge of the patterns of chemical properties.

HS-PS1-2.

Chemical Equations

Chemical equations represent the identities and relative quantities of substances involved in a chemical reaction. The substances undergoing reaction are ...

Chemical Reactions in Aqueous Solutions

Chemical substances interact in many different ways. Certain chemical reactions exhibit common patterns of reactivity. Due to the vast number of chemical ...

Precipitation Reactions

In a precipitation reaction, aqueous solutions of soluble salts react to give an insoluble ionic compound &#x2013; the precipitate. The reaction occurs ...

Oxidation-Reduction Reactions

Oxidation&ndash;Reduction Reactions

Earth&rsquo;s atmosphere contains about 20% molecular oxygen, O2, a chemically reactive gas that plays an essential ...

Oxidation Numbers

In redox reactions, the transfer of electrons occurs between reacting species. Electron transfer is described by a hypothetical number called the ...

Acids, Bases and Neutralization Reactions

An acid-base reaction is one in which a hydrogen ion, H+, is transferred from one chemical species to another. Such reactions are of central importance to ...

Synthesis and Decomposition Reactions

Synthesis and decomposition are two types of redox reactions. Synthesis means to make something, whereas decomposition means to break something. The ...

Develop a model to illustrate that the release or absorption of energy from a chemical reaction system depends upon the changes in total bond energy.

HS-PS1-4.

Reaction Rate

The rate of reaction is the change in the amount of a reactant or product per unit time. Reaction rates are therefore determined by measuring the time ...

Measuring Reaction Rates

Polarimetry finds application in chemical kinetics to measure the concentration and reaction kinetics of optically active substances during a chemical ...

Apply scientific principles and evidence to explain how the rate of a physical or chemical change is affected when conditions are varied.

Protein Interaction Capture Methods in Cells

Description

Transcript

Tags

More videos by Standards