Name: קונספט טרואר לפרש דרך הענבים הברים Metabolomics ו transcriptomics (וידאו) | JoVE Journal
Uploaded: 2016-10-05T13:00:00.000+00:00
Duration: 13 min 2 s
Description: חקור חתימות טרואר במטבולומיקה וטרנסקריפטומיקה של ענבים בשלים מזן Corvina. השיטה משתמשת בניתוח PCA ו-BLSDA כדי לזהות השפעות אזוריות ושנתיות על איכות הענבים.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

עבודה זו נהנתה מפעילויות הרשת המתואמות במסגרת COST ACTION FA1106 במימון האיחוד האירופי "גישה מערכתית משולבת לקביעת מנגנוני ההתפתחות השולטים באיכות הפרי הבשרני בעגבנייה ובגפן". עבודה זו נתמכה על ידי פרויקט 'Completamento del Centro di Genomica Funzionale Vegetale' במימון קרן בנק CARIVERONA ועל ידי פרויקט 'Valorizzazione dei Principali Vitigni Autoctoni Italiani e dei loro Terroir (Vigneto)' במימון המשרד האיטלקי למדיניות חקלאות ויערנות. SDS מומן על ידי משרד האוניברסיטאות והמחקר האיטלקי FIRB RBFR13GHC5 פרויקט "הפלסטיות האפיגנומית של גפן בגנוטיפ לאינטראקציות סביבתיות".

<ol><li>Jessome, L. L., Volmer, D. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Ion+suppression%3A+A+major+concern+in+mass+spectrometry%5BTitle%5D)+AND+%22Lc+Gc+N+Am%22%5BJournal%5D)">Ion suppression: A major concern in mass spectrometry.</a> Lc Gc N Am. 24 (5), 498-510 (2006).</li>
<li>Kim, H. K., Choi, Y. H., Verpoorte, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((NMR-based+plant+metabolomics%3A+where+do+we+stand%2C+where+do+we+go%3F%5BTitle%5D)+AND+%22Trends+Biotech%22%5BJournal%5D)">NMR-based plant metabolomics: where do we stand, where do we go?</a> Trends Biotech. 29 (6), 267-275 (2011).</li>
<li>Sumner, L. W., Mendes, P., Dixon, R. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Plant+metabolomics%3A+large-scale+phytochemistry+in+the+functional+genomics+era%5BTitle%5D)+AND+%22Phytochem%22%5BJournal%5D)">Plant metabolomics: large-scale phytochemistry in the functional genomics era.</a> Phytochem. 62 (6), 817-836 (2003).</li>
<li>Bottcher, C., von Roepenack-Lahaye, E., Willscher, E., Scheel, D., Clemens, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Evaluation+of+matrix+effects+in+metabolite+profiling+based+on+capillary+liquid+chromatography+electrospray+ionization+quadrupole+time-of-flight+mass+spectrometry%5BTitle%5D)+AND+%22Anal+Chem%22%5BJournal%5D)">Evaluation of matrix effects in metabolite profiling based on capillary liquid chromatography electrospray ionization quadrupole time-of-flight mass spectrometry.</a> Anal Chem. 79 (4), 1507-1513 (2007).</li>
<li>Toffali, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Novel+aspects+of+grape+berry+ripening+and+post-harvest+withering+revealed+by+untargeted+LC-ESI-MS+metabolomics+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Metabolomics%22%5BJournal%5D)">Novel aspects of grape berry ripening and post-harvest withering revealed by untargeted LC-ESI-MS metabolomics analysis.</a> Metabolomics. 7 (3), 424-436 (2011).</li>
<li>Martin, J. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Can+we+trust+untargeted+metabolomics%3F+Results+of+the+metabo-ring+initiative%2C+a+large-scale%2C+multi-instrument+inter-laboratory+study%5BTitle%5D)+AND+%22Metabolomics%22%5BJournal%5D)">Can we trust untargeted metabolomics? Results of the metabo-ring initiative, a large-scale, multi-instrument inter-laboratory study.</a> Metabolomics. 11 (4), 807-821 (2015).</li>
<li>Jaillon, O., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+grapevine+genome+sequence+suggests+ancestral+hexaploidization+in+major+angiosperm+phyla%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">The grapevine genome sequence suggests ancestral hexaploidization in major angiosperm phyla.</a> Nature. 449 (7161), 463-467 (2007).</li>
<li>Velasco, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+high+quality+draft+consensus+sequence+of+the+genome+of+a+heterozygous+grapevine+variety%5BTitle%5D)+AND+%22Plos+One%22%5BJournal%5D)">A high quality draft consensus sequence of the genome of a heterozygous grapevine variety.</a> Plos One. 2 (12), (2007).</li>
<li>Tornielli, G. B., Zamboni, A., Zenoni, S., Delledonne, M., Pezzotti, M. Ch. 11. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aTornielli%2C+GB+%22The+Biochemestry+of+the+Grape+Berry%22">The Biochemestry of the Grape Berry</a>. Gerós, H., Chaves, M., Delrot, S. 11, Bentham Science Publishers. (2012).</li>
<li>Anesi, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Towards+a+scientific+interpretation+of+the+terroir+concept%3A+plasticity+of+the+grape+berry+metabolome%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Plant+Biol%22%5BJournal%5D)">Towards a scientific interpretation of the terroir concept: plasticity of the grape berry metabolome.</a> BMC Plant Biol. 15, 1-17 (2015).</li>
<li>Berdeja, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Water+limitation+and+rootstock+genotype+interact+to+alter+grape+berry+metabolism+through+transcriptome+reprogramming%5BTitle%5D)+AND+%22Hort+Res%22%5BJournal%5D)">Water limitation and rootstock genotype interact to alter grape berry metabolism through transcriptome reprogramming.</a> Hort Res. 2, 1-13 (2015).</li>
<li>Carbonell-Bejerano, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Solar+ultraviolet+radiation+is+necessary+to+enhance+grapevine+fruit+ripening+transcriptional+and+phenolic+responses%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Plant+Biol%22%5BJournal%5D)">Solar ultraviolet radiation is necessary to enhance grapevine fruit ripening transcriptional and phenolic responses.</a> BMC Plant Biol. 14, 1-16 (2014).</li>
<li>Carbonell-Bejerano, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Reducing+sampling+bias+in+molecular+studies+of+grapevine+fruit+ripening%3A+transcriptomic+assessment+of+the+density+sorting+method%5BTitle%5D)+AND+%22Theor+Exp+Plant+Phys%22%5BJournal%5D)">Reducing sampling bias in molecular studies of grapevine fruit ripening: transcriptomic assessment of the density sorting method.</a> Theor Exp Plant Phys. 28 (1), 109-129 (2016).</li>
<li>Carbonell-Bejerano, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Circadian+oscillatory+transcriptional+programs+in+grapevine+ripening+fruits%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Plant+Biol%22%5BJournal%5D)">Circadian oscillatory transcriptional programs in grapevine ripening fruits.</a> BMC Plant Biol. 14, 1-15 (2014).</li>
<li>Cavallini, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Functional+diversification+of+grapevine+MYB5a+and+MYB5b+in+the+control+of+flavonoid+biosynthesis+in+a+petunia+anthocyanin+regulatory+mutant%5BTitle%5D)+AND+%22Plant+%26+Cell+Physiol%22%5BJournal%5D)">Functional diversification of grapevine MYB5a and MYB5b in the control of flavonoid biosynthesis in a petunia anthocyanin regulatory mutant.</a> Plant & Cell Physiol. 55 (3), 517-534 (2014).</li>
<li>Cramer, G. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Transcriptomic+analysis+of+the+late+stages+of+grapevine+%28Vitis+vinifera+cv.+Cabernet+Sauvignon%29+berry+ripening+reveals+significant+induction+of+ethylene+signaling+and+flavor+pathways+in+the+skin%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Plant+Biol%22%5BJournal%5D)">Transcriptomic analysis of the late stages of grapevine (Vitis vinifera cv. Cabernet Sauvignon) berry ripening reveals significant induction of ethylene signaling and flavor pathways in the skin.</a> BMC Plant Biol. 14, 1-21 (2014).</li>
<li>Dal Santo, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+plasticity+of+the+grapevine+berry+transcriptome%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Biol%22%5BJournal%5D)">The plasticity of the grapevine berry transcriptome.</a> Genome Biol. 14 (6), 1-17 (2013).</li>
<li>Fasoli, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+Grapevine+Expression+Atlas+Reveals+a+Deep+Transcriptome+Shift+Driving+the+Entire+Plant+into+a+Maturation+Program%5BTitle%5D)+AND+%22Plant+Cell%22%5BJournal%5D)">The Grapevine Expression Atlas Reveals a Deep Transcriptome Shift Driving the Entire Plant into a Maturation Program.</a> Plant Cell. 24 (9), 3489-3505 (2012).</li>
<li>Gambino, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Co-evolution+between+Grapevine+rupestris+stem+pitting-associated+virus+and+Vitis+vinifera+L.+leads+to+decreased+defence+responses+and+increased+transcription+of+genes+related+to+photosynthesis%5BTitle%5D)+AND+%22J+Exp+Bot%22%5BJournal%5D)">Co-evolution between Grapevine rupestris stem pitting-associated virus and Vitis vinifera L. leads to decreased defence responses and increased transcription of genes related to photosynthesis.</a> J Exp Bot. 63 (16), 5919-5933 (2012).</li>
<li>Ghan, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Five+omic+technologies+are+concordant+in+differentiating+the+biochemical+characteristics+of+the+berries+of+five+grapevine+%28Vitis+vinifera+L.%29+cultivars%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Genomics%22%5BJournal%5D)">Five omic technologies are concordant in differentiating the biochemical characteristics of the berries of five grapevine (Vitis vinifera L.) cultivars.</a> BMC Genomics. 16 (1), 1-26 (2015).</li>
<li>Pastore, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Selective+defoliation+affects+plant+growth%2C+fruit+transcriptional+ripening+program+and+flavonoid+metabolism+in+grapevine%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Plant+Biol%22%5BJournal%5D)">Selective defoliation affects plant growth, fruit transcriptional ripening program and flavonoid metabolism in grapevine.</a> BMC Plant Biol. 13, 1-13 (2013).</li>
<li>Pastore, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Increasing+the+source%2Fsink+ratio+in+Vitis+vinifera+%28cv+Sangiovese%29+induces+extensive+transcriptome+reprogramming+and+modifies+berry+ripening%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Genomics%22%5BJournal%5D)">Increasing the source/sink ratio in Vitis vinifera (cv Sangiovese) induces extensive transcriptome reprogramming and modifies berry ripening.</a> BMC Genomics. 12, 1-23 (2011).</li>
<li>Rinaldo, A. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+Grapevine+Anthocyanin+Acyltransferase%2C+Transcriptionally+Regulated+by+VvMYBA%2C+Can+Produce+Most+Acylated+Anthocyanins+Present+in+Grape+Skins%5BTitle%5D)+AND+%22Plant+Physiol%22%5BJournal%5D)">A Grapevine Anthocyanin Acyltransferase, Transcriptionally Regulated by VvMYBA, Can Produce Most Acylated Anthocyanins Present in Grape Skins.</a> Plant Physiol. 169 (3), 1897-1916 (2015).</li>
<li>Royo, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Developmental%2C+transcriptome%2C+and+genetic+alterations+associated+with+parthenocarpy+in+the+grapevine+seedless+somatic+variant+Corinto+bianco%5BTitle%5D)+AND+%22J+Exp+Bot%22%5BJournal%5D)">Developmental, transcriptome, and genetic alterations associated with parthenocarpy in the grapevine seedless somatic variant Corinto bianco.</a> J Exp Bot. , 259-273 (2015).</li>
<li>Venturini, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((De+novo+transcriptome+characterization+of+Vitis+vinifera+cv.+Corvina+unveils+varietal+diversity%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Genomics%22%5BJournal%5D)">De novo transcriptome characterization of Vitis vinifera cv. Corvina unveils varietal diversity.</a> BMC Genomics. 14, 1-13 (2013).</li>
<li>Commisso, M., Strazzer, P., Toffali, K., Stocchero, M., Guzzo, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Untargeted+metabolomics%3A+an+emerging+approach+to+determine+the+composition+of+herbal+products%5BTitle%5D)+AND+%22Comput+Struct+Biotechnol+J%22%5BJournal%5D)">Untargeted metabolomics: an emerging approach to determine the composition of herbal products.</a> Comput Struct Biotechnol J. 4, 1-7 (2013).</li>
<li>Pluskal, T., Castillo, S., Villar-Briones, A., Oresic, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((MZmine+2%3A+Modular+framework+for+processing%2C+visualizing%2C+and+analyzing+mass+spectrometry-based+molecular+profile+data%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">MZmine 2: Modular framework for processing, visualizing, and analyzing mass spectrometry-based molecular profile data.</a> BMC Bioinformatics. 11, 1-11 (2010).</li>
<li>Ashburner, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Gene+Ontology%3A+tool+for+the+unification+of+biology%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Genet%22%5BJournal%5D)">Gene Ontology: tool for the unification of biology.</a> Nat Genet. 25 (1), 25-29 (2000).</li>
</ol>

למחברים אין מה לחשוף.

מאמר זה מתאר את metabolomics, transcriptomics ופרוטוקולים ניתוח סטטיסטי המשמש לפרש את המושג טרואר ברי ענבים. ניתוח Metabolomics ידי HPLC-ESI-MS הוא רגיש מספיק כדי לזהות מספר רב של מטבוליטים זמנית, אבל quantitation ביחס מושפע השפעה מטריקס ודיכוי / שיפור יון. עם זאת, גישה דומה כבר נעשה שימוש כדי לתאר את הבשלת ופוסט הקציר מצמית של פירות יער קורבינה, ואת תיקון תופעות מטריקס הייתה השפעה מוגבלת על תוצאות 5. יתר על כן, מחקר שנערך לאחרונה בקנה מידה גדול רב מכשיר הבין-מעבדה לקבו...

ניתוח נתונים בקנה מידה גדולה מבוססים על הגנום, transcriptomes, proteomes ו metabolomes של צמחים מספק תובנה חסרת תקדים אל תוך ההתנהגות של מערכות מורכבות, כגון מאפייני טרואר יין המשקפים את יחסי הגומלין בין צמחי גפן לבין סביבתם. מכיוון טרואר של יין יכול להיות ברור גם כאשר שיבוטי גפן זהים גדלים בכרמים שונים, ניתוח הגנומיקה הוא שימוש קצת כי הגנום המשובט זהה. במקום יש צורך להסתכל מתאמים בין ביטוי גנים המאפיינים המטבולי של פירות יער, אשר קובעות את תכונות איכות היין. ניתוח ביטוי גנים ברמת יתרונות transcriptome מן התכונות הכימיות הדומות של כל התמלילים, המאפשרות ניתוח כמוני על ידי ניצול מאפיינים אוניברסאליים כמו הכלאת בדיקות משותקות על microarrays. לעומת זאת, שיטות אנליטיות אוניברסלית בתוך פרוטאומיקהnd metabolomics יותר מאתגר בגלל המגוון הפיסיקלי וכימי הענק של חלבונים מטבוליטים פרט. במקרה של metabolomics המגוון הזה הוא עוד יותר קיצוני כי מטבוליטים הפרט להיות שונה בהרבה בגודלם, קוטביות, שפע ותנודתיות, ולכן אין תהליך החילוץ יחיד או שיטה אנליטית מציע גישה הוליסטית. בין פלטפורמות אנליטית מתאימות מטבוליטים בלתי נדיף, אלה המבוססים על כרומטוגרפיה נוזלית ביצועים גבוהים מצמידים ספקטרומטריית מסה (HPLC-MS) הם הרבה יותר רגיש מאשר חלופות כגון HPLC עם גלאי מערך אולטרא סגולים או דיודה (HPLC-UV, HPLC-DAD ספקטרוסקופיה) או תהודה מגנטית גרעינית (NMR), אבל ניתוח כמותי על ידי HPLC-MS יכול להיות מושפע תופעות כגון אפקט מטריקס ודיכוי יון / שיפור 1-3. חקירת תופעות כאלה במהלך הניתוח של פרותי יער ענבי קורבינה ידי HPLC-MS באמצעות מקור יינון electrospray (HPLC-ESI-MS), הראה כי סוכרים ומולקולות אחרות עם פעמי השמירה הנמוכות ביותר היו underreported מאוד, כנראה גם המשקפים את המספר הגדול של מולקולות באזור זה, וכי השפע של מולקולות אחרות יכול לזלזל, בהערכה או מושפע השפעת מטריקס נורמליזציה, אך הנתונים להשפעת מטריקס נראה שתהיה לה השפעה מוגבלת על 4,5 התוצאות הכוללות. השיטה המתוארת במסמך זה הוא אופטימיזציה עבור הניתוח של מטבוליטים בינוני-קוטבי שמצטברים ברמות גבוהות פרותי יער ענבים במהלך הבשלה, ואשר השפיעו באופן משמעותי על ידי טרואר. הם כוללים אנתוציאנינים, flavonols, flavan-3-ols, procyanidins, פלבנואידים אחרים, רזברטרול, stilbenes, חומצות hydroxycinnamic וחומצות hydroxybenzoic, אשר יחד לקבוע את צבע, טעם ומאפיינים הקשורים לבריאות של יינות. מטבוליטים אחרים, כגון סוכרים וחומצות אורגניות אליפטיות, הם התעלמו בגלל quantitation ידי HPLC-MS הוא אמין בשל מטריקס effect ודיכוי יון תופעות 5. בטווח הקוטבי שנבחר על ידי שיטה זו, הגישה היא לא ממוקדת בכך שהיא שואפת לזהות כמה מטבוליטים שונים כמו 6 אפשריים. שיטות transcriptomics המאפשרים אלף תמלילי גפן להיות במעקב בו זמנית הם הקלו על ידי הזמינות של רצף הגנום גפן המלאה 7,8. שיטות transcriptomics מוקדם על סמך רצף cDNA תפוקה גבוהה התפתחו עם כניסתו של רצף הדור הבא לתוך אוסף של הליכים המתוארים קולקטיבי טכנולוגיית RNA-seq. גישה זו הופכת במהירות את שיטת הבחירה של מחקרי transcriptomics. עם זאת, גוף גדול של ספרות המבוססת על microarray, המאפשר אלף תמלילים כדי לכמת במקביל על ידי כלאה, צבר עבור גפן. ואכן, לפני RNA-seq הפך טכנולוגיה המיינסטרים, פלטפורמות microarray מסחריות ייעודיות רבות היוtranscriptome גפן פתח המאפשר להיבדק בפירוט רב. בין המגוון של פלטפורמות המכריעים, רק שתיים להותיר ניתוח transcriptome הגנום כולו 9. המערך המפותח ביותר אפשר ההכלאה של עד 12 דגימות עצמאיות על מכשיר אחד, ובכך להקטין את העלויות של כל ניסוי. 12 תת-המערכים כל מורכבת 135,000 בדיקות 60-mer מייצג 29,549 תמלילי גפן. מכשיר זה נעשה שימוש במספר רב של מחקרים 10-24. פלטפורמות אלה שתי עכשיו כבר הופסקו אלא microarray מנהג חדש תוכנן לאחרונה ומייצגות התפתחות מאוחר יותר מכיוון שהיא מכילה מספר גדול יותר של בדיקות המייצגים גני גפן שהתגלו לאחרונה נוספים 25. בבסיסי הנתונים גדול למכירה המיוצרים על ידי ניתוח transcriptomics ו metabolomics דורשים שיטות סטטיסטיות מתאימות לניתוח נתונים, כוללים טכניקות מרובות משתנות כדי לקבוע מתאמים בין צורה שונהים של נתונים. הטכניקות רבות המשתנה הנפוץ ביותר הן אלה המבוססים על הקרנה, ואלה יכולים להיות ללא השגחה, כגון ניתוח מרכיבים ראשי (PCA), או בפיקוח, כגון היטל אורתוגונלי דו-כיוונית למבנים סמויים ניתוח מבחין (O2PLS-DA) 26. הפרוטוקול המובא במאמר זה מנצל PCA לניתוח נתונים גישוש O2PLS-DA לזהות הבדלים בין קבוצות של דגימות.

<table><tbody><tr><td>מטחנת טחנה</td><td>IKA</td><td>IKA A11 בסיסי</td><td></td></tr><tr><td>HPLC דגימה אוטומטית</td><td>בקמן קולטר</td><td>&nbsp;-</td><td>מערכת זהב 508 דגימה אוטומטית</td></tr><tr><td>HPLC מערכת</td><td>בקמן קולטר</td><td>&nbsp;-</td><td>מערכת זהב 127 מודול ממס HPLC</td></tr><tr><td>C18 עמוד שמירה</td><td>גרייס</td><td>&nbsp;-</td><td>Alltima HP C18 (7.5 מ"מ x 2.1 מ"מ; 5 &mu; m) עמוד שמירה</td></tr><tr><td>C18 עמוד</td><td>Grace</td><td>&nbsp;-</td><td>Alltima HP C18 (150 מ"מ x 2.1 מ"מ; 3 &mu; m)</td></tr><tr><td>Column Mass Spectometer</td><td>Bruker Daltonics</td><td>&nbsp;-</td><td>Bruker Esquire 6000; ספקטומטר המסה היה מצויד במקור ESI והמנתח היה מלכודת יונים.</td></tr><tr><td>ממיסי מיצוי ומאגרי HPLC</td><td>סיגמא</td><td>34966</td><td>מתנול LC-MS כיתה</td></tr><tr><td>סיגמא</td><td>94318</td><td>חומצה פורמית LC-MS כיתה</td><td></td></tr><tr><td>סיגמא</td><td>34967</td><td>אצטוניטריל LC-MS כיתה</td><td></td></tr><tr><td>סיגמא</td><td>39253</td><td>מים&nbsp; מסנני</td> מזרק Minisart RC 4 בדרגת <td></td>LC-MS</tr><tr><td>(0.2 &mu; מ)</td> <td>Sartorius</td><td>17764</td><td></td></tr><tr><td>תוכנות לאיסוף נתונים (א) ועיבוד (ב)</td> <td>Bruker Daltonics-Bruker</td><td></td> <td>Daltonics Esquire 5.2 Control (a); Esquire 3.2 ניתוח נתונים ותוכנות MzMine 2.2 (ב)</td></tr> <tr><td>ערכת RNA כוללת של צמח ספקטרום</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>STRN250-1KT</td><td>לסך ה-RNA Extractino מפריקפת ענבים</td></tr><tr><td>Nanodrop 1000</td><td>Thermo Scientific</td><td>1000</td><td></td></tr><tr><td>BioAnalyzer 2100</td><td>Agilent Technologies</td><td>G2939A</td><td></td></tr><tr><td>RNA 6000 Nano Reagents</td><td>Agilent Technologies</td><td>5067-1511</td><td></td></tr><tr><td>שבבי RNA</td><td>Agilent Technologies</td><td>5067-1511</td><td></td></tr><tr><td>Agilent Gene Expression Wash Buffer 1</td><td>Agilent Technologies</td><td>5188-5325</td><td></td></tr><tr><td>Agilent Gene Expression Wash Buffer 2</td><td>Agilent Technologies</td><td>5188-5326</td><td></td></tr><tr><td>ערכת תיוג LowInput QuickAmp בצבע אחד</td><td>Agilent Technologies</td><td>5190-2305</td><td></td></tr><tr><td>ערכת RNA Spike In - Agilent בצבע אחד</td><td> טכנולוגיות</td><td>5188-5282</td><td></td></tr><tr><td>ערכת הכלאה לביטוי גנים</td><td>Agilent Technologies</td><td>5188-5242</td><td></td></tr><tr><td>RNeasy Mini Kit (50)</td><td>Qiagen</td><td>74104</td><td>לטיהור cRNA</td></tr><tr><td>Agilent SurePrint HD 4X44K 60-mer Microarray</td><td>Agilent Technologies</td><td>G2514F-048771&nbsp;</td><td></td></tr><tr><td>eArray</td><td>Agilent Technologies</td><td>-</td><td><a href="https://earray.chem.agilent.com/earray/">https://earray.chem.agilent.com/earray/</a></td></tr><tr><td>Gasket slides</td><td>Agilent Technologies</td><td>G2534-60012</td><td>Enable Agilent SurePrint Microarray 4-array Hybridization</td></tr><tr><td>אמבט תרמוסטטי</td><td>Julabo-Hybridization</td><td></td><td></td></tr> <tr><td>Chamber</td><td>Agilent טכנולוגיות</td><td>G2534-60001</td><td></td></tr><tr><td>תנור היברידיזציה מיקרו-מערך</td><td>Agilent Technologies</td><td>G2545A</td><td></td></tr><tr><td>היברידיזציה תנור מסובב מתלה</td><td>Agilent Technologies</td><td>G2530-60029</td><td></td></tr><tr><td>מוט המרת מתלה מסובב</td><td>Agilent Technologies</td><td>G2530-60030</td><td></td></tr><tr><td>ערכת צביעה</td><td>Bio-Optica</td><td>10-2000</td><td>צלחת מכתים שקופיות ומתלה שקופיות</td></tr><tr><td>מכשיר בוחש מגנטי</td><td>AREX חימום בוחש מגנטי</td><td>F20540163&nbsp;</td><td></td></tr><tr><td>תנור תרמוסטטי</td><td>Thermo Scientific</td><td>Heraeus - 6030</td><td></td></tr><tr><td>Agilent Microarray Scanner</td><td>Agilent Technologies</td><td>G2565CA</td><td></td></tr><tr><td>קרוסלת סורק, 48 מצבים</td><td>Agilent Technologies</td><td>G2505-60502</td><td></td></tr><tr><td>מחזיקי שקופיות</td><td>Agilent Technologies</td><td>G2505-60525</td><td></td></tr><tr><td>תוכנת חילוץ תכונות v11.5</td><td>Agilent טכנולוגיות</td><td></td> <td>בתוך סורק Agilent Microarray G2565CA</td></tr><tr><td>אומטריית</td><td></td><td></td> <td>תוכנה SIMCA + V13</td></tr></tbody></table>

קונספט טרואר לפרש דרך הענבים הברים metabolomics ו transcriptomics

The Terroir Concept Interpreted through Grape Berry Metabolomics and Transcriptomics

טרואר מתייחס שילוב של גורמים סביבתיים המשפיעים על המאפיינים של גידולים כמו גפן (גפן יין) על פי בתי גידול מסוימים ודרכי ניהולו. מאמר זה מראה כיצד חתימות טרואר מסוימות ניתן לאתר את metabolome גרגרי היער transcriptome של מוסר ים זן גפן באמצעות ניתוח סטטיסטי רב משתנה. השיטה הראשונה דורשת תוכנית הדגימה המתאימה. במחקר במקרה זה, שיבוט מסוים של זן קורבינה נבחר כדי למזער הבדלים גנטיים, דגימות נאספו משבעה כרמים המייצגים שלושה אזורי מאקרו שונים במהלך שלוש עונות גידול שונות. גישת metabolomics ממוקדת LC-MS מומלץ בשל הרגישות הגבוהה שלו, מלווה עיבוד נתונים יעיל באמצעות תוכנת MZmine ואסטרטגית זיהוי המטבוליט סמך ניתוח עץ פיצול. ניתן להשיג ניתוח transcriptome מקיף באמצעות מערכיםבדיקות המכילות כיסוי ~ 99% מכלל גני גפן החזה, המאפשר ניתוח סימולטני של כל הגנים לידי הביטוי באופן דיפרנציאלי בהקשר של terroirs השונה. לבסוף, ניתוח נתונים רבים משתנים המבוסס על שיטות הקרנה ניתן להשתמש כדי להתגבר על ההשפעה וינטאג ספציפי החזקה, המאפשר metabolomics ונתוני transcriptomics להיות משולבים ונותחו בהרחבה לזהות מתאמים אינפורמטיבי.

מקרה המבחן המתואר במאמר זה ניב מטריקס נתונים סופי הכולל 552 אותות (תכונות מ &#39;/ z) כוללים יונים מולקולריים בתוספת איזוטופים שלהם, adducts ושברים מסוימים, לכמת יחסית בקרב 189 דגימות (7 כרמים x 3 שלבי הבשלת x 3 x עונות גידול 3 משכפל ביולוגי). המספר הכולל של נקודות נתונים ולכן היה 104,328. ניתוח עץ הפיצול הביא ביאור של 282 תכונות מ &#39;/ z, מתאים מטבוליטים בתוספת adducts, איזוטופים ושבר. ניתוח גישוש של מטריקס הנתונים כולו על ידי ...

מאמר זה מתאר את היישום של metabolomics לא ממוקד, transcriptomics ניתוח סטטיסטי רב משתני תמלילי ברי ענבים מטבוליטים כדי לקבל תובנה לגבי מושג טרואר, כלומר, השפעת הסביבה על תכונות איכות ברה.

קונספט טרואר לפרש דרך הענבים הברים Metabolomics ו transcriptomics

Terroir refers to the combination of environmental factors that affect the characteristics of crops such as grapevine (Vitis vinifera) according to ...

המטרה הכללית של הליאות ניסיוניות אלו היא לבחון את חתימות הטרור (terroir) השונות במטבולום ובטרנסקריפטום של גרגירי הענבים מזן Corvina. מקרה הבוחן המתואר כאן כלל איסוף וניתוח של דגימות בשלוש שלבי הבשלה משבעה כרמים בשלושה מקרו-אזורים לאורך שלוש עונות גידול. הטכניקות המתוארות חושפות את השפעת הבשלה השלטית בבציר על המטבולום של הגרגרים.בגרגירים בשלים זוהו גם חתימות כימיות ספציפיות וברורות המייצגות את שלושת המאקרו-אזורים. חתימת הטרואר ברמת המאקרו-אזור נחשפה באמצעות טכניקות סטטיסטיות מתאימות כגון PCA, שהיא ניתוח רכיבים ראשיים, ו-auto BLSDA, שהיא ניתוח תפקודי של הקרנה אורתוגונלית דו-כיוונית למבנים מובילים, לצורך ניתוח מטריצות הנתונים של התסריפטומיקה והמטבאלומיקה. מנגד, ההבדלים בין כרמים בודדים הם עדינים יותר, ודורשים גישות סטטיסטיות מורכבות ורגישות יותר.התחילו את הניסוי בפיתוח תוכנית דגימה מתאימה. ודאו כי תוכנית הדגימה מגדירה את מקומות הדגימה, הזמנים ואת הליך הדגימה המדויק. לאחר קציר של 30 אשכולות ממיקומים שונים לאורך שתי שורות גפנים, בחרו שלושה גרגירי ענב באופן אקראי מכל אשכול, תוך הימנעות מאלו עם נזק נראה לעין ו/או סימני זיהום.חזור על תהליך זה כדי להשיג שלושה מאגרי דגימות (pools) בלתי תלויים לכל שלב הבשלה. הסר את הגרעינים מהגרגירים, והקפא את הפריקרפ (pericarp) באופן מיידי בחנקן נוזלי. כרס את כל הגרגירים הקפואים מכל מאגר באמצעות מטחנה אוטומטית.חלקו כל דגימה מאבקה לשני חלקים שווים, אחד עבור אנליזה טרנסקריפטומית והשני עבור אנליזה מטבולומית. לאחר מכן, סגרו והסירו את המעכה, ואחסנו את האבקות בטמפרטורה של minus 80 degrees celsius. הכינו את התמציות המטבוליות של דגימות הגרית בטמפרטורת החדר בשלושה נפחים של methanol, מוחמץ עם 0.1% formic acid, באמבט אולטרסוני בתדר של 40 kilohertz למשך 15 דקות.סבבו את התמציות בצנטריפוגה ב-16,000 ×g למשך 10 דקות בטמפרטורה של 4°C. דללו את הנוזל העליון בשני נפחים של מים דה-יוניים, והעבירו דרך מסנן של 0.2 מיקרון. הגדירו את מערכת הכרומטוגרפיה נוזלית בעוצמה גבוהה (HPLC), המחוברת לספקטרומטריית מסות, באמצעות מקור יינון בריסוס אלקטרוסטטי (ESI) או מערכת HPLC-ESI-MS, כפי שמתואר בפרוטוקול הכתוב.בצע את הפרדת ה-HPLC באמצעות גרדיאנט לינארי של ממסים A ו-B בקצב זרימה קבוע של 0.2 milliliters per minute, עם נפח הזרקת דגימה של 30 microliters. רכוש ספקטרא של מסות במצבי יינון שלילי וחיובי לסירוגין, לפי הפרמטרים המפורטים בפרוטוקול הטקסט. לעיבוד נתוני ה-LCMS, בצע את הליכי זיהוי והצמדת הפסגות (peak detection alignment), מילוי פערים (gap-filling) וסינון פסגות באמצעות תוכנה מתאימה, כגון התוכנה בקוד פתוח M Zeta Mine, גרסה 2.14.ייבא את קבצי הטקסט שהתקבלו לגיליון אלקטרוני. פעולה זו יוצרת מטריצת נתונים שבה כל המטבוליטים שזוהו, המזוהים על ידי מספר זיהוי, ערך יחס מסה-למטען וזמן שימור, מכומתים בכל הדגימות במונחים של ערכי שטח הפסגה שלהם. הכן את מערך ההיברידיזציה בהתאם למפרטי פורמט של ארבעה מארזים, על ידי הוספת 1.65 micrograms של RNA משלים המסומן בציאנין, בנפח סופי של 41.8 microliters של מים דה-יוניים נקיים מ-RNAse.הוסיפו 11 µL של חומר חסימה (blocking agent) בריכוז 10X, ו-2.2 µL של בופר פרגמנטציה (fragmentation buffer) בריכוז 25X. דגרו בבן-מריא בטמפרטורה של 60 °C למשך 30 דקות, כדי לפרגמנט את ה-RNA. לאחר 30 דקות, קררו מיד על קרח למשך דקה אחת.לבסוף, הוסיפו 55 µL של תמיסת חיברוש (hybridization buffer) בריכוז 2X, וערבבו היטב באמצעות פיפטינג. לאחר סחרור למשך דקה אחת ב-15,500 ×g בטמפרטורת החדר, הניחו מיד את מבחורת המיקרו-צנטריפוגה על קרח. כדי להטעין את המיקרו-מערך (micro-array) המותאם אישית, הכניסו שקף עם אטם (gasket slide), כאשר התווית פונה כלפי מעלה, לבסיס של תא החיברוש.העמיסו באיטיות 100 µL של דגימת היברידיזציה לכל באר של האטם, תוך הפצת הנוזל בעזרת קצה של פפית, תוך הימנעות מיצירת בועות. הניחו באיטיות את המיקרו-מערך המותאם אישית, כשהוא פונה כלפי מטה, וודאו שהברקוד המספרי פונה כלפי מעלה. וודאו שזוג ה"סנדוויץ'" מיושר כראוי.לבסוף, הנח את מכסה תא ההיברידיזציה על השקופיות המודבקות, והדק ביד את התפס על התא. סובב את התא המורכב כדי להעריך את ניידותן של בועות האוויר. הנח את תא השקופיות המורכב ברוטסריה מאוזנת, בתוך תנור היברידיזציה המכוון ל-65 °C.כוון את המערבל לסיבוב במהירות של 10 RPM. אפשר לתהליך ההיברידיזציה להימשך במשך 17 שעות. כדי להמשיך לשטיפת שקף המיקרו-מערך, הכן שלושה תבלילי צביעה לשקפים ומלא אותם בבתומי השטיפה המתאימים.מלאו שתי צלחניות בבופר שטיפה 1 בטמפרטורת החדר, וצלחנית אחת בבופר שטיפה 2 שחומם מראש. פרקו את תא ההיברידיזציה והוציאו את ה"סנדוויץ'". כאשר הברקוד המספרי של שקופית המיקרו-מערך פונה כלפי מעלה, טבלו את הסנדוויץ' לתוך צלחנית צביעת השקופיות הראשונה המלאה בבופר שטיפה 1 בטמפרטורת החדר, ובעזרת פינצטה נקייה, הפרידו את האטם מהשקופית של המיקרו-מערך.העבירו במהירות את שקופית המיקרו-מערך למגש שקופיות, והניחו אותה בכלי צביעת שקופיות השני המלא ב-wash buffer one בטמפרטורת החדר. הניחו את כלי צביעת השקופיות על בוחש מגנטי, ושטפו למשך דקה אחת תוך כדי ערבוב מתון. העבירו במהירות את מגש השקופיות לכלי צביעת השקופיות השלישי, המלא ב-wash buffer two שחומם מראש, ושטפו למשך דקה אחת תוך כדי ערבוב מתון.הוצאו באיטיות את הרשת מכלי הצביעה של השקופיות, והוציאו בזהירות את השקופית מהרשת, תוך הימנעות מירידה של טיפות. הניחו את שקופית המיקרו-מערך (micro-array) בסורק מתאים, וסרקו כל מערך באמצעות הגדרות הפרמטרים המומלצות במדריך ההוראות של יצרן המיקרו-מערך. כדי להכין את התוכנה לניתוח סטטיסטי, ייבאו תחילה את נתוני המטבולומיקה והטרנסקריפטומיקה.עברו אל File, New Regular Project, New Regular Project, כדי לייבא את מטריצת הנתונים שהתקבלה. לאחר מכן לחצו על Edit. בצעו טרנספוזיציה למטריצה כולה, home, והקצו את המזהים (ID) הראשוניים והמשניים המתאימים. לסיום, לחצו על finish.כדי לבצע את הניתוח הסטטיסטי הרב-משתני, נווט לחלון ה-Workset, בחר PCAX כסוג המודל ולחץ על AutoFit. בחר Scores ואז Scatter, כדי לראות את התרשים המציג את הקיבוץ האפשרי של הדגימות. בחן את תרשים ה-PCA score.אם התקבל מודל טוב, השתמש באותן מחלקות של דגימות כדי לבנות מודל ניתוח מבדיל O2PLS. כדי לבנות שני מודלים של ניתוח מבדיל O2PLS באמצעות הדגימות שסווגו על ידי MacroZone, הקצב את המחלקות על ידי מעבר לחלון Home, לאחר מכן New As, M1, ו-Observations. הגדר את המחלקות הרצויות.לאחר מכן, שנו את סוג המודל מ-PCAX לניתוח מבחין מסוג O2PLS. לחצו על Autofit. המשיכו לבחור את M2 בחלון הפרויקט, לחצו על Scores ולאחר מכן על Scatter, כדי לראות את התרשים ואת מיקומם של מחלקות הדגימות.עברו ל-Select Data Type, ובחרו ב-Observations and Loadings. לאחר מכן לחצו על Add Series, ובחרו בפריטים PQ correlation one, ו-PQ correlation two, או ברכיבים נוספים במידה והם קיימים. לחיצה ימנית בעזרת העכבר על הגרף, בחירה ב-Property, לאחר מכן בחירה ב-Color, ובסוף בחירה ב-By Terms, כדי להבחין בין סמלי הגרף של המולקולות והסוגים השונים.עברו ל-Layout, затем Format Plot, ואחריו Access and or Styles, כדי לשנות את הגרף למאפיינים הרצויים. כדי לבחון אילו מטבוליטים מאפיינים מחלקה אחת או יותר, עברו ל-Plot List, ולאחר מכן ל-Scatter. ניתוח גילויים של כל מטריצת הנתונים באמצעות PCA הראה כי הדגימות התקבצו לפי שלב ההבשלה, כולל veraison, הבשלה בינונית ובשלות, לאורך הרכיבים הראשיים הראשון והשני.הדגימות התקבצו בהתאם לעונת הגידול לאורך הרכיב הראשי השלישי. ניתוח מבחין מסוג O2PLS של גרגירי ענב בשלים מאפשר זיהוי של חתימות טרואר ספציפיות, המייצגות את שלושת המקרו-אזורים: Valpolicella, אגם Garda ו-Soave. תרשימי העמסה (loading plots) של מודלים אלה מבוטאים כמתאם PQ, שהוא המתאם בין P, קבוצת הדגימות, לבין Q, המטבוליטים.בגרפי העמסה (loading plots), הריבועים האדומים מייצגים את קבוצת הדגימות או את המקרו-אזורים, והמשולשים הצבעוניים מייצגים את המטבוליטים הבודדים. המטבוליטים מקודדים בצבעים לפי הסיווג הכימי שלהם, והמרחק בין המטבוליטים לדגימות משקף את הקשרים ביניהם. המקרו-אזור של Lake Garda אופיין בסטילבנים (stilbenes), בעוד ש-Soave ו-Valpolicella התאפיינו בפלבונואידים.מבין האנתוציאנינים, הפאונידין ונגזרותיו היו נפוצים יותר במקרו-אזור של Lake Garda, בעוד ששאר האנתוציאנינים היו נפוצים יותר במקרו-אזור של Valpolicella. יתרה מכך, אנתוציאנין three-O-glucosides היו נפוצים יותר במקרו-אזור של Valpolicella, בעוד שנגזרות מאצילציה וקומרולציה היו נפוצים יותר במקרו-אזור של Soave. שיטות של טרנסקריפטומיקה, RA ו-RNA sig, מאפשרות ניטור סימולטני של אלפי תמלילי שעתוק של גפני ענבים.מערך זעיר (micro-array) מותאם אישית חדש תוכנן לאחרונה ומייצג מספר רב עוד יותר של גששים, המייצגים סוגים נוספים שגוליים לאחרונה של גפנים. בהינתן ההתיישנות המהירה של פלטפורמות טרנסקריפטומיות, תארנו הליך חלופי המשתמש בפלטפורמה חדשה המכילה גששים רבים יותר מהקודמת, כולל 249 תמלילי peno חזויים נוספים, עבור 1392 לוקוסי peno שזוהו מחדש, ו-179 גנים של corvina prava. ניתוח מטבוליקה באמצעות HPLC-ESI-MS רגיש מספיק כדי לזהות מספר רב של מטבוליטים בו-זמנית.היכולת ליצור מישור דגימה היא קריטית. הבחירה ב clones בודד כדי למזער הבדלים גנטיים, ומשך הדגימה הממושך, אפשרו זיהוי של ההבדלים הממשיים בין הטרואים (terroirs). יהיה מעניין להשוות את אותו הזן הגדל באזורים פחות אופטימליים, אך למרבה הצער, כרמים אלו לא היו זמינים.

the-terroir-concept-interpreted-through-grape-berry-metabolomics

Research

JoVE Journal

Genetics

גנטיקה

זמן תגובה להעברת פרוטונים של ספקטרומטריית מסה של טיסה מאפשרת ניתוח רגיש גבוה, מהיר ולא פולשני של תרכובות אורגניות נדיפות. כדי להדגים את הפוטנציאל שלו, אנו נותנים שלוש דוגמאות: תסיסה של חומצת חלב של יוגורט (ניטור ביולוגי מקוון), גנוטיפים שונים של תפוחים (סינון בקנה מידה גדול) וחלל רטרו-אף לאחר שתיית קפה (ניתוח חלל האף).

PTR-ToF-MS יחד עם מערכת הדגימה אוטומטית וניתוח נתונים מותאמים למחקרים על מזון: ניטור Bioprocess, הקרנה וניתוח שטח האף

פרוטוקול זה מתאר תהליך ניסוי לחקור באופן כמותי ומקיף על חילוף החומרים של מקורות מזון רבים. זרימת עבודה זו, המבוססת על שילוב של ניסויים מעקב איזוטרופי שגרת אנליטית, מאפשר את גורלו של חומרים מזינים נצרך המקור מטבולית של מולקולות synthetized על-ידי מיקרואורגניזמים נקבע.

זרימת עבודה המבוסס על השילוב של מעקב איזוטרופי ניסויים כדי לחקור את חילוף החומרים מיקרוביאלית של מקורות מזון רבים

מאמר זה מתאר הליך זיהוי ואפיון של משפחה ג'ין הגפן חלה על משפחתו של תודרנית Tóxicos ב Levadura (ATL) E3 אוביקוויטין ligases.

זרימת עבודה מקיפה עבור הביטוי מטא אנליזה ATL E3 אוביקוויטין ליגאז ג'ין משפחת גפן וזיהוי הגנום כולו

כאן, אנו מציגים פרוטוקול לתיאור אמפליקון מטגנומי לקביעת אוכלוסיית החיידקים של ענבי טרמינט, ענבים מותססים ויין סופי.

יצירת פרופיל של אוכלוסיית החיידקים של תסיסה של ענבי טרמינט במהלך ייצור היין באמצעות ריצוף אמפליקון מטאגנומי

בכתב יד זה, אנו מתארים פרוטוקול לבחינה תפקודית של שעתוק ופעילות מעכבת של חומרים אנטיבקטריאליים המכוונים לשעתוק חיידקים.

במבחנת תמלול מבחנים ויישומם ותרופות דיסקברי

זבוב הפירות הים תיכוני (Diptera: Tephritidae) הוא מזיק חקלאי עולמי. הבנה מעמיקה יותר של הביולוגיה שלו היא המפתח לשליטה באוכלוסיות הזבוב הים-תיכוני ובכך להפחית את ההשפעה הכלכלית. מיקרו-הזרקת עובר היא כלי בסיסי המאפשר הן טרנספורמציה של קו הנבט והן מחקרי גנטיקה הפוכה במין זה.

משלוח חומצות גרעין דרך Microinjection העובר חרקי ההדברה החקלאיים ברחבי העולם,<em&gt; זבוב הפירות הים תיכוני</em

פרוטוקול זה מתאר זרימת עבודה השוואתית של הרכבה והערות של טרנסקריפטום דה נובו עבור ביואינפורמטיקאים מתחילים. זרימת העבודה זמינה בחינם לחלוטין דרך CyVerse ומחוברת על ידי מאגר הנתונים. נעשה שימוש בשורת פקודה ובממשקי משתמש גרפיים, אך כל הקוד הדרוש זמין להעתקה והדבקה.

מינוף משאבים CyVerse עבור<em&gt; דה נובו</em&gt; תמלול השוואתי של אורגניזמים לא מקופחים (לא מודל)

תעלות יוני לימוד באמצעות מערכת להביע heterologously הפכו טכניקת ליבה במחקר ביו. בכתב היד הזה, אנו מציגים שיטה יעילה זמן כדי להשיג ביטוי ערוץ יון תחת פיקוח הדוק על ידי ביצוע transfection חולף בשליטת האמרגן מושרה.

ביטוי ערוץ יון לשליטה באמצעות Transfection ועין מתנהל חלוף

גלקסי והדוד צמחו ככלים פופולריים המאפשרים לחוקרים ללא הכשרה ביואינפורמטיקה לנתח ולפרש נתוני RNA-seq. אנו מתארים פרוטוקול לחוקרי אלגנס לבצע ניסויים-Seq RNA, גישה ולעבד את הנתונים באמצעות גלקסי ולקבל מידע ביולוגי משמעותי מרשימות הגן באמצעות DAVID.

Transcriptomic ניתוח<em&gt; C</em&gt;.<em&gt; elegans</em&gt; RNA רצף נתונים באמצעות Suite טוקסידו על פרויקט גלקסי

מאמר זה מדגים פרוטוקול מפורט DNA בידוד ובניה ספריית תפוקה גבוהה רצף מחומר עשבייה כולל חילוץ של ה-DNA בצורה יוצאת דופן באיכות ירודה.

DNA חזקים בידוד ובנייה ספריית רצף תפוקה גבוהה עבור דגימות עשבייה

חקור חתימות טרואר במטבולומיקה וטרנסקריפטומיקה של ענבים בשלים מזן Corvina. השיטה משתמשת בניתוח PCA ו-BLSDA כדי לזהות השפעות אזוריות ושנתיות על איכות הענבים.

קונספט טרואר לפרש דרך הענבים הברים Metabolomics ו transcriptomics

גלה סרטונים נוספים