Vi beskriver en robust generstatning strategi til genetisk manipulere smut svampen Ustilago maydis. Denne protokol forklarer, hvordan at generere deletionsmutanter at undersøge infektion fænotyper. Det kan udvides til at modificere gener i enhver ønsket måde, fx ved tilsætning af en sekvens, der koder et fluorescerende protein-tag.