Vi beskriver en robust gen ersättningsstrategi för att genetiskt manipulera smut svampen Ustilago maydis. Detta protokoll beskriver hur man skapar deletionsmutanter att undersöka infektion fenotyper. Den kan förlängas för att modifiera gener på något önskat sätt, t ex, genom att lägga till en sekvens som kodar för ett fluorescerande protein tagg.