Native polyakrylamidgelelektroforese er et grunnleggende verktøy for å analysere RNA-protein-interaksjoner. Tradisjonelt har de fleste eksperimenter brukt vertikale geler. Imidlertid gir horisontale geler flere fordeler, for eksempel muligheten til å overvåke komplekser under elektroforese. Vi gir en detaljert protokoll for generering og bruk av horisontal innfødt gelelektroforese.