Vi beskriver stegen som möjliggör snabb i situ provtagning av en liten del av en enskild cell med hög precision och minimal invasion med kapillär-baserade micro-provtagning, för att underlätta kemisk karakterisering av en ögonblicksbild av metabolisk aktivitet i levande embryon med en specialbyggd enda cell kapillär elektrofores och masspektrometri plattform.