כאן, פרוטוקול מוצג לבצע שיטת תנודות והערכת שיעור מוטציה מיקרוביאלית באמצעות סמנים פנוטיפקס. פרוטוקול זה יאפשר לחוקרים לקבוע מוטציות בחיידקים שונים וסביבות, בקביעה כיצד גנוטיפ והקשר האקולוגי משפיעים על שיעורי מוטציה ספונטניים.