Detta protokoll beskriver en teknik för att visualisera makrofagbeteende och död i embryonal zebrafisk under Mycobacterium Marinum infektion. Steg för beredning av bakterier, infektion av embryon, och intravital mikroskopi ingår. Denna teknik kan tillämpas på observation av cellulära beteende och dödsfall i liknande scenarier som involverar infektion eller steril inflammation.