Name: Detectie van celvrij DNA in bloedplasmamonsters van kankerpatiënten (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2020-09-09T13:30:00.000+00:00
Duration: 8 min 25 s
Description: Leer een niet-invasieve vloeistofbiopsietechniek voor de isolatie van celvrij DNA uit bloedplasma van kankerpatiënten. Dit protocol ondersteunt diagnose en monitoring van tumorprogressie.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

playerTrialDesktop

De auteurs willen de leden van het Laboratorium voor Kanker genomics en Biocomputing of Complex Diseases bedanken voor hun scherpe observationele input en hun deelname aan meerdere discussies in verschillende stadia van dit project. De financieringssteun omvat Israel Cancer Association (ICA-subsidie voor M.F-M 2017-2019) en Kamin-subsidie van Israel Innovation Authority (voor M.F-M.).

De auteurs verklaren geen concurrerende financiële belangen te hebben.

Het verzamelen van bloed van een patiënt in een buis, verzending en opslag zijn cruciale eerste stappen in vloeibare biopsie. Onjuiste behandeling kan de kwaliteit van het plasma aantasten en kan daarom de resultaten van de vloeibare biopsieverstoren 47. Als een bloedmonster wordt verzameld in een EDTA-bloedbuis, moet het plasma binnen twee uur na de bloedafname worden gescheiden om lyse van WBC's te voorkomen en het genomische DNA in het plasma vrij te geven48. WBC's kunne...

Technologische vooruitgang heeft geleid tot de volgorde van honderden kankergenoom en transcriptomen1. Dit heeft bijgedragen tot het begrijpen van landschappen van moleculaire veranderingen in verschillende kankertypen2. Verdere studies naar deze landschappen hebben geholpen bij het karakteriseren van de sequentiële somatische veranderingen en gengenfusies3 die betrokken zijn bij kanker of tumorprogressie, door apoptoseroutes serieel te verstoren4. Daarom kunnen somatische mutaties en gengenfusies informatie over tumoren verstrekken door te dienen als biomarkers bij individuele patiënten voor een bepaald tumortype5, bestaande primaire tumorenprognose6te identificeren , secundaire tumoren te categoriseren op basis van moleculaire veranderingen7, en druggable tumordoelen te identificeren8. Dergelijke informatie kan vergemakkelijken bij het selecteren van gepersonaliseerde behandeling voor kankerpatiënten en bij het bepalen van positieve en negatieve behandelingsreacties9. Het verkrijgen van tumormateriaal voor het identificeren van genomische profilering van tumorweefsel is echter een invasieve procedure10. Bovendien omvat een tumorbiopsie slechts een klein deel van een heterogene tumor; en kan daarom niet representatief zijn voor het moleculaire profiel van de gehele tumor11. Seriële monitoring en tumorgeneratie vereisen een herhaalde verzameling tumorweefsels, wat meestal niet haalbaar is vanwege de invasieve tumorbiopsieprocedure en de veiligheidsproblemen die voortvloeien uit dergelijke procedures12.
De vloeibare biopsietechniek heeft daarentegen de afgelopen tien jaar enorme aandacht gekregen in precisie-oncologie13,14. Het is voornamelijk te wijten aan de niet-invasieve van deze techniek en de mogelijkheid dat deze op meerdere tijdstipen wordt herhaald, waardoor een gebruiksvriendelijke en veilige monitoringtechniek voor de ziektecursussen15,16mogelijk wordt. Vloeibare biopsie is gebaseerd op een fenomeen dat tumorcellen zich snel vermenigvuldigen, en tegelijkertijd ondergaan velen van hen apoptose en necrose. Dit leidt tot het vrijkomen van apoptotisch celafval in het bloed van de patiënten, samen met de DNA-fragmenten die op precieze grootte worden gesneden tijdens apoptose17. De apoptose van niet-kankercellen leidt ook tot het vrijkomen van zijn cellulaire puin in het bloed, maar de apoptosesnelheid in deze cellen is relatief veel lager dan tumorcellen18. De rationale van de vloeibare biopsietechniek is om tumor-geassocieerde moleculen zoals DNA, RNA, eiwitten en tumorcellen14,19 vast te leggen die continu in het bloed circuleren. Verschillende technieken20 kunnen worden gebruikt voor de analyse van deze moleculen, waaronder Next-Generation Sequencing (NGS), digitale druppelpolymerasekettingreactie (ddPCR), real-time PCR en enzymgebonden immunosorbenttest (ELISA). Vloeibare biopsietechniek maakt het mogelijk om biomarkers te identificeren die kenmerken van tumorcellen zijn. Deze biomarkermoleculen komen niet alleen vrij uit specifieke delen van een tumor, maar eerder uit alle delen van de tumor21. Vandaar dat markers geïdentificeerd in vloeibare biopsie de moleculaire profilering van een volledige heterogene tumor vertegenwoordigen, naast andere tumoren in het lichaam, dus voordelen hebben ten opzichte van de op weefselbiopsie gebaseerde techniek22.
De cfDNA heeft een korte halfwaardetijd in het circulerende bloed, variërend van een paar minuten tot 1-2 uur23. De korte halfwaardetijd van cfDNA vergemakkelijkt echter real-time analyses door de behandelingsrespons en dynamische tumorbeoordelingen te evalueren. De van tumoren afgeleide cfDNA-niveaus wijzen op prognose van het tumorstadium/-grootte, zoals blijkt uit verschillende studies, die een verband aantoonden tussen cfDNA-niveaus en de overlevingsresultaten24. Bovendien hebben studies aangetoond dat de cfDNA een betere voorspellingscapaciteit heeft dan bestaande tumormarkers25. De prognosticatie van cfDNA is nog sterker na kankerbehandeling, hogere niveaus van cfDNA na behandeling correleren goed met een verminderde overlevingskans en resistentie tegen behandeling. Terwijl lagere niveaus van cfDNA na de behandeling over het algemeen overeenkomen met een positieve behandelingsrespons. Bovendien vergemakkelijkt de cfDNA vroege detectie van de behandelingsrespons dan de traditionele detectiemethoden.
De cfDNA verhoogt de kans op vroegtijdige opsporing van kankergerelateerde mutaties: tijdens ziekte in een vroeg stadium15, het begin van symptomen26 en vóór kankerdiagnose tot 2 jaar27. Aangezien cfDNA wordt vrijgegeven uit meerdere tumorgebieden of foci, biedt de analyse een uitgebreid overzicht van het tumorgenoom dat hetvertegenwoordigt 28. Daarom maakt de cfDNA het mogelijk somatische mutaties te detecteren die mogelijk zijn gemist in de weefselmonsters29. Aangezien intra-tumor heterogeniteit en subklonale mutaties kunnen worden gedetecteerd door diepe sequencing van genomische regio's die duizenden bases beslaan, maakt de analyse van de cfDNA het mogelijk om specifieke moleculaire subtypen met afzonderlijke genomische handtekeningen te ontdekken13. Om een vergelijkbaar niveau van informatie via weefselmonster te verkrijgen, zouden veel vaste biopsieën nodig zijn geweest.
Bovendien bleek het cfDNA-gehalte bij patiënten met een gelokaliseerde ziekte zoals dikke darm-, eierstok- en longkanker na een chirurgische behandeling en/of chemotherapie een krachtige prognostische marker te zijn voor terugkeer van kanker en behandelingsresultaten20. Bovendien konden bij patiënten met darm-, borst- en longkanker analyses van cfDNA uit het bloed met succes de tumorspecifieke veranderingen detecteren, wat leidde tot de nauwkeurige voorspelling van recidief enkele maanden van tevoren13. Bovendien zijn de behandelingsresistentiemarkers, zoals KRAS-mutaties bij patiënten met CRC die anti-EGFR-therapie krijgen30; VAF's voor genen zoals PIK3CA, MED1 of EGFR bij patiënten met borstkanker na de behandeling met verschillende therapieën31; en EGFR T790M resistentiemutatie bij longkankerpatiënten behandeld met EGFR-gerichte TKIs32 kan ook worden geïdentificeerd door cfDNA-analyse.
Samengevat kan de cfDNA-analyse worden gebruikt om nauwkeurige biomarkers op het gebied van oncologie13,33te identificeren . In dit protocol werden bloedmonsters van 3 glioompatiënten en 3 gezonde controles verwerkt om genomisch DNA van WBC's en cfDNA uit het plasma te verkrijgen. Bij glioomkanker dienen mutaties in IDH , TERT, ATRX, EGFR en TP53 als diagnostische en prognostische markers die kunnen helpen bij de vroege diagnose van glioomtumoren, het classificeren van verschillende soorten glioomtumoren, het begeleiden van de nauwkeurige behandeling voor de individuele patiënt en het begrijpen van de behandelingsrespons34,35. Mutatiestatus van deze genen kan worden geïdentificeerd met behulp van bloed-afgeleide cfDNA. In dit manuscript presenteren we een gedetailleerd protocol van plasma-afgeleid cfDNA dat is gebruikt voor het bestuderen van mutatieveranderingen in glioomkanker12. Een dergelijk op cfDNA gebaseerd vloeibaar biopsieprotocol dat in dit artikel wordt uitgelegd, kan worden gebruikt voor het bestuderen van mutatieveranderingen bij veel andere soorten kankers. Bovendien heeft een recente studie aangetoond dat op cfDNA gebaseerde vloeibare biopsie 50 verschillende soorten kankers kan detecteren36.
Het verzamelen, opslaan en verzenden van bloedmonsters zijn cruciale stappen in dit protocol, omdat ongecontroleerde temperatuur tijdens deze stappen lyse van WBC's veroorzaakt, wat leidt tot het vrijkomen van genomisch DNA uit de WBC in het plasma en verontreiniging van het cfDNA-monster veroorzaakt, wat de rest van de procedure beïnvloedt37. Hemolyse als gevolg van ongecontroleerde temperatuur kan downstream monstervoorbereidingsprocessen van cfDNA aantasten, zoals de PCR-stappen38. Het serum bevat een hoog percentage kiembaan cfDNA in plaats van plasma, hoewel het een groot achtergrondgeluid vertoont voor tumor-geassocieerde cfDNA39. Daarom is plasma voor het isoleren van tumorgerelateerde cfDNA een geschikt monster39. Bloed dat wordt getrokken in een anticoagulant dat bloedafnamebuis bevat, moet onmiddellijk of binnen maximaal twee uur worden gecentrifugeerd, om het plasma te scheiden en cfDNA-besmetting te voorkomen. In dit protocol worden speciale commerciële cfDNA-conserveringsbloedafnamebuizen gebruikt (zie Tabel met materialen),die een alternatief zijn voor anticoagulantiva die bloedafnamebuizen bevatten. Deze speciale bloedafnamebuizen behouden cfDNA en cfRNA en voorkomen lyse van WBC's gedurende maximaal 30 dagen bij omgevingstemperatuur en tot 8 dagen bij 37 °C. Dit vergemakkelijkt het handhaven van de juiste temperatuur tijdens een bloedmonsterverzending en totdat het plasma en WBC zijn gescheiden40.
Er zijn momenteel drie soorten cfDNA-extractiemethodologieën beschikbaar: fase-isolatie, spinkolom op basis van siliciummembraan en isolatie op basis van magnetische kralen41. De op siliciummembraan gebaseerde spinkolommethode leverde een hoge hoeveelheid cfDNA op met een hoge integriteit in vergelijking met andere cfDNA-extractiemethoden42.
De kwantitatieve evaluatie van DNA is een fundamentele vereiste in vloeibare biopsie, er is behoefte aan het ontwikkelen van een eenvoudige, betaalbare en gestandaardiseerde procedure voor hun eenvoudige implementatie en breed gebruik. Drie veelgebruikte methoden voor cfDNA-kwantificering zijn spectrofotometrisch, fluorimetrisch en qPCR. De fluorimetrische methode is beter bewezen ten opzichte van de andere methoden met betrekking tot de nauwkeurigheid, kosten en het gemak van geleiding43.
De integriteit en zuiverheid van de cfDNA kan worden geschat door agarose-elektroforese of capillaire elektroforese. Agarose elektroforese toont noch gevoeligheid bij lage concentratie cfDNA noch heeft hoge resolutie om nauwkeurige fragmentgrootte van cfDNA te tonen. Aan de andere kant heeft capillaire elektroforese een voordeel ten opzichte van de agarose-elektroforese door de bijbehorende uitdagingen te overwinnen en daarom veel gebruikt door de onderzoekers voor cfDNA-fragmentgrootteanalyse. In dit protocol werd de fragmentgrootteverdeling van geïsoleerde cfDNA geschat met behulp van een geautomatiseerd capillair elektroforese-instrument (zie Tabel met materialen).

<table><tbody><tr><td>2100 Bioanalyzer Instrument</td><td>Agilent Technologies, Inc.</td><td>G2939BA</td><td>Het 2100 Bioanalyzer systeem is een gevestigd geautomatiseerd elektroforese hulpmiddel voor de kwaliteitscontrole van monsters van biomoleculen.</td></tr><tr><td>Adjustable Clip for Priming Station</td><td>Agilent Technologies, Inc.</td><td>5042-1398</td><td>Gebruikt in combinatie met een spuit om gedefinieerde druk toe te passen voor chip priming.</td></tr><tr><td>Agilent High Sensitivity DNA Kit</td><td>Agilent Technologies, Inc.</td><td>5067-4626</td><td>De High Sensitivity DNA assays worden vaak gebruikt voor monsterkwaliteitscontrole voor next-generation sequencing bibliotheken</td></tr><tr><td>cf-DNA/cf-RNA Preservative Tubes</td><td>Norgen Biotek Corp.</td><td>63950</td><td>Norgens cf-DNA/cf-RNA Preservative Tubes zijn gesloten, geëvacueerde plastic buisjes voor het verzamelen en het bewaren van cf-DNA, circulerend tumor DNA, cf-RNA en circulerende tumorcellen in menselijke hele bloedmonsters tijdens opslag en verzending</td></tr><tr><td>Chip Priming Station</td><td>Agilent Technologies, Inc.</td><td>5065-4401</td><td>Wordt gebruikt om gelmatrix in een chip te laden met een spuit die bij elk assaykit wordt geleverd&mdash; gebruikt voor RNA, DNA en eiwit assays. Bevat priming station, stopwatch en 1 spuit clip</td></tr><tr><td>Electrode Cleaner Kit</td><td>Agilent Technologies, Inc.</td><td>5065-9951</td><td>Voorkomt kruisbesmetting. Verwijdert bacteriële of eiwitverontreinigingen van elektroden.</td></tr><tr><td>Filters for Gel Matrix</td><td>Agilent Technologies, Inc.</td><td>185-5990</td><td>Wordt gebruikt voor het goed mengen van DNA kleurstof concentraat en DNA gel matrix</td></tr><tr><td>IKA Basic Chip Vortex</td><td>IKA-Werke GmbH &amp; Co. KG</td><td>MS-3-S36</td><td>Wordt gebruikt voor het goed mengen van DNA ladder en DNA monster op Bioanalyzer assay chips</td></tr><tr><td>NucleoSpin Tissue kit</td><td>MACHEREY-NAGEL</td><td>740952.5</td><td>Met de NucleoSpin Tissue kit kan genomisch DNA worden bereid uit weefsel, cellen (bijv. bacteriën) en vele andere bronnen.</td></tr><tr><td>QIAamp circulating nucleic acid kit</td><td>Qiagen</td><td>55114</td><td>Het QIAamp Circulating Nucleic Acid Kit maakt een efficiënte zuivering mogelijk van deze circulerende nucleïnezuurmoleculen uit menselijk plasma of serum en andere celvrije lichaamsvloeistoffen.</td></tr><tr><td>QIAvac 24 Plus vacuum manifold</td><td>Qiagen</td><td>19413</td><td>De QIAvac 24 Plus vacuum manifold is ontworpen voor vacuümverwerking van QIAGEN kolommen in parallel.</td></tr><tr><td>QIAvac Connecting System</td><td>Qiagen</td><td>19419</td><td>In combinatie met het QIAvac Connecting System kan de QIAvac 24 Plus vacuum manifold worden gebruikt als een flow-through systeem. De monsterstroom door de flow-through, die mogelijk besmettelijk materiaal bevat, wordt verzameld in een aparte afvalfles.</td></tr><tr><td>Qubit 2.0 fluorometer</td><td>Invitrogen</td><td>Q32866</td><td>De Qubit 2.0 Fluorometer is een eenvoudig te gebruiken, analytisch instrument ontworpen om te werken met de Qubit assays voor DNA, RNA en eiwit kwantificering.</td></tr><tr><td>Qubit assay tubes</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>Q32856</td><td>Qubit assay buisjes zijn 500 &micro;L dunne wandige polypropyleen buisjes voor gebruik met de Qubit Fluorometer.</td></tr><tr><td>Qubit dsDNA HS Assay Kit</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>Q32851</td><td>Het Qubit dsDNA HS (High Sensitivity) Assay Kit is speciaal ontworpen voor gebruik met de Qubit Fluorometer. De assay is zeer selectief voor dubbelstrengs DNA (dsDNA) ten opzichte van RNA en is ontworpen om nauwkeurig te zijn voor initiële monsterconcentraties van 10 pg/&micro;L tot 100 ng/&micro;L.</td></tr><tr><td>Vacuum Pump</td><td>Qiagen</td><td>84010</td><td>gebruikt voor vacuümverwerking van QIAGEN kolommen</td></tr><tr><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Diversen</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>50 ml centrifuge tubes</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Gekneusd ijs</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Ethanol (96&ndash;100%)</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Verwarmingsblok of iets dergelijks op 56 &deg;C (geschikt voor het vasthouden van 2 ml opvangbuisjes)</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Isopropanol (100%)</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Microcentrifuge</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Fosfaat-gebufferd zout (PBS)</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Pipetten (instelbaar)</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Steriele pipettentips (pipettips met aërosol barrières worden aanbevolen om kruisbesmetting te voorkomen)</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Waterbad of verwarmingsblok geschikt voor het vasthouden van 50 mL centrifuge tubes bij 60 &deg;C</td><td></td><td></td><td></td></tr></tbody></table>

detectie van celvrij dna in bloedplasmamonsters van kankerpatiënten

Detection of Cell-Free DNA in Blood Plasma Samples of Cancer Patients

Het identificeren van mutaties in tumoren van kankerpatiënten is een zeer belangrijke stap in de ziektebestrijding. Deze mutaties dienen als biomarkers voor tumordiagnose en voor de behandelingsselectie en de respons ervan bij kankerpatiënten. De huidige gouden standaardmethode voor het detecteren van tumormutaties omvat een genetische test van tumor-DNA door middel van tumorbiopsieën. Deze invasieve methode is echter moeilijk herhaaldelijk uit te voeren als vervolgtest van het tumormutatierepertoire. Vloeibare biopsie is een nieuwe en opkomende techniek voor het detecteren van tumormutaties als een gebruiksvriendelijke en niet-invasieve biopsiebenadering.
Kankercellen vermenigvuldigen zich snel. Tegelijkertijd ondergaan tal van kankercellen apoptose. Puin van deze cellen komt vrij in de bloedsomloop van een patiënt, samen met fijn gefragmenteerde DNA-stukken, celvrije DNA-fragmenten (cfDNA) genoemd, die tumor-DNA-mutaties dragen. Daarom worden voor het identificeren van cfDNA-gebaseerde biomarkers met behulp van vloeibare biopsietechniek bloedmonsters verzameld van de kankerpatiënten, gevolgd door de scheiding van plasma en buffy coat. Vervolgens wordt plasma verwerkt voor de isolatie van cfDNA en wordt de respectieve buffy coat verwerkt voor de isolatie van het genomische DNA van een patiënt. Beide nucleïnezuurmonsters worden vervolgens gecontroleerd op hun hoeveelheid en kwaliteit; en geanalyseerd op mutaties met behulp van next-generation sequencing (NGS) technieken.
In dit manuscript presenteren we een gedetailleerd protocol voor vloeibare biopsie, inclusief bloedafname, plasma- en buffy coat separation, cfDNA en kiembaan-DNA-extractie, kwantificering van cfDNA of kiembaan-DNA en cfDNA-fragmentverrijkingsanalyse.

Plasmascheiding 8,5-9 ml bloed verzameld in cfDNA of cfRNA conserveermiddel buizen levert ongeveer ~4 ml plasma in volume. Het volume plasma gescheiden van bloed verzameld in EDTA-buizen kan variëren afhankelijk van de temperatuur. Blootstelling van EDTA-buizen die bloed bevatten bij een temperatuur hoger dan 37 °C leidt tot een verminderde plasmavolumeopbrengst44.
Fluorometer Assay Resultaten cfDNA-concentratie in 1 ml plasma van...

In dit artikel presenteren we een gedetailleerd protocol voor niet-invasieve vloeibare biopsietechniek, waaronder bloedafname, plasma- en buffy coatscheiding, cfDNA- en kiembaan-DNA-extractie, kwantificering van cfDNA of kiembaan-DNA en cfDNA-fragmentverrijkingsanalyse.

Detectie van celvrij DNA in bloedplasmamonsters van kankerpatiënten

Identifying mutations in tumors of cancer patients is a very important step in disease management. These mutations serve as biomarkers for tumor diagnosis ...

Vloeistofbiopsie met behulp van celvrij DNA kan tumormutaties en -fusies identificeren om mogelijk het type tumor en de reactie op medicijnen te diagnosticeren. In tegenstelling tot weefselbiopsie biedt een op celvrij DNA gebaseerde vloeistofbiopsie een niet-invasieve aanpak die meerdere keren kan worden uitgevoerd om de progressie van kanker te monitoren. Om circulerend celvrij DNA uit een plasmamonster van een patiënt te isoleren, voegt u 100 microliters Proteinase K en 800 microliters lysisbuffer, aangevuld met één microgram carrier-RNA, toe aan één milliliter patiëntenplasma.Pulsvormig vortex de oplossing gedurende 30 seconden voordat u gedurende 30 minuten incubeert bij 60 graden Celsius. Voeg aan het einde van de incubatie 1,8 milliliter bindingbuffer toe aan de buis en meng gedurende 15 tot 30 seconden met pulsvormig vortexen. Na een incubatie van vijf minuten op ijs, plaatst u een silicamembraankolom in een vacuümapparaat verbonden met een vacuümpomp en plaatst u stevig een 20 milliliter buisverlengstuk in de open kolom om lekkage van het monster te voorkomen.Plaats aan het einde van de incubatie het mengsel voorzichtig in het buisverlengstuk en zet de vacuümpomp aan. Wanne

detection-of-cell-free-dna-in-blood-plasma-samples-of-cancer-patients

Research

JoVE Journal

Cancer Research

Kankeronderzoek

This video describes a silica-based membrane procedure to isolate circulating cell-free DNA or cfDNA from human plasma sample. The cfDNA is a promising biomarker for cancer diagnosis and...

Isolation of Circulating Cell-free DNA (cfDNA): A Silica-based Membrane Procedure to Extract cfDNA from Blood Plasma of Cancer Patients

In this video, we analyze the size distribution of cell-free DNA or cfDNA fragments using automated capillary electrophoresis. This technique helps gain insights into the profile of DNA fragments released by cancer cells during apoptosis.

Automated Capillary Electrophoresis Based Fragment Size Distribution Analysis of cfDNA: A DNA Microchip-based Method to Study Size Distribution of DNA Fragments Isolated from Biofluids

Er wordt een methode voorgesteld voor het analyseren van de DNA-integriteit in de celvrije supernatantfractie van urinemonsters. De methode is geschikt voor vroege detectie van urologische maligniteiten en heeft bewezen nauwkeurig te zijn voor de vroege diagnose van blaaskanker.

Cell-Free DNA Integrity Analysis in de urine monsters

Dit manuscript beschrijft de kopie nummer variatie analyse uitgevoerd in serum of plasma DNA met behulp van real-time PCR-aanpak. Deze methode is geschikt voor de voorspelling van medicamenteuze resistentie bij castratie resistente prostaatkanker patiënten, maar het zou informatief ook voor andere ziekten.

Serum en Plasma kopiëren nummer detectie met behulp van PCR in real time

Hier presenteren we een protocol voor het opsporen van tumor somatische mutaties in het Circulerend DNA dat aanwezig is in patiënt biologische vloeistoffen (biovloeistoffen). Onze druppel digitale polymerase kettingreactie (dpcr)-gebaseerde methode maakt kwantificering van de tumor mutatie allel Frequency (MAF) mogelijk, waardoor een minimaal invasieve aanvulling op de diagnose en temporele monitoring van de tumorrespons wordt vergemakkelijkt.

Detectie en monitoring van tumor geassocieerd Circulerend DNA bij patiënt biovloeistoffen

De vloeibare biopsie heeft een revolutie teweeggebracht in onze benadering van oncologische translationele studies, waarbij monsterverzameling, kwaliteit en opslag cruciale stappen zijn voor de succesvolle klinische toepassing ervan. Hier beschrijven we een gestandaardiseerd en gevalideerd protocol voor downstream circulerende DNA-toepassingen die in de meeste translationele onderzoekslaboratoria kunnen worden toegepast.

Een gestandaardiseerd preanalytisch protocol voor vloeibare biopsie voor downstream circulerende DNA-toepassingen

Dit artikel beschrijft de toepassing van geautomatiseerde apparatuur om stoffen, zoals celvrij DNA en circulerende tumorcellen, eenvoudig en efficiënt te scheiden en te verzamelen uit volbloed.

Automatische scheiding en verzameling van kankergerelateerde stoffen uit klinische monsters

Hier presenteren we een protocol om de isolatie van zeldzame kankercellen uit een geconstrueerd monster met volbloed en spiked in longkankercellen te illustreren. Het protocol maakt gebruik van een semi-geautomatiseerd, labelvrij celisolatieplatform. Verrijkte cellen worden vervolgens geanalyseerd op mutaties in de epidermale groeifactorreceptor met behulp van druppeldigitale PCR.

Profilering van epidermale groeifactor-DNA-mutaties in circulerende zeldzame cellen met behulp van een celisolatiesysteem en druppeldigitale PCR

Uit te breiden het vermogen van laboratoria wereldwijd te beoordelen van de subsidiabiliteit van de patiënten met longkanker voor behandeling met pembrolizumab, op een betrouwbare en reproduceerbare wijze, ontwikkelden we een bepaling die gebruikmaakt van het 22C 3 antilichaam concentraat op een overal verkrijgbaar immunohistochemische autostainer, voor zowel biopsie en cytologie specimens.

Met behulp van 22C 3 Anti-PD-L1 antilichaam concentreren op biopsie en cytologie monsters van niet-kleincellige longkanker kankerpatiënten

We beschrijven hier protocollen voor de validatie van het genetische en chemische van c-Fos en Dusp1 als een drug target in met behulp van in vitro en in vivo genetische en gehumaniseerd Muismodellen leukemie. Deze methode kan worden toegepast op een doelwit voor genetische valideren en therapeutische ontwikkeling.

Methoden voor de evaluatie van de rol van c-Fos en Dusp1 in afhankelijkheid van de oncogen

Leer een niet-invasieve vloeistofbiopsietechniek voor de isolatie van celvrij DNA uit bloedplasma van kankerpatiënten. Dit protocol ondersteunt diagnose en monitoring van tumorprogressie.

Detectie van celvrij DNA in bloedplasmamonsters van kankerpatiënten

Meer video's verkennen