Enpartikelanalys i kryoelektronmikroskopi är en av de viktigaste teknikerna som används för att bestämma strukturen hos biologiska ensembler med hög upplösning. Scipion ger verktygen för att skapa hela rörledningen för att bearbeta den information som erhållits av mikroskopet och uppnå en 3D-rekonstruktion av det biologiska provet.