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Qui, presentiamo un protocollo di digestione on-filter ottimizzato con informazioni dettagliate su quanto segue: digestione proteica, purificazione peptidica e analisi di acquisizione indipendente dai dati. Questa strategia viene applicata all'analisi di secrezioni prostatica espresse-campioni di urina e consente un'elevata copertura del proteoma e una profilazione senza etichette a basso valore mancante del proteoma urinario.
