Her presenterer vi en protokoll for rask identifisering av proteiner produsert av genomisk sekvenserte patogene bakterier ved hjelp av MALDI-TOF-TOF tandemmassespektrometri og ovenfra og ned proteomisk analyse med programvare utviklet internt. Metastabile proteinioner fragmenterer på grunn av aspartiginsyreeffekten, og denne spesifisiteten utnyttes for proteinidentifikasjon.