5-एथिनाइल-2'-डिऑक्सीयूरिडीन (एडयू) और फॉस्फो-हिस्टोन एच3 (पीएच3) लेबलिंग के साथ सेल चक्र विश्लेषण एक बहु-चरण प्रक्रिया है जिसके लिए व्यापक अनुकूलन की आवश्यकता हो सकती है। यहां, हम एक विस्तृत प्रोटोकॉल प्रस्तुत करते हैं जो विभिन्न कोशिका चक्र चरणों में कोशिकाओं को अलग करने के लिए छवि विश्लेषण और मात्राकरण सहित इस प्रक्रिया के लिए सभी चरणों का वर्णन करता है।