Denne protokollen beskriver en omfattende tilnærming for dyrking, sekvensering og de novo hybrid genom montering av urinbakterier. Det gir en reproduserbar prosedyre for generering av komplette, sirkulære genomsekvenser som er nyttige for å studere både kromosomale og ekstrakromosomale genetiske elementer som bidrar til urinkolonisering, patogenese og antimikrobiell resistensformidling.