Genetics
This content is Free Access.
The JoVE video player is compatible with HTML5 and Adobe Flash. Older browsers that do not support HTML5 and the H.264 video codec will still use a Flash-based video player. We recommend downloading the newest version of Flash here, but we support all versions 10 and above.
If that doesn't help, please let us know.
בידוד מהיר של נמטודות פראיות על ידי משפך ברמן
Chapters
Summary January 31st, 2022
Please note that all translations are automatically generated.
Click here for the English version.
פרוטוקול זה מתאר שיטה לחילוץ יעיל של נמטודות חיות ממצעים טבעיים בשטח.
Transcript
נמטודות של קנורהבדיטיס הן חיות אמיתיות, שחיות בטבע. איסוף נמטודות בר, מאפשר לנו לחקור גנים, וגנומים בהקשר הטבעי שלהם חושפים פונקציות, שעשויות להיות מוסתרות על ידי התנאים המלאכותיים של המעבדה. טכניקה זו, מחלצת תולעים, ממצעים אורגניים עשירים בחיידקים בתחום, ויוצרת תרביות נקיות על מנות פטרי, לוכדת תמונת מצב של כל אוכלוסייה, בזמן שהיא נאספה.
אוכלוסיות אלה מתאימות היטב לאקולוגיה, גנטיקה של אוכלוסיה או שאלות מטא-גנטיקה. תרבויות זנים פראיים, הן גם בעלות ערך, למחקרים גנטיים כמותיים. טכניקה זו היא פשוטה, וקל לביצוע, אפילו עבור טירון מחקר שדה.
עם זאת, טיול איסוף מוצלח, דורש הכנה מתחשבת של חומרים, לפני הנסיעה. זהה מצע עשיר בחיידקים בשדה, כגון פירות נרקבים, פרחים, פטריות, גבעולים של צמחים עשבוניים, אדמה או חול עלים. מניחים נפח קטן של המצע, לתוך שקית ניילון מסומנת.
אם חומר נרקב הוא נדיר בצד השדה של עניין, למקם קצת פירות כפיתיון. תשאיר אותו לסלע, ואז תחזיר אותו, וכל תולעים שהתיישבו בו. רשום את המזהה לדוגמה, קו הרוחב, קו האורך, התאריך והתיאור של המצע.
רשום מדידות סביבתיות מקומיות אחרות, הרלוונטיות לניסוי, כגון טמפרטורת הסביבה והמצע, מצב המצע, זמן האיסוף והנוכחות של חסרי חוליות מאקרו הקשורים למצע. השתמש במספריים כדי לחתוך קטע של שלושה סנטימטרים, של צינורות גומי מכל משפך. התאם את הצינורות על קצה משפך פלסטיק.
החלק מהדק צינורות מעל צינורות הגומי, ומהדקים אותו. כדי ליצור מחזיק משפך, לחתוך חורים עגולים, במרכז מגש קרטון נפוח לעוף נתעב. הופכים את הקרטון, מקפלים את הצדדים פעם אחת ומדביקים אותם יחד.
זה ייצור רגליים, שירימו את החורים מעל הספסל. ודא כי מהדקי הצינורות, נמצאים במצב סגור, ומניחים משפכים בחורים. יוצקים מים סטריליים לתוך כל משפך, ממלאים אותו כשלושה סנטימטרים מתחת לשפה.
הקש על המשפך, כדי לשחרר את כל בועות האוויר הלכודות בצינורות. מקפלים מגבון ללא מוך לשניים, כדי ליצור ריבוע, ומניחים אותו על המשפך. לאחר מכן, לחץ על המגבון כלפי מטה, כדי להטביע אותו במים.
לשבור באופן ידני את כל חתיכות מוצקות גדולות, של המצע הטבעי. מניחים בעדינות חלק מהדגימה על המגבון במשפך. הקפידו לא לנקב את המגבון, או להשאיר כל דגימה בולטת מעל שפת.
מקפלים בזהירות את פינות המגבון, מעל המדגם, כדי למנוע ממים להתנדף החוצה, על קצה המשפך. סמן את המשפך בתווי המשפך עם המזהה לדוגמה, המתאים להערות אוסף שדות. בחר חרקים פעילים, או בעלי חיים אחרים, שעלולים לנסוע ולזהם דגימות צולבות.
מוסיפים עוד מים לכל משפך, כדי להטביע את המדגם כולו. תוך כדי דגירה בטמפרטורת החדר במהלך הלילה, נמטודות פעילות יתנדנדו דרך הרקמה, וישקעו לתחתית המשפך. כתוב את מזהה המדגם של משפך, בתחתית צלחת תולעת NGM שישה סנטימטרים, יושב עם נקודה של חיידקי OP50 E.coli.
הסר את המכסה מהצלחת, הסר את המשפך, המכיל את המדגם מעמדת המשפך, והחזק אותו זקוף, מעל צלחת התולעת הפתוחה, ביד אחת. שחררו את הלחץ על מהדק הצינורות עם היד השנייה, ואפשרו לטיפת מים אחת או שתיים ליפול מהצינורות, על צלחת התולעת ליד מדשאת החיידקים. ברגע שהמים יורדים מהמשפך, מהדקים אותו במהירות שוב, כדי למנוע הצפה של צלחת ה- NGM.
כדי לנקות, לזרוק את התוכן של משפכים, ולשטוף אותם עם מים חמים, לשימוש חוזר לאחר מכן. שים לב לנמטודות המבודדות מתחת למיקרוסקופ הסטריאו. בנוסף לנמטודות, יהיו מדי פעם קטנים, אוליגו קיט אנאלדים, טרדיגרדות, רותיפרים וסרטנים קטנים.
כדי להקים ISO הרמפרודיט, או קווים נשיים ISO, להעביר כל L4 הרמפרודיט או נקבה בוגרת מזווגת, לצלחת NGM נפרדת 3.5 ס"מ, יושב עם OP50. לעקר את קוטפת התולעים, לפני ואחרי כל העברה. לבסוף, לעטוף צלחות ביסודיות לנסיעה, עם סרט פרפין.
באי בארו קולורדו פנמה, בשנת 2018, 131 מצעים עובדו בשיטה זו. 99% מהם הניבו נמטודות. 34% הניבו נמטודות של קנורהבדיטיס.
באזור ההרחקה של צ'רנוביל באוקראינה, בשנת 2019, 170 מצעים עובדו בשיטה זו. 56% מהם הניבו נמטודות, שאף אחת מהן לא הייתה קנורהבדיטיס. שיטה זו פועלת מכיוון שהנמטודות שוחות דרך המגבון.
אבל המצע ובעלי חיים אחרים נשארים למעלה. ניתן לשנות היבטים רבים של פרוטוקול, כדי לעשות שימוש בכל המשאבים הזמינים בשטח. דגימות שנאספו בשיטה זו, מאפשרות לחוקרים להתייחס למגוון רחב של שאלות ביולוגיות של האוכלוסייה לתרבויות מבוססות למחקרי מעבדה עתידיים.
Related Videos
You might already have access to this content!
Please enter your Institution or Company email below to check.
has access to
Please create a free JoVE account to get access
Login to access JoVE
Please login to your JoVE account to get access
We use/store this info to ensure you have proper access and that your account is secure. We may use this info to send you notifications about your account, your institutional access, and/or other related products. To learn more about our GDPR policies click here.
If you want more info regarding data storage, please contact gdpr@jove.com.
Please enter your email address so we may send you a link to reset your password.
We use/store this info to ensure you have proper access and that your account is secure. We may use this info to send you notifications about your account, your institutional access, and/or other related products. To learn more about our GDPR policies click here.
If you want more info regarding data storage, please contact gdpr@jove.com.
Your JoVE Unlimited Free Trial
Fill the form to request your free trial.
We use/store this info to ensure you have proper access and that your account is secure. We may use this info to send you notifications about your account, your institutional access, and/or other related products. To learn more about our GDPR policies click here.
If you want more info regarding data storage, please contact gdpr@jove.com.
Thank You!
A JoVE representative will be in touch with you shortly.
Thank You!
You have already requested a trial and a JoVE representative will be in touch with you shortly. If you need immediate assistance, please email us at subscriptions@jove.com.
Thank You!
Please enjoy a free 2-hour trial. In order to begin, please login.
Thank You!
You have unlocked a 2-hour free trial now. All JoVE videos and articles can be accessed for free.
To get started, a verification email has been sent to email@institution.com. Please follow the link in the email to activate your free trial account. If you do not see the message in your inbox, please check your "Spam" folder.
