このプロトコールでは、腸内微生物叢抗原特異的T細胞養子移入大腸炎モデルが記載されている。CD4+ T細胞は、CBir1 TCRトランスジェニックマウスから単離される。これらは免疫優性腸内微生物叢抗原CBir1フラジェリンに特異的であり、これはレシピエントRag1-/-マウスに移され、腸の炎症を引き起こす。