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Articles by Douglas W. Fadrosh in JoVE
JoVE Immunology and Infection
ハイドロキシアパタイトクロマトグラフィーを用いた環境ウイルスのコミュニティから一本鎖DNA、二本鎖DNAとRNAの分離
1Department of Microbial and Environmental Genomics, The J. Craig Venter Institute, 2Department of Synthetic Biology and Bioenergy, The J. Craig Venter Institute
私たちは、環境ウイルスのコミュニティから一本鎖DNA、二本鎖DNAとRNAの分子を分離する効率的な方法を説明します。核酸はリン酸含有緩衝液の濃度の増加とともにヒドロキシアパタイトクロマトグラフィーを用いて分画する。このメソッドは、環境サンプルからすべてのウイルス核酸の種類の分離を可能にします。
Other articles by Douglas W. Fadrosh on PubMed
炭疽ファージ ガンマとチェリー入力シーケンスが共通の祖先を明らかにします。
コァグラーゼ ガンマと桜炭疽菌の遺伝的類縁性塩基配列と比較分析によって決定されました。これら 2 つのファージのゲノムで個々 の lysates 内およびチェリー、Wbeta、Fah、および 4 つのガンマのバクテリオファージのシーケンス間の異質性を示した 3 つの可変部を除いて同一であった。
構造と Glyptapanteles Indiensis Bracovirus のプロウイルス軌跡の進化。
Bracoviruses （BVs) 分節ゲノムと二本鎖 DNA ウイルスのグループの寄生蜂相利共生共生です。ウイルス粒子は複製欠乏は、だけが女性のハチ ハチ ゲノムにプロウイルスのシーケンスから生成されます。ウイルス粒子は、卵と一緒にウイルス遺伝子発現に寄生の生存したがって永続プロウイルス DNA の容易にする、幼虫のホストに注入します。ここで g. indiensis bracovirus (GiBV) プロウイルスの一部を含む Glyptapanteles indiensis ゲノム DNA の 223 kbp 領域について説明します。
比較ゲノミクス相利共生のウイルス Glyptapanteles の寄生性のハチの。
Polydnaviruses、二本鎖 DNA ウイルス分節ゲノムと寄生蜂の嫌気共生として進化してきました。ウイルス粒子レプリケーション欠乏とワスプ ゲノムにプロウイルスのシーケンスからの女性のハチによって生成されます。これらの粒子はウイルス遺伝子発現寄生蜂の生存を容易に幼虫のホストに卵を co 注入したが、それによって、プロウイルス DNA の生存。ここで我々 を特徴付けるし、比較以上のウイルスのゲノム シーケンスの家族 Polydnaviridae bracoviruses の Glyptapanteles マイマイガの寄生蜂とに沿って近く完全なプロウイルスのシーケンスは、両方のウイルスのゲノムから関連付けられている派生します。
ナチュラルウイルス群集から二本鎖DNA、一本鎖DNA、およびRNAゲノムのハイドロキシアパタイト媒介分離
メタゲノムは、様々な核酸組成物との複合体は、しばしばunculturable、ウイルスコミュニティの多様性を決定するために使用することができます。ここでは、既知のバクテリオファージから効率的に分別二本鎖DNA（dsDNA）、単本鎖DNA（ssDNA）は、dsRNA、及びssRNAのゲノムにハイドロキシアパタイトクロマトグラフィーの使用を報告します。各ハイドロキシアパタイト画分から読み取るリンカ増幅ショットガンライブラリーは、シーケンスを生成するために構築した。ヌクレオチドレベルで期待されるゲノムに読み込み表示された重要な類似性の90％以上。これらのメソッドは、チェサピーク湾とドライ·トートゥガス国立公園から採取した海洋のウイルスに適用した。単離された核酸は、リンカ増幅ショットガンライブラリーの構築およびシークエンシングに続いてハイドロキシアパタイトクロマトグラフィーを用いて分画した。分類学上の分析は、環境の配列の大部分は関係なく、元の核酸の、ウイルスのメタゲノム配列データベースのバイアスを反映して、二本鎖DNAウイルスに最も類似していたことを明らかにした。
メタゲノムHadopelagic微生物コミュニティの：より深い行く
遠洋深海微生物群集からの配列データの不足は、深刻な地球上最大の生物群系の分子探査を制限されています。本研究では、分析はプエルトリコ海溝（PRT）内の6000メートルの深さからhadopelagic環境から大規模な454-パイロシーケンシングメタゲノムのデータセットから提示されます。組み立てられた配列データ145 MBPの合計が生成され、2遠洋深海メタゲノムとサルガッソー海から2代表的な表層海水のデータセットと比較した。インスタンスの数では、3つの深いメタゲノムは、同様の傾向を表示されますが、ほとんどの二成分シグナル伝達機構と転写調節の機能の充実を含め、PRTに拡大されました。 PRTメタゲノムに代表者の多過ぎるトランスポーターは、外膜ポリン、多様なカチオントランスポーター、およびジなど、ブタングリオキシル酸とジカルボン酸の代謝として有力な異化プロセスとよく一致し、トリ - カルボン酸トランスポーターが含まれています。硫酸化多糖類の分解のためのスルファターゼの驚くほど高い豊富なPRTにも存在していた。 PRT微生物の最も劇的なadaptational特徴は、それらを除去するための現在のトランスポーターの大量に反映されるように、重金属耐性であるように見えます。メタゲノム的アプローチを補完するものとして、単一細胞ゲノム技術は、PRT、Alphaproteobacteria、ガンマプロテオバクテリア、BacteroidetesとPlanctomycetes内で支配的な門のメンバーからの4つの未開細胞から部分的な全ゲノム配列データを生成するために利用された。単一セルの配列データはゲノムPRTメタゲノムから識別性の高い豊富な機能の属性の多くのコンテキストと同様に、重く172利用可能な参照マリンゲノムに比べPRTメタゲノム配列データを募集を行いました。これらの多面的なシーケンスのアプローチを通じて、新たな洞察がはるかに上でより生産性の強い日差しを浴びたゾーンから削除され、海の深い層に存在する微生物に存在するユニークな機能的属性に提供されています。
