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Articles by Harini Ravi in JoVE
JoVE General
Basées sur l'ADN des espèces de poissons protocole d'identification
Cette publication décrit comment utiliser le poisson Espèces d'Agilent Système d'identification d'identifier les espèces de poisson en extrayant de l'ADN et la PCR et effectuer l'analyse RFLP.
Other articles by Harini Ravi on PubMed
Aip1 Et Cofilin Promeuvent Le Renouvellement Rapide Des Patchs D'actine Levure Et Câbles : Un Mécanisme Coordonné Pour Séparer Et Bouchage Des Filaments
Rotation rapide des structures de l'actine est requise pour la dynamique de remodelage de la morphogénèse du cytosquelette et de la cellule, mais les mécanismes conduisant le démontage de l'actine sont mal définis. Cofilin joue un rôle central dans la promotion du chiffre d'affaires de l'actine par découpage/dépolymérisation des filaments. Ici, nous analysons la fonction in vivo d'une protéine ubiquitaire d'interaction actine, Aip1, a proposé de travailler avec cofilin. Nous fournissons la première démonstration que Aip1 favorise le chiffre d'affaires de l'actine dans les cellules vivantes. En outre, nous révèlent un rôle inattendu pour Aip1 et cofilin en favorisant le renouvellement rapide des câbles d'actine de levure, structures dynamiques qui sont décorées et stabilisées par la tropomyosine. Par mutagenèse systématique des surfaces Aip1, nous identifions deux sites liant l'actine-F bien séparées, dont contribue à la liaison de filaments d'actine et démontage spécifiquement en présence de cofilin. On observe également une corrélation étroite entre les mutations perturbant le bouchage des filaments coupées in vitro et de réduire le taux de renouvellement d'actine in vivo. Nous proposons un modèle de régulation équilibrée de roulement de câble actine, dans lequel évoluent les Aip1 et cofilin ensemble de « tailler » décoré à la tropomyosine des câbles le long de leurs longueurs. Conformément à ce modèle, suppression de AIP1 sauve la croissance sensible à la température et la perte des défauts de câble actine de mutants tpm1Delta.
Quantification Rapide Des Bibliothèques D'ADN Pour L'ordonnancement De La Prochaine Génération
Les workflows de séquençage de l'ADN nouvelle génération nécessitent une quantification précise des molécules d'ADN à séquencer, qui assure une performance optimale de l'instrument. Ici, nous démontrons l'utilisation de qPCR pour la quantification des bibliothèques d'ADN utilisées dans le séquençage de prochaine génération. En outre, on trouve que qPCR quantification peut permettre des améliorations à des workflows NGS actuels, notamment en réduisant la quantité d'ADN requis, augmentant l'exactitude dans la quantification d'ADN amplifiable et en évitant les biais d'amplification en réduisant ou en éliminant la nécessité d'amplifier l'ADN avant séquençage de bibliothèque.
