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Articles by Jinshu Yang in JoVE
JoVE General
大規模な挿入環境ゲノムライブラリーの製造
Department of Microbiology and Immunology, University of British Columbia - UBC
季節低酸素フィヨルドの垂直方向の深さの連続体から分離された環境ゲノムDNAとのフォスミドライブラリーの構築が記載されている。得られたクローンのライブラリーは384ウェルプレートに取り、自動コロニーピッキングシステムのアプリケーションによって下流の塩基配列決定と機能的スクリーニングのためにアーカイブされます。
Other articles by Jinshu Yang on PubMed
精巣胚細胞腫瘍細胞株のシスプラチン耐性と関連付けられている 16 Q 上の遺伝子の過剰発現。
シスプラチン化学療法への絶妙な感度の精巣胚細胞腫瘍 (TGCTs) の表示、したがってこれ化学療法抵抗性の機構を勉強のために良いモデル システムと見なされます。TGCT に関連する遺伝子の変異はよく研究されているが、少し TGCTs の小さな割合で発生する化学療法抵抗性の遺伝的基盤について知られています。本研究で我々 はゲノムを調べたし、全ゲノム画面アプローチ式 3 シスプラチンに敏感なとそのペアのシスプラチン耐性線を使用しての違いを組み合わせます。染色体比較ゲノムハイブリダイゼーション （CGH） 解析、耐性の遺伝的違いと親セルラインの各ペアしますが、一貫性のある染色体の変更すべての 3 行で示していない.マイクロ アレイ CGH 解析の DNA コピー数利得そして損失のいくつかの重要な遺伝子, 癌抑制遺伝子と薬剤抵抗性関連遺伝子を含むいくつかの追加情報を生成します。ただし、一貫したゲノム領域の変更は、3 つのセルラインで見つかりませんでした。興味深いことに、比較シーケンス交配を表明したときに、遺伝子発現プロファイリング染色体に沿ってのための手法を適用した、我々 は一貫してヒトアンギオテンシノーゲンを過剰発現の染色体領域の親の行と比較してすべての 3 つ耐性ラインで発見しました。最小重複染色体領域 16q22-23 であります。この染色体領域の遺伝子の更なる定義シスプラチン耐性機構の理解を支援する、新しい治療のターゲットを提供することがあります。
染色体の損失と Nonseminomatous 胚細胞腫瘍の開発なし大規模ゲノム同胞の間の関連付けです。
腫瘍の遺伝子型には、その生物学と臨床の動作を決定します。精巣胚細胞腫瘍のサブタイプは nonseminomatous のユニークな胎児形態と関連付けられた遺伝子の変異は確立する残っています。単一ヌクレオチド多型マイクロ アレイ解析を使用して、我々 分析 15 セミノーマのすべてで、大規模な染色体 homozygosities、ほとんどの相対的な染色体の損失に関連付けられていたない. します。非セミノーマ セミノーマと他人間の腫瘍から区別この異常な遺伝子型はこの悪性腫瘍の形態学上特別の共軛遷移に関連付けかもしれません。これら遺伝的データに基づいて、精子の融合を通じてセミノーマの新しい潜在的な起源の仮説を立てた。特定の染色体のランダムで関与もこれらの染色体領域の遺伝子は非セミノーマの開発では、重要な役割を果たすことを示唆しています。
液体アスファルト砂漠の微生物の生命
トリニダード·トバゴのピッチ湖は、周囲の石油資源の豊富な地域から、ピッチの浸透によって養わ天然アスファルトの貯蔵、ほとんどasphaltinesで構成されて石油の一形態である。上向きの浸透中に、ピッチが低い水分活性、扱いにくいカーボン基板と、有害な化学物質によって特徴づけ液体アスファルト残留物を生成され、高圧下で泥とガスと混合し、軽い部分が蒸発または揮発されています。古細菌と細菌のアクティブな微生物群集は、それらの多くは、10（7）グラム当たりのセルまでのバイオマスを合計小説の株は（特に、新しいtar ARCグループから）、ピッチ湖の液体炭化水素マトリックスに生息することが判明した。地球化学的および分子分類学のアプローチは多様で、小説を明らかにし、深くアスファルト列のさまざまな部分で嫌気性炭化水素の分解過程を媒介する可能性を持つ微生物の系統に分岐。また、古細菌のメタン代謝および通性と偏性嫌気性硫黄と亜硝酸酸化細菌と提携して特定の遺伝子配列のマーカーを発見しました。ピッチ湖の微生物の多様性は他の炭化水素が豊富なだけでなくランチョルブレア、カリフォルニア州、米国で天然アスファルト環境、油が含まれて環境、およびトリニダードの泥火山で解析微生物群集と比較すると、一意であることが判明したと他のサイト間トバゴ、。これらの結果は手に負えない炭化水素マトリックスの微生物生態学と生物地球化学にウィンドウを開いて、そのような土星最大の衛星タイタンに見られるような炭化水素の湖の生物の潜在的なモデリングのための地上アナログなどのサイトを確立します。
