Consecuencias Funcionales De La Variación Genética En El ADN No Codificante Para La Susceptibilidad a Enfermedades Y Regulación Génica

Clinical Science (London, England : 1979). May, 2003  |  Pubmed ID: 12513691

El papel de la variación genética de acogida en la determinación de la susceptibilidad a enfermedades complejas características es objeto de gran esfuerzo de investigación, pero a menudo no queda claro si la enfermedad asociada a polimorfismos genéticos son en sí mismos funcionalmente relevante o que actúen sólo como marcadores dentro de un haplotipo extendido. Enfoques experimentales para investigar el impacto funcional de los polimorfismos en secuencias no codificantes de ADN reguladoras de la expresión génica son discutidos, incluyendo el papel de los ensayos de cambio de gel y footprinting ADN y análisis del gen reportero. Las limitaciones de los diferentes enfoques experimentales se presentan junto con las perspectivas de futuro para el análisis in vivo. La aplicación estratégica de estos enfoques funcionales se explica y se ilustra mediante el análisis de la función de la variación genética en la región de necrosis tumoral promotor de los factores que determinan la susceptibilidad a la malaria grave.

Caracterización in Vivo De Los Polimorfismos De Reglamentación Por El Alelo Específico De Cuantificación De La Carga De La Polimerasa De ARN

Nature Genetics. Apr, 2003  |  Pubmed ID: 12627232

En vivo, la caracterización de los polimorfismos de regulación es un requisito clave para la próxima generación de análisis genético humano. A continuación se describe haploChIP, un método que utiliza inmunoprecipitación de cromatina (CHIP) y espectrometría de masas para identificar diferencial de proteínas de unión a ADN-en vivo asociado con variantes alélicas de un gen. Demostramos este enfoque con el SNRPN gen impreso. HaploChIP mostró una estrecha correlación entre el nivel de la envolvente fosforilada la ARN polimerasa II en el locus SNRPN y la expresión específica de alelo. La aplicación del enfoque con el locus de TNF / LTA identificó haplotipos funcionalmente importantes que se relacionan con el alelo específico de la transcripción de la LTA. El método haploChIP puede ser útil en alto rendimiento de detección de polimorfismos de ADN comunes que afectan a la regulación de genes in vivo.

Alelo Específico De La Represión De La Linfotoxina-alfa Por Células Activadas Por El Factor B-1

Nature Genetics. Apr, 2004  |  Pubmed ID: 15052269

La variación genética en el locus LTA humana, la codificación de la linfotoxina-alfa, se asocia con la susceptibilidad a infarto de miocardio, el asma y otras enfermedades. En un análisis detallado haplotípica del locus, hemos identificado un polimorfismo de nucleótido único (SNP) en el LTA 80 como predictor principal de la producción de la proteína LTA por las células B humanas. Hemos encontrado que activan las células B factor-1 (ABF-1) se une a este sitio in vitro y suprime la expresión del gen, pero sólo en la presencia de la LTA 80 Un alelo. Usando haplotipo específico de inmunoprecipitación de la cromatina, que confirmó que ABF-1 es preferentemente reclutados para el alelo de baja producción en vivo. Estos resultados proporcionan un modelo molecular de la forma en la expresión de LTA puede ser genéticamente regulado por alelo específico de la contratación del represor transcripcional ABF-1.

Polimorfismos Reguladores Subyacentes Rasgos Complejos De Enfermedades

Journal of Molecular Medicine (Berlin, Germany). Feb, 2005  |  Pubmed ID: 15592805

Hay una evidencia creciente de que la variación genética juega un papel importante en la determinación de la susceptibilidad individual a los rasgos enfermedad compleja. En contraste con la codificación de polimorfismos de secuencia, donde las consecuencias de la no-sinónimo de variación puede ser resuelto a nivel del fenotipo de la proteína, la definición de determinados polimorfismos funcionales regulación ha demostrado ser problemática. Esto ha surgido de un número de razones, incluidas las dificultades con mapeo fino debido a desequilibrio de ligamiento, junto con una escasez de herramientas experimentales para resolver los efectos de no codificante secuencia de variación en la expresión génica. Estudios recientes han demostrado que la variación en la expresión genética es hereditaria y se puede asignar como un rasgo cuantitativo. Alelo-específicas efectos sobre la expresión de los genes parecen ser relativamente común, por lo general de magnitud modesta y contexto específico. El papel de los polimorfismos de reglamentación en la determinación de la susceptibilidad a una serie de rasgos de la enfermedad complejas se trata, incluida la variación en el VNTR del INS, que codifica la insulina, la diabetes tipo 1 y el polimorfismo de CTLA4, que codifica el antígeno de los linfocitos T citotóxicos, en las enfermedades autoinmunes. Ejemplos en los polimorfismos de regulación se han encontrado para desempeñar un papel en los rasgos de mongenic tales como la deficiencia de factor VII se analizan y contrastan con los polimorfismos asociados con la enfermedad isquémica del corazón en el locus de un mismo gen. Los mecanismos moleculares que operan en una forma específica de alelo en el nivel de la transcripción se ilustran con ejemplos incluyen el papel de la proteína Duffy obligatorio en la malaria. La dificultad de resolver específicos variantes funcionales reguladoras derivadas de desequilibrio de ligamiento se demuestra mediante una serie de ejemplos, incluyendo polimorfismo de CCR5, CC codificación del receptor de quimioquinas 5, y la infección por VIH-1. La importancia de comprender la estructura haplotípica en el diseño e interpretación de los ensayos funcionales de la variación supuesta regulación se pone de relieve, junto con la discusión sobre el uso estratégico de las herramientas experimentales para resolver los polimorfismos de regulación a nivel transcripcional. Una serie de ejemplos se discuten incluyendo el trabajo en el locus del TNF lo que demuestra la especificidad del contexto biológico y experimental. La variación de reglamentación también pueden operar en otros niveles de control de la expresión génica y la modulación de empalme en PTPRC, que codifica para la proteína tirosina fosfatasa de tipo receptor C, y de la eficacia de la traducción en el F12, que codifica el factor XII, se discuten.

El Haplotipo Cromosoma 6p22 Asociadas Con La Dislexia Reduce La Expresión De KIAA0319, Un Nuevo Gen Implicado En La Migración Neuronal

Human Molecular Genetics. May, 2006  |  Pubmed ID: 16600991

La dislexia es uno de los trastornos cognitivos más frecuentes la infancia, que afecta aproximadamente al 5% de los niños en edad escolar. Recientemente hemos identificado un haplotipo de riesgo asociados con la dislexia en el cromosoma 6p22.2, que abarca el gen TTRAP y partes de ELLOS2 y KIAA0319. Aquí nos muestran que en presencia del haplotipo de riesgo, la expresión del gen KIAA0319 se reduce, pero la expresión de los otros dos genes se ve afectado. Uso de la hibridación in situ, se detecta un patrón de expresión muy distinto del gen KIAA0319 en la neocorteza cerebral en desarrollo de ratón y los fetos humanos. Por otra parte, la interferencia con la expresión de la rata KIAA0319 en el útero provoca la migración neuronal deteriorada en la neocorteza cerebral en desarrollo. Estos datos sugieren una relación directa entre una base genética y un mecanismo biológico que conduce al desarrollo de la dislexia: el haplotipo de riesgo en el cromosoma 6p22.2-regula el gen KIAA0319 que se requiere para la migración neuronal durante la formación de la neocorteza cerebral.

Análisis Del Alelo Específico De La Expresión Génica

Methods in Molecular Biology (Clifton, N.J.). 2006  |  Pubmed ID: 16888357

El análisis del alelo específico de la expresión génica ha sido de interés permanente en el estudio de la impronta genómica, pero hay una conciencia creciente de que las diferencias en la expresión alélica están muy extendidas entre los genes autosómicos nonimprinted. La investigación reciente en la que actúan en cis polimorfismos de reglamentación ha utilizado el análisis del alelo específico de la expresión génica para identificar los haplotipos reguladoras funcionalmente importantes y determinados polimorfismos genéticos. Alelo-específicas efectos suelen ser de modesta magnitud, que requiere técnicas de análisis de alta sensibilidad y especificidad. Aquí, los enfoques estratégicos para el análisis del alelo específico de la expresión génica son revisados ​​con los protocolos para el análisis in vivo. Estos incluyen el análisis de la abundancia relativa alélica de ARN transcrito y de reclutamiento de factores de transcripción y la carga de Pol II por inmunoprecipitación de la cromatina.

Orígenes De La Magia: Revisión De Los Efectos Genéticos Y Epigenéticos

BMJ (Clinical Research Ed.). Dec, 2007  |  Pubmed ID: 18156238

Para evaluar la evidencia de una base genética para la magia.

Perfiles De La Cromatina Todo El Locus De Necrosis Tumoral Gen Humano Del Factor Revela Un Complejo, Tipo De Células Específicas Del Paisaje, Con Elementos Reguladores Novedosos

Nucleic Acids Research. Sep, 2008  |  Pubmed ID: 18653526

El locus del TNF en el cromosoma 6p21 codifica una familia de proteínas con un papel clave en la respuesta inmune, cuya desregulación conduce a la enfermedad grave. Regulación transcripcional es importante, con el tipo de célula y específicas de estímulo y complejos potenciador de la participación de la parte proximal promotor de TNF. Se muestra cómo el perfil de la cromatina cuantitativa a través de una región de 34 kb que abarca el locus del TNF ha permitido identificar una serie de nuevos sitios DNasa hipersensibles y caracterizar los elementos de regulación más distantes. Se demuestra sitios DNasa hipersensibles correspondientes a la linfotoxina alfa (LTA) y el factor de necrosis tumoral (TNF) regiones promotoras, una isla CpG en el exón 4 de beta linfotoxina (LTB), el extremo 3 'del factor nuclear kappa luz gen polipéptido potenciador en inhibidor de las células B tipo 1 (NFKBIL1) y 3,4 kb upstream de la LTA. Estos sitios de co-localizar a las secuencias de ADN altamente conservadas y muestran evidencia de la especificidad de tipo celular, cuando linfoblastoide, Jurkat, U937, HeLa y líneas de células HEK293T se analizaron mediante transferencia Southern. Para células Jurkat T, se define a través de modificaciones de las histonas el lugar. Picos de acetilado histonas H3 y H4, junto con tri-metil K4 de la histona H3, corresponden a los sitios de hipersensibilidad, sobre todo en el exón 4 de LTB. Ofrecemos pruebas de un papel funcional para un sitio intergénica DNasa I hipersensible distal a la LTA en células Jurkat basados ​​en el análisis del gen, con evidencia de la contratación de factores estimulantes de aguas arriba (USF) factores de transcripción.

Los Alelos HLA De Clase I Tag HLA-DRB1 * 1501 Los Haplotipos De Riesgo Diferencial En La Susceptibilidad De Esclerosis Múltiple

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. Sep, 2008  |  Pubmed ID: 18765817

El locus importante para la esclerosis múltiple (MS) susceptibilidad está situado dentro de la clase II región del complejo mayor de histocompatibilidad (MHC). HLA-DRB1, que constituyen los principales factores de susceptibilidad de MS, han sido ampliamente utilizada en la investigación, incluyendo la construcción de modelos animales transgénicos de la EM. Muchos estudios han concluido que el HLA-DRB1 * 15 se determina MS alelo asociado a la susceptibilidad. Si esto fuera cierto, los haplotipos que llevan este alelo que confiere el mismo riesgo. Si el HLA-DRB1 * 15 haplotipos diferentes para portadores de riesgos, las funciones de los otros loci en esta región estaría implicado y el estudio de la estructura fina de este locus sería convincente. Hemos probado la hipótesis de la comparación de los haplotipos HLA de clase estratificado por que el etiquetado. Mostramos aquí que el HLA-DRB1 * 15-cojinete de haplotipos en 1970 individuos de 494 familias con EM son en realidad heterogénea. Algunos de HLA-DRB1 * 15 haplotipos determinar la susceptibilidad, mientras que otros no lo hacen. Tres grupos de la clase I etiquetados HLA-DRB1 * 15 haplotipos no habían terminado transmitida por: (i) HLA-DRB1 * 15-HLA-B * 08 (TR = 25, NT = 23, OR = 1,09), (ii) -HLA-B * 27 (TR = 18, NT = 17, OR = 1,06), y (iii) sean raras HLA-DRB1 * 15 haplotipos (frecuencia <0,02). Los haplotipos raros fueron significativamente diferentes de haplotipos comunes, y las transmisiones fueron muy similares a los de clase I encontrados no HLA-DRB1 * 15 haplotipos. Estos resultados indican inequívocamente que el HLA-DRB1 * 15 es parte de un haplotipo susceptibilidad pero no puede ser el mismo alelo de susceptibilidad, que requiere tanto interacciones epistáticos, modificaciones epigenéticas en algunos haplotipos, o variación estructural cercano. Estos hallazgos implican que las diferencias entre el HLA-DRB1 * 15 haplotipos proporcionará la base para MHC-asociado susceptibilidad en los Estados miembros y aumentar la posibilidad de que el haplotipo MHC es la unidad fundamental de control genético de la respuesta inmune.

Expresión De La Esclerosis Múltiple Asociada Al Alelo De MHC De Clase II HLA-DRB1 * 1501 Está Regulada Por La Vitamina D

PLoS Genetics. Feb, 2009  |  Pubmed ID: 19197344

La esclerosis múltiple (EM) es un rasgo complejo en el que la variación alélica en la categoría de región MHC II ejerce el efecto más fuerte sobre el riesgo genético individual. Los datos epidemiológicos en la EM proporcionan una fuerte evidencia que los factores ambientales actúan a nivel de población para influir en la distribución geográfica inusual de esta enfermedad. La creciente evidencia implica la luz del sol o la vitamina D como un factor clave en la etiología del medio ambiente. Tenemos la hipótesis de que este candidato podría interactuar con el medio ambiente heredados factores y buscó elementos de respuesta de regulación en el MHC de clase II. El análisis de secuencia localizada una sola MHC vitamina D elemento de respuesta (VDRE) a la región promotora del gen HLA-DRB1. La secuenciación de este promotor con más de 1.000 cromosomas de HLA-DRB1 homocigotos mostró la conservación absoluta de esta supuesta VDRE el HLA-DRB1 * 15 haplotipos. En contraste, hubo una variación notable entre los no-MS-asociados haplotipos. Ensayos de movilidad electroforética mostraron el reclutamiento específico de receptor de la vitamina D a la VDRE en el HLA-DRB1 * 15 promotor, confirmado por experimentos de inmunoprecipitación de cromatina que utilizan las células linfoblásticas homocigotos para HLA-DRB1 * 15. Transfección transitoria mediante un ensayo de luciferasa mostraron un papel funcional para este VDRE. Las células B transfectadas transitoriamente con el HLA-DRB1 * 15 promotor del gen mostraron una mayor expresión de la estimulación con 1,25-hidroxivitamina D3 (p = 0,002) que se perdió tanto en la supresión de la VDRE o con la homóloga "VDRE" secuencia no se encuentra en MS-asociadas a los haplotipos HLA-DRB1. El análisis de citometría de flujo mostró un incremento en la expresión específica de la superficie celular de HLA-DRB1 tras la adición de vitamina D sólo en el HLA-DRB1 * 15 células linfoblastoides cojinetes. Este estudio implica la vitamina D como un fuerte candidato del medio ambiente en la EM mediante la demostración de la interacción funcional directa con el lugar importante que determina la susceptibilidad genética. Estos hallazgos sugieren una conexión entre las principales características epidemiológicas y genéticas de esta enfermedad con importantes implicaciones prácticas para los estudios de mecanismo de la enfermedad y la prevención.

Una Variante Común Asociados a La Dislexia Reduce La Expresión Del Gen KIAA0319

PLoS Genetics. Mar, 2009  |  Pubmed ID: 19325871

Numerosos estudios de asociación genética han implicado el gen KIAA0319 en el cromosoma 6p22 humanos en la susceptibilidad a la dislexia. La variante causante (s) sigue siendo desconocido, pero puede modular la expresión génica, dado que (1) un haplotipo dislexia asociada ha sido implicado en la expresión reducida de KIAA0319, y (2) la asociación más fuerte se ha encontrado la región que abarca el exón 1 de KIAA0319. En este sentido, la hipótesis de que la variante (s) responsable de la reducción de KIAA0319 expresión reside en el haplotipo de riesgo cercano al sitio del gen de inicio de la transcripción. Se identificaron siete polimorfismos de nucleótido único en el haplotipo de riesgo inmediatamente aguas arriba de KIAA0319 y determinó que tres de ellos están fuertemente asociados con múltiples características relacionadas con la lectura. Uso de la luciferasa que expresan construcciones que contienen la región aguas arriba KIAA0319, que caracteriza el promotor mínimo y adicionales regiones putativo regulador transcripcional. Esto reveló que el alelo menor de rs9461045, que muestra la asociación más fuerte con la dislexia en nuestra muestra (máximo valor de p = 0,0001), confiere una menor expresión de luciferasa en las líneas de células neuronales y no neuronales. Además, se encontró que la presencia de este rs9461045 dislexia asociada alelo crea una proteína nuclear-sitio de unión, probablemente por el silenciador transcripcional octubre-1. El derribo de octubre-1 de expresión en la línea celular neuronal SHSY5Y con un siRNA KIAA0319 restaura la expresión del haplotipo de riesgo a cerca de que, visto desde el haplotipo no riesgo. Nuestro estudio señala por lo tanto, una variante común como la alteración de la función de un gen candidato de la dislexia y proporciona un ejemplo ilustrativo del enfoque estratégico necesario para diseccionar las bases moleculares de rasgos genéticos complejos.

Esclerosis Múltiple Y El Complejo Mayor De Histocompatibilidad

Current Opinion in Neurology. Jun, 2009  |  Pubmed ID: 19387341

La esclerosis múltiple (EM) es la enfermedad neurológica más común que afecta a adultos jóvenes. La causa es desconocida, pero detallados estudios epidemiológicos y genéticos han demostrado un claro componente hereditario. Aquí revisamos algunos de los recientes hallazgos de la EM la genética con un enfoque particular en los genes del complejo mayor de histocompatibilidad (MHC).

Identificación De Una Novela De Las Células Beta Mutación Promotor Glucoquinasa (GCK) (-71G> C) Que Modula La Expresión Génica a Través De GCK Pérdida Del Alelo Específico De Unión Sp1 Causando Hiperglicemia En Ayunas Leve En Los Humanos

Diabetes. Aug, 2009  |  Pubmed ID: 19411616

Inactivación de las mutaciones en el glucoquinasa (GCK) causan hiperglucemia en ayunas leve. Identificación de una mutación GCK tiene implicaciones para el tratamiento y el pronóstico, por lo tanto, es importante identificar estos individuos. Un número significativo de pacientes tienen un fenotipo que sugiere un defecto en la glucoquinasa, pero ninguna anormalidad de GCK. La hipótesis de que la GCK de las células beta región promotora, que actualmente no está rutinariamente, pueden contener mutaciones patógenas, por lo tanto, la secuencia de esta región en 60 probandos tales.

El Complejo Mayor De Histocompatibilidad Humano Como Paradigma De La Investigación Genómica

Briefings in Functional Genomics & Proteomics. Sep, 2009  |  Pubmed ID: 19468039

Desde su descubrimiento hace más de 50 años, el Complejo Mayor de Histocompatibilidad humano (MHC) en el cromosoma 6p21.3 ha estado a la vanguardia de la investigación genética humana. En este artículo examinamos desde una perspectiva histórica de los grandes avances en nuestra comprensión de la naturaleza y las consecuencias de la variación genética que han supuesto el MHC, así como poner de relieve posibles direcciones futuras. Como consecuencia de su estructura genómica en particular, su notable polimorfismo y su temprana implicación en numerosas enfermedades, el MHC ha sido considerada como una región modelo para la genómica, siendo la región sustancial, la primera en ser secuenciado y el establecimiento de los conceptos fundamentales de desequilibrio de ligamiento, la estructura haplotípica y la recombinación meiótica. Recientemente, el MHC se convirtió en la región genómica primero en ser completamente re-secuenciado de haplotipos comunes, mientras que los estudios de mapeo fenotipos de expresión de genes en el genoma se han implicado fuertemente la variación en la CMH. Esta revisión muestra cómo el MHC sigue proporcionando nuevos conocimientos y se mantiene en la vanguardia de la investigación contemporánea en la genómica humana.

Miradas En Torno a La Naturaleza Y Consecuencias De Nuestro Genoma Variable

Briefings in Functional Genomics & Proteomics. Sep, 2009  |  Pubmed ID: 19808931

Un Fenotipo Integrado De Expresión Enfoque De Mapeo Define Las Variantes Comunes En LEP, ALOX15 Y CAPNS1 Asociado Con La Inducción De IL-6

Human Molecular Genetics. Feb, 2010  |  Pubmed ID: 19942621

La interleucina-6 (IL-6) es un importante modulador de la inflamación y la inmunidad cuya desregulación está asociada con un número de estados de enfermedad. Hay evidencia de la heredabilidad significativa en la variación interindividual en la expresión génica IL-6, pero las variantes genéticas responsables de este aún no se han definido. Hemos adoptado un enfoque combinado de la proteína de la cartografía y la expresión de los loci de caracteres cuantitativos en las células mononucleares de sangre periférica con alta densidad de un solo polimorfismo de nucleótido (SNP) la tipificación de aproximadamente 2000 loci implicados en síndromes cardiovasculares, metabólicas e inflamatorias comunes para demostrar que los marcadores SNP y haplotipos de LEP (codificación de la leptina) asociado con un nivel de 1,7 a 2 veces mayor de lipopolisacárido (LPS)-inducida por IL-6 expresión. Hemos posteriormente demuestran que la expresión basal de leptina se correlaciona significativamente con LPS-inducida por IL-6 expresión y que las mismas variantes en LEP que se asocian con la expresión de IL-6 son también determinantes importantes de la expresión de leptina en estas células. Encontramos que la variación de la participación de dos regiones genómicas otros CAPNS1 (codificación de la subunidad pequeña calpaína 1) y ALOX15 (codificación araquidonato 15-lipoxigenasa), muestran una asociación significativa con la expresión de IL-6. Aunque esto puede ser un subconjunto de todos estos efectos de trans-acción, nos encontramos con que los mismos ALOX15 variantes se asocian con la expresión inducida de factor de necrosis tumoral y la IL-1 beta en consonancia con un papel más amplio en la inflamación aguda de ALOX15. Este estudio proporciona evidencia de nuevos determinantes genéticos de IL-6, con implicaciones para la comprensión de la susceptibilidad a los procesos de enfermedades inflamatorias y una visión de la diafonía entre las vías metabólicas e inflamatorias. También proporciona una prueba de concepto para el uso de un método de asociación y expresión integrada fenotipo.

La Lepra Y La Adaptación De Los Derechos Humanos Toll-like Receptor 1

PLoS Pathogens. 2010  |  Pubmed ID: 20617178

La lepra es una enfermedad infecciosa causada por el patógeno intracelular obligado Mycobacterium leprae y sigue siendo endémica en muchas partes del mundo. A pesar de varios estudios importantes sobre la susceptibilidad a la lepra, pocos loci genómicos se han replicado de forma independiente. Hemos llevado a cabo un análisis de asociación de más de 1.500 personas de diferentes estudios de casos y controles y de la familia, y se observaron asociaciones consistentes entre las variantes genéticas, tanto en TLR1 y los HLA-DRB1/DQA1 regiones con la susceptibilidad a la lepra (TLR1 I602S, caso-control P = 5,7 x 10 (-8), OR = 0,31, IC 95% = 0.20-0.48, y HLA-DQA1-rs1071630, caso-control p = 4,9 x 10 (-14), OR = 0,43, IC 95% = 0.35- 0,54). Los tamaños del efecto de estas asociaciones sugieren que TLR1 y HLA-DRB1/DQA1 son los principales genes de susceptibilidad en la susceptibilidad a la lepra. Un análisis más detallado muestra que la diferenciación de la población el lugar TLR1 está muy diferenciado. El alelo de protección 602S disfuncional es poco frecuente en África sino que se expande para convertirse en el alelo dominante entre las personas de ascendencia europea. Esto apoya la hipótesis de que este lugar puede estar bajo la selección de los agentes patógenos u otras micobacterias que son reconocidos por TLR1 y sus co-receptores. Estas observaciones proporcionan visión de la larga relación huésped-patógeno entre el hombre y micobacterias y poner de relieve el papel clave de la vía de TLR en las enfermedades infecciosas.

Entender La Variación Genética Humana En La Era De Secuenciación De Alto Rendimiento

EMBO Reports. Sep, 2010  |  Pubmed ID: 20725090

"La variación humana: Causa y consecuencia" El simposio EMBO / EMBL avances destacados en la comprensión de las bases moleculares de la variación genética humana y sus implicaciones para la biología, la multitud de los orígenes humanos y las enfermedades. Como secuenciación de alto rendimiento nos permite definir la variación genética y sus consecuencias funcionales en el genoma de toda resolución de un gran número de personas, las preguntas importantes que se le preguntó sobre cómo utilizar las nuevas tecnologías para maximizar la relevancia de traslación de la investigación genética para la sociedad y el paciente individual.

Un Chip-ss Definido Todo El Genoma, Mapa De Receptor De La Vitamina D Encuadernación: Asociaciones Con La Enfermedad Y La Evolución

Genome Research. Oct, 2010  |  Pubmed ID: 20736230

En un principio se cree que desempeñan un papel limitado en la homeostasis del calcio, las acciones pleiotrópicos de la vitamina D en la biología y su significado clínico sólo se comienza a ser evidente. Sin embargo, el modo de acción de la vitamina D, a través de su cognado receptores nucleares de vitamina D (VDR), y su contribución a diversos trastornos, siguen siendo poco conocidos. Se determinó VDR obligatorio en todo el genoma humano utilizando inmunoprecipitación de la cromatina seguido de la secuenciación del ADN masivamente paralelo (chip-ss). Después de la estimulación de calcitriol, se identificaron 2776 genómica posiciones ocupadas por el VDR y 229 genes con cambios significativos en la expresión en respuesta a la vitamina D. Los sitios de unión VDR se enriquecieron significativamente cerca de los genes asociados autoinmunes y el cáncer identificados a partir de la asociación de genoma completo (GWA) estudios. Genes VDR vinculante con notables incluyen IRF8, asociado con la EM, y PTPN2 asociada con la enfermedad de Crohn y la DT1. Por otra parte, una serie de polimorfismos de nucleótidos simples asociaciones de GWA se encuentra directamente dentro de los intervalos de VDR vinculantes, por ejemplo, rs13385731 asociados con LES y rs947474 asociado con DM1. También se observó un importante enriquecimiento de los intervalos de VDR en las regiones de la selección positiva entre las personas de ascendencia asiática y europea. Chip-ss determinación del factor de transcripción vinculante, en combinación con los datos de la GWA, ofrece un enfoque poderoso para promover la comprensión de las bases moleculares de las enfermedades complejas.

Determinantes Genéticos De La Expresión Génica Después De Choque Térmico HSP70

Human Molecular Genetics. Dec, 2010  |  Pubmed ID: 20876613

La regulación de la expresión de la proteína de choque térmico es de importancia significativa fisiológico y fisiopatológico. Aquí nos muestran que la diversidad genética es un determinante importante de la proteína de choque térmico 70 expresión que implique local, es probable que actúa en cis, los polimorfismos. Se define la variación de secuencias de ADN para la altamente homóloga HSPA1A y los genes HSPA1B en el complejo mayor de histocompatibilidad en el cromosoma 6p21 y el establecimiento de ensayos cuantitativos y específicos para determinar la abundancia de transcripción. Se muestran por líneas de células linfoblásticas establecidas a partir de las personas de ascendencia africana que, tras el choque térmico, se asocia con la expresión de HSPA1B rs400547 (P 3,88 x 10 (-8)) y vinculado polimorfismos de nucleótido único (SNP), ubicado 62-93 kb telomérica de HSPA1B . Esta asociación se encontró para explicar 31 y 29% de la varianza en estado de shock HSPA1B expresión siguiente calor o en las células en reposo, respectivamente. Los SNP asociados muestran una marcada variación en la frecuencia del alelo menor entre las poblaciones, siendo más frecuente en individuos de ascendencia africana, y se encuentran en una región que muestra la población específica de la estructura de bloque haplotípica. El trabajo muestra cómo el análisis de la expresión de un fenotipo hereditario inducida puede ser altamente informativa en la definición de la variación genética funcional importante.

Receptor De La Vitamina D Metilación De Genes Se Asocia Con La Etnicidad, La Tuberculosis Y El Polimorfismo TaqI

Human Immunology. Mar, 2011  |  Pubmed ID: 21168462

El receptor de vitamina D (VDR) gen codifica un factor de transcripción que, en la activación de la vitamina D, modula diversos procesos biológicos, incluyendo la homeostasis del calcio y la función inmune. La variación genética que implica VDR muestra notables diferencias en la frecuencia de los alelos entre las poblaciones y se ha asociado con la susceptibilidad a enfermedades, incluyendo la tuberculosis y la autoinmunidad, aunque los resultados han sido a menudo contradictorios. La hipótesis de que la metilación de VDR puede ser determinada población y que la combinación de la metilación diferencial y la variación genética puede caracterizar la tuberculosis (TB) predisposición. Nuestro método de conversión de bisulfito y / o pirosecuenciación para analizar el estado de metilación de 17 CpGs de VDR y el genotipo 7 SNPs en la región 3 'CpG Island (isla CpG [CGI] 1060), incluidos los comúnmente estudiados SNPs ApaI (rs7975232) y TaqI ( rs731236). Se demuestra que, para las líneas de células linfoblásticas de dos poblaciones étnicamente diversas (yoruba del HapMap, n = 30 y los blancos, n = 30), junto con los casos de tuberculosis (n = 32) y controles (n = 29) de la población Venda del Sur África, hay posiciones de metilación variables en el extremo 3 'que se distinguen de manera significativa el origen étnico (9/17 GPC) y el estado de la tuberculosis (3/17 GPC). Por otra parte, el estado de metilación muestra compleja asociación con el genotipo TaqI destacando la necesidad de considerar las dos variantes genéticas y epigenéticas en los estudios genéticos de VDR asociación con la enfermedad.

Un Haplotipo Común Del Gen Del Receptor De TNF 2 Modula Tolerancia a La Endotoxina

Journal of Immunology (Baltimore, Md. : 1950). Mar, 2011  |  Pubmed ID: 21282507

Tolerancia a la endotoxina se caracteriza por la supresión de la mayor liberación de TNF después de la exposición recurrente a LPS. Este fenómeno se propone para actuar como un mecanismo homeostático impedir la liberación de citoquinas no controlada, como la observada en la sepsis bacteriana. Los mecanismos de regulación y la variación interindividual de la inducción de tolerancia a la endotoxina en el hombre siguen siendo mal caracterizado. En este trabajo se describe un estudio de asociación genética de la variación en la tolerancia a la endotoxina de los individuos sanos. Identificamos un haplotipo común en promotor de TNFRSF1B (codificación TNFR2) que se asocia fuertemente con menor tolerancia a LPS (p = 5,82 x 10 (-6)). Este haplotipo identificados se asocia con una mayor expresión de TNFR2 (p = 4,9 x 10 (-5)), y nos encontramos con la expresión basal de TNFR2, independientemente de su genotipo y, a diferencia TNFR1, se asocia con la liberación de TNF secundaria (p <0,0001). Los estudios funcionales muestran un bucle positivo de retroalimentación a través de TNFR2 de LPS inducido por la liberación de TNF, lo que confirma su papel previamente no reconocido de TNFR2 en la modulación de la respuesta de LPS.

Alelo Específico De La Transcripción Del Asma Asociada a La Proteína De Los Dedos PHD 11 Genes (PHF11) Modulada Por Octamer De Unión Factor De Transcripción 1 (octubre-1)

The Journal of Allergy and Clinical Immunology. Apr, 2011  |  Pubmed ID: 21320718

El asma es una enfermedad frecuente, crónica de las vías inflamatorias de la mayor importancia de salud pública con múltiples determinantes genéticos. Anteriormente, hemos encontrado por clonación posicional que las proteínas dedo de PHD 11 (PHF11) en el cromosoma 13q14 modifica suero de inmunoglobulina E (IgE) las concentraciones y la susceptibilidad al asma. No hay variantes de codificación en PHF11 fueron identificados.

La Variación Haplotípica Generalizado En El Spliceo-transcriptoma Del Complejo Mayor De Histocompatibilidad Humano

Genome Research. Jul, 2011  |  Pubmed ID: 21628452

El complejo mayor de histocompatibilidad humano (MHC) en el cromosoma 6p21 es un paradigma de la genómica, que muestra el polimorfismo notable y llamativa asociación con enfermedades inmunes y no inmunes. El paisaje genómico complejo del MHC, en particular el desequilibrio de ligamiento fuerte, ha hecho que la resolución de las variantes causales muy difícil. Un enfoque prometedor es el de investigar los niveles de expresión de genes considerados como manejables fenotipos intermedios en la cartografía de las enfermedades complejas. Sin embargo, ¿cómo varía a través de la transcripción del MHC, en particular en relación con los haplotipos específicos, sigue siendo desconocido. Aquí, mediante un mosaico original de híbridos y de microarrays de empalme de unión que incluye sondas alelo suplentes, se traza la primera de alta resolución capítulo específico de mapa de la transcripción de tres haplotipos MHC comunes (HLA-A1-B8-DR3 Cw7-, HLA-A3-B7 -Cw7-DR15 y HLA-A26-B18-CW5-DR3-DQ2) fuertemente asociada con enfermedades autoinmunes como la diabetes tipo 1, lupus eritematoso sistémico y esclerosis múltiple. Encontramos que el haplotipo específico de las diferencias en la expresión de genes son comunes en el MHC, que afecta a 96 genes (46,4%), lo más importante con el dedo zing gen de la proteína ZFP57. Sondas expresadas diferencialmente se correlacionan con polimorfismos entre los haplotipos, consistentes con los efectos cis que demuestren directamente a ZFP57 en una cohorte de voluntarios sanos (p = 1,2 x 10 (-14)). Se establece que el splicing alternativo es significativamente más frecuente en el MHC de todo el genoma (72,5% vs 62,1% de los genes, P ≤ 1 x 10 (-4)) y muestra marcadas diferencias haplotípica. También desenmascarar a la transcripción de la novela de intergénica y abundante participación de 31% de los bloques de transcritos identificados. Nuestro estudio revela que el polimorfismo MHC reconocido la diversidad también se manifiesta como la transcripción, y nuestra novela haplotipo enfoque basado en marca un nuevo paso hacia la identificación de variantes reguladoras que intervienen en el control de MHC-los fenotipos relacionados con las enfermedades.