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Articles by Mayuresh M Abhyankar in JoVE
JoVE Immunology and Infection
一个负选择标记的发展阿米巴
Division of Infectious Disease and International Health, University of Virginia Health System
我们的报告负选择系统的发展
Other articles by Mayuresh M Abhyankar on PubMed
重构的 R6K DNA 复制使用 22 纯化的蛋白质的体外。
我们已重新组建一套催化启动具体的 R6K ori 伽玛的复制、 断裂伸长率的叉和他们在特定的复制终止符的终止的 22 纯化蛋白质的 multiprotein 系统。开始是严格依赖于质粒编码的启动器蛋白 pi 和 DnaA 编码主机启动器。野生型 pi 是几乎是惰性的的而包含 3 倾向于 monomerize 蛋白质的氨基酸替换的突变体窗体是在初始化复制有效。体外复制被指点 DnaG primase，而不分次粗提取物系统，它是依赖于 RNA 聚合酶。赫尔辛基是最佳复制和所需其替代由胡，不像在奥里奇的系统中，DNA 弯曲的蛋白是较有效地促进优化复制。相比之下，体内的野生型 pi 介导复制需要赫尔辛基。复制阻塞方向的两个非对称放置之三站点使用模板，其中包含 ori 伽玛两侧，接着在凯恩斯类型模式和生成预期的终止的产品类型。大多数分子从 ori，已观察到体内的同一方向逆时针方向进展。重组后的系统中的复制的许多功能似乎模仿那些体内复制。在这里开发的系统是在继续这个有趣的复制子的生化分析的一个重要里程碑。
控制的质粒 R6K 复制起始的生化调查。
机械控制的质粒 R6K 复制起始的基础通过解决下面的问题进行了调查。突变造成的损失负控制起爆的 pi 启动器蛋白的生化特性是什么？主控件是否涉及唯一启动器蛋白 ori DNA 相互作用或它还涉及 pi 和几个主机编码蛋白质蛋白质-蛋白质相互作用吗？在两个不同区域的 pi 编码序列突变单独造成负控制一些的损失，拷贝数相对温和增加所示。然而，组合的 P42L，突变的 DNA 循环，造成的损失与那些位于该区域之间残留 106 和 113 诱导的鲁棒增强复制数目。这些突变形式促进更高水平的体外重组系统 22 纯化蛋白质的组成中的复制。Pi 的突变形式是明显诱导 iteron monomerization WT 蛋白相对容易。作为与 DNA-蛋白质相互作用的变化进行了对比，我们发现野生型 pi 与 DnaA，DnaB 解旋酶、 蛋白质-蛋白质相互作用没有探测差异和 DnaG primase 一方面和高复制突变形式和另一方面的同一主机蛋白质之间。DnaG pi 互动报道这里是小说。两者合计，结果表明这两个损失负诱导 iteron monomerization 启动器和增强的 iteron 启动器交互控制的出现要增强的拷贝数的主要原因。
重构的 F 因子 DNA 复制与纯化蛋白质体外。
雅各、 勃伦纳山口和 Cuzin 率先发展的 F 质粒作为一种模型系统研究复制控制和这些调查导致"复制子模型"的发展 （雅各，F.，勃伦纳山口，S.和 Cuzin，F.(1964 年) 冷春港幻彩。Quant.Biol.28，329 348)。进一步的澄清此质粒和其控制的复制启动的机制，我们已重组其复制体外 21 纯净的主机编码蛋白质，质粒编码启动器 RepE。体外复制专门发起了在 F ori (oriV) 和细菌启动器蛋白 DnaA 和 RepE 质粒编码启动器所需。野生型二聚 RepE 是催化复制，在处于非活动状态，而一个单体突变称为 RepE(*) （R118P） 的窗体是能够催化有力的复制。复制拓扑是主要的凯恩斯窗体上，并叉运动是单向的大多是从右到左。依赖于胡蛋白质和弯曲赫尔辛基不能有效地取代胡的蛋白质的结构和功能上相关的 DNA 复制。预充是依赖 DnaG primase。许多体外复制的特性密切模仿那些体内复制。我们相信在体外的系统应该是非常有用，在解开复制起始的机理及防治。
新型中央人民政府无脊椎动物绝缘子静音睾丸特定 SP 10 基因的体细胞组织： TDP 43 绝缘子函数中的作用。
单元格类型特定基因转录调节细胞的分化和发展至关重要。在精子发生过程，期间的睾丸特定基因的数量表示在确切的时空顺序。这些基因如何保持沉默的体细胞组织中不是很了解。我们以前学的使用的轮精特定鼠标 SP 10 基因，码的顶体酶蛋白，揭示其近侧启动子区充当绝缘体和防止体细胞的组织中的表达。在这里我们报告绝缘体 tethers SP 10 基因对体细胞组织中的核基质螯合核心启动子，在过程中，从而防止转录。表示的是 SP 10 基因的圆形精子细胞，在公布此中继。焦油 DNA 结合蛋白的 43 kDa (TDP-43），以前所示 SP 10 绝缘体，与交互是发现在 2 m 氯化钠溶核基质分数中。TDP 43 阻止剂启动子相互作用时人工招募由 Gal4 战略两者之间。⑷ TDP 43 使用小分子干扰 RNA 释放剂阻止 SP 10 绝缘子在一个稳定的细胞培养模型的影响。TDP 43 结合位点的突变废除这种效果。最后，SP 10 绝缘子，其中包括 TDP 43 结合位点，50 bp subfragment 充当在转基因小鼠中的最小绝缘子和压制另有 ectopically 表示转基因体细胞组织中的。SP 10 绝缘子缺乏中央人民政府 dinucleotides 或 ctcf 结构域结合位点。因此，本研究新型脊椎动物绝缘子在生理方面的特点，第一次显示一个睾丸特定基因绝缘子体细胞组织中如何压制。
绝缘子在睾丸特定基因转录的作用。
在这相对较短的几个基因的近端宣传员已被证明能指导组织和细胞类型-特定表达转基因小鼠的睾丸特异性启动子都是唯一的。这类小启动子碎片如何执行维护体细胞组织中的沉默的状态和激活基因表达在睾丸中的正确生殖细胞类型的双重功能仍然知之甚少。从我们实验室使用圆精特定 SP 10 基因作为实验动物模型的研究提供了一些见解的机制。它被发现近端基因启动子的 SP 10 作为体细胞组织中的染色质绝缘子或边界元素，并可防止 SP 10 基因转录。圆形精子细胞，减轻绝缘子功能，从而促进 SP 10 基因转录。绝缘子作为强化剂受体阻滞剂和 （或） 异染色质保护编程的基因表达的障碍。通常，绝缘子是分开宣传员。然而，在 SP 10 基因，绝缘体重叠推销商和兼性的方式运作。我们推测一些睾丸特异性基因的近端倡导者已经适应要保持体细胞组织中的转录沉默的绝缘子函数。
表征的阿米巴组织内阿米巴框高迁移率族蛋白诱导期间肠道感染。
单细胞基因克隆阿米巴是人体寄生虫导致阿米巴性痢疾和肝脓肿。调制的肠道定植和入侵的基因表达的全基因组分析确定上调谈话内容编码一种推定高迁移率族框 (蛋白) 蛋白质，EhHMGB1。我们测试了如果 EhHMGB1 编码功能蛋白蛋白和确定其在控制寄生虫基因表达的作用。重组 EhHMGB1 得以弯曲 DNA 体外，蛋白蛋白的一个特点。核心守恒残留物所需的弯曲活动中其他蛋白蛋白质的 DNA 突变分析是必不可少的 EhHMGB1 活动的演示了。EhHMGB1 也能提高到体外，其同源 DNA 序列的人类 p53 预计 HMGB1 蛋白质的绑定。共聚焦显微镜，使用重组蛋白、 抗体证实其核的定位。EhHMGB1 HM1:IMSS 滋养中的过量表达导致 33 誊本参与多种细胞功能的调节作用。其中，20 也被调制在第 1 天或者一天 29 在肠道阿米巴的小鼠模型。值得注意的是，四个成绩单与已知角色的毒力，包括两个编码 Gal/多凝集素轻链，被调制响应 EhHMGB1 高效表达。我们认为 EhHMGB1 是善意的蛋白蛋白与复述部分主机肠道适应期间看到的寄生虫基因表达的调控能力。
克隆与表达基因阿米巴的网关系统的开发。
早期的基因克隆分支阿米巴是是阿米巴性痢疾和肝脓肿的病因代理的人体寄生虫。E.组织内阿米巴芯片技术的发展与相结合 E.组织内阿米巴基因组的测序已导致与毒力有关的几个不同的基因表达谱的鉴定。很多调制誊本函数是未知和其致病性中的作用尚不清楚。然而，它们代表池的潜在可能的新型疗法的发展目标的毒力因子。高效的工具和方法，这些新的致病相关基因和蛋白质的特点将是有益的。在这里我们报告克隆系统的 Gateway((R)) 来生成 E.组织内阿米巴表达载体多环芳烃-DEST 的使用。若要测试此系统的效用，矢量用来构建质粒重组版本的 EHI_144490，其中编码蛋白的未知函数的轨迹。有人表示重组基因和重组蛋白，这是链球菌 myc 标记，显示细胞质定位的转染滋养。这表达载体与 Gateway((R)) 系统应便利功能的新型蛋白质 E.组织内阿米巴的调查。
