Michael Q. Zhang Computational Biology and Bioinformatics Cold Spring Harbor Laboratory Biography Publications Institution JoVE Articles Michael Q. Zhang has not added a biography. If you are Michael Q. Zhang and would like to personalize this page please email our Author Liaison for assistance. Publications Nuovi Programmi Di Transcriptional Foxo1-dipendente Di Controllo Funzione Cella T(reg) Nature. Nov, 2012 | Pubmed ID: 23135404 Elementi Regolatori Di Caenorhabditis Elegans Geni Proteina Ribosomiale BMC Genomics. Aug, 2012 | Pubmed ID: 22928635 Genome-wide Localizzazione Della Proteina-DNA Binding E Modifiche Dell'istone Da Un Metodo Di Cambiamento-punto Bayesiano Con Dati ChIP-seq PLoS Computational Biology. Jul, 2012 | Pubmed ID: 22844240 MicroRNA E Stato Della Cromatina Determinare Dinamiche Di Espressione Genica Diversa Sensible a Reagire Alla Stimolazione Del TNF Genomics. Jul, 2012 | Pubmed ID: 22824656 Cromatina Forma Bivalente-come Marcatori Sono Predittivi Per La Distribuzione Di Sito Inizio Trascrizione in Umani PloS One. 2012 | Pubmed ID: 22768038 H3K4 Demetilazione Di Jarid1a E Jarid1b Contribuisce Al Silenziamento Genico Mediato Da Retinoblastoma Durante La Senescenza Cellulare Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. Jun, 2012 | Pubmed ID: 22615382 Analisi Basata Sul Tipo Di Cella Di Profili Di MicroRNA Nel Cervello Del Mouse Neuron. Jan, 2012 | Pubmed ID: 22243745 Un Metodo Di Individuazione Motivo Altamente Efficiente Ed Efficace Per Dati ChIP-seq/truciolo-truciolo Utilizzando Informazioni Posizionali Nucleic Acids Research. Apr, 2012 | Pubmed ID: 22228832 Modello Di Markov Romanzo Di Pluripotenza Indotta Predice Cambiamenti Di Espressione Genica Di Riprogrammazione BMC Systems Biology. Dec, 2011 | Pubmed ID: 22784579 Inferenza Di Aplotipi Di Variazioni Del Numero Di Copia Da High-throughput Dati Con Incertezza G3 (Bethesda, Md.). Jun, 2011 | Pubmed ID: 22384316 Identificazione Di Nuovi Percorsi Androgeno-regolato E Isoforme Di MRNA Attraverso Genome-wide Esone Specifico Profilatura Del Transcriptome LNCaP PloS One. 2011 | Pubmed ID: 22194994 Identificazione Dei Soppressori Tumorali Ed Oncogeni Da Caratteristiche Genomiche Ed Epigenetiche Nel Carcinoma Ovarico PloS One. 2011 | Pubmed ID: 22174824 EpiRegNet: Costruzione Rete Regolamentare Epigenetica Da Dati Di Espressione Genica High Throughput Per Gli Esseri Umani Epigenetics : Official Journal of the DNA Methylation Society. Dec, 2011 | Pubmed ID: 22139581 Studio Del Fattore Pioniere FoxA a Geni Silenziosi Rivela Rfx-represso Enhancer a Cdx2 E Un Indicatore Potenziale Di Sviluppo Di Adenocarcinoma Esofageo PLoS Genetics. Sep, 2011 | Pubmed ID: 21935353 SpliceTrap: Un Metodo Per Quantificare Splicing Alternativo in Condizioni Unico Cellulare Bioinformatics (Oxford, England). Nov, 2011 | Pubmed ID: 21896509 Correlato L'evoluzione Dei Fattori Di Trascrizione E Loro Siti Di Legame Bioinformatics (Oxford, England). Nov, 2011 | Pubmed ID: 21896508 Clonazione Diretta Del RNA Double-stranded Da Analisi Protezione RNasi Rivela Modelli Di Elaborazione Di C/D Casella SnoRNAs E Fornisce La Prova Per L'espressione Diffusa Trascrizione Antisenso Nucleic Acids Research. Dec, 2011 | Pubmed ID: 21880592 Mutazione Funzionale Di SMAC/DIABLO, Codifica Per Una Proteina Mitocondriale Miselli, Causa Perdita Dell'udito Progressiva Umano DFNA64 American Journal of Human Genetics. Jul, 2011 | Pubmed ID: 21722859 ChIP-Array: Analisi Combinatoria Di ChIP-seq/chip E Microarray Dati Di Espressione Genica Per Scoprire Bersagli Diretta/indiretta Di Un Fattore Di Trascrizione Nucleic Acids Research. Jul, 2011 | Pubmed ID: 21586587 Profili Di Modifica Dell'istone Sono Predittivi Per Tessuto-tipo Di Cellula Specifica Espressione Di Geni Codificanti Proteine Sia MicroRNA BMC Bioinformatics. 2011 | Pubmed ID: 21569556 Confronto Dei Metodi Basati Sulla Sequenza Di Metilazione Del DNA Di Profilo E L'identificazione Delle Modifiche Epigenetiche Monoallelic Nature Biotechnology. Oct, 2010 | Pubmed ID: 20852635 Un RNA Non Codificante Lungo Nucleare Mantenuto Regola Pervasivi Modulando L'espressione Genica The EMBO Journal. Sep, 2010 | Pubmed ID: 20729808 Sviluppo Della Rete Di MicroRNA Cancro Umano Silence. 2010 | Pubmed ID: 20226080 Studio Transcriptome Per Primi Ematopoiesi - Realizzazione, Sfida E Nuove Opportunità Journal of Cellular Physiology. Jun, 2010 | Pubmed ID: 20143329 SFSSClass: Un Approccio Integrato Per MiRNA Basato Su Classificazione Del Tumore BMC Bioinformatics. 2010 | Pubmed ID: 20122194 Aggiornamenti Del Software Di Lettura Breve Mappatura RMAP Bioinformatics (Oxford, England). Nov, 2009 | Pubmed ID: 19736251 Alta Definizione Di Profilatura Di Metilazione Del DNA Dei Mammiferi Di Matrice Cattura E Sequenziamento Del Bisolfuro Di Singola Molecola Genome Research. Sep, 2009 | Pubmed ID: 19581485 Un Approccio Integrativo Genomica Identifica L'ipossia Inducible Factor-1 (HIF-1)-bersaglio Geni Che Formano La Risposta Core All'ipossia Nucleic Acids Research. Aug, 2009 | Pubmed ID: 19491311 Il Trascrittoma Di Cellule Staminali-progenitrici Emopoietiche CD34 + Umano Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. May, 2009 | Pubmed ID: 19416867 Determinazione Delle Modifiche Dell'istone Arricchito in Porzioni Non Geniche Del Genoma Umano BMC Genomics. 2009 | Pubmed ID: 19335899 Scoperta Di Modulo Basato Su Set Gene Del Transcriptome Di Cancro Al Seno BMC Bioinformatics. 2009 | Pubmed ID: 19243633 Il Settimo Asia Pacific Bioinformatics Conference (APBC2009) BMC Bioinformatics. 2009 | Pubmed ID: 19208108 Analisi Più Stage Di Regolazione Espressione E La Trascrizione Dei Geni Nello Sviluppo Del Fegato Del Mouse C57/B6 Genomics. Mar, 2009 | Pubmed ID: 19015022 Previsione Di Core-promotore Umano Ad Alta Risoluzione Con CoreBoost_HM Genome Research. Feb, 2009 | Pubmed ID: 18997002 Analisi Bioinformatica Integrativa Di Transcriptional Programmi Normativi in Cellule Di Cancro Al Seno BMC Bioinformatics. 2008 | Pubmed ID: 18823535 Definizione Della Rete Regolamentare Dei Fattori Di Splicing Tessuto-specifici 1 Fox E Fox-2 Genes & Development. Sep, 2008 | Pubmed ID: 18794351 ZOOM! Infinità Di Oligos Mappato Bioinformatics (Oxford, England). Nov, 2008 | Pubmed ID: 18684737 Regolamento Del PDK4 Isoenzimatici Dal Complesso Rb-E2F1 The Journal of Biological Chemistry. Oct, 2008 | Pubmed ID: 18667418 A Poli - Trascrizioni Espresse Nelle Cellule HeLa PloS One. 2008 | Pubmed ID: 18665230 Segni Di Metilazione Dell'istone Giocano Un Ruolo Importante Nel Predire Lo Stato Di Metilazione Delle Isole CpG Biochemical and Biophysical Research Communications. Sep, 2008 | Pubmed ID: 18656446 Modelli Di Combinatoriale Di Acetylations Dell'istone E Methylations Nel Genoma Umano Nature Genetics. Jul, 2008 | Pubmed ID: 18552846 Identificazione Dei Bersagli Sinaptici Della Drosofila Pumilio PLoS Computational Biology. Feb, 2008 | Pubmed ID: 18463699 Inferenza Basata Sulla Rete Globale Di Geni Malattia Umana Molecular Systems Biology. 2008 | Pubmed ID: 18463613 Panorama Di RNA Di Evoluzione Per Discriminazione Esone E Introne Ottima Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. Apr, 2008 | Pubmed ID: 18391195 Regolazione CD36-dipendente Del Muscolo FoxO1 E PDK4 Nell'adattamento PPAR Delta/beta-mediata Di Stress Metabolico The Journal of Biological Chemistry. May, 2008 | Pubmed ID: 18308721 Utilizzando I Punteggi Di Qualità E Letture Più Migliora La Precisione Di Lettura Mappatura Solexa BMC Bioinformatics. 2008 | Pubmed ID: 18307793 Genome Research. May, 2008 | Pubmed ID: 18292219 Heat Shock Protein 90beta1 è Essenziale Per Polinsaturo Acidi Grassi Indotta Mitocondriale Ca2 + Efflusso The Journal of Biological Chemistry. Mar, 2008 | Pubmed ID: 18178560 Fattori Normativi Interferone Sono Regolatori Trascrizionali Di Adipogenesi Cell Metabolism. Jan, 2008 | Pubmed ID: 18177728 Genome-wide Mappatura E Analisi Di Promotori Attivi in Cellule Staminali Embrionali Di Topo E Organi Adulti Genome Research. Jan, 2008 | Pubmed ID: 18042645 Identificazione Di Elementi Cis-regolatori MicroRNA Filogeneticamente Conservate Attraverso 12 Specie Di Drosophila Bioinformatics (Oxford, England). Jan, 2008 | Pubmed ID: 18037683 Putative Zinc Finger Protein Binding Sites Are Over-represented in the Boundaries of Methylation-resistant CpG Islands in the Human Genome PloS One. 2007 | Pubmed ID: 18030324 Previsione Di Trascrizione Avviare Siti Basati Su Funzionalità Di Selezione Utilizzando AMOSA Computational Systems Bioinformatics / Life Sciences Society. Computational Systems Bioinformatics Conference. 2007 | Pubmed ID: 17951823 OSCAR: Una Classe SVM Per Riconoscimento Accurato Degli Elementi Cis Bioinformatics (Oxford, England). Nov, 2007 | Pubmed ID: 17921174 Analisi Computazionale Di Promotori Eucariotici BMC Bioinformatics. 2007 | Pubmed ID: 17903284 Neurale Potenziale Di Una Popolazione Di Cellule Staminali Nel Follicolo Pilifero Cell Cycle (Georgetown, Tex.). Sep, 2007 | Pubmed ID: 17873521 Dual-specificità Splice Funzione Siti in Alternativa Come Siti Di Splicing 5' E 3' Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. Sep, 2007 | Pubmed ID: 17848517 Impatto Evolutivo Della Fedeltà Di Splicing Limitato Nei Geni Dei Mammiferi Trends in Genetics : TIG. Oct, 2007 | Pubmed ID: 17719121 Un Elemento Normativo Altamente Conservato Controlla Ematopoietiche Espressione Di GATA-2 Nello Zebrafish BMC Developmental Biology. 2007 | Pubmed ID: 17708765 Modelli Predittivi Della Regolazione Genica: Applicazione Di Metodi Di Regressione a Dati Di Microarray Methods in Molecular Biology (Clifton, N.J.). 2007 | Pubmed ID: 17634611 Analisi Dei Siti Di CTCF-binding Proteina Vertebrati Isolante Nel Genoma Umano Cell. Mar, 2007 | Pubmed ID: 17382889 Ruoli Critici Per Dicer Nella Linea Germinale Femminile Genes & Development. Mar, 2007 | Pubmed ID: 17369401 Potenziamento Con Ceppi Per Predire I Siti Di Inizio Trascrizione Genome Biology. 2007 | Pubmed ID: 17274821 Significatività Statistica Dei Moduli Cis-regolatori BMC Bioinformatics. 2007 | Pubmed ID: 17241466 Calcolo Esatti Valori Di P Per Motivi Di DNA Bioinformatics (Oxford, England). Mar, 2007 | Pubmed ID: 17237046 Tessuto-specifici Elementi Regolatori in Promotori Dei Mammiferi Molecular Systems Biology. 2007 | Pubmed ID: 17224917 Predizione Computazionale Di Nuovi Componenti Delle Reti Di Transcriptional Del Polmone Bioinformatics (Oxford, England). Jan, 2007 | Pubmed ID: 17050569 Isolamento Di Pan-genoma Delle Trascrizioni Di Abbondanza Bassa Utilizzando Tag SAGE FEBS Letters. Dec, 2006 | Pubmed ID: 17113583 Un Nuovo Metodo Per La Rilevazione Di Ricombinazione Umano Hotspot E Sue Applicazioni Ai Dati HapMap Codificare American Journal of Human Genetics. Oct, 2006 | Pubmed ID: 16960799 Predire Lo Stato Di Metilazione Delle Isole CpG Nel Cervello Umano Bioinformatics (Oxford, England). Sep, 2006 | Pubmed ID: 16837523 Una Matrice Di Punteggio Maggiore Specificità Per La Previsione Di Esaltatori Di Splicing Esonico SF2/ASF-specifici Human Molecular Genetics. Aug, 2006 | Pubmed ID: 16825284 Predizione Computazionale Dello Stato Di Metilazione in Sequenze Genomiche Umane Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. Jul, 2006 | Pubmed ID: 16818882 La Deduzione Adattivo Umani Transcriptional Sottoreti Molecular Systems Biology. 2006 | Pubmed ID: 16760900 Caratterizzazione Della RNasi R-digerito Cellulare RNA Fonte Che Consiste Di Lariat E RNAs Circolare Da Splicing Pre-mRNA Nucleic Acids Research. 2006 | Pubmed ID: 16682442 Una Proprietà Clustering Dei Siti Di Legame Del Fattore Altamente Degenere Trascrizione Del Genoma Dei Mammiferi Nucleic Acids Research. 2006 | Pubmed ID: 16670430 Profilatura in Alternativa Impiombato Isoforme Di MRNA Per La Classificazione Di Cancro Alla Prostata BMC Bioinformatics. 2006 | Pubmed ID: 16608523 Motivi Del DNA Umano E Promotori Prossimali Del Mouse Predicono Espressione Tessuto-specifica Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. Apr, 2006 | Pubmed ID: 16606849 Struttura a Grande Scala Dei Pattern Di Metilazione Genomic Genome Research. Feb, 2006 | Pubmed ID: 16365381 Utilizzando CorePromoter Per Trovare Promotori Nucleo Umano Current Protocols in Bioinformatics / Editoral Board, Andreas D. Baxevanis ... [et Al.]. Jul, 2005 | Pubmed ID: 18428749 Regolazione Della Espressione Genica Attraverso La Ritenzione Di RNA Nucleare Cell. Oct, 2005 | Pubmed ID: 16239143 Distribuzione Di SR Proteina Esonico Splicing Enhancer Motivi in Geni Codificanti Proteine Umani Nucleic Acids Research. 2005 | Pubmed ID: 16147989 Genome-wide Promotore Estrazione E Analisi Nell'uomo, Topo E Ratto Genome Biology. 2005 | Pubmed ID: 16086854 Estrazione Mineraria Di Dati Truciolo-truciolo Per Il Fattore Di Trascrizione E Siti Di Legame Del Cofattore Bioinformatics (Oxford, England). Jun, 2005 | Pubmed ID: 15961485 Identificazione Dei Siti Di Legame Del Fattore Trascrizione Tessuto-selettivo in Vertebrati Promotori Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. Feb, 2005 | Pubmed ID: 15668401 Dal Verme All'uomo: Bioinformatica Approcci Per Identificare I Geni Bersaglio FOXO Mechanisms of Ageing and Development. Jan, 2005 | Pubmed ID: 15610780 TRED: Un Database Transcriptional Di Elemento Normativo E Una Piattaforma Per Gli Studi Di Silico Gene Regolamento Nucleic Acids Research. Jan, 2005 | Pubmed ID: 15608156 DWE: Discriminante Enumeratore Di Parola Bioinformatics (Oxford, England). Jan, 2005 | Pubmed ID: 15333453 Similitudine Di Matrici Frequenza Posizione Per I Siti Di Legame Fattore Di Trascrizione Bioinformatics (Oxford, England). Feb, 2005 | Pubmed ID: 15319260 Il Genoma Del Mouse: Esame Sperimentale Delle Previsioni Di Gene E Transcriptional Avviare Siti Genome Research. Dec, 2004 | Pubmed ID: 15574821 Interagenti Modelli Di Regolazione Genica Cooperativa Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. Nov, 2004 | Pubmed ID: 15534222 Genome-wide Previsione E Analisi Dei Siti Di Legame Fattore Di Trascrizione Di Specifiche Funzioni In Silico Biology. 2004 | Pubmed ID: 15506990 Prove E Le Caratteristiche Degli Hotspot Putativo Ricombinazione Alfa Umano Human Molecular Genetics. Nov, 2004 | Pubmed ID: 15385449 Identificazione Combinatoria Regolamento Dell'associazione Motivi E Fattori Di Trascrizione Genome Biology. 2004 | Pubmed ID: 15287978 Trascrizione Fattore Vincolante Elemento Rilevazione Utilizzando Clustering Funzionale Dei Dati Di Espressione Mutante Nucleic Acids Research. 2004 | Pubmed ID: 15115798 Identificazione Di Cooperatività Tra I Fattori Di Trascrizione Che Controlla Il Ciclo Delle Cellule in Lievito Nucleic Acids Research. Dec, 2003 | Pubmed ID: 14627835 Software Di Calcolatore Per Trovare Geni Nel DNA Genomico Vegetale Methods in Molecular Biology (Clifton, N.J.). 2003 | Pubmed ID: 14501060 ESEfinder: Una Risorsa Del Web Per Identificare Enhancers Splicing Esonico Nucleic Acids Research. Jul, 2003 | Pubmed ID: 12824367 Un Ruolo Normativo Transcriptional Globale Per C-Myc in Cellule Di Linfoma Di Burkitt Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. Jul, 2003 | Pubmed ID: 12808131 Confronto Computazionale Di Due Genomi Di Bozza Del Mouse E Il Percorso Umano D'oro Genome Biology. 2003 | Pubmed ID: 12537546 La Famiglia Argonaute: Tentacoli Che Raggiungono in RNAi, Controllo Dello Sviluppo Delle Cellule Staminali E Manutenzione Tumorigenesi Genes & Development. Nov, 2002 | Pubmed ID: 12414724 Diretto Accoppiamento Delle Macchine Ciclo Delle Cellule E Delle Cellule Morte Da E2F Nature Cell Biology. Nov, 2002 | Pubmed ID: 12389032 Gene Expression Profiling in Via Di Sviluppo Ippocampo Umano Journal of Neuroscience Research. Oct, 2002 | Pubmed ID: 12271469 L'estrazione Di Informazioni Funzionali Da Microarray: Una Sfida Per La Genomica Funzionale Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. Oct, 2002 | Pubmed ID: 12271149 Predizione Computazionale Di Geni Codificanti Proteine Eucariotiche Nature Reviews. Genetics. Sep, 2002 | Pubmed ID: 12209144 GFScan: Un Gene Familiare Strumento Di Ricerca a Livello Di DNA Genomico Genome Research. Jul, 2002 | Pubmed ID: 12097353 Genomica Funzionale Come Applicato Alla Mappatura Reti Di Regolazione Di Trascrizione Current Opinion in Microbiology. Jun, 2002 | Pubmed ID: 12057687 A Novel bayesiano Cambia punto di Algoritmo per Genome-wide analisi di diversi tipi di dati ChIPseq Haipeng Xing1, Willey Liao1,2, Yifan Mo1,2, Michael Q. Zhang2,3 1Department of Applied Mathematics & Statistics, Stony Brook University, 2Computational Biology and Bioinformatics, Cold Spring Harbor Laboratory, 3Department of Molecular and Cell Biology, University of Texas at Dallas JoVE 4273 Biology
A Novel bayesiano Cambia punto di Algoritmo per Genome-wide analisi di diversi tipi di dati ChIPseq Haipeng Xing1, Willey Liao1,2, Yifan Mo1,2, Michael Q. Zhang2,3 1Department of Applied Mathematics & Statistics, Stony Brook University, 2Computational Biology and Bioinformatics, Cold Spring Harbor Laboratory, 3Department of Molecular and Cell Biology, University of Texas at Dallas JoVE 4273 Biology