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Articles by Pei Yun Lee in JoVE
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DNA断片の分離のためのアガロースゲル電気泳動
Department of Molecular, Cell, and Developmental Biology, University of California Los Angeles
アガロースゲル電気泳動を用いたDNA断片の分離のための基本的なプロトコルが記述されています。
Other articles by Pei Yun Lee on PubMed
ゲノムの調節ネットワーク開発のため。
ボディー プランの開発を制御する遺伝子の大規模なネットワークによって制御されます。ウニ胚における中胚葉と内胚葉の仕様を制御する遺伝子調節ネットワークはここに要約されます。ネットワークは大規模な摂動解析計算方法論、ゲノムデータ、シス調節の解析、分子発生学と組み合わせてから派生しました。現時点では、40 以上の遺伝子ネットワークを含む、各ノードは cis 規制の解析による DNA シーケンス レベルで直接検証できます。そのアーキテクチャ開発方法などの具体的かつ一般的な側面を明らかに細胞の与えられたその定められた運命で胚を生成し、プロセスが容赦なく移動なぜ発達の時間で転送。
ウニ胚における Endomesoderm の仕様のための暫定規定する遺伝子ネットワーク。
ウニ胚における endomesodermal 仕様の制御方法の概要について説明します仮 DNA シーケンスに基づいて規定する遺伝子ネットワークの現在のフォームを提示します。ネットワークのモデル リビジョンと成長の継続的なプロセスでは、新しい遺伝子が追加され、新しい実験的結果が利用可能になるとです;http://www.its.caltech.edu/~mirsky/endomeso.htm (エンド mes 遺伝子ネットワーク アップ デート） の最新バージョンを参照してください。ネットワークは現在、多くの新しくこの仕事とほとんどの符号化の DNA 結合転写調節因子の過程で明らかになった以上 40 の遺伝子を含んでいます。ネットワークの建築は、当初の広範な実験的証拠 endomesoderm 仕様で今すぐ利用可能を統合ロジック モデルの構築によって近づかれました。ネットワークでの遺伝子間の内部のリンケージは機能的には、ネットワーク内のすべての関連遺伝子の発現に対する規制の摂動の効果の測定によって決定されています。5 種類の摂動が適用されている: (1) の使用に多くのキーを制御する遺伝子ネットワーク; でのターゲット morpholino アンチセンス オリゴヌクレオチドの(2) 他の規制の要因の建設エングレイルド リプレッサー ドメイン融合の支配的なリプレッサーに変換;3） 異所的発現調節因子遺伝子発現コンストラクトと注入された Mrna から与え;4） カドヘリンの細胞内ドメイン エンコード mRNA の導入によって β-カテニン/Tcf 経路の封鎖;（5） の封鎖ノッチの Notch 受容体の細胞外ドメイン エンコード mRNA の導入によるシグナル伝達経路。各遺伝子にネットワーク リンク cis 規制の入力を予測するネットワーク モデル。したがって、そのアーキテクチャは cis 規制の分析によってテスト可能です。トラザメ purpuratus と、ネットワークに多数の遺伝子を含む Lytechinus 込みゲノム BAC recombinants が、シーケンス、注釈されています。Cis 規制の予測モデルのテスト大幅可能性が cis 規制要素実験解析に先立っての迅速な同定を affords 種間計算シーケンスの比較によって促進しています。ネットワーク genomically エンコードされた規制プロセス初期卵割と原腸胚ステージ間を指定します。これらの仕様と初期 veg(2) endomesodermal ドメイン小割球系統の制御;中央 veg(2) 中胚葉ドメイン (すなわち、二次間充織の前駆フィールド) 末梢 veg(2) 内胚葉ドメインからの胞胚段階分離;これらのドメイン内の仕様状態の安定化;いくつかの下流分化遺伝子の活性化。各仕様の時空的段階の規制のイベント関連の胚核内で特定の段階で扱うネットワーク モデルのサブ要素で表されます。
線虫線虫外陰部細胞の遺伝子表現マーカー
細胞運命パターニング線虫の外陰部の発達段階の分析は細胞分裂と細胞運動 (細胞系譜解析) の直接の観察を主に頼っています。しかし、復興途上の外陰部 EM 連続切片からのような観測に基づく多数が区別できない 7 異なる種類の細胞 (vulA、vulB1、vulB2、バルカ、vulD、vulE、および vulF） を示唆しています。ここで 7 つの遺伝子の外陰部の発現を報告、egl 17, 先天性横隔膜ヘルニア 3、ceh 2, zmp-1、B0034.1、T04B2.6、F47B8.6 gfp、cfp、yfp （緑色蛍光蛋白質と色の亜種) の記者融合をに基づいています。各遺伝子は、外陰部の細胞の特定のサブセットでを表現し、したがって外陰部細胞運命のためのマーカーとして有用であります。一緒に、マーカーの式は 6 種類の細胞を区別および発展途上の外陰部における遺伝子発現の厳格な時間制御を明らかにします。
線虫線虫外陰部細胞の遺伝子表現マーカー
細胞運命パターニング線虫の外陰部の発達段階の分析は細胞分裂と細胞運動 (細胞系譜解析) の直接の観察を主に頼っています。しかし、復興途上の外陰部 EM 連続切片からのような観測に基づく多数が区別できない 7 異なる種類の細胞 (vulA、vulB1、vulB2、バルカ、vulD、vulE、および vulF） を示唆しています。ここで 7 つの遺伝子の外陰部の発現を報告、egl 17, 先天性横隔膜ヘルニア 3、ceh 2, zmp-1、B0034.1、T04B2.6、F47B8.6 gfp、cfp、yfp （緑色蛍光蛋白質と色の亜種) の記者融合をに基づいています。各遺伝子は、外陰部の細胞の特定のサブセットでを表現し、したがって外陰部細胞運命のためのマーカーとして有用であります。一緒に、マーカーの式は 6 種類の細胞を区別および発展途上の外陰部における遺伝子発現の厳格な時間制御を明らかにします。
Spgatae、トラザメ Purpuratus オルソログの脊椎動物の GATA4/5/6 要因の式。
Spgatae ウニ オルソログ脊椎動物 gata4/5/6 遺伝子の系統解析によって確認したのです。胚発育の Spgatae トラン スクリプトの蓄積と表現の空間パターンがここで報告されます。式は、最初 15 h 胞で検出されました。Spgatae RNA 分子の数は着実に原腸陥入時に式をピークに、胞胚段階中増加します。原腸陥入が完了したら、レベル式の胚発生の終わりまで減少します。Spgatae トラン スクリプトは、植物性のプレートの将来中胚葉細胞の指輪で最初に検出された全台紙のままの交配を示した。Spgatae 式 [間充織胞胚段階で植物性プレート全体を含むように拡張されます。原腸陥入時に Spgatae、blastopore とプリズム ステージ後腸と中腸がいない前腸で強く、また中胚葉細胞の先端、ウニので表されます。胚発生の終わりに向かって、後腸における発現が低下します。ターミナルのパターンの表現中腸プラス体腔ポーチです。
トラザメ Purpuratus 転写因子 GATA E はバインドし、Otx Goosecoid シス要素三・四外胚葉固有 Spec2a エンハンサー内で転写を抑制します。
トラザメ purpuratus 胚発生時その空間特異性の抑圧によって主を授ける上流のエンハンサー三・四外胚葉固有表現 spec2a の依存しています。本研究の目的は、内胚葉と口腔外胚葉の領土での spec2a 式の抑圧方法を決定するためだった。78-基礎ペア DNA シーケンス、エンハンサー内近位 （TAATCT） と SpOtx、広く分散の転写活性化と SpGoosecoid (SpGsc), 口腔外胚葉制限の転写リプレッサーの両方にバインド遠位の (TAATCC) の要素を含む 5 つの密な間隔 cis 規制の要素が含まれます。我々 はここで、これら 2 つの一見冗長 Otx/Gsc 要素の異なる機能が表示されます。近位の要素 endomesoderm 特異的転写因子 SpGATA E にバインドします。SpGATA E と SpGsc morpholino のアンチセンス オリゴヌクレオチド (MASOs) による治療強化の転写活性の要因の両方リプレッサーこのサイトとして機能することを示唆する近位要素からの結果。SpGATA E マゾ扱われた胚外胚葉のマーカー、役割 SpGATA-E の外胚葉への分化を示すを表現するために失敗しました。Spec2a 近位要素が関連 spec1 エンハンサーの対応する要素とは異なるされ、spec1 と spec2a のシス調節要素間のスワップが示された最適な弾圧の近位の要素を持っていた近くの CCAAT バインド要素素子との対話を。最近の進化の近位の要素 spec2a の endomesoderm と口腔外胚葉の領土の抑制に寄与することが示唆されました。
ウニ トラザメ Purpuratus のゲノム。
我々 は、シーケンスとウニ トラザメ purpuratus のためのモデルの 814 結果ゲノム解析報告発達システム生物学。シーケンスの戦略は、全ゲノムの散弾銃と細菌人工染色体 （BAC の） シーケンス結合。この使用プーリングの戦略によって、支援、BAC クローンのゲノムの高いヘテロ接合性と関連付けられる難しさを克服しました。ゲノム以前脊椎動物の技術革新である考えまたはのみ、後口動物外知られている多くを含む、約 23,300 遺伝子をエンコードします。この棘皮動物のゲノム進化提供後口動物の進化の脊索動物と利回り洞察を重要。
節の遺伝子は、イニシエーターのウニ口腔外胚葉遺伝子ネットワークのシス調節制御。
リンパ節の遺伝子発現の転写仕様口腔外胚葉におけるウニ胚を確立遺伝子調節ネットワークを開始します。この遺伝子は tgf β に対するリガンド エンコードし、トラザメ purpuratus でその転写 30 セル段階について予定の口腔外胚葉でアクティブになります。その後リンパ節シグナリング口腔外胚葉の領土のすべてのセルの間で発生し、節点式口腔外胚葉を制御する遺伝子の発現が必要です。リンパ節の遺伝子のシス調節システムの初期胚の将来の口腔と三・四ドメインを区別異分散の細胞質手がかり p75 であった。ここでの開始とメンテナンス口腔外胚葉における節の遺伝子発現のゲノム基盤を確立します。機能的シス制御モジュール節遺伝子の種間シーケンス保全によって識別されました。5' Cis 規制モジュール関数節遺伝子の発現を開始してリンパ節のシグナル伝達系からのフィードバック入力によってその表現を維持します。これらの関数は、それぞれ SMAD のターゲット ・ サイトでは bzip 型転写因子のターゲット サイトにより仲介されます。SMAD サイトの少なくとも 1 つの式の開始が必要です。イントロン モジュールもリンパ節のフィードバックに対応 SMAD サイトが含まれているし、さらに植物性の発現を抑制する役割を果たします。これらの観察節式口腔外胚葉での主な特徴を説明する: bZIP 要因の活動レドックス敏感、経口三・四運命対の初期偏波で酸化還元差動明示されるので、アカウントの bZIP サイト節の活性化のため経口の側には;即時早期信号伝達応答要素節点の SMAD 要因なので、SMAD サイト フィードバック維持節遺伝子発現のためのアカウントします。
Gatae シス調節モジュール Strongylocentrorus Purpuratus 胚の排他的な発達機能。
トラザメ purpuratus の gatae 遺伝子は、脊椎動物ガータ 4,5,6 遺伝子のオーソログです。この遺伝子は腸胚の胞胚と後で endomesoderm で表明した、正常な発達に必要です。Gatae 遺伝子のエクソンにノック GFP レポーターを含む BAC 胚における内在性 gatae 式のすべての側面を再現することができた。Lytechinus 込み gatae 25 明らかに BAC に関して種間シーケンス保全分析を実施した推定 gatae のシス調節モジュールを識別するには、非コーディング シーケンス パッチを保存します。これらは個別に遺伝子伝達実験では、テストされた、運転のローカライズされた記者式中の胚のことができる 2 つのモジュールが特定されました。モジュール 24 原腸胚とプルテウス期後半の内胚葉式生成中モジュール 10 中胚葉と内胚葉細胞原腸胚初期までの初期表現を生成します。モジュール 10 はその後レポーター式で通常アクティブである場合の時間枠での総損失で生じる相互の組み換えによる BAC gatae から削除されました。原腸胚とプルテウス ユビキタス GFP 発現につながったモジュール 24 の類似の削除。これらの結果は、モジュール 10 が一意に必要かつ十分な gatae 式 endomesoderm 仕様中の初期位相を考慮してであることを示します。さらに、彼らは cis 規制の機能モジュールの除外は、whereby 基底プロモーターと任意の時点でドライブ遺伝子発現という表現に関連付けることができますのみ 1 つのモジュールを意味します。
MBR によって低 C/N 高技術産業廃水の附則炭素添加の効果
膜型バイオリアクター (MBR) の高技術産業廃水の処理のための補足炭素添加の影響について検討しました。MBR は、302days 異なる C/N (BOD(L)/NH(4)(+)-N) 比、すなわちの 0.9-1 20 days, 1.6-21 42days、2.9-43 82days、3.6-83 141days に、4.8-165 233days して 9.3-240 302days にすること。 下の手術を受けた調べた C/N 比に関係なく、SS は、BOD(5) 除去効率 95% 以上と COD 除去効率が観察された 80% 以上.さらに、完全な硝化調査を通じて観察されました。ただし、脱窒とその最高の C/N 比 (9.3) で最大値に達した合計窒素除去効率を調べた。リアルタイム PCR 解析リフロー 10 回より高いアンモニア酸化細菌合計細菌比低 C/N 比条件 (1.6) に比較して高い C/N 比条件 (9.3) の下に明らかにしました。
