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Articles by Pei Yun Lee in JoVE
JoVE General
의 DNA 조각의 분리를위한 아가로 오스 젤 전기 영동
Department of Molecular, Cell, and Developmental Biology, University of California Los Angeles
아가로 오스 겔 전기 영동을 이용한 DNA 조각의 분리를위한 기본적인 프로토콜이 설명되어 있습니다.
Other articles by Pei Yun Lee on PubMed
개발을 위한 게놈 규제 네트워크입니다
바디 계획의 개발 규제 유전자의 대규모 네트워크에 의해 제어 됩니다. Endoderm / 성 게 배아에서 mesoderm 사양 제어 유전자 규제 네트워크는 여기에 요약 되어 있습니다. 네트워크 컴퓨팅 방법론, 게놈 데이터, cis 규정 분석 및 분자 발생 학 함께 대규모 섭 동 분석에서 유래 했다. 현재, 40 개 이상의 유전자를 포함 하는 네트워크 및 각 노드에서 확인할 수 있습니다 직접 DNA 시퀀스 레벨에서 cis 규정 분석. 아키텍처 개발 방법 등의 구체적이 고 일반적인 양상을 계시 한다 셀 주어진 그들의 안 수 운명을 배아 생성 하 고 프로세스 이동 inexorably 왜 발달 시간에 앞으로.
성 게 배아에서 Endomesoderm의 사양에 대 한 잠정 규정 하는 유전자 네트워크
성 게 배아에서 endomesodermal 사양 제어 방법 개요에서 설명 하는 임시 DNA 시퀀스 기반 규정 하는 유전자 네트워크의 현재 형태는 선물이. 새로운 유전자가 추가 되 고 새로운 실험 결과 사용 가능해; 수정 및 성장의 연속 과정에서 네트워크의 모델은 최신 버전에 대 한 http://www.its.caltech.edu/~mirsky/endomeso.htm (최종-mes 유전자 네트워크 업데이트)를 참조 하십시오. 네트워크 새로이 작업과 대부분의 인코딩 DNA 바인딩 transcriptional 규제 요인의 과정에서 밝혀 낸 많은 현재 40 개 이상의 유전자가 포함 되어 있습니다. 네트워크 아키텍처는 광범위 한 실험적 증거를 지금 endomesoderm 사양에 사용할 수 있는 통합 논리 모델의 건설에 의해 처음 접근 했다. 네트워크에 유전자 사이의 내부 연계 기능, 네트워크에서 모든 관련 유전자의 표현에 규제 물결 효과의 측정에 의해 결정 되었습니다. 다섯 가지 종류의 섭 동 적용: morpholino 센스 oligonucleotides; 네트워크에서 핵심 규제 유전자의 많은 대상의 (1) 사용 (2) Engrailed 진압 도메인 fusions;의 건설에 의해 지배적인 repressors로 다른 규제 요인의 변화 (3) 소성 표현의 규제 요인, 주어진 유전자 표현 구문 및 주입된 mRNAs; (4) mRNA 인코딩 cadherin;의 세포내 도메인의 도입에 의해 베타-catenin/Tcf 통로 봉쇄 그리고 노치의 (5) 봉쇄 노치 수용 체의 세포 외 도메인 인코딩 Mrna의 도입 하 여 통로 신호. 네트워크 모델 네트워크에 각 유전자를 연결 하는 cis 규정 입력을 예측 합니다. 따라서, 자사의 아키텍처는 cis 규정 분석으로 쓸만한. Strongylocentrotus purpuratus 및 Lytechinus variegatus 게놈 BAC recombinants 네트워크에 다 수의 유전자를 포함 하는 순서가 되어 있고 주석. 크게 요 극을 가능성이 cis 규정 요소 실험 분석에 앞서 신속 하 게 식별 하는 interspecific 연산 시퀀스 비교 모델의 cis 규정 예측 테스트를 용이 하 게. 네트워크 초기 분열 및 gastrula 단계 사이 genomically 인코딩된 규제 프로세스를 지정합니다. 이러한 제어와 초기 veg(2) endomesodermal 도메인; micromere 혈통의 사양 주변 veg(2) endodermal 도메인; 중앙 veg(2) mesodermal 도메인 (즉, 2 차 mesenchyme 조상 필드) blastula 단계 분리 이러한 도메인; 내 사양 상태 안정화 그리고 일부 다운스트림 분화 유전자의 활성화입니다. 각 규격의 시간적 공간적 단계의 특정 단계에서 배아 관련 핵 내에서 규제 이벤트를 처리 하는 네트워크 모델의 하위 요소에 표시 됩니다.
진 식 마커 Caenorhabditis Elegans 외 음부 셀에 대 한입니다
세포 운명 패턴화 Caenorhabditis elegans의 외 음부 개발 하는 동안 분석 세포 분열과 세포의 움직임 (세포 계보 분석)의 직접 관찰에 주로 의존 하고있다. 그러나, EM 직렬 섹션에서 개발 외 음부의 재구성 7 개의 다른 세포 유형 (vulA, vulB1, vulB2, vulC, vulD, vulE, 및 vulF)을 구별할 수 없는 그런 관측을 기반으로 제안 했다. 여기 우리 보고 7 개 유전자의 외 음부 표현, egl 17, cdh 3, ceh 2, zmp-1, B0034.1, T04B2.6 및 F47B8.6 gfp, c f p, yfp (녹색 형광 단백질 및 색상 변종) 기자 fusions 기반. 각 진 외 음부 셀의 특정 하위 집합에서 표현 하 고 외 음부 셀 운명에 대 한 표식으로 따라서 유용. 함께, 마커의 식 6 셀 종류를 구별 하 고 개발 외 음부에서 유전자 발현의 엄격한 시간 관리 공개.
진 식 마커 Caenorhabditis Elegans 외 음부 셀에 대 한입니다
세포 운명 패턴화 Caenorhabditis elegans의 외 음부 개발 하는 동안 분석 세포 분열과 세포의 움직임 (세포 계보 분석)의 직접 관찰에 주로 의존 하고있다. 그러나, EM 직렬 섹션에서 개발 외 음부의 재구성 7 개의 다른 세포 유형 (vulA, vulB1, vulB2, vulC, vulD, vulE, 및 vulF)을 구별할 수 없는 그런 관측을 기반으로 제안 했다. 여기 우리 보고 7 개 유전자의 외 음부 표현, egl 17, cdh 3, ceh 2, zmp-1, B0034.1, T04B2.6 및 F47B8.6 gfp, c f p, yfp (녹색 형광 단백질 및 색상 변종) 기자 fusions 기반. 각 진 외 음부 셀의 특정 하위 집합에서 표현 하 고 외 음부 셀 운명에 대 한 표식으로 따라서 유용. 함께, 마커의 식 6 셀 종류를 구별 하 고 개발 외 음부에서 유전자 발현의 엄격한 시간 관리 공개.
Spgatae, Strongylocentrotus Purpuratus Ortholog 척추 GATA4/5/6 요인의 표현
Spgatae 척추 gata4/5/6 유전자 phylogenetic 분석에 의해 확인의 성 게 ortholog입니다. 배아 개발 하는 동안 Spgatae 성적표의 축적 및 표현의 공간적 패턴 여기에 보고 됩니다. 식 15 h blastula에서 처음 발견 되었습니다. Spgatae RNA 분자 수 blastula 단계 식 gastrulation 중 정점으로 지속적으로 증가 합니다. Gastrulation 완료 되 면 embryogenesis 말까지 표현의 수준을 감소. 제자리 교 잡에서 전체 마운트 Spgatae 성적표 식물성 접시에서 잠재 mesoderm 셀 링에서 처음 발견 했다 보여주었다. Spgatae 식 다음 mesenchyme blastula 단계에서 전체 식물성 접시를 포함 하도록 확장 됩니다. Gastrulation 중 Spgatae, blastopore 및 프리즘 단계 hindgut midgut 하지만 하지 foregut에서 강력 하 게 하 고 또한 mesoderm 세포는 archenteron의 끝에 표시 됩니다. Embryogenesis의 끝은 hindgut에 식 감소. 식의 터미널 패턴은 midgut 플러스 coelomic 파우치.
Strongylocentrotus Purpuratus 전사 인자 GATA E에 바인딩하고 누르는 Aboral Ectoderm 특정 Spec2a 증강 내 Otx Goosecoid Cis 규정 요소에서 전사
Strongylocentrotus purpuratus embryogenesis 중 spec2a의 aboral ectoderm 특정 식 억압을 통해 주로 자사의 공간 특이성을 수 여 하는 업스트림 증강에 의존 합니다. 이 연구의 목적은 spec2a 식 endoderm 및 구강 ectoderm 지역에서 억압은 어떻게 결정 했다.입니다. 78-기본적인 쌍 DNA 시퀀스 증강 내 근 (TAATCT)와 SpOtx, 광범위 하 게 분산된 transcriptional 활성기와 SpGoosecoid (SpGsc) 구두 ectoderm 제한 transcriptional 진압 바인딩할 원심 (TAATCC) 요소를 포함 하 여 5 개의 밀접 하 게 간격 둔된 cis 규정 요소를 포함. 우리가 여기에이 두 가지 겉보기 중복 Otx/Gsc 요소는 서로 다른 기능 표시. 인접 요소 SpGATA-E, endomesoderm 관련 전송 요소에 바인딩된. Spgata와 SpGsc morpholino 센스 oligonucleotides (MASOs)와 치료 두 요인이이 사이트에서 repressors로 작용 하자 인접 요소에서 향상 된 transcriptional 활동 귀착되 었 다. SpGATA-E 마 치료 배아 ectoderm 마커, ectoderm 분화에 SpGATA-E에 대 한 역할을 나타내는 표현 하지 못했습니다. Spec2a 인접 요소는 해당 요소 관련된 spec1 증강에 다를 하 고 spec1 및 spec2a cis 규제 요소 간의 스왑 표시는 최적의 억압에 대 한 인접 요소 근처 CCAAT 바인딩 요소 요소와 상호 작용 했다. 우리의 결과 표시 최근에 진화 인접 요소 endomesoderm 및 구강 ectoderm 영토에서 spec2a의 억제에 기여 한다.
바다 성 게 Strongylocentrotus Purpuratus의 게놈입니다
우리는 시퀀스 및 성 Strongylocentrotus purpuratus에 대 한 모델의 814 megabase 게놈 분석 보고서 개발 및 시스템 생물학. 시퀀싱 전략 전체 게놈 샷건 하 고 세균 인공 염색체 (BAC) 시퀀스 결합. BAC 클론, 풀링 전략에 의해 원조의이 사용이 게놈의 높은 heterozygosity와 관련 된 어려움을 극복 했다. 게놈에는 약 23,300 유전자를 포함 한 많은 이전에 척추 혁신 생각 나는 deuterostomes 밖에 서만 알려진 인코딩합니다. 극피동물 게놈이 제공 하는 진화 outgroup chordates 및 수율 통찰력 deuterostomes의 진화에 대 한.
꾸벅꾸벅 졸 기 진 성 게 구강 Ectoderm 유전자 네트워크의 창시자의 Cis 규정 제어
꾸벅꾸벅 졸 기 유전자의 식 성 게 배아에서 구강 ectoderm transcriptional 규격을 설정 하는 유전자 규제 네트워크를 시작 합니다. 이 유전자 TGFbeta 리간드 인코딩하고 Strongylocentrotus purpuratus의 전사 30 셀 단계에 대 한에 추정 구강 ectoderm에서 활성화 됩니다. 구강 ectoderm 영토의 모든 셀 가운데 발생 그 후 꾸벅꾸벅 졸 기 신호 고 꾸벅꾸벅 졸 기 식 구강 ectoderm 규제 유전자의 표현에 대 한 필요 합니다. 꾸벅꾸벅 졸 기 유전자의 cis 규제 시스템 transduces anisotropically 분산된 세포질 신호 초기 배아의 미래의 구두 및 aboral 도메인을 구분 합니다. 여기 우리는 개시와 구강 ectoderm에서 꾸벅꾸벅 졸 기 유전자 발현의 유지 보수에 대 한 게놈으로 설정합니다. 꾸벅꾸벅 졸 기 유전자의 기능을 cis 규정 제어 모듈 interspecific 시퀀스 보존에 의해 확인 되었다. 5' Cis 규정 모듈 기능을 꾸벅꾸벅 졸 기 유전자의 식을 시작 하 고 꾸벅꾸벅 졸 기 신호 변환 시스템에서 피드백 입력을 통해의 식을 유지 하기 위해. 이러한 함수는 SMAD 대상 사이트와 bZIP 전사 인자에 대 한 대상 사이트에서 각각 중재. 하나 이상의 SMAD 사이트 또한 식의 개시에 대 한 필요 합니다. Intron 모듈 또한 꾸벅꾸벅 졸 기의 의견에 응답 하는 SMAD 사이트를 포함 하 고 또한 식물성 식 주체 할 행위. 이러한 관측 구강 ectoderm에서 꾸벅꾸벅 졸 기 식의 주요 기능에 설명: bZIP 사이트 구강 쪽; 꾸벅꾸벅 졸 기의 활성화를 위해 계정 bZIP 요인의 활동 redox 민감한, 이후 aboral 운명 대 구강의 초기 양극 화 redox 차동에 나타나 신입니다 그리고 Nodal에 대 한 즉각적인 초기 신호 전달 반응 요인 SMAD 요인 때문에, SMAD 사이트 꾸벅꾸벅 졸 기 유전자 발현의 의견 유지 보수를 담당.
Gatae Strongylocentrorus Purpuratus 배아에서 Cis 규정 모듈의 독점 발달 기능
Strongylocentrotus purpuratus의 gatae 유전자가 척추 gata 4,5,6 유전자를 orthologous. 이 유전자는 배아, 용기 endomesoderm는 blastula 및 나중에 표현 하 고 정상적인 발전을 위해 필요 합니다. Gatae BAC GFP 기자 하나 유전자의 exon으로 기 절을 포함 하는 태아의 생 gatae 식의 모든 측면을 재생할 수 있습니다. 상 gatae cis 규정 모듈 Lytechinus variegatus gatae 25 밝혀 혈 중 알코올 농도 관하여 interspecific 시퀀스 보존 분석 실시를 식별 하기 위해 비 코딩 순서 패치를 보존. 이러한 유전자 전송 실험에서 개별적으로 테스트 하 고 두 모듈 태아에 운전 지역화 된 기자 식 수 발견 했다. 모듈 10 모듈 24 gastrula 및 pluteus 단계에서 늦은 endodermal 식을 생성 하는 동안 초기 gastrula 무대 mesoderm 및 endoderm 셀 초기 식을 생성 합니다. 모듈 10 다음 정상적으로 활성화 되는 시간 프레임에 기자 식의 총 손실을 상호 재결합 하 여 혈 중 알코올 농도가 gatae에서 삭제 되었습니다. 유비 쿼터 스 GFP 식 gastrula 및 pluteus에 led 모듈 24의 비슷한 삭제. 이 결과 모듈 10 유일 하 게 필요 하 고 endomesoderm 사양 중 gatae 식의 초기 단계에 대 한 계정에 충분 한 것을 보여줍니다. 또한, 그들은 기저 발기인 및 언제 든 지 드라이브 유전자 발현 단일 모듈을 연결할 수 있습니다 그것에 의하여 기능 cis 규정 모듈 제외를 의미.
MBR에 의해 낮은 C/N 첨단 기술 산업 폐수의 처리에 있는 보충 탄소 추가의 효과
막 생물 반응 기 (MBR)에서 첨단 기술 산업 폐수의 처리에 대 한 보충 탄소 추가의 효과 조사 했다. MBR은 다른 c/N (BOD(L)/NH(4)(+)-N) 비율, 즉 0.9-1 20days, 42days, 2.9-43, 82days, 141days 3.6-83, 233days 4.8-165와 302days 9.3-240을 1.6-21 아래는 302days에 대 한 운영 되었다. 조사 c/N 비율에 관계 없이 SS 및 BOD(5) 제거 효율 95% 이상 및 COD 제거 효율을 관찰 하는 80% 이상 했다. 또한, 완전 한 nitrification 조사에 걸쳐 관찰 했다. 그러나, denitrification 및 가장 높은 c/N 비율 (9.3)의 최대 값에 도달 하는 총 질소 제거 효율을 조사. 실시간 PCR 분석 공개 10times 높은 암모니아 산화 세균 총 박테리아 비율이 낮은 c/N 비율 조건 (1.6)에 비해 가장 높은 c/N 비율 조건 (9.3).
