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Articles by Takayuki Tohge in JoVE
JoVE General
複合ゲノミクス、メタボロミクスと情報を介した植物遺伝子の機能注釈
Molekulare Pflanzenphysiologie, Max-Planck-Institut
代謝を介したゲノム、共発現遺伝子の解析と標的化合物の同定の組み合わせは、遺伝子の機能アノテーションを付与します。
Other articles by Takayuki Tohge on PubMed
首相： メタボロミクスとトランスクリプトミクスのためのツールをアセンブル サイト。
首相 （http://prime.psc.riken.jp/）、理研メタボロミクスのためのプラットフォームに設計されており、実装からメタボローム トランスクリプトーム解析に至るまでの調査・分析のワークフローをサポートする Web サイトです。サイトは、標準化された測定関連分析 （NMR, ナップザック代謝物のデータベース内の検索による代謝物の同定のための SpinAssign） をサポート NMR, GC-MS による LC MS と CE MS とメタボロミクス解析ツールを用いて得られた代謝物の成長のコレクションへのアクセスを提供します。また、トランスクリプトミクス ツールは mRNA の発現の解析のための遺伝子検索、相関とクラスター切削を提供します。ツールとデータベースの使用は、代謝物と遺伝子発現のレベルで生命現象の解析に貢献できるし、Web サイト経由で提供される、バッチ学習自己組織化マップ (BL-SOM) を用いたシロイヌナズナのような分析の一例を記述します。
シロイヌナズナにおけるフィードバックと小文字を区別しないフェニルアラニン生合成の多面的な生理的帰結
植物の炭素フローの大部分は多数の二次代謝産物の前駆体としてフェニルアラニンへのシキミ酸経路を通過します。フェニルアラニン代謝に影響を与える新たな調節機構を識別するために、我々は毒性アミノ酸のm-チロシン、フェニルアラニンの構造アナログに耐性であるシロイヌナズナ変異体を単離した。マップベースクローニングは、adt2-1D ADT2（arogenateデヒドラターゼ2）の調節ドメインの変更をアラニンに予測セリンを引き起こす支配的な点変異を同定した。リラックスしたフィードバック阻害やロゼット葉の遊離フェニルアラニンの160倍の蓄積だけでなく、いくつかの他の一次および二次代謝産物の蓄積の変化まで生じた変異酵素の発現増加。特に、通常のシロイヌナズナコロンビア-0加盟の葉ではほとんど検出不可能である2-phenylethylglucosinolateの豊富は、30以上の倍に増加しています。 adt2-1D変異体の他の表現型は観察され、異常な葉の開発、5 methyltryptophanへの抵抗、ジェネラリスト鱗翅草食Trichoplusia niの（キャベツルーパー）と増加した耐塩性の成長を抑制するが含まれています。
トマト果実の拡大、特定のトランスクリプトーム ティッシュおよびセルタイプをプロファイリング代謝と規制の専門とキューティクルの形成への洞察を提供します。
トマト (トマ) 多肉質の果実の研究のための主要なモデルであり、この種の研究は果実の生理学、開発、および代謝の多くの側面を解明しました。ただし、これらの研究のほとんど均質果実果皮の多くの構成セルの種類に関与しています。ここでは、最大成長に段階 5 主要な組織のトマト果実 (外側と内側の表皮層、collenchyma、実質, および血管組織) からの果皮のトランスクリプトームを特徴づけるレーザー キャプチャ レーザーマイクロダイ パイロシークエンス技術の結合について説明します。20,976 高品質表現 unigenes の合計は他の細胞型特定または示した明確な発現パターン特定の臓器がの半分以上はその式では、ユビキタスいた識別されました。データの規制の多くのクラスの空間分布に新たな洞察を提供して構造遺伝子、それらを含むエネルギー代謝, ソース ・ シンク関係、二次代謝産物生産、細胞壁の生物学とキューティクルの生合成に関与しています。最後に、パターンと同様の遺伝子発現の組織の間のキューティクルのキャラクタリゼーションにユーティリティは、生物学的発見のためのプラットフォームとしてこのアプローチを示す、果皮の内側の表面上につながった。
